MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM2

Total Repeats: 1706

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_009479	TCCC	2	8	61272	61279	0 %	25 %	0 %	75 %	148271163
1502	NC_009479	TCG	3	9	61298	61306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271163
1503	NC_009479	TGA	2	6	61347	61352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148271163
1504	NC_009479	TCG	2	6	61465	61470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1505	NC_009479	CG	3	6	61477	61482	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
1506	NC_009479	CTCTG	2	10	61483	61492	0 %	40 %	20 %	40 %	148271164
1507	NC_009479	TGCGT	2	10	61510	61519	0 %	40 %	40 %	20 %	148271164
1508	NC_009479	CG	3	6	61521	61526	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
1509	NC_009479	GAG	2	6	61547	61552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148271164
1510	NC_009479	CGAC	2	8	61594	61601	25 %	0 %	25 %	50 %	148271164
1511	NC_009479	TCCG	2	8	61627	61634	0 %	25 %	25 %	50 %	148271164
1512	NC_009479	CGC	2	6	61637	61642	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271164
1513	NC_009479	GA	3	6	61654	61659	50 %	0 %	50 %	0 %	148271164
1514	NC_009479	CGT	2	6	61751	61756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1515	NC_009479	GGC	2	6	61799	61804	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271164
1516	NC_009479	GAG	2	6	61823	61828	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148271164
1517	NC_009479	GGA	2	6	61834	61839	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148271164
1518	NC_009479	CAT	2	6	61849	61854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148271164
1519	NC_009479	GGCC	2	8	61860	61867	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
1520	NC_009479	CGGC	2	8	61879	61886	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
1521	NC_009479	GGTCGA	2	12	61906	61917	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148271164
1522	NC_009479	GGTCCT	2	12	61966	61977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1523	NC_009479	GTC	2	6	62013	62018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1524	NC_009479	CGA	2	6	62029	62034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1525	NC_009479	CGTCA	2	10	62036	62045	20 %	20 %	20 %	40 %	148271164
1526	NC_009479	GGC	2	6	62095	62100	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271164
1527	NC_009479	TGA	2	6	62110	62115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148271164
1528	NC_009479	GCC	2	6	62160	62165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271164
1529	NC_009479	CCG	2	6	62172	62177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271164
1530	NC_009479	TGC	2	6	62246	62251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271164
1531	NC_009479	GC	3	6	62275	62280	0 %	0 %	50 %	50 %	148271164
1532	NC_009479	CGGCCT	2	12	62368	62379	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148271164
1533	NC_009479	GTC	2	6	62565	62570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1534	NC_009479	GC	3	6	62574	62579	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1535	NC_009479	TCC	2	6	62630	62635	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1536	NC_009479	CCG	2	6	62641	62646	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1537	NC_009479	CGG	2	6	62671	62676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1538	NC_009479	GAC	2	6	62686	62691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1539	NC_009479	CAT	2	6	62726	62731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1540	NC_009479	GC	4	8	62751	62758	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1541	NC_009479	GCTCGA	2	12	62845	62856	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1542	NC_009479	GCG	2	6	62863	62868	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1543	NC_009479	GCG	2	6	62904	62909	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1544	NC_009479	CCGC	2	8	62925	62932	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1545	NC_009479	CGA	2	6	62933	62938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1546	NC_009479	TAC	2	6	63030	63035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1547	NC_009479	CGT	2	6	63053	63058	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1548	NC_009479	TCC	2	6	63148	63153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1549	NC_009479	TGC	2	6	63154	63159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1550	NC_009479	GCT	2	6	63164	63169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1551	NC_009479	CGG	2	6	63269	63274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271165
1552	NC_009479	CGT	2	6	63291	63296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271165
1553	NC_009479	CCG	2	6	63299	63304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271165
1554	NC_009479	CGC	2	6	63330	63335	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271165
1555	NC_009479	TGC	2	6	63358	63363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271165
1556	NC_009479	CCACG	2	10	63369	63378	20 %	0 %	20 %	60 %	148271165
1557	NC_009479	CGG	2	6	63400	63405	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271165
1558	NC_009479	GC	3	6	63563	63568	0 %	0 %	50 %	50 %	148271165
1559	NC_009479	CTC	2	6	63632	63637	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	148271165
1560	NC_009479	AGT	2	6	63720	63725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	148271165
1561	NC_009479	GCG	2	6	63751	63756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271165
1562	NC_009479	ACG	2	6	63871	63876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1563	NC_009479	GAA	2	6	63883	63888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1564	NC_009479	GAC	2	6	63908	63913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1565	NC_009479	CGT	2	6	63954	63959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1566	NC_009479	GC	3	6	63960	63965	0 %	0 %	50 %	50 %	148271166
1567	NC_009479	AGC	2	6	63973	63978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1568	NC_009479	TCG	2	6	63991	63996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1569	NC_009479	GCG	2	6	64021	64026	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271166
1570	NC_009479	CCG	2	6	64075	64080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271166
1571	NC_009479	TGG	2	6	64084	64089	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	148271166
1572	NC_009479	GCC	2	6	64100	64105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148271166
1573	NC_009479	CTT	2	6	64257	64262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148271166
1574	NC_009479	GAC	2	6	64284	64289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1575	NC_009479	CGA	2	6	64310	64315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1576	NC_009479	GCA	3	9	64382	64390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1577	NC_009479	GCT	2	6	64400	64405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1578	NC_009479	TCG	2	6	64429	64434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1579	NC_009479	TCG	2	6	64492	64497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271166
1580	NC_009479	G	6	6	64518	64523	0 %	0 %	100 %	0 %	148271166
1581	NC_009479	CG	3	6	64545	64550	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1582	NC_009479	CG	3	6	64563	64568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1583	NC_009479	ACA	2	6	64663	64668	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1584	NC_009479	GTA	2	6	64718	64723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1585	NC_009479	GAA	2	6	64856	64861	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1586	NC_009479	GGACG	2	10	64994	65003	20 %	0 %	60 %	20 %	148271167
1587	NC_009479	ACG	2	6	65052	65057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271168
1588	NC_009479	GGCCAA	2	12	65155	65166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271168
1589	NC_009479	TCA	2	6	65181	65186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148271168
1590	NC_009479	CGGC	2	8	65269	65276	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1591	NC_009479	GCC	2	6	65304	65309	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1592	NC_009479	GTCG	2	8	65421	65428	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1593	NC_009479	TGACC	2	10	65432	65441	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1594	NC_009479	CTC	2	6	65513	65518	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1595	NC_009479	GCC	2	6	65598	65603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1596	NC_009479	TGC	2	6	65688	65693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1597	NC_009479	CGG	2	6	65718	65723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1598	NC_009479	GTT	2	6	65738	65743	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1599	NC_009479	GTC	2	6	65750	65755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1600	NC_009479	CCG	2	6	65799	65804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1601	NC_009479	CGG	2	6	65857	65862	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1602	NC_009479	AGC	2	6	65895	65900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_009479	GGT	2	6	65916	65921	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_009479	CT	3	6	65983	65988	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1605	NC_009479	CTG	2	6	66032	66037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271169
1606	NC_009479	TCG	2	6	66072	66077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271169
1607	NC_009479	CGAG	2	8	66175	66182	25 %	0 %	50 %	25 %	148271169
1608	NC_009479	GGA	2	6	66297	66302	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	148271169
1609	NC_009479	GTC	2	6	66323	66328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1610	NC_009479	CGGC	2	8	66354	66361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1611	NC_009479	ACT	2	6	66363	66368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148271170
1612	NC_009479	GGC	2	6	66381	66386	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271170
1613	NC_009479	GGC	2	6	66403	66408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271170
1614	NC_009479	GCGG	2	8	66460	66467	0 %	0 %	75 %	25 %	148271170
1615	NC_009479	GC	3	6	66518	66523	0 %	0 %	50 %	50 %	148271170
1616	NC_009479	TCG	2	6	66533	66538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271170
1617	NC_009479	TCC	2	6	66558	66563	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1618	NC_009479	CGT	2	6	66579	66584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1619	NC_009479	TGG	2	6	66589	66594	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1620	NC_009479	TCA	2	6	66595	66600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	148271171
1621	NC_009479	GC	3	6	66601	66606	0 %	0 %	50 %	50 %	148271171
1622	NC_009479	GAA	2	6	66673	66678	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148271171
1623	NC_009479	AGC	2	6	66701	66706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148271171
1624	NC_009479	CGG	3	9	66732	66740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271171
1625	NC_009479	CGG	2	6	66768	66773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271171
1626	NC_009479	GCG	2	6	66803	66808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	148271171
1627	NC_009479	GTC	2	6	66919	66924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148271171
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1629	NC_009479	AGG	3	9	67026	67034	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.