MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium perfringens SM101 chromosome

Total Repeats: 81352

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008262	ATT	2	6	1	6	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008262	T	6	6	5	10	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008262	TA	3	6	48	53	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008262	CAA	2	6	65	70	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008262	TTG	2	6	87	92	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008262	T	7	7	97	103	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008262	ATA	2	6	104	109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008262	TAA	2	6	138	143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008262	TAA	2	6	165	170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008262	GGA	2	6	224	229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008262	AGA	2	6	231	236	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
12	NC_008262	AAT	2	6	251	256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
13	NC_008262	ATA	2	6	278	283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
14	NC_008262	TTA	2	6	419	424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803386
15	NC_008262	AGA	3	9	490	498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
16	NC_008262	AGAA	2	8	519	526	75 %	0 %	25 %	0 %	110803386
17	NC_008262	GAA	2	6	529	534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
18	NC_008262	ATA	2	6	537	542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
19	NC_008262	ATG	2	6	546	551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
20	NC_008262	TGA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
21	NC_008262	GCA	2	6	653	658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110803386
22	NC_008262	ATT	2	6	700	705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803386
23	NC_008262	TGG	2	6	712	717	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110803386
24	NC_008262	ATGC	2	8	743	750	25 %	25 %	25 %	25 %	110803386
25	NC_008262	TTC	2	6	765	770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110803386
26	NC_008262	AGT	2	6	790	795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
27	NC_008262	ATC	2	6	802	807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803386
28	NC_008262	TTA	2	6	828	833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803386
29	NC_008262	GAT	2	6	845	850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
30	NC_008262	TTA	2	6	893	898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803386
31	NC_008262	GAT	2	6	902	907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
32	NC_008262	ATTCA	2	10	908	917	40 %	40 %	0 %	20 %	110803386
33	NC_008262	AAG	2	6	939	944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
34	NC_008262	TTC	2	6	947	952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110803386
35	NC_008262	ATC	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803386
36	NC_008262	ACC	2	6	1009	1014	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110803386
37	NC_008262	AGA	2	6	1033	1038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
38	NC_008262	ACC	2	6	1084	1089	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110803386
39	NC_008262	A	6	6	1121	1126	100 %	0 %	0 %	0 %	110803386
40	NC_008262	TA	4	8	1167	1174	50 %	50 %	0 %	0 %	110803386
41	NC_008262	CTA	2	6	1176	1181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803386
42	NC_008262	AAT	2	6	1225	1230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
43	NC_008262	CT	3	6	1240	1245	0 %	50 %	0 %	50 %	110803386
44	NC_008262	ATA	2	6	1295	1300	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
45	NC_008262	TAA	2	6	1303	1308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803386
46	NC_008262	ATT	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803386
47	NC_008262	AGA	2	6	1394	1399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
48	NC_008262	GAA	2	6	1481	1486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803386
49	NC_008262	TGG	2	6	1489	1494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110803386
50	NC_008262	TAC	2	6	1504	1509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110803386
51	NC_008262	A	6	6	1527	1532	100 %	0 %	0 %	0 %	110803386
52	NC_008262	TGA	2	6	1552	1557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803386
53	NC_008262	ATA	2	6	1622	1627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008262	TAT	2	6	1634	1639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008262	ATT	2	6	1657	1662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008262	TAT	2	6	1668	1673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008262	T	6	6	1673	1678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008262	TTATT	2	10	1684	1693	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008262	A	6	6	1735	1740	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008262	TACTAT	2	12	1796	1807	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008262	TAT	4	12	1805	1816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008262	TAT	2	6	1820	1825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008262	AT	3	6	1832	1837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008262	TAT	2	6	1839	1844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008262	AGG	2	6	1889	1894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008262	AAAT	2	8	1923	1930	75 %	25 %	0 %	0 %	110803106
67	NC_008262	CTATAG	2	12	1940	1951	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110803106
68	NC_008262	CAA	2	6	1976	1981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110803106
69	NC_008262	TAG	2	6	2102	2107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803106
70	NC_008262	GA	3	6	2126	2131	50 %	0 %	50 %	0 %	110803106
71	NC_008262	TAA	2	6	2132	2137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803106
72	NC_008262	TAAAAT	2	12	2154	2165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110803106
73	NC_008262	AGA	2	6	2178	2183	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803106
74	NC_008262	TTA	2	6	2221	2226	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803106
75	NC_008262	AGA	2	6	2238	2243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803106
76	NC_008262	CTT	2	6	2324	2329	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110803106
77	NC_008262	TTC	2	6	2360	2365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110803106
78	NC_008262	TAT	2	6	2372	2377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803106
79	NC_008262	TAG	2	6	2405	2410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803106
80	NC_008262	ACAAT	2	10	2459	2468	60 %	20 %	0 %	20 %	110803106
81	NC_008262	AGA	2	6	2517	2522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803106
82	NC_008262	ATT	2	6	2565	2570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803106
83	NC_008262	ATG	2	6	2627	2632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803106
84	NC_008262	TTA	2	6	2635	2640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803106
85	NC_008262	AAAC	2	8	2674	2681	75 %	0 %	0 %	25 %	110803106
86	NC_008262	AAGG	2	8	2719	2726	50 %	0 %	50 %	0 %	110803106
87	NC_008262	TGA	2	6	2757	2762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803106
88	NC_008262	AGA	2	6	2805	2810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803106
89	NC_008262	TACT	2	8	2863	2870	25 %	50 %	0 %	25 %	110803106
90	NC_008262	A	6	6	2880	2885	100 %	0 %	0 %	0 %	110803106
91	NC_008262	TAT	2	6	2937	2942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803106
92	NC_008262	TAAAT	2	10	3006	3015	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008262	T	6	6	3063	3068	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008262	ATTTT	2	10	3069	3078	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008262	T	7	7	3075	3081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008262	TG	3	6	3116	3121	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008262	AAG	2	6	3133	3138	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110802524
98	NC_008262	A	7	7	3275	3281	100 %	0 %	0 %	0 %	110802524
99	NC_008262	TGA	2	6	3290	3295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110802524
100	NC_008262	TA	3	6	3394	3399	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
101	NC_008262	AATT	3	12	3410	3421	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
102	NC_008262	TA	3	6	3516	3521	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
103	NC_008262	CA	3	6	3542	3547	50 %	0 %	0 %	50 %	110802319
104	NC_008262	A	7	7	3663	3669	100 %	0 %	0 %	0 %	110802319
105	NC_008262	AATT	2	8	3710	3717	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
106	NC_008262	TC	3	6	3740	3745	0 %	50 %	0 %	50 %	110802319
107	NC_008262	AGA	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110802319
108	NC_008262	AAG	3	9	3783	3791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110802319
109	NC_008262	TAT	2	6	3829	3834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110802319
110	NC_008262	ATA	2	6	3851	3856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802319
111	NC_008262	GAAA	2	8	3868	3875	75 %	0 %	25 %	0 %	110802319
112	NC_008262	AT	3	6	3919	3924	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
113	NC_008262	GA	3	6	3947	3952	50 %	0 %	50 %	0 %	110802319
114	NC_008262	AT	3	6	3975	3980	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
115	NC_008262	AGA	2	6	4035	4040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110802319
116	NC_008262	AT	3	6	4053	4058	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
117	NC_008262	ATA	2	6	4079	4084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802319
118	NC_008262	A	6	6	4122	4127	100 %	0 %	0 %	0 %	110802319
119	NC_008262	GAT	2	6	4168	4173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110802319
120	NC_008262	AT	4	8	4178	4185	50 %	50 %	0 %	0 %	110802319
121	NC_008262	ATA	2	6	4190	4195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802319
122	NC_008262	ATA	2	6	4270	4275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802319
123	NC_008262	TTA	3	9	4303	4311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110802319
124	NC_008262	GAT	2	6	4312	4317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110802319
125	NC_008262	A	6	6	4368	4373	100 %	0 %	0 %	0 %	110802319
126	NC_008262	TAA	2	6	4385	4390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110802319
127	NC_008262	AGA	2	6	4404	4409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110802319
128	NC_008262	AGG	2	6	4477	4482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008262	GA	3	6	4506	4511	50 %	0 %	50 %	0 %	110802474
130	NC_008262	GTA	2	6	4514	4519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110802474
131	NC_008262	TTG	2	6	4617	4622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110802474
132	NC_008262	GATA	2	8	4666	4673	50 %	25 %	25 %	0 %	110802474
133	NC_008262	TCA	2	6	4703	4708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110802474
134	NC_008262	ATTA	2	8	4733	4740	50 %	50 %	0 %	0 %	110802474
135	NC_008262	TTA	2	6	4777	4782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008262	ATTT	2	8	4789	4796	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008262	ATTT	2	8	4828	4835	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008262	AAT	2	6	4877	4882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008262	GTT	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008262	ATT	2	6	4932	4937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008262	TGC	2	6	4964	4969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_008262	TA	3	6	4970	4975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008262	GGA	2	6	4976	4981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_008262	A	6	6	9804	9809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_008262	A	6	6	9830	9835	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_008262	T	6	6	9837	9842	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_008262	GAA	2	6	9843	9848	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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322	NC_008262	ACATA	2	10	11989	11998	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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