MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL30

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007971	CTCTG	2	10	597	606	0 %	40 %	20 %	40 %	94152465
2	NC_007971	GAATC	2	10	4068	4077	40 %	20 %	20 %	20 %	94152462
3	NC_007971	TTCGT	2	10	4108	4117	0 %	60 %	20 %	20 %	94152462
4	NC_007971	GGCGA	2	10	7298	7307	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007971	GCGAA	2	10	10913	10922	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_007971	TTGCA	2	10	11425	11434	20 %	40 %	20 %	20 %	94152458
7	NC_007971	AGGGC	2	10	11552	11561	20 %	0 %	60 %	20 %	94152458
8	NC_007971	ATCGA	2	10	11751	11760	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_007971	TTCAA	2	10	11852	11861	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007971	CGACT	2	10	12516	12525	20 %	20 %	20 %	40 %	94152457
11	NC_007971	GCAAA	2	10	14559	14568	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007971	AAAGG	2	10	14609	14618	60 %	0 %	40 %	0 %	94152454
13	NC_007971	GTCGC	2	10	17262	17271	0 %	20 %	40 %	40 %	94152450
14	NC_007971	CCGAG	2	10	18075	18084	20 %	0 %	40 %	40 %	94152450
15	NC_007971	TTTCC	2	10	18311	18320	0 %	60 %	0 %	40 %	94152450
16	NC_007971	TCTCC	2	10	19967	19976	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_007971	GGTTG	2	10	21939	21948	0 %	40 %	60 %	0 %	94152445
18	NC_007971	TGTTC	2	10	22844	22853	0 %	60 %	20 %	20 %	291464754
19	NC_007971	GTTTC	2	10	23230	23239	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007971	GCACA	2	10	24039	24048	40 %	0 %	20 %	40 %	94152443
21	NC_007971	GGCGA	2	10	24412	24421	20 %	0 %	60 %	20 %	94152443
22	NC_007971	AAGGC	2	10	27472	27481	40 %	0 %	40 %	20 %	94152439
23	NC_007971	TGAGG	2	10	28289	28298	20 %	20 %	60 %	0 %	94152437
24	NC_007971	GCGCG	2	10	31858	31867	0 %	0 %	60 %	40 %	94152432
25	NC_007971	ATTCG	2	10	32824	32833	20 %	40 %	20 %	20 %	94152430
26	NC_007971	GAGCG	2	10	33550	33559	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007971	CTCGA	2	10	33564	33573	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007971	AGCCA	2	10	33953	33962	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_007971	TTTTG	2	10	34721	34730	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007971	GCACT	2	10	35179	35188	20 %	20 %	20 %	40 %	94152426
31	NC_007971	GGCGT	2	10	35891	35900	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_007971	GGATC	2	10	39838	39847	20 %	20 %	40 %	20 %	94152420
33	NC_007971	GACGC	2	10	40944	40953	20 %	0 %	40 %	40 %	94152419
34	NC_007971	GCGGT	2	10	41534	41543	0 %	20 %	60 %	20 %	94152418
35	NC_007971	AGCCA	2	10	42751	42760	40 %	0 %	20 %	40 %	94152417
36	NC_007971	TTCCG	2	10	42761	42770	0 %	40 %	20 %	40 %	94152417
37	NC_007971	GCAAT	2	10	44368	44377	40 %	20 %	20 %	20 %	94152416
38	NC_007971	GCCAT	2	10	44392	44401	20 %	20 %	20 %	40 %	94152416
39	NC_007971	TTTTC	2	10	45046	45055	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007971	CCTGC	2	10	46080	46089	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_007971	CTTTT	2	10	47605	47614	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_007971	GGCTT	2	10	47827	47836	0 %	40 %	40 %	20 %	94152411
43	NC_007971	GCCCA	2	10	48533	48542	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_007971	TGGCG	2	10	48858	48867	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007971	CTGGC	2	10	53126	53135	0 %	20 %	40 %	40 %	94152407
46	NC_007971	GTTTT	2	10	55232	55241	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007971	ACCCG	2	10	55635	55644	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_007971	CGCGC	2	10	56026	56035	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_007971	GCGCA	2	10	56864	56873	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_007971	TTGGC	2	10	58841	58850	0 %	40 %	40 %	20 %	94152401
51	NC_007971	ACTGC	2	10	62109	62118	20 %	20 %	20 %	40 %	94152398
52	NC_007971	CACTT	2	10	63001	63010	20 %	40 %	0 %	40 %	94152397
53	NC_007971	GGGGC	2	10	65553	65562	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
54	NC_007971	CACGG	2	10	65648	65657	20 %	0 %	40 %	40 %	94152393
55	NC_007971	CTTAG	2	10	66872	66881	20 %	40 %	20 %	20 %	94152391
56	NC_007971	ACACA	2	10	69174	69183	60 %	0 %	0 %	40 %	94152391
57	NC_007971	GACCA	2	10	70195	70204	40 %	0 %	20 %	40 %	94152390
58	NC_007971	GCCGG	2	10	70909	70918	0 %	0 %	60 %	40 %	94152390
59	NC_007971	CTGGC	2	10	72453	72462	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_007971	GCTCG	2	10	75930	75939	0 %	20 %	40 %	40 %	94152384
61	NC_007971	AAGAC	2	10	77525	77534	60 %	0 %	20 %	20 %	94152383
62	NC_007971	CAGCG	2	10	77650	77659	20 %	0 %	40 %	40 %	94152383
63	NC_007971	GCCCG	2	10	80899	80908	0 %	0 %	40 %	60 %	94152382
64	NC_007971	ATTGA	2	10	83084	83093	40 %	40 %	20 %	0 %	94152380
65	NC_007971	CGATG	2	10	84194	84203	20 %	20 %	40 %	20 %	94152379
66	NC_007971	GCGCG	2	10	86682	86691	0 %	0 %	60 %	40 %	94152376
67	NC_007971	AGCCA	2	10	87310	87319	40 %	0 %	20 %	40 %	94152375
68	NC_007971	GGGCG	2	10	91107	91116	0 %	0 %	80 %	20 %	94152372
69	NC_007971	CATCG	2	10	93806	93815	20 %	20 %	20 %	40 %	94152370
70	NC_007971	CCAAG	2	10	94493	94502	40 %	0 %	20 %	40 %	94152368
71	NC_007971	AGCGA	2	10	94573	94582	40 %	0 %	40 %	20 %	94152368
72	NC_007971	GAGGC	2	10	95470	95479	20 %	0 %	60 %	20 %	94152368
73	NC_007971	CTTCT	2	10	96668	96677	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_007971	TTCGA	2	10	99065	99074	20 %	40 %	20 %	20 %	94152364
75	NC_007971	TGCCA	2	10	99235	99244	20 %	20 %	20 %	40 %	94152364
76	NC_007971	TCGCT	2	10	99432	99441	0 %	40 %	20 %	40 %	94152364
77	NC_007971	CTTGG	2	10	99512	99521	0 %	40 %	40 %	20 %	94152364
78	NC_007971	GACGC	2	10	100631	100640	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_007971	CGTTC	2	10	100933	100942	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_007971	GCTTC	2	10	101933	101942	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007971	GCGCT	2	10	104074	104083	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_007971	CTGCG	2	10	105219	105228	0 %	20 %	40 %	40 %	94152356
83	NC_007971	TCCCA	2	10	105790	105799	20 %	20 %	0 %	60 %	94152356
84	NC_007971	GCGCC	2	10	107774	107783	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_007971	TGAGC	2	10	109527	109536	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007971	CGGCG	2	10	109656	109665	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_007971	TGGCC	2	10	112177	112186	0 %	20 %	40 %	40 %	94152349
88	NC_007971	ATGCC	2	10	113067	113076	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
89	NC_007971	TCCAG	2	10	113173	113182	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
90	NC_007971	TGACC	2	10	113488	113497	20 %	20 %	20 %	40 %	94152349
91	NC_007971	TCGGA	2	10	114867	114876	20 %	20 %	40 %	20 %	94152348
92	NC_007971	TCAGC	2	10	116841	116850	20 %	20 %	20 %	40 %	94152347
93	NC_007971	CTCGG	2	10	117109	117118	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007971	CGGTA	2	10	119132	119141	20 %	20 %	40 %	20 %	94152344
95	NC_007971	GCACA	2	10	121316	121325	40 %	0 %	20 %	40 %	94152583
96	NC_007971	TGTCA	2	10	122373	122382	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_007971	GCGCG	2	10	123123	123132	0 %	0 %	60 %	40 %	94152581
98	NC_007971	AGCCA	2	10	123526	123535	40 %	0 %	20 %	40 %	94152581
99	NC_007971	AACGC	2	10	124037	124046	40 %	0 %	20 %	40 %	94152581
100	NC_007971	GCCAG	2	10	124817	124826	20 %	0 %	40 %	40 %	94152581
101	NC_007971	GGCCG	2	10	125310	125319	0 %	0 %	60 %	40 %	94152581
102	NC_007971	CGAGG	2	10	129869	129878	20 %	0 %	60 %	20 %	94152574
103	NC_007971	CTTGC	2	10	130846	130855	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007971	CTTGG	2	10	132300	132309	0 %	40 %	40 %	20 %	94152570
105	NC_007971	CCGAC	2	10	133410	133419	20 %	0 %	20 %	60 %	94152569
106	NC_007971	GGCTG	2	10	133932	133941	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007971	TCAAG	2	10	136161	136170	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_007971	AGGGG	2	10	136174	136183	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007971	GAAGC	2	10	136642	136651	40 %	0 %	40 %	20 %	94152565
110	NC_007971	GGGGC	2	10	138871	138880	0 %	0 %	80 %	20 %	94152563
111	NC_007971	CACTA	2	10	139317	139326	40 %	20 %	0 %	40 %	94152562
112	NC_007971	GCGCC	2	10	139766	139775	0 %	0 %	40 %	60 %	94152561
113	NC_007971	TGTGT	2	10	140226	140235	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007971	TGCGT	2	10	142002	142011	0 %	40 %	40 %	20 %	291464763
115	NC_007971	CAGGC	2	10	143648	143657	20 %	0 %	40 %	40 %	94152556
116	NC_007971	CGTGC	2	10	143895	143904	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_007971	CCACT	2	10	144683	144692	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_007971	AAGGC	2	10	147212	147221	40 %	0 %	40 %	20 %	94152552
119	NC_007971	ACCCT	2	10	147840	147849	20 %	20 %	0 %	60 %	94152552
120	NC_007971	GCGCC	2	10	148750	148759	0 %	0 %	40 %	60 %	94152551
121	NC_007971	TTGCC	2	10	148816	148825	0 %	40 %	20 %	40 %	94152551
122	NC_007971	CAGGC	2	10	150237	150246	20 %	0 %	40 %	40 %	94152550
123	NC_007971	GAGGC	2	10	150837	150846	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_007971	TGTTC	2	10	151773	151782	0 %	60 %	20 %	20 %	94152547
125	NC_007971	ACCCA	2	10	153796	153805	40 %	0 %	0 %	60 %	94152547
126	NC_007971	GCAAT	2	10	154499	154508	40 %	20 %	20 %	20 %	94152547
127	NC_007971	GAACC	2	10	154985	154994	40 %	0 %	20 %	40 %	94152546
128	NC_007971	GTCGA	2	10	159419	159428	20 %	20 %	40 %	20 %	94152542
129	NC_007971	CTGGC	2	10	159701	159710	0 %	20 %	40 %	40 %	94152542
130	NC_007971	GCCGT	2	10	160668	160677	0 %	20 %	40 %	40 %	94152541
131	NC_007971	GCGCA	2	10	160892	160901	20 %	0 %	40 %	40 %	94152541
132	NC_007971	ACGGA	2	10	161237	161246	40 %	0 %	40 %	20 %	94152541
133	NC_007971	TCGCG	2	10	161398	161407	0 %	20 %	40 %	40 %	94152541
134	NC_007971	GCGGT	2	10	161794	161803	0 %	20 %	60 %	20 %	94152541
135	NC_007971	GGCGC	2	10	161911	161920	0 %	0 %	60 %	40 %	94152540
136	NC_007971	GCCGC	2	10	162022	162031	0 %	0 %	40 %	60 %	94152540
137	NC_007971	GCGAT	2	10	162302	162311	20 %	20 %	40 %	20 %	94152539
138	NC_007971	TGCGG	2	10	162569	162578	0 %	20 %	60 %	20 %	94152539
139	NC_007971	CTGGC	2	10	163876	163885	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_007971	ACCCA	2	10	166669	166678	40 %	0 %	0 %	60 %	94152538
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181	NC_007971	GTACG	2	10	223310	223319	20 %	20 %	40 %	20 %	94152481
182	NC_007971	TCGGC	2	10	223620	223629	0 %	20 %	40 %	40 %	94152480
183	NC_007971	GGTGA	2	10	223837	223846	20 %	20 %	60 %	0 %	94152480
184	NC_007971	AGCCA	2	10	226889	226898	40 %	0 %	20 %	40 %	94152476
185	NC_007971	CATCA	2	10	229574	229583	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_007971	CGGCG	2	10	229819	229828	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
187	NC_007971	TGACA	2	10	230077	230086	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
188	NC_007971	GCGCC	2	10	230852	230861	0 %	0 %	40 %	60 %	94152470
189	NC_007971	TTCCG	2	10	232728	232737	0 %	40 %	20 %	40 %	94152467
190	NC_007971	CTGTC	2	10	233352	233361	0 %	40 %	20 %	40 %	94152466

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.