MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 plasmid pCM1

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009478	CAGC	2	8	885	892	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009478	CCGT	2	8	905	912	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009478	GCCG	2	8	1019	1026	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009478	CCGA	2	8	1182	1189	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009478	GGGT	2	8	1301	1308	0 %	25 %	75 %	0 %	148245184
6	NC_009478	GTCC	2	8	1372	1379	0 %	25 %	25 %	50 %	148245184
7	NC_009478	TCGC	2	8	1555	1562	0 %	25 %	25 %	50 %	148245185
8	NC_009478	GTTA	2	8	1892	1899	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009478	GTAG	2	8	1953	1960	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009478	GGAA	2	8	2719	2726	50 %	0 %	50 %	0 %	148245186
11	NC_009478	TCGT	2	8	3154	3161	0 %	50 %	25 %	25 %	148245188
12	NC_009478	TCGC	2	8	3286	3293	0 %	25 %	25 %	50 %	148245188
13	NC_009478	CGGG	2	8	3386	3393	0 %	0 %	75 %	25 %	148245188
14	NC_009478	GGTG	2	8	3623	3630	0 %	25 %	75 %	0 %	148245188
15	NC_009478	TGCG	2	8	4298	4305	0 %	25 %	50 %	25 %	148245188
16	NC_009478	GCTG	2	8	4569	4576	0 %	25 %	50 %	25 %	148245188
17	NC_009478	TCCC	2	8	4621	4628	0 %	25 %	0 %	75 %	148245188
18	NC_009478	TCGC	2	8	4723	4730	0 %	25 %	25 %	50 %	148245188
19	NC_009478	CGAG	2	8	4766	4773	25 %	0 %	50 %	25 %	148245188
20	NC_009478	GCCG	2	8	5142	5149	0 %	0 %	50 %	50 %	148245188
21	NC_009478	TCGA	2	8	5847	5854	25 %	25 %	25 %	25 %	148245189
22	NC_009478	TGTA	2	8	6094	6101	25 %	50 %	25 %	0 %	148245189
23	NC_009478	GGAC	2	8	6175	6182	25 %	0 %	50 %	25 %	148245190
24	NC_009478	TCGC	2	8	8086	8093	0 %	25 %	25 %	50 %	148245192
25	NC_009478	CCGG	2	8	8175	8182	0 %	0 %	50 %	50 %	148245192
26	NC_009478	CACC	2	8	8244	8251	25 %	0 %	0 %	75 %	148245192
27	NC_009478	GAGC	2	8	8566	8573	25 %	0 %	50 %	25 %	148245193
28	NC_009478	CCAA	2	8	8807	8814	50 %	0 %	0 %	50 %	148245194
29	NC_009478	CGCC	2	8	8817	8824	0 %	0 %	25 %	75 %	148245194
30	NC_009478	AACG	2	8	9196	9203	50 %	0 %	25 %	25 %	148245194
31	NC_009478	GCAG	2	8	9537	9544	25 %	0 %	50 %	25 %	148245195
32	NC_009478	GGCA	2	8	9971	9978	25 %	0 %	50 %	25 %	148245195
33	NC_009478	CGTT	2	8	10370	10377	0 %	50 %	25 %	25 %	148245195
34	NC_009478	AGCA	2	8	10813	10820	50 %	0 %	25 %	25 %	148245195
35	NC_009478	GCGA	2	8	11390	11397	25 %	0 %	50 %	25 %	148245196
36	NC_009478	GCGG	2	8	11690	11697	0 %	0 %	75 %	25 %	148245196
37	NC_009478	CGCC	2	8	11777	11784	0 %	0 %	25 %	75 %	148245196
38	NC_009478	CCGG	2	8	11956	11963	0 %	0 %	50 %	50 %	148245196
39	NC_009478	TCGC	2	8	12312	12319	0 %	25 %	25 %	50 %	148245196
40	NC_009478	GCCG	2	8	12495	12502	0 %	0 %	50 %	50 %	148245196
41	NC_009478	GAAG	2	8	12509	12516	50 %	0 %	50 %	0 %	148245196
42	NC_009478	CGGA	2	8	12747	12754	25 %	0 %	50 %	25 %	148245197
43	NC_009478	CGCC	2	8	12792	12799	0 %	0 %	25 %	75 %	148245197
44	NC_009478	ACCG	2	8	12862	12869	25 %	0 %	25 %	50 %	148245197
45	NC_009478	GGCC	2	8	13471	13478	0 %	0 %	50 %	50 %	148245197
46	NC_009478	CGTC	2	8	13728	13735	0 %	25 %	25 %	50 %	148245197
47	NC_009478	ACTG	2	8	14091	14098	25 %	25 %	25 %	25 %	148245197
48	NC_009478	CGGC	2	8	14411	14418	0 %	0 %	50 %	50 %	148245198
49	NC_009478	GCGG	2	8	15293	15300	0 %	0 %	75 %	25 %	148245199
50	NC_009478	GCCG	2	8	15943	15950	0 %	0 %	50 %	50 %	148245200
51	NC_009478	GCGG	2	8	16028	16035	0 %	0 %	75 %	25 %	148245200
52	NC_009478	GCCG	2	8	16284	16291	0 %	0 %	50 %	50 %	148245201
53	NC_009478	GGCC	2	8	16335	16342	0 %	0 %	50 %	50 %	148245201
54	NC_009478	GCCG	2	8	16398	16405	0 %	0 %	50 %	50 %	148245201
55	NC_009478	ACGC	2	8	16408	16415	25 %	0 %	25 %	50 %	148245201
56	NC_009478	CGAC	2	8	16718	16725	25 %	0 %	25 %	50 %	148245201
57	NC_009478	TAGG	2	8	17423	17430	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009478	TGCG	2	8	17470	17477	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_009478	TGCG	2	8	17648	17655	0 %	25 %	50 %	25 %	148245203
60	NC_009478	CCGG	2	8	18184	18191	0 %	0 %	50 %	50 %	148245203
61	NC_009478	GTCG	2	8	18520	18527	0 %	25 %	50 %	25 %	148245203
62	NC_009478	CAGC	2	8	18920	18927	25 %	0 %	25 %	50 %	148245203
63	NC_009478	CCGC	2	8	19271	19278	0 %	0 %	25 %	75 %	148245203
64	NC_009478	CCGG	2	8	19595	19602	0 %	0 %	50 %	50 %	148245203
65	NC_009478	GACC	2	8	19795	19802	25 %	0 %	25 %	50 %	148245203
66	NC_009478	CTCG	2	8	21606	21613	0 %	25 %	25 %	50 %	148245206
67	NC_009478	GTTC	2	8	22134	22141	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_009478	TCGG	2	8	22271	22278	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_009478	CGTT	2	8	22426	22433	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_009478	GCGT	2	8	22463	22470	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_009478	GAGC	2	8	23027	23034	25 %	0 %	50 %	25 %	148245207
72	NC_009478	GCTC	2	8	23069	23076	0 %	25 %	25 %	50 %	148245207
73	NC_009478	GTCG	2	8	23624	23631	0 %	25 %	50 %	25 %	148245208
74	NC_009478	CCGG	2	8	23719	23726	0 %	0 %	50 %	50 %	148245208
75	NC_009478	GCCG	2	8	24141	24148	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009478	GCCG	2	8	24299	24306	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_009478	CCGG	2	8	25008	25015	0 %	0 %	50 %	50 %	148245210
78	NC_009478	CGAG	2	8	25311	25318	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009478	GCCG	2	8	25432	25439	0 %	0 %	50 %	50 %	148245211
80	NC_009478	CGGC	2	8	25970	25977	0 %	0 %	50 %	50 %	148245211
81	NC_009478	CGAG	2	8	26313	26320	25 %	0 %	50 %	25 %	148245211
82	NC_009478	GCCG	2	8	26500	26507	0 %	0 %	50 %	50 %	148245211
83	NC_009478	TCGG	2	8	26561	26568	0 %	25 %	50 %	25 %	148245211
84	NC_009478	CGGC	2	8	26748	26755	0 %	0 %	50 %	50 %	148245211
85	NC_009478	GCCG	2	8	26756	26763	0 %	0 %	50 %	50 %	148245211
86	NC_009478	ACGC	2	8	26880	26887	25 %	0 %	25 %	50 %	148245211
87	NC_009478	GCTT	2	8	26951	26958	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_009478	TCTG	2	8	27022	27029	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_009478	GCAA	2	8	27069	27076	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_009478	AAAG	2	8	27110	27117	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009478	GCTC	3	12	27272	27283	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009478	CAGC	2	8	27350	27357	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.