MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clostridium botulinum F str. Langeland plasmid pCLI

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009700	CTT	2	6	17	22	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009700	TGG	3	9	138	146	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941553
3	NC_009700	GCT	2	6	181	186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	153941553
4	NC_009700	GGT	2	6	187	192	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941553
5	NC_009700	TGG	2	6	201	206	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941553
6	NC_009700	ATG	2	6	215	220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941553
7	NC_009700	AGG	2	6	254	259	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009700	TGG	2	6	309	314	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941557
9	NC_009700	GGT	2	6	319	324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941557
10	NC_009700	GCT	2	6	349	354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	153941557
11	NC_009700	TGG	2	6	366	371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941557
12	NC_009700	TGT	2	6	372	377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	153941557
13	NC_009700	AGC	2	6	391	396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	153941557
14	NC_009700	TGG	2	6	408	413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941557
15	NC_009700	TGG	2	6	420	425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941557
16	NC_009700	ATG	2	6	451	456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941557
17	NC_009700	AAT	2	6	470	475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009700	TCT	2	6	590	595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941554
19	NC_009700	CTA	2	6	619	624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941554
20	NC_009700	ATT	2	6	668	673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941554
21	NC_009700	TTA	2	6	784	789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941554
22	NC_009700	TAA	2	6	957	962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009700	ATG	2	6	971	976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009700	GTA	2	6	1047	1052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009700	CAA	2	6	1210	1215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	153941563
26	NC_009700	CAC	2	6	1312	1317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	153941563
27	NC_009700	ATA	2	6	1409	1414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009700	AAT	2	6	1434	1439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009700	AGA	2	6	1572	1577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	153941569
30	NC_009700	TGG	2	6	1584	1589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941569
31	NC_009700	AGG	2	6	1707	1712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009700	TTA	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941552
33	NC_009700	TGA	2	6	1747	1752	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941552
34	NC_009700	TTA	2	6	1760	1765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941552
35	NC_009700	GTG	2	6	1806	1811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	153941552
36	NC_009700	TGC	2	6	1819	1824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	153941552
37	NC_009700	GTT	3	9	1841	1849	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	153941552
38	NC_009700	ACA	2	6	1856	1861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	153941552
39	NC_009700	ATA	2	6	1894	1899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941552
40	NC_009700	ATT	2	6	1930	1935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009700	TAT	2	6	1979	1984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941566
42	NC_009700	AAT	2	6	2031	2036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941566
43	NC_009700	TAA	3	9	2088	2096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941566
44	NC_009700	CAC	2	6	2105	2110	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	153941566
45	NC_009700	ATA	2	6	2191	2196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941566
46	NC_009700	TAT	2	6	2300	2305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941566
47	NC_009700	TCA	2	6	2323	2328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941566
48	NC_009700	TTC	2	6	2343	2348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941566
49	NC_009700	TAT	2	6	2369	2374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941566
50	NC_009700	TTA	2	6	2415	2420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941561
51	NC_009700	CCT	2	6	2585	2590	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_009700	ATT	2	6	2593	2598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009700	TAA	2	6	2645	2650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009700	TTA	2	6	2859	2864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009700	ATT	2	6	2869	2874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009700	ATA	2	6	2875	2880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009700	AGG	2	6	2891	2896	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009700	ACA	2	6	3248	3253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	153941565
59	NC_009700	GCT	2	6	3276	3281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	153941565
60	NC_009700	GAT	2	6	3438	3443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941565
61	NC_009700	TAG	2	6	4008	4013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941556
62	NC_009700	TAC	2	6	4162	4167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009700	TAT	2	6	4192	4197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009700	TTA	2	6	4204	4209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009700	TAT	2	6	4214	4219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009700	TAT	2	6	4234	4239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009700	TAT	2	6	4355	4360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009700	TAT	2	6	4378	4383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009700	ATT	2	6	4394	4399	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009700	TTA	2	6	4465	4470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009700	TAC	2	6	4480	4485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009700	TGA	2	6	4520	4525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009700	TTG	2	6	4597	4602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	153941558
74	NC_009700	CAA	2	6	4662	4667	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	153941558
75	NC_009700	ATG	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941558
76	NC_009700	TAT	2	6	4721	4726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941558
77	NC_009700	TGT	2	6	4939	4944	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	153941558
78	NC_009700	GAA	2	6	4971	4976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	153941558
79	NC_009700	ATA	2	6	5025	5030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941558
80	NC_009700	TTC	2	6	5080	5085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941558
81	NC_009700	AAT	2	6	5111	5116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941558
82	NC_009700	TTA	2	6	5196	5201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941558
83	NC_009700	TAA	2	6	5621	5626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941548
84	NC_009700	ATT	2	6	5669	5674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
85	NC_009700	CAA	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	153941548
86	NC_009700	ATT	2	6	5753	5758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
87	NC_009700	TTA	2	6	5788	5793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
88	NC_009700	TTC	2	6	5849	5854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941548
89	NC_009700	CTT	2	6	5992	5997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941548
90	NC_009700	TAA	2	6	6049	6054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941548
91	NC_009700	CTT	2	6	6111	6116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941548
92	NC_009700	TTA	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
93	NC_009700	CTA	2	6	6417	6422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941548
94	NC_009700	TTA	2	6	6442	6447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
95	NC_009700	ATC	2	6	6485	6490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941548
96	NC_009700	AGG	2	6	6550	6555	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	153941548
97	NC_009700	ATT	2	6	6587	6592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941548
98	NC_009700	TTC	2	6	6612	6617	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941548
99	NC_009700	TTA	2	6	6620	6625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009700	CAC	2	6	6627	6632	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_009700	TTG	2	6	6702	6707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009700	ACT	3	9	6943	6951	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009700	TAG	3	9	6958	6966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009700	CTT	2	6	6982	6987	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009700	TAA	3	9	7172	7180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009700	GAA	2	6	7235	7240	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	153941551
107	NC_009700	ATA	2	6	7256	7261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941551
108	NC_009700	TAT	2	6	7276	7281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941551
109	NC_009700	GCA	2	6	7292	7297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	153941551
110	NC_009700	ATT	2	6	7404	7409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941551
111	NC_009700	AGA	2	6	7516	7521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	153941551
112	NC_009700	ATA	2	6	7595	7600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941551
113	NC_009700	TAA	2	6	7716	7721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	153941551
114	NC_009700	ATA	3	9	7743	7751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009700	GGT	2	6	7774	7779	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009700	TAG	2	6	7799	7804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009700	ATA	2	6	7814	7819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009700	ATT	2	6	7937	7942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009700	TTA	2	6	8221	8226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009700	CTT	2	6	8242	8247	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009700	TAA	2	6	8276	8281	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009700	TAT	2	6	8383	8388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009700	TTA	2	6	8401	8406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009700	TAT	2	6	8441	8446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009700	TCA	2	6	8462	8467	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941560
126	NC_009700	AGC	2	6	8485	8490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	153941560
127	NC_009700	ATT	2	6	8496	8501	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941560
128	NC_009700	TTC	2	6	8630	8635	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941560
129	NC_009700	TTC	2	6	8648	8653	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941560
130	NC_009700	TTC	2	6	8780	8785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941560
131	NC_009700	TAT	2	6	8792	8797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941560
132	NC_009700	TTC	2	6	8798	8803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941560
133	NC_009700	AGT	2	6	8809	8814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	153941560
134	NC_009700	ATC	2	6	8834	8839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941560
135	NC_009700	TAT	2	6	8866	8871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	153941560
136	NC_009700	TTC	2	6	8873	8878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	153941560
137	NC_009700	CTA	2	6	8890	8895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	153941560
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263	NC_009700	ATT	2	6	17479	17484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.