MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL28

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007972	GCAAT	2	10	268	277	40 %	20 %	20 %	20 %	94152722
2	NC_007972	AGAGC	2	10	882	891	40 %	0 %	40 %	20 %	94152722
3	NC_007972	CCTCT	2	10	1074	1083	0 %	40 %	0 %	60 %	94152722
4	NC_007972	GCAAA	2	10	3203	3212	60 %	0 %	20 %	20 %	291434860
5	NC_007972	TGCCA	2	10	3826	3835	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007972	AGGGC	2	10	4371	4380	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007972	TGCGC	2	10	4685	4694	0 %	20 %	40 %	40 %	291434861
8	NC_007972	CGCTG	2	10	5794	5803	0 %	20 %	40 %	40 %	291434862
9	NC_007972	GCGTC	2	10	6234	6243	0 %	20 %	40 %	40 %	291434863
10	NC_007972	GCGTG	2	10	6311	6320	0 %	20 %	60 %	20 %	291434863
11	NC_007972	GCGCC	2	10	7694	7703	0 %	0 %	40 %	60 %	291434864
12	NC_007972	GGCGG	2	10	8330	8339	0 %	0 %	80 %	20 %	291434864
13	NC_007972	CCTAC	2	10	8956	8965	20 %	20 %	0 %	60 %	291434866
14	NC_007972	GTCCT	2	10	10604	10613	0 %	40 %	20 %	40 %	291434869
15	NC_007972	CAACC	2	10	10852	10861	40 %	0 %	0 %	60 %	291434869
16	NC_007972	CTGTA	2	10	14857	14866	20 %	40 %	20 %	20 %	291434871
17	NC_007972	TCGCA	2	10	15833	15842	20 %	20 %	20 %	40 %	291434871
18	NC_007972	CTTGA	2	10	19210	19219	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007972	GTTCG	2	10	20239	20248	0 %	40 %	40 %	20 %	291434876
20	NC_007972	GCAGG	2	10	21403	21412	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007972	CTGTG	2	10	22593	22602	0 %	40 %	40 %	20 %	291434878
22	NC_007972	CCTGT	2	10	24056	24065	0 %	40 %	20 %	40 %	291434879
23	NC_007972	CAACC	2	10	24485	24494	40 %	0 %	0 %	60 %	291434880
24	NC_007972	TACCG	2	10	24778	24787	20 %	20 %	20 %	40 %	291434880
25	NC_007972	GGTGC	2	10	26140	26149	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007972	CGGTT	2	10	27580	27589	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007972	ACGTC	2	10	28301	28310	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007972	ACCCG	2	10	28471	28480	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_007972	CGGCG	2	10	28530	28539	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007972	TCGAA	2	10	29786	29795	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007972	GCGCG	2	10	31752	31761	0 %	0 %	60 %	40 %	291434887
32	NC_007972	CCTCG	2	10	31788	31797	0 %	20 %	20 %	60 %	291434887
33	NC_007972	ATGCG	2	10	39750	39759	20 %	20 %	40 %	20 %	94152596
34	NC_007972	GGATG	2	10	39869	39878	20 %	20 %	60 %	0 %	94152596
35	NC_007972	GGCGA	2	10	42634	42643	20 %	0 %	60 %	20 %	94152599
36	NC_007972	ACACC	2	10	43492	43501	40 %	0 %	0 %	60 %	94152600
37	NC_007972	ACTGC	2	10	43800	43809	20 %	20 %	20 %	40 %	94152600
38	NC_007972	GCGAT	2	10	44846	44855	20 %	20 %	40 %	20 %	94152601
39	NC_007972	CGGGT	2	10	45308	45317	0 %	20 %	60 %	20 %	94152601
40	NC_007972	ATCGC	2	10	45694	45703	20 %	20 %	20 %	40 %	94152602
41	NC_007972	TCGAG	2	10	46353	46362	20 %	20 %	40 %	20 %	94152602
42	NC_007972	GGCAG	2	10	47244	47253	20 %	0 %	60 %	20 %	94152603
43	NC_007972	AGCCC	2	10	47455	47464	20 %	0 %	20 %	60 %	94152603
44	NC_007972	AAGCC	2	10	47604	47613	40 %	0 %	20 %	40 %	94152603
45	NC_007972	ACGCA	2	10	47663	47672	40 %	0 %	20 %	40 %	94152603
46	NC_007972	CGTCG	2	10	49030	49039	0 %	20 %	40 %	40 %	94152607
47	NC_007972	GACCA	2	10	49948	49957	40 %	0 %	20 %	40 %	94152609
48	NC_007972	CCGGG	2	10	50286	50295	0 %	0 %	60 %	40 %	94152609
49	NC_007972	CCCGA	2	10	50396	50405	20 %	0 %	20 %	60 %	94152609
50	NC_007972	ACCAG	2	10	50559	50568	40 %	0 %	20 %	40 %	94152609
51	NC_007972	GCCAC	2	10	50589	50598	20 %	0 %	20 %	60 %	94152609
52	NC_007972	GCGTA	2	10	51058	51067	20 %	20 %	40 %	20 %	94152609
53	NC_007972	AAACG	2	10	51403	51412	60 %	0 %	20 %	20 %	94152610
54	NC_007972	GGGTC	2	10	51600	51609	0 %	20 %	60 %	20 %	94152610
55	NC_007972	GCTTT	2	10	52896	52905	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007972	TGGCG	2	10	54123	54132	0 %	20 %	60 %	20 %	94152614
57	NC_007972	CGTTG	2	10	54753	54762	0 %	40 %	40 %	20 %	94152615
58	NC_007972	TCCAT	2	10	55570	55579	20 %	40 %	0 %	40 %	94152615
59	NC_007972	GGCGC	2	10	56016	56025	0 %	0 %	60 %	40 %	94152616
60	NC_007972	CGGAA	2	10	56186	56195	40 %	0 %	40 %	20 %	94152616
61	NC_007972	AGCGG	2	10	56357	56366	20 %	0 %	60 %	20 %	94152616
62	NC_007972	GCGAG	2	10	56413	56422	20 %	0 %	60 %	20 %	94152616
63	NC_007972	CCGTG	2	10	57946	57955	0 %	20 %	40 %	40 %	94152617
64	NC_007972	AGGCC	2	10	59584	59593	20 %	0 %	40 %	40 %	94152617
65	NC_007972	CGCGG	2	10	59737	59746	0 %	0 %	60 %	40 %	94152617
66	NC_007972	GAAGT	2	10	59756	59765	40 %	20 %	40 %	0 %	94152617
67	NC_007972	GATGG	2	10	60077	60086	20 %	20 %	60 %	0 %	94152617
68	NC_007972	ATGGG	2	10	61354	61363	20 %	20 %	60 %	0 %	94152618
69	NC_007972	GCGCC	2	10	63017	63026	0 %	0 %	40 %	60 %	94152619
70	NC_007972	TCGTA	2	10	66572	66581	20 %	40 %	20 %	20 %	94152623
71	NC_007972	GCATC	2	10	66651	66660	20 %	20 %	20 %	40 %	94152623
72	NC_007972	CCTGC	2	10	67000	67009	0 %	20 %	20 %	60 %	94152623
73	NC_007972	GTTGG	2	10	67836	67845	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007972	AAAAG	2	10	68420	68429	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007972	GGCGC	2	10	76216	76225	0 %	0 %	60 %	40 %	94152631
76	NC_007972	CAGCG	2	10	77788	77797	20 %	0 %	40 %	40 %	94152634
77	NC_007972	GAGCC	2	10	78957	78966	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_007972	CGGAA	2	10	81989	81998	40 %	0 %	40 %	20 %	94152638
79	NC_007972	AGCGA	2	10	83241	83250	40 %	0 %	40 %	20 %	94152640
80	NC_007972	GTCCG	2	10	84156	84165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007972	CCCGA	2	10	85134	85143	20 %	0 %	20 %	60 %	94152642
82	NC_007972	CGCAG	2	10	85854	85863	20 %	0 %	40 %	40 %	94152643
83	NC_007972	TGCAC	2	10	87475	87484	20 %	20 %	20 %	40 %	94152645
84	NC_007972	TCGCG	2	10	89491	89500	0 %	20 %	40 %	40 %	94152648
85	NC_007972	TCGCC	2	10	89818	89827	0 %	20 %	20 %	60 %	94152648
86	NC_007972	GATGG	2	10	90567	90576	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007972	GTGCA	2	10	92175	92184	20 %	20 %	40 %	20 %	94152650
88	NC_007972	GATGG	2	10	92895	92904	20 %	20 %	60 %	0 %	94152651
89	NC_007972	GCGCT	2	10	95209	95218	0 %	20 %	40 %	40 %	94152655
90	NC_007972	TGGCA	2	10	95345	95354	20 %	20 %	40 %	20 %	94152655
91	NC_007972	GGCGC	2	10	95642	95651	0 %	0 %	60 %	40 %	94152655
92	NC_007972	TCGCG	2	10	95907	95916	0 %	20 %	40 %	40 %	94152655
93	NC_007972	GAATG	2	10	99095	99104	40 %	20 %	40 %	0 %	94152659
94	NC_007972	GGACC	2	10	99452	99461	20 %	0 %	40 %	40 %	94152659
95	NC_007972	GATGG	2	10	101104	101113	20 %	20 %	60 %	0 %	94152660
96	NC_007972	CGCTC	2	10	103064	103073	0 %	20 %	20 %	60 %	94152661
97	NC_007972	GCTCT	2	10	104623	104632	0 %	40 %	20 %	40 %	94152663
98	NC_007972	CCAGC	2	10	105639	105648	20 %	0 %	20 %	60 %	94152663
99	NC_007972	GCCAA	2	10	107907	107916	40 %	0 %	20 %	40 %	94152664
100	NC_007972	GCCTG	2	10	108235	108244	0 %	20 %	40 %	40 %	94152664
101	NC_007972	GCCGT	2	10	113884	113893	0 %	20 %	40 %	40 %	94152667
102	NC_007972	ACGGC	2	10	114991	115000	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_007972	AGGGA	2	10	116658	116667	40 %	0 %	60 %	0 %	94152669
104	NC_007972	ACGGC	2	10	119188	119197	20 %	0 %	40 %	40 %	94152670
105	NC_007972	GCGCC	2	10	121252	121261	0 %	0 %	40 %	60 %	94152671
106	NC_007972	CAGTC	2	10	124961	124970	20 %	20 %	20 %	40 %	94152676
107	NC_007972	GCCTG	2	10	125637	125646	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_007972	CCCCG	2	10	125856	125865	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
109	NC_007972	TTGCG	2	10	128157	128166	0 %	40 %	40 %	20 %	94152679
110	NC_007972	CCGCC	2	10	128475	128484	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
111	NC_007972	ACTCT	2	10	128698	128707	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_007972	CCCCA	2	10	130497	130506	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
113	NC_007972	TTGAT	2	10	130720	130729	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007972	AGCCG	2	10	132187	132196	20 %	0 %	40 %	40 %	94152682
115	NC_007972	GTAAG	2	10	132198	132207	40 %	20 %	40 %	0 %	94152682
116	NC_007972	GTGCC	2	10	132458	132467	0 %	20 %	40 %	40 %	291434891
117	NC_007972	GCATT	2	10	133109	133118	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007972	ATGGA	2	10	134581	134590	40 %	20 %	40 %	0 %	94152685
119	NC_007972	AGAGA	2	10	135918	135927	60 %	0 %	40 %	0 %	94152687
120	NC_007972	CAAGC	2	10	136193	136202	40 %	0 %	20 %	40 %	94152687
121	NC_007972	AGAAC	2	10	136634	136643	60 %	0 %	20 %	20 %	94152688
122	NC_007972	ATGCA	2	10	136866	136875	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_007972	GAGGT	2	10	137000	137009	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007972	GTGCC	2	10	140443	140452	0 %	20 %	40 %	40 %	94152691
125	NC_007972	CCCCG	2	10	140574	140583	0 %	0 %	20 %	80 %	94152691
126	NC_007972	TCCGT	2	10	142595	142604	0 %	40 %	20 %	40 %	94152695
127	NC_007972	TGGAC	2	10	142920	142929	20 %	20 %	40 %	20 %	94152695
128	NC_007972	GGCAT	2	10	147770	147779	20 %	20 %	40 %	20 %	94152699
129	NC_007972	GCGCC	2	10	149408	149417	0 %	0 %	40 %	60 %	94152700
130	NC_007972	CCCAC	2	10	150215	150224	20 %	0 %	0 %	80 %	94152701
131	NC_007972	GGTCG	2	10	151437	151446	0 %	20 %	60 %	20 %	94152702
132	NC_007972	CGGCG	2	10	151773	151782	0 %	0 %	60 %	40 %	94152702
133	NC_007972	TTCGG	2	10	152872	152881	0 %	40 %	40 %	20 %	94152704
134	NC_007972	CGCTG	2	10	153790	153799	0 %	20 %	40 %	40 %	94152705
135	NC_007972	GCCGT	2	10	154762	154771	0 %	20 %	40 %	40 %	94152706
136	NC_007972	CTTCA	2	10	155762	155771	20 %	40 %	0 %	40 %	94152707
137	NC_007972	GATCT	2	10	156383	156392	20 %	40 %	20 %	20 %	94152707
138	NC_007972	CGAAC	2	10	156965	156974	40 %	0 %	20 %	40 %	94152708
139	NC_007972	AACGG	2	10	159763	159772	40 %	0 %	40 %	20 %	94152712
140	NC_007972	GCGAT	2	10	162644	162653	20 %	20 %	40 %	20 %	94152713
141	NC_007972	GCCGT	2	10	164151	164160	0 %	20 %	40 %	40 %	94152715
142	NC_007972	CTGCC	2	10	166195	166204	0 %	20 %	20 %	60 %	94152716
143	NC_007972	TGCTT	2	10	168173	168182	0 %	60 %	20 %	20 %	94152719
144	NC_007972	TGCGC	2	10	168505	168514	0 %	20 %	40 %	40 %	94152720
145	NC_007972	GCAAC	2	10	171371	171380	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.