MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 chromosome

Total Repeats: 1859

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009727	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009727	TGGAT	2	10	291	300	20 %	40 %	40 %	0 %	154706441
3	NC_009727	AAATT	2	10	1642	1651	60 %	40 %	0 %	0 %	154706526
4	NC_009727	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009727	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_009727	TCTTT	2	10	9822	9831	0 %	80 %	0 %	20 %	154706378
7	NC_009727	ATAAA	2	10	10265	10274	80 %	20 %	0 %	0 %	154705767
8	NC_009727	GCTTC	2	10	11416	11425	0 %	40 %	20 %	40 %	154705767
9	NC_009727	TTTTC	2	10	12251	12260	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009727	TCGCG	2	10	14779	14788	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_009727	CAACG	2	10	16264	16273	40 %	0 %	20 %	40 %	154706946
12	NC_009727	TGCCA	2	10	21325	21334	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009727	TTAAA	2	10	21628	21637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009727	ATCCC	2	10	22444	22453	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_009727	CTTTT	2	10	25770	25779	0 %	80 %	0 %	20 %	154707059
16	NC_009727	TAATT	2	10	27001	27010	40 %	60 %	0 %	0 %	154707145
17	NC_009727	GGGAT	2	10	27676	27685	20 %	20 %	60 %	0 %	154707145
18	NC_009727	GAGAA	2	10	28241	28250	60 %	0 %	40 %	0 %	209363647
19	NC_009727	TTATT	2	10	29532	29541	20 %	80 %	0 %	0 %	154705832
20	NC_009727	ATTTT	2	10	30006	30015	20 %	80 %	0 %	0 %	154705832
21	NC_009727	ATTGA	2	10	30437	30446	40 %	40 %	20 %	0 %	154707346
22	NC_009727	TTTTA	2	10	30890	30899	20 %	80 %	0 %	0 %	154707463
23	NC_009727	AAGCA	2	10	30973	30982	60 %	0 %	20 %	20 %	154707463
24	NC_009727	AAAAG	2	10	31181	31190	80 %	0 %	20 %	0 %	154707463
25	NC_009727	GGAAA	2	10	31864	31873	60 %	0 %	40 %	0 %	209363648
26	NC_009727	CAAAA	2	10	32466	32475	80 %	0 %	0 %	20 %	154707564
27	NC_009727	AAGTA	2	10	33024	33033	60 %	20 %	20 %	0 %	154706970
28	NC_009727	CTCAT	2	10	34601	34610	20 %	40 %	0 %	40 %	209363650
29	NC_009727	TCGCT	2	10	35367	35376	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_009727	AAGGA	2	10	36442	36451	60 %	0 %	40 %	0 %	154707121
31	NC_009727	GAAAC	2	10	37577	37586	60 %	0 %	20 %	20 %	154706652
32	NC_009727	AAATT	2	10	37953	37962	60 %	40 %	0 %	0 %	154706652
33	NC_009727	TAATA	2	10	38835	38844	60 %	40 %	0 %	0 %	154706910
34	NC_009727	CGTTG	2	10	38900	38909	0 %	40 %	40 %	20 %	154706910
35	NC_009727	GGGAA	2	10	41214	41223	40 %	0 %	60 %	0 %	154706192
36	NC_009727	AAAAT	2	10	41323	41332	80 %	20 %	0 %	0 %	154706192
37	NC_009727	GTTGT	2	10	41847	41856	0 %	60 %	40 %	0 %	209363651
38	NC_009727	CTAAA	2	10	42663	42672	60 %	20 %	0 %	20 %	154707187
39	NC_009727	AGCGA	2	10	43449	43458	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009727	TCGCT	2	10	43501	43510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_009727	ATTTA	2	10	44181	44190	40 %	60 %	0 %	0 %	154705781
42	NC_009727	GCCGC	2	10	44353	44362	0 %	0 %	40 %	60 %	154705781
43	NC_009727	GCTTT	2	10	44603	44612	0 %	60 %	20 %	20 %	154705781
44	NC_009727	GGAAT	2	10	46911	46920	40 %	20 %	40 %	0 %	209363652
45	NC_009727	AAATC	2	10	47186	47195	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009727	AAAAT	2	10	47209	47218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009727	ATTTT	2	10	47295	47304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009727	CTCTT	2	10	48757	48766	0 %	60 %	0 %	40 %	154706010
49	NC_009727	ACGCT	2	10	49524	49533	20 %	20 %	20 %	40 %	209363653
50	NC_009727	AAAAT	2	10	51154	51163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009727	AAATA	2	10	51636	51645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009727	TTAAT	2	10	51793	51802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009727	GAGAT	2	10	52652	52661	40 %	20 %	40 %	0 %	154707221
54	NC_009727	CCGTG	2	10	53744	53753	0 %	20 %	40 %	40 %	154706090
55	NC_009727	GGCGA	2	10	54130	54139	20 %	0 %	60 %	20 %	154706090
56	NC_009727	TAAAA	2	10	56352	56361	80 %	20 %	0 %	0 %	209363658
57	NC_009727	GATTT	2	10	56737	56746	20 %	60 %	20 %	0 %	209363658
58	NC_009727	AGGAG	2	10	56767	56776	40 %	0 %	60 %	0 %	209363658
59	NC_009727	TATTG	2	10	56868	56877	20 %	60 %	20 %	0 %	154707663
60	NC_009727	CACTA	2	10	56912	56921	40 %	20 %	0 %	40 %	154707663
61	NC_009727	TTTTC	2	10	58685	58694	0 %	80 %	0 %	20 %	154706083
62	NC_009727	TTCGT	2	10	59958	59967	0 %	60 %	20 %	20 %	154706083
63	NC_009727	AGAGC	2	10	60082	60091	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009727	TATTT	2	10	60592	60601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009727	AGCGA	2	10	62426	62435	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009727	TCGCT	2	10	62476	62485	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_009727	TAACA	2	10	65303	65312	60 %	20 %	0 %	20 %	154707185
68	NC_009727	GTAAT	2	10	66734	66743	40 %	40 %	20 %	0 %	154707208
69	NC_009727	AAATA	2	10	67622	67631	80 %	20 %	0 %	0 %	209363661
70	NC_009727	GCGCG	2	10	68369	68378	0 %	0 %	60 %	40 %	154705751
71	NC_009727	AAGTC	2	10	70319	70328	40 %	20 %	20 %	20 %	209363662
72	NC_009727	GCTAC	2	10	70934	70943	20 %	20 %	20 %	40 %	209363663
73	NC_009727	GCAAC	2	10	70978	70987	40 %	0 %	20 %	40 %	209363663
74	NC_009727	ATGGT	2	10	71879	71888	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009727	GAAAA	2	10	73043	73052	80 %	0 %	20 %	0 %	209363665
76	NC_009727	GTCTT	2	10	77643	77652	0 %	60 %	20 %	20 %	154707050
77	NC_009727	CTTCT	2	10	78103	78112	0 %	60 %	0 %	40 %	154707050
78	NC_009727	GTTTT	2	10	78965	78974	0 %	80 %	20 %	0 %	154706599
79	NC_009727	CTCGT	2	10	79762	79771	0 %	40 %	20 %	40 %	154706599
80	NC_009727	AATAA	2	10	80331	80340	80 %	20 %	0 %	0 %	154706078
81	NC_009727	TTCCA	2	10	80738	80747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_009727	CCCAA	2	10	82437	82446	40 %	0 %	0 %	60 %	209363671
83	NC_009727	AAAAT	2	10	82554	82563	80 %	20 %	0 %	0 %	209363671
84	NC_009727	ATTTT	2	10	84290	84299	20 %	80 %	0 %	0 %	154706074
85	NC_009727	AGCGA	2	10	84344	84353	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_009727	TCGCT	2	10	84388	84397	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_009727	GCGCG	2	10	87695	87704	0 %	0 %	60 %	40 %	154707212
88	NC_009727	AGGCC	2	10	89005	89014	20 %	0 %	40 %	40 %	154707212
89	NC_009727	AAAAT	2	10	92716	92725	80 %	20 %	0 %	0 %	209363673
90	NC_009727	GGAGG	2	10	93434	93443	20 %	0 %	80 %	0 %	209363674
91	NC_009727	AATTT	2	10	93855	93864	40 %	60 %	0 %	0 %	209363674
92	NC_009727	TTGCC	2	10	94806	94815	0 %	40 %	20 %	40 %	209363674
93	NC_009727	AACAA	2	10	96638	96647	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_009727	AATTA	2	10	98248	98257	60 %	40 %	0 %	0 %	209363677
95	NC_009727	GCCCC	2	10	102816	102825	0 %	0 %	20 %	80 %	154706977
96	NC_009727	GAAAT	2	10	102921	102930	60 %	20 %	20 %	0 %	154707531
97	NC_009727	TGTCT	2	10	103222	103231	0 %	60 %	20 %	20 %	154707531
98	NC_009727	AATAA	2	10	103286	103295	80 %	20 %	0 %	0 %	154707531
99	NC_009727	ACTTT	2	10	103701	103710	20 %	60 %	0 %	20 %	154707531
100	NC_009727	TCAAA	2	10	107497	107506	60 %	20 %	0 %	20 %	154706447
101	NC_009727	CGAGG	2	10	107860	107869	20 %	0 %	60 %	20 %	154706447
102	NC_009727	TGAAT	2	10	109025	109034	40 %	40 %	20 %	0 %	154705953
103	NC_009727	AAATA	2	10	109403	109412	80 %	20 %	0 %	0 %	154705953
104	NC_009727	AATTT	2	10	112828	112837	40 %	60 %	0 %	0 %	209363682
105	NC_009727	AAATA	2	10	113362	113371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009727	GGCAA	2	10	113606	113615	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009727	GTGTT	2	10	114216	114225	0 %	60 %	40 %	0 %	154706162
108	NC_009727	ACCCT	2	10	114540	114549	20 %	20 %	0 %	60 %	154706757
109	NC_009727	CAAAC	2	10	116664	116673	60 %	0 %	0 %	40 %	209363685
110	NC_009727	TAGCC	2	10	116935	116944	20 %	20 %	20 %	40 %	209363685
111	NC_009727	GAAGG	2	10	117609	117618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009727	AGCGA	2	10	117807	117816	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009727	TCGCT	2	10	117857	117866	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_009727	AAAAC	2	10	119375	119384	80 %	0 %	0 %	20 %	154707193
115	NC_009727	CTCGG	2	10	119556	119565	0 %	20 %	40 %	40 %	154707193
116	NC_009727	TAATT	2	10	120368	120377	40 %	60 %	0 %	0 %	154707193
117	NC_009727	TTTTC	2	10	121656	121665	0 %	80 %	0 %	20 %	209363687
118	NC_009727	ATGAC	2	10	122499	122508	40 %	20 %	20 %	20 %	209363688
119	NC_009727	TAACA	2	10	124257	124266	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009727	TGCGC	2	10	127225	127234	0 %	20 %	40 %	40 %	209363690
121	NC_009727	AAACA	2	10	128528	128537	80 %	0 %	0 %	20 %	209363692
122	NC_009727	TGCTC	2	10	128786	128795	0 %	40 %	20 %	40 %	209363692
123	NC_009727	AATCA	2	10	129512	129521	60 %	20 %	0 %	20 %	209363692
124	NC_009727	CAGAA	2	10	130398	130407	60 %	0 %	20 %	20 %	209363692
125	NC_009727	ATAAA	2	10	130693	130702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009727	GCACA	2	10	132632	132641	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_009727	GAGTG	2	10	133905	133914	20 %	20 %	60 %	0 %	154706602
128	NC_009727	ATTTT	2	10	134785	134794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009727	AAGAT	2	10	135120	135129	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009727	GCAGG	2	10	138206	138215	20 %	0 %	60 %	20 %	154705989
131	NC_009727	TAAGC	2	10	138996	139005	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009727	CCATT	2	10	139880	139889	20 %	40 %	0 %	40 %	154707736
133	NC_009727	GCAAA	2	10	140044	140053	60 %	0 %	20 %	20 %	154707736
134	NC_009727	AAATT	2	10	140314	140323	60 %	40 %	0 %	0 %	154707534
135	NC_009727	TATTT	2	10	142926	142935	20 %	80 %	0 %	0 %	154706183
136	NC_009727	AATAA	2	10	143344	143353	80 %	20 %	0 %	0 %	154706642
137	NC_009727	CCATC	2	10	145871	145880	20 %	20 %	0 %	60 %	154707126
138	NC_009727	GAAGC	2	10	147635	147644	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_009727	TCGCT	2	10	147687	147696	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_009727	TTTTG	2	10	149540	149549	0 %	80 %	20 %	0 %	154706034
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254	NC_009727	ATTTA	2	10	299600	299609	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_009727	TACTT	2	10	310906	310915	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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