MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 plasmid pQpDG

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009726	TAATT	2	10	4842	4851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009726	GCAAT	2	10	5568	5577	40 %	20 %	20 %	20 %	209363624
3	NC_009726	AACGC	2	10	6029	6038	40 %	0 %	20 %	40 %	209363624
4	NC_009726	TTTGG	2	10	7609	7618	0 %	60 %	40 %	0 %	154688294
5	NC_009726	TAAAA	2	10	9215	9224	80 %	20 %	0 %	0 %	154688273
6	NC_009726	GCTTG	2	10	9574	9583	0 %	40 %	40 %	20 %	154688273
7	NC_009726	CTGCG	2	10	10730	10739	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_009726	CATTG	2	10	11415	11424	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009726	ATTCC	2	10	12035	12044	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009726	CATCT	2	10	12342	12351	20 %	40 %	0 %	40 %	154688265
11	NC_009726	TTCAT	2	10	13433	13442	20 %	60 %	0 %	20 %	154688249
12	NC_009726	AAAGG	2	10	15037	15046	60 %	0 %	40 %	0 %	209363627
13	NC_009726	CGATG	2	10	15328	15337	20 %	20 %	40 %	20 %	154688310
14	NC_009726	GATTT	2	10	15731	15740	20 %	60 %	20 %	0 %	154688310
15	NC_009726	ACAGG	2	10	16688	16697	40 %	0 %	40 %	20 %	209363628
16	NC_009726	TTATC	2	10	20175	20184	20 %	60 %	0 %	20 %	154688291
17	NC_009726	GCCAC	2	10	22698	22707	20 %	0 %	20 %	60 %	154688290
18	NC_009726	ATTTT	2	10	23631	23640	20 %	80 %	0 %	0 %	154688290
19	NC_009726	AGTTA	2	10	23761	23770	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009726	TGATA	2	10	24057	24066	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009726	TGAAA	2	10	24072	24081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009726	GAAAG	2	10	24157	24166	60 %	0 %	40 %	0 %	209363632
23	NC_009726	AAGCA	2	10	24307	24316	60 %	0 %	20 %	20 %	209363632
24	NC_009726	CAATG	2	10	24424	24433	40 %	20 %	20 %	20 %	209363632
25	NC_009726	AAAAT	2	10	25573	25582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009726	TTTTC	2	10	26144	26153	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_009726	TTATA	2	10	26357	26366	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009726	CTTAT	2	10	27470	27479	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009726	ATTAT	2	10	27544	27553	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009726	CGATC	2	10	28240	28249	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_009726	CGATC	2	10	30097	30106	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_009726	TCTTA	2	10	31709	31718	20 %	60 %	0 %	20 %	209363633
33	NC_009726	CTGGG	2	10	33891	33900	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_009726	CGGCC	2	10	37233	37242	0 %	0 %	40 %	60 %	209363635
35	NC_009726	TTTAA	2	10	39603	39612	40 %	60 %	0 %	0 %	154688295
36	NC_009726	ATCTA	2	10	40265	40274	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009726	CTTTT	2	10	41560	41569	0 %	80 %	0 %	20 %	209363637
38	NC_009726	TGGAT	2	10	43077	43086	20 %	40 %	40 %	0 %	209363638
39	NC_009726	TGATT	2	10	44781	44790	20 %	60 %	20 %	0 %	209363638
40	NC_009726	GCAAT	2	10	45802	45811	40 %	20 %	20 %	20 %	154688262
41	NC_009726	ATGAT	2	10	45847	45856	40 %	40 %	20 %	0 %	154688262
42	NC_009726	TTAAT	2	10	45973	45982	40 %	60 %	0 %	0 %	154688262
43	NC_009726	ATCCC	2	10	46177	46186	20 %	20 %	0 %	60 %	154688262
44	NC_009726	ATCAA	2	10	46354	46363	60 %	20 %	0 %	20 %	154688262
45	NC_009726	ATAAA	2	10	46455	46464	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009726	GTTTC	2	10	48283	48292	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009726	TTACG	2	10	50157	50166	20 %	40 %	20 %	20 %	154688300
48	NC_009726	AAACA	2	10	51662	51671	80 %	0 %	0 %	20 %	154688253
49	NC_009726	GAATG	2	10	52172	52181	40 %	20 %	40 %	0 %	154688299
50	NC_009726	AGATT	2	10	52587	52596	40 %	40 %	20 %	0 %	154688299
51	NC_009726	ATAAA	2	10	52962	52971	80 %	20 %	0 %	0 %	154688299
52	NC_009726	TTGAA	2	10	53031	53040	40 %	40 %	20 %	0 %	154688299
53	NC_009726	CGGGA	2	10	53229	53238	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009726	GAGCT	2	10	53423	53432	20 %	20 %	40 %	20 %	209363642
55	NC_009726	TTGAT	2	10	53839	53848	20 %	60 %	20 %	0 %	209363642

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.