MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens ATCC 13124 chromosome

Total Repeats: 1988

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008261	TACTAT	2	12	1971	1982	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008261	CTATAG	2	12	2116	2127	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110798947
3	NC_008261	TAAAAT	2	12	2330	2341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798947
4	NC_008261	AAACTA	2	12	6178	6189	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	110799437
5	NC_008261	GCTTAT	2	12	9374	9385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110800886
6	NC_008261	ACTTTA	2	12	16033	16044	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008261	TTTTAG	2	12	16213	16224	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008261	GGAGCT	2	12	16577	16588	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	110798661
9	NC_008261	TATAAA	2	12	16819	16830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798661
10	NC_008261	AAAATA	2	12	18363	18374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110798661
11	NC_008261	TAATTT	2	12	19128	19139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008261	ATAATC	2	12	20156	20167	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110800557
13	NC_008261	TAAATA	2	12	21230	21241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008261	ACTGGT	2	12	21886	21897	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	110798993
15	NC_008261	TTTTAT	2	12	23207	23218	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008261	AAAATG	2	12	24093	24104	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008261	GATAAG	2	12	25092	25103	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110800432
18	NC_008261	TTAATT	2	12	26213	26224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798865
19	NC_008261	AAAATA	2	12	29430	29441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110798865
20	NC_008261	ACAGGA	2	12	31485	31496	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	110799297
21	NC_008261	GTAAGT	2	12	31723	31734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799297
22	NC_008261	AGCTTC	2	12	32345	32356	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110799297
23	NC_008261	TAAATA	2	12	32663	32674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110799297
24	NC_008261	ACTGTT	2	12	34494	34505	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110800095
25	NC_008261	ATTTAG	2	12	34951	34962	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110799108
26	NC_008261	AATTAG	2	12	37285	37296	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800422
27	NC_008261	ACATGA	2	12	38146	38157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110800422
28	NC_008261	CTTAGC	2	12	38766	38777	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	110801244
29	NC_008261	TAAAAG	2	12	40514	40525	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110798802
30	NC_008261	TAAATT	2	12	41011	41022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008261	TTGAAG	2	12	43527	43538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800603
32	NC_008261	TTTAAT	2	12	45636	45647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799624
33	NC_008261	ATAGAA	2	12	45893	45904	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799578
34	NC_008261	TTTTCT	2	12	46962	46973	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110799806
35	NC_008261	AGAAAA	2	12	49425	49436	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110800852
36	NC_008261	ATTTTT	2	12	52411	52422	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110801031
37	NC_008261	CTTAAA	2	12	52473	52484	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110801031
38	NC_008261	AAAGAA	2	12	53275	53286	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110798717
39	NC_008261	AATTTG	2	12	56828	56839	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110800785
40	NC_008261	TACAGA	2	12	60165	60176	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110801227
41	NC_008261	ATAAGA	2	12	60340	60351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110801227
42	NC_008261	TTTAAT	2	12	62179	62190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110800126
43	NC_008261	TTCTTT	2	12	62311	62322	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110800126
44	NC_008261	ATTTGT	2	12	62488	62499	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800126
45	NC_008261	TTTTAA	2	12	68957	68968	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008261	TGTTTT	2	12	69048	69059	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008261	TACTTA	2	12	70298	70309	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110800426
48	NC_008261	TAAAAA	2	12	70477	70488	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008261	TTAAAT	2	12	70497	70508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008261	ATTTAG	2	12	70635	70646	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008261	ATAAAT	2	12	70721	70732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110801197
52	NC_008261	TAGAAA	2	12	78108	78119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800004
53	NC_008261	TCCTTC	2	12	78814	78825	0 %	50 %	0 %	50 %	110798827
54	NC_008261	AAGATT	2	12	81030	81041	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110799623
55	NC_008261	ATTTAA	2	12	81690	81701	50 %	50 %	0 %	0 %	110799907
56	NC_008261	AGTTTA	2	12	87606	87617	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008261	ATTTAA	2	12	87697	87708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008261	TACTAA	2	12	87812	87823	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008261	ATTTTG	2	12	88146	88157	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800853
60	NC_008261	GAAAAA	2	12	88262	88273	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	110800853
61	NC_008261	AGGAAG	2	12	89875	89886	50 %	0 %	50 %	0 %	110800853
62	NC_008261	TATTTT	2	12	93139	93150	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008261	TGCAAC	2	12	97342	97353	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110800986
64	NC_008261	TAAATT	2	12	101287	101298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008261	TGGAGA	2	12	103175	103186	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110800111
66	NC_008261	ATTGAG	2	12	108851	108862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799525
67	NC_008261	AAAAAT	2	12	111493	111504	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008261	CTTCAC	2	12	113903	113914	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	110799643
69	NC_008261	TAGAAA	2	12	114932	114943	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799643
70	NC_008261	TAAATA	2	12	116849	116860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110798992
71	NC_008261	TTTTCT	2	12	118219	118230	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	110800638
72	NC_008261	CCTTAT	2	12	118985	118996	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110800638
73	NC_008261	ATAAAA	2	12	119743	119754	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110799194
74	NC_008261	TTGAAG	2	12	123369	123380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800459
75	NC_008261	ACTTGA	2	12	124104	124115	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110798691
76	NC_008261	GAAAGG	2	12	124560	124571	50 %	0 %	50 %	0 %	110798691
77	NC_008261	AATATG	2	12	126136	126147	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800311
78	NC_008261	TTTTGA	2	12	126577	126588	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008261	ACTTTT	2	12	128027	128038	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110799003
80	NC_008261	TATATT	2	12	128599	128610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008261	ATTATA	2	12	128678	128689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008261	TGGAGA	2	12	129870	129881	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	110800767
83	NC_008261	AAATAA	2	12	130242	130253	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110800767
84	NC_008261	CTAAAT	2	12	132858	132869	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	110800644
85	NC_008261	ATTTTT	2	12	132889	132900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	110800644
86	NC_008261	TTTATA	2	12	133999	134010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110799338
87	NC_008261	TAATGA	2	12	140310	140321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800368
88	NC_008261	ATAAAA	2	12	141909	141920	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	110799196
89	NC_008261	TTTTAT	2	12	142499	142510	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008261	TAAAAG	2	12	143079	143090	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110798879
91	NC_008261	AAATTT	2	12	144727	144738	50 %	50 %	0 %	0 %	110798879
92	NC_008261	AATGGA	2	12	144899	144910	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110798879
93	NC_008261	GTAAAT	2	12	145538	145549	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110798879
94	NC_008261	TTACTA	2	12	147135	147146	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110798879
95	NC_008261	ATCATT	2	12	147816	147827	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110800193
96	NC_008261	GAGTTA	2	12	149663	149674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110799718
97	NC_008261	CTATTT	2	12	149981	149992	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	110799718
98	NC_008261	TAAGAT	2	12	150812	150823	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008261	ATCTTA	2	12	150828	150839	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008261	TAGTTT	2	12	153250	153261	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110801077
101	NC_008261	AAAAAG	2	12	154239	154250	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008261	TAGAAC	2	12	156693	156704	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	110799435
103	NC_008261	AAACCA	2	12	162198	162209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110800414
104	NC_008261	TTAAAA	2	12	164464	164475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110800701
105	NC_008261	AGATGA	2	12	165511	165522	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110799020
106	NC_008261	ATAGCT	2	12	167746	167757	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	110801408
107	NC_008261	TATAAA	2	12	168010	168021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008261	TGGAAT	2	12	168549	168560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110800148
109	NC_008261	ATAGAA	2	12	170223	170234	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008261	TTTAAA	2	12	171071	171082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008261	TAAAAA	2	12	171189	171200	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008261	ATACAA	2	12	171272	171283	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008261	TTTGGA	2	12	174677	174688	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110800491
114	NC_008261	CCTATT	2	12	183277	183288	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	110798933
115	NC_008261	TTAATG	2	12	184726	184737	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	110798884
116	NC_008261	AGTAAA	2	12	186139	186150	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110800486
117	NC_008261	TTTAGG	2	12	187839	187850	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	110799203
118	NC_008261	TATTCG	2	12	188606	188617	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	110799203
119	NC_008261	CTATAA	2	12	188908	188919	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008261	ATGATA	2	12	189535	189546	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110800290
121	NC_008261	GGAAAT	2	12	191021	191032	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	110800290
122	NC_008261	TTTTTA	2	12	191196	191207	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008261	AATAAA	2	12	191488	191499	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008261	AGATGC	2	12	196283	196294	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	110800375
125	NC_008261	TAAAAA	2	12	197409	197420	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008261	TTTAAT	2	12	197986	197997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110798785
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153	NC_008261	AAATAT	2	12	243134	243145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_008261	CTACAG	2	12	381643	381654	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	110801135
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242	NC_008261	TTAAAG	2	12	396452	396463	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	110801392
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478	NC_008261	ATTTAT	2	12	782531	782542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
479	NC_008261	TAGGAT	3	18	784023	784040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110801382
480	NC_008261	AGCAAA	2	12	787563	787574	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	110799770
481	NC_008261	CTTTAA	2	12	787904	787915	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	110799770
482	NC_008261	TTTAAT	2	12	789593	789604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110800358
483	NC_008261	AGTTTT	2	12	795615	795626	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	110800250
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485	NC_008261	TTGAAA	2	12	797330	797341	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
486	NC_008261	ATAGAA	2	12	800101	800112	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	110799768
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491	NC_008261	TAAATA	2	12	811142	811153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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