MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101B

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008264	AAT	2	6	51	56	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008264	CAA	2	6	65	70	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008264	TTA	2	6	85	90	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008264	AGA	2	6	111	116	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008264	CTT	2	6	170	175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008264	AAT	2	6	232	237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008264	CTT	2	6	302	307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008264	TAA	2	6	482	487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008264	ATA	2	6	542	547	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008264	CTG	2	6	622	627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
11	NC_008264	GCT	2	6	642	647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
12	NC_008264	TGC	2	6	668	673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
13	NC_008264	AAT	2	6	733	738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804016
14	NC_008264	TTA	2	6	739	744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
15	NC_008264	CTT	2	6	766	771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
16	NC_008264	TCA	2	6	810	815	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
17	NC_008264	TTA	2	6	816	821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
18	NC_008264	CTT	2	6	946	951	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
19	NC_008264	ATT	3	9	1043	1051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
20	NC_008264	GCA	2	6	1089	1094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804016
21	NC_008264	TAT	2	6	1151	1156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
22	NC_008264	TCT	2	6	1257	1262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
23	NC_008264	CTA	2	6	1360	1365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
24	NC_008264	TTA	2	6	1453	1458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
25	NC_008264	TCC	2	6	1499	1504	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804016
26	NC_008264	TGA	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804016
27	NC_008264	GCT	2	6	1623	1628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
28	NC_008264	TCC	2	6	1664	1669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804016
29	NC_008264	CAT	2	6	1681	1686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
30	NC_008264	CTT	2	6	1833	1838	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
31	NC_008264	CTA	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
32	NC_008264	ATT	2	6	1961	1966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
33	NC_008264	CTG	2	6	2092	2097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
34	NC_008264	GCT	2	6	2169	2174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
35	NC_008264	TAG	2	6	2251	2256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804016
36	NC_008264	CTG	2	6	2257	2262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804016
37	NC_008264	TAT	2	6	2311	2316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
38	NC_008264	ACA	2	6	2319	2324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804016
39	NC_008264	GTG	2	6	2350	2355	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804016
40	NC_008264	CCA	2	6	2391	2396	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804016
41	NC_008264	TTA	2	6	2458	2463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
42	NC_008264	TAC	2	6	2495	2500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
43	NC_008264	TCA	2	6	2628	2633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
44	NC_008264	TGT	2	6	2858	2863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804016
45	NC_008264	AAT	2	6	2911	2916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804016
46	NC_008264	TAT	2	6	2930	2935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804016
47	NC_008264	CTT	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
48	NC_008264	TTG	2	6	2977	2982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804016
49	NC_008264	TTC	2	6	3055	3060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804016
50	NC_008264	TAC	2	6	3110	3115	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
51	NC_008264	CTA	2	6	3145	3150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804016
52	NC_008264	ATA	2	6	3280	3285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008264	TCT	2	6	3468	3473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804013
54	NC_008264	CAT	2	6	3475	3480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804013
55	NC_008264	AAT	2	6	3495	3500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804013
56	NC_008264	CTC	2	6	3509	3514	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804013
57	NC_008264	TAT	2	6	3515	3520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804013
58	NC_008264	TCT	2	6	3534	3539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804013
59	NC_008264	ATA	2	6	3583	3588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804013
60	NC_008264	AAT	2	6	3621	3626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804013
61	NC_008264	TAA	2	6	3693	3698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008264	ATT	2	6	3788	3793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804015
63	NC_008264	TTA	2	6	4082	4087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804015
64	NC_008264	TAT	2	6	4122	4127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804015
65	NC_008264	CAT	2	6	4134	4139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804015
66	NC_008264	ATA	2	6	4245	4250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804015
67	NC_008264	ATA	2	6	4581	4586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
68	NC_008264	GTG	2	6	4602	4607	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804011
69	NC_008264	AGA	2	6	4657	4662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804011
70	NC_008264	TTA	2	6	4683	4688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804011
71	NC_008264	AAT	2	6	4703	4708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
72	NC_008264	TAA	2	6	4780	4785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
73	NC_008264	TAG	2	6	4911	4916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804011
74	NC_008264	ACT	2	6	5162	5167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804011
75	NC_008264	ATA	2	6	5178	5183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
76	NC_008264	TAA	2	6	5242	5247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
77	NC_008264	TCT	2	6	5363	5368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804011
78	NC_008264	AAT	2	6	5531	5536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
79	NC_008264	CAG	2	6	5589	5594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804011
80	NC_008264	TAA	2	6	5612	5617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804011
81	NC_008264	TAA	2	6	5622	5627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008264	ATA	2	6	5630	5635	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008264	ATT	2	6	5706	5711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804014
84	NC_008264	TCT	2	6	5876	5881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804014
85	NC_008264	TAA	3	9	5971	5979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804014
86	NC_008264	TTC	2	6	5998	6003	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804014
87	NC_008264	TTA	2	6	6017	6022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804014
88	NC_008264	ATA	2	6	6025	6030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804014
89	NC_008264	TCC	2	6	6230	6235	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804012
90	NC_008264	CTT	2	6	6268	6273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804012
91	NC_008264	TTA	2	6	6286	6291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804012
92	NC_008264	TAT	2	6	6340	6345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804012
93	NC_008264	CTT	2	6	6447	6452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804012
94	NC_008264	GCT	2	6	6520	6525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804012
95	NC_008264	TTC	2	6	6623	6628	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804012
96	NC_008264	TAT	2	6	6694	6699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008264	TAA	3	9	6820	6828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008264	TAT	2	6	6929	6934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804010
99	NC_008264	ATT	2	6	6953	6958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804010
100	NC_008264	TTA	2	6	6979	6984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804010
101	NC_008264	TTC	2	6	7232	7237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804010
102	NC_008264	ATA	2	6	7314	7319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804010
103	NC_008264	AGA	2	6	7350	7355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008264	TCT	2	6	7418	7423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008264	AGA	2	6	7557	7562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008264	AAG	2	6	7592	7597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804018
107	NC_008264	TAT	2	6	7606	7611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804018
108	NC_008264	TTA	2	6	7638	7643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804018
109	NC_008264	CTT	2	6	7831	7836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804018
110	NC_008264	TAT	2	6	7930	7935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804018
111	NC_008264	TAT	2	6	8041	8046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804018
112	NC_008264	ATC	2	6	8048	8053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804018
113	NC_008264	CTC	2	6	8074	8079	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804018
114	NC_008264	CTC	2	6	8124	8129	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804018
115	NC_008264	CTT	2	6	8422	8427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804018
116	NC_008264	ATA	2	6	8585	8590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008264	TAA	2	6	8603	8608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008264	TCC	2	6	8635	8640	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_008264	ATA	2	6	8751	8756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008264	GCA	2	6	8767	8772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008264	AAT	2	6	8920	8925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008264	ACT	2	6	8975	8980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008264	TTA	2	6	9034	9039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008264	TAA	2	6	9215	9220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008264	AAT	2	6	9302	9307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008264	ATA	2	6	9312	9317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008264	TAT	2	6	9444	9449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804019
128	NC_008264	CTT	2	6	9453	9458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804019
129	NC_008264	TTC	2	6	9568	9573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804019
130	NC_008264	AAT	2	6	9731	9736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804019
131	NC_008264	TCA	2	6	9740	9745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804019
132	NC_008264	ACT	2	6	9770	9775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804019
133	NC_008264	TAT	2	6	9804	9809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804019
134	NC_008264	AAT	2	6	9922	9927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008264	TAA	2	6	9959	9964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008264	ATA	2	6	10147	10152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008264	TAA	2	6	10222	10227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008264	ATA	2	6	10381	10386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008264	ATT	3	9	10636	10644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804017
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157	NC_008264	TTA	2	6	11967	11972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008264	TTC	2	6	11978	11983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_008264	CTA	2	6	12183	12188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.