MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 chromosome

Total Repeats: 3010

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009480	CCGAC	2	10	14	23	20 %	0 %	20 %	60 %	148271179
2	NC_009480	ACCAC	2	10	1307	1316	40 %	0 %	0 %	60 %	148271179
3	NC_009480	GGGCA	2	10	4141	4150	20 %	0 %	60 %	20 %	148271182
4	NC_009480	GATCG	2	10	4611	4620	20 %	20 %	40 %	20 %	148271182
5	NC_009480	GCGAC	2	10	5010	5019	20 %	0 %	40 %	40 %	148271182
6	NC_009480	CAGGC	2	10	5074	5083	20 %	0 %	40 %	40 %	148271182
7	NC_009480	GCACC	2	10	6698	6707	20 %	0 %	20 %	60 %	148271184
8	NC_009480	ATCGC	2	10	11350	11359	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_009480	CTTCC	2	10	11504	11513	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_009480	GCGGT	2	10	11608	11617	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009480	CCGGG	2	10	14431	14440	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_009480	ACCCG	2	10	14750	14759	20 %	0 %	20 %	60 %	148271191
13	NC_009480	CCGGT	2	10	15339	15348	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_009480	CCGTC	2	10	15887	15896	0 %	20 %	20 %	60 %	148271192
15	NC_009480	CGGCG	2	10	18671	18680	0 %	0 %	60 %	40 %	148271194
16	NC_009480	GCGCG	2	10	19210	19219	0 %	0 %	60 %	40 %	148271194
17	NC_009480	GCGAT	2	10	19950	19959	20 %	20 %	40 %	20 %	148271194
18	NC_009480	CGACG	2	10	20233	20242	20 %	0 %	40 %	40 %	148271195
19	NC_009480	GCGGG	2	10	23351	23360	0 %	0 %	80 %	20 %	148271197
20	NC_009480	GAGCA	2	10	23537	23546	40 %	0 %	40 %	20 %	148271197
21	NC_009480	CCCGC	2	10	24021	24030	0 %	0 %	20 %	80 %	148271197
22	NC_009480	GTCGA	2	10	24213	24222	20 %	20 %	40 %	20 %	148271198
23	NC_009480	GGACG	2	10	24422	24431	20 %	0 %	60 %	20 %	148271198
24	NC_009480	AGCGC	2	10	24607	24616	20 %	0 %	40 %	40 %	148271198
25	NC_009480	CACCG	2	10	25974	25983	20 %	0 %	20 %	60 %	148271200
26	NC_009480	GCTCG	2	10	26202	26211	0 %	20 %	40 %	40 %	148271200
27	NC_009480	TCGGC	2	10	26715	26724	0 %	20 %	40 %	40 %	148271200
28	NC_009480	GCCGG	2	10	28028	28037	0 %	0 %	60 %	40 %	148271200
29	NC_009480	CCGGC	2	10	28574	28583	0 %	0 %	40 %	60 %	148271201
30	NC_009480	CGGGC	2	10	29804	29813	0 %	0 %	60 %	40 %	148271202
31	NC_009480	GCGTC	2	10	30814	30823	0 %	20 %	40 %	40 %	148271204
32	NC_009480	GCACG	2	10	31079	31088	20 %	0 %	40 %	40 %	148271204
33	NC_009480	CGGCG	2	10	31268	31277	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_009480	ACCGC	2	10	31374	31383	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_009480	GCGTC	2	10	31944	31953	0 %	20 %	40 %	40 %	148271205
36	NC_009480	GCGCG	2	10	34570	34579	0 %	0 %	60 %	40 %	148271207
37	NC_009480	GTGCC	2	10	35542	35551	0 %	20 %	40 %	40 %	148271208
38	NC_009480	GGCGC	2	10	35558	35567	0 %	0 %	60 %	40 %	148271208
39	NC_009480	GGCGG	2	10	35700	35709	0 %	0 %	80 %	20 %	148271208
40	NC_009480	GCCGT	2	10	36617	36626	0 %	20 %	40 %	40 %	148271210
41	NC_009480	GCGAC	2	10	37116	37125	20 %	0 %	40 %	40 %	148271210
42	NC_009480	CAGGT	2	10	37914	37923	20 %	20 %	40 %	20 %	148271211
43	NC_009480	AGCCA	2	10	38244	38253	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_009480	CGGCG	2	10	41438	41447	0 %	0 %	60 %	40 %	148271213
45	NC_009480	CCCGA	2	10	41667	41676	20 %	0 %	20 %	60 %	148271213
46	NC_009480	GGCGG	2	10	42499	42508	0 %	0 %	80 %	20 %	148271214
47	NC_009480	CCGGT	2	10	46382	46391	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_009480	CGCTC	2	10	46476	46485	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_009480	CCACG	2	10	48038	48047	20 %	0 %	20 %	60 %	148271216
50	NC_009480	ACCGC	2	10	49005	49014	20 %	0 %	20 %	60 %	148271217
51	NC_009480	CTCCG	2	10	49464	49473	0 %	20 %	20 %	60 %	148271217
52	NC_009480	AACGG	2	10	51453	51462	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009480	CGAAC	2	10	54826	54835	40 %	0 %	20 %	40 %	148271222
54	NC_009480	CGATG	2	10	55370	55379	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009480	CCGCA	2	10	55794	55803	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_009480	CGTTC	2	10	56093	56102	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_009480	GCAAT	2	10	56248	56257	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009480	CTCAT	2	10	59061	59070	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_009480	AGCGA	2	10	62429	62438	40 %	0 %	40 %	20 %	148271224
60	NC_009480	GACTG	2	10	64453	64462	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009480	TTGCT	2	10	66321	66330	0 %	60 %	20 %	20 %	148271227
62	NC_009480	TGCCC	2	10	67798	67807	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_009480	GTTCC	2	10	70065	70074	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_009480	TGCTC	2	10	70853	70862	0 %	40 %	20 %	40 %	148271230
65	NC_009480	GTGTT	2	10	72035	72044	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009480	GGGGA	2	10	72562	72571	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009480	GAAAG	3	15	73784	73798	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009480	AAGCG	2	10	74122	74131	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009480	AGTGG	2	10	74305	74314	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009480	GGTGA	2	10	76808	76817	20 %	20 %	60 %	0 %	148271232
71	NC_009480	CTCTG	2	10	77573	77582	0 %	40 %	20 %	40 %	148271233
72	NC_009480	TGCGT	2	10	77600	77609	0 %	40 %	40 %	20 %	148271233
73	NC_009480	CGTCA	2	10	78126	78135	20 %	20 %	20 %	40 %	148271233
74	NC_009480	CCACG	2	10	79253	79262	20 %	0 %	20 %	60 %	148271234
75	NC_009480	CGAGC	2	10	79965	79974	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_009480	CCCCT	2	10	81890	81899	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
77	NC_009480	GGGAG	2	10	82729	82738	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009480	ACCGC	2	10	83422	83431	20 %	0 %	20 %	60 %	148271237
79	NC_009480	CGCAG	2	10	85719	85728	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_009480	GCGCG	2	10	86566	86575	0 %	0 %	60 %	40 %	148271239
81	NC_009480	GCGCC	2	10	88706	88715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_009480	GCCCC	2	10	88912	88921	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
83	NC_009480	GGGTG	3	15	89681	89695	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009480	ATTGT	2	10	89836	89845	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009480	TCTCT	2	10	91011	91020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_009480	CACCG	2	10	91360	91369	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_009480	CCGCG	2	10	92836	92845	0 %	0 %	40 %	60 %	148271241
88	NC_009480	ACCAA	2	10	93278	93287	60 %	0 %	0 %	40 %	148271242
89	NC_009480	TGCGC	2	10	95590	95599	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009480	CGAAG	2	10	96743	96752	40 %	0 %	40 %	20 %	148271245
91	NC_009480	TGAGG	2	10	98030	98039	20 %	20 %	60 %	0 %	148271247
92	NC_009480	AGGCA	2	10	98951	98960	40 %	0 %	40 %	20 %	148271247
93	NC_009480	GCCGG	2	10	100485	100494	0 %	0 %	60 %	40 %	148271248
94	NC_009480	CGACC	2	10	100597	100606	20 %	0 %	20 %	60 %	148271248
95	NC_009480	CCCGT	2	10	102074	102083	0 %	20 %	20 %	60 %	148271248
96	NC_009480	CGCGC	2	10	102897	102906	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_009480	CAGGC	2	10	102989	102998	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_009480	GCCTG	2	10	104958	104967	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009480	GCGCC	2	10	105201	105210	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
100	NC_009480	TGCCA	3	15	106935	106949	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009480	AGGCG	2	10	107804	107813	20 %	0 %	60 %	20 %	148271251
102	NC_009480	CCCGC	2	10	109835	109844	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
103	NC_009480	CAGCC	2	10	112300	112309	20 %	0 %	20 %	60 %	148271252
104	NC_009480	TGACC	2	10	112566	112575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009480	GCGTC	2	10	113121	113130	0 %	20 %	40 %	40 %	148271253
106	NC_009480	CGAAG	2	10	114792	114801	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009480	TCCGT	2	10	116449	116458	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009480	GCGCG	2	10	117308	117317	0 %	0 %	60 %	40 %	148271256
109	NC_009480	GGAGA	2	10	119703	119712	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009480	CGAGT	2	10	121804	121813	20 %	20 %	40 %	20 %	148271260
111	NC_009480	GCCGT	2	10	122030	122039	0 %	20 %	40 %	40 %	148271260
112	NC_009480	GGGAT	2	10	125672	125681	20 %	20 %	60 %	0 %	148271262
113	NC_009480	GTCGC	2	10	126007	126016	0 %	20 %	40 %	40 %	148271263
114	NC_009480	GTCGT	2	10	127602	127611	0 %	40 %	40 %	20 %	148271264
115	NC_009480	GAGAG	2	10	127975	127984	40 %	0 %	60 %	0 %	148271264
116	NC_009480	GGCGA	2	10	128368	128377	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_009480	TGGCT	2	10	132824	132833	0 %	40 %	40 %	20 %	148271268
118	NC_009480	TTCGC	2	10	134027	134036	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_009480	TGCTC	2	10	134147	134156	0 %	40 %	20 %	40 %	148271269
120	NC_009480	CGAGT	2	10	136616	136625	20 %	20 %	40 %	20 %	148271271
121	NC_009480	GCAGG	2	10	138913	138922	20 %	0 %	60 %	20 %	148271272
122	NC_009480	CACGA	2	10	139063	139072	40 %	0 %	20 %	40 %	148271272
123	NC_009480	CGGCT	2	10	139976	139985	0 %	20 %	40 %	40 %	148271274
124	NC_009480	GGCTG	2	10	141764	141773	0 %	20 %	60 %	20 %	148271275
125	NC_009480	CGACG	2	10	141867	141876	20 %	0 %	40 %	40 %	148271275
126	NC_009480	ACCCC	2	10	143475	143484	20 %	0 %	0 %	80 %	148271275
127	NC_009480	TCGGC	2	10	144047	144056	0 %	20 %	40 %	40 %	148271276
128	NC_009480	GCCTC	2	10	144761	144770	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_009480	GGAGC	2	10	144849	144858	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009480	GCGAC	2	10	145230	145239	20 %	0 %	40 %	40 %	148271277
131	NC_009480	CGCAC	2	10	147267	147276	20 %	0 %	20 %	60 %	148271277
132	NC_009480	CTCTC	2	10	147566	147575	0 %	40 %	0 %	60 %	148271278
133	NC_009480	GAGCT	2	10	150166	150175	20 %	20 %	40 %	20 %	148271279
134	NC_009480	CGAAC	2	10	150374	150383	40 %	0 %	20 %	40 %	148271279
135	NC_009480	GATGG	2	10	150734	150743	20 %	20 %	60 %	0 %	148271279
136	NC_009480	CGGAA	2	10	151079	151088	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009480	GCGAC	2	10	151496	151505	20 %	0 %	40 %	40 %	148271280
138	NC_009480	CGCGT	2	10	153229	153238	0 %	20 %	40 %	40 %	148271281
139	NC_009480	CTCCA	2	10	154042	154051	20 %	20 %	0 %	60 %	148271281
140	NC_009480	CGGTG	2	10	154476	154485	0 %	20 %	60 %	20 %	148271281
141	NC_009480	TCCTG	2	10	154501	154510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_009480	TTCTC	2	10	154580	154589	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_009480	GCCCG	2	10	181505	181514	0 %	0 %	40 %	60 %	148271301
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402	NC_009480	GGACG	2	10	421402	421411	20 %	0 %	60 %	20 %	148271526
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404	NC_009480	CGCGG	2	10	422122	422131	0 %	0 %	60 %	40 %	148271526
405	NC_009480	CGGGA	2	10	423540	423549	20 %	0 %	60 %	20 %	148271526
406	NC_009480	AGCGC	2	10	423711	423720	20 %	0 %	40 %	40 %	148271526
407	NC_009480	CGCGG	2	10	424450	424459	0 %	0 %	60 %	40 %	148271527
408	NC_009480	GTCGC	2	10	426328	426337	0 %	20 %	40 %	40 %	148271528
409	NC_009480	CCGCA	2	10	427088	427097	20 %	0 %	20 %	60 %	148271529
410	NC_009480	CGGCC	2	10	427443	427452	0 %	0 %	40 %	60 %	148271529
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412	NC_009480	GCCGG	2	10	431588	431597	0 %	0 %	60 %	40 %	148271533
413	NC_009480	CGCAC	2	10	431698	431707	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
414	NC_009480	CCCGT	2	10	431982	431991	0 %	20 %	20 %	60 %	148271534
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416	NC_009480	CCCGT	2	10	433099	433108	0 %	20 %	20 %	60 %	148271534
417	NC_009480	GGCAC	2	10	434350	434359	20 %	0 %	40 %	40 %	148271534
418	NC_009480	TCCGC	2	10	435507	435516	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
419	NC_009480	GCGCC	2	10	437224	437233	0 %	0 %	40 %	60 %	148271537
420	NC_009480	ACACG	3	15	440610	440624	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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422	NC_009480	GGGCG	2	10	443475	443484	0 %	0 %	80 %	20 %	148271542
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426	NC_009480	CGCGC	2	10	448113	448122	0 %	0 %	40 %	60 %	148271547
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428	NC_009480	GTCGT	2	10	449447	449456	0 %	40 %	40 %	20 %	148271548
429	NC_009480	GTCGA	2	10	449591	449600	20 %	20 %	40 %	20 %	148271548
430	NC_009480	TGTGG	2	10	450741	450750	0 %	40 %	60 %	0 %	148271549
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433	NC_009480	TGGGG	2	10	451938	451947	0 %	20 %	80 %	0 %	148271551
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436	NC_009480	CGCAG	2	10	453359	453368	20 %	0 %	40 %	40 %	148271552
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439	NC_009480	GGCGG	2	10	454991	455000	0 %	0 %	80 %	20 %	148271554
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443	NC_009480	CGCGG	2	10	459585	459594	0 %	0 %	60 %	40 %	148271560
444	NC_009480	CGCCC	2	10	459764	459773	0 %	0 %	20 %	80 %	148271560
445	NC_009480	CGGCG	2	10	461170	461179	0 %	0 %	60 %	40 %	148271561
446	NC_009480	CGCCC	2	10	461444	461453	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
447	NC_009480	GCTCC	2	10	461622	461631	0 %	20 %	20 %	60 %	148271562
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449	NC_009480	CCGAC	2	10	464195	464204	20 %	0 %	20 %	60 %	148271562
450	NC_009480	CCCCG	2	10	465149	465158	0 %	0 %	20 %	80 %	148271564
451	NC_009480	GCGGA	2	10	465369	465378	20 %	0 %	60 %	20 %	148271564
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453	NC_009480	GCGCC	2	10	467774	467783	0 %	0 %	40 %	60 %	148271566
454	NC_009480	GCCCG	2	10	468520	468529	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
455	NC_009480	GCCGC	2	10	468639	468648	0 %	0 %	40 %	60 %	148271567
456	NC_009480	CGTCC	2	10	469106	469115	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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483	NC_009480	GGACG	2	10	499169	499178	20 %	0 %	60 %	20 %	148271602
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496	NC_009480	GTGCC	2	10	510987	510996	0 %	20 %	40 %	40 %	148271609
497	NC_009480	CGCGG	2	10	512450	512459	0 %	0 %	60 %	40 %	148271610
498	NC_009480	CGTCC	2	10	512534	512543	0 %	20 %	20 %	60 %	148271610
499	NC_009480	GGTCG	2	10	513371	513380	0 %	20 %	60 %	20 %	148271610
500	NC_009480	ATGAC	2	10	514186	514195	40 %	20 %	20 %	20 %	148271610

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