MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13 plasmid pCTA

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007430	AC	4	8	82	89	50 %	0 %	0 %	50 %	76789624
2	NC_007430	GA	3	6	101	106	50 %	0 %	50 %	0 %	76789624
3	NC_007430	TTG	2	6	249	254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789624
4	NC_007430	T	7	7	375	381	0 %	100 %	0 %	0 %	76789624
5	NC_007430	A	6	6	409	414	100 %	0 %	0 %	0 %	76789624
6	NC_007430	CAAT	2	8	468	475	50 %	25 %	0 %	25 %	76789624
7	NC_007430	A	8	8	520	527	100 %	0 %	0 %	0 %	76789624
8	NC_007430	A	6	6	580	585	100 %	0 %	0 %	0 %	76789624
9	NC_007430	AT	3	6	626	631	50 %	50 %	0 %	0 %	76789624
10	NC_007430	T	6	6	845	850	0 %	100 %	0 %	0 %	76789624
11	NC_007430	T	6	6	991	996	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007430	ACC	2	6	1023	1028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_007430	ACC	2	6	1031	1036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_007430	ACC	2	6	1053	1058	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_007430	ACC	2	6	1075	1080	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_007430	ACC	2	6	1097	1102	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_007430	TC	4	8	1115	1122	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_007430	TAAA	2	8	1138	1145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007430	TA	5	10	1146	1155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007430	AT	5	10	1160	1169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007430	GGA	2	6	1178	1183	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007430	TGT	2	6	1215	1220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789625
23	NC_007430	AGA	2	6	1221	1226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
24	NC_007430	AGG	2	6	1237	1242	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	76789625
25	NC_007430	ATG	2	6	1263	1268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789625
26	NC_007430	TTC	2	6	1305	1310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
27	NC_007430	TATC	2	8	1324	1331	25 %	50 %	0 %	25 %	76789625
28	NC_007430	GAAG	2	8	1359	1366	50 %	0 %	50 %	0 %	76789625
29	NC_007430	AT	3	6	1467	1472	50 %	50 %	0 %	0 %	76789625
30	NC_007430	TTGG	2	8	1514	1521	0 %	50 %	50 %	0 %	76789625
31	NC_007430	AGA	2	6	1565	1570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
32	NC_007430	AACT	2	8	1583	1590	50 %	25 %	0 %	25 %	76789625
33	NC_007430	GTT	2	6	1608	1613	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789625
34	NC_007430	GAG	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	76789625
35	NC_007430	T	6	6	1657	1662	0 %	100 %	0 %	0 %	76789625
36	NC_007430	AAG	2	6	1670	1675	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789625
37	NC_007430	TCT	2	6	1734	1739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
38	NC_007430	TTC	2	6	1748	1753	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
39	NC_007430	AAT	2	6	1782	1787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789625
40	NC_007430	GGAA	2	8	1841	1848	50 %	0 %	50 %	0 %	76789625
41	NC_007430	TCT	2	6	1852	1857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
42	NC_007430	T	8	8	1884	1891	0 %	100 %	0 %	0 %	76789625
43	NC_007430	A	6	6	1892	1897	100 %	0 %	0 %	0 %	76789625
44	NC_007430	CTT	2	6	1906	1911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789625
45	NC_007430	T	7	7	1910	1916	0 %	100 %	0 %	0 %	76789625
46	NC_007430	TCT	2	6	2003	2008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
47	NC_007430	TCT	2	6	2045	2050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
48	NC_007430	AAG	2	6	2053	2058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789626
49	NC_007430	GA	3	6	2068	2073	50 %	0 %	50 %	0 %	76789626
50	NC_007430	CGA	2	6	2081	2086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789626
51	NC_007430	A	6	6	2097	2102	100 %	0 %	0 %	0 %	76789626
52	NC_007430	TA	3	6	2134	2139	50 %	50 %	0 %	0 %	76789626
53	NC_007430	ATC	2	6	2161	2166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789626
54	NC_007430	TTC	3	9	2197	2205	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
55	NC_007430	CCGA	2	8	2213	2220	25 %	0 %	25 %	50 %	76789626
56	NC_007430	TAGAA	2	10	2251	2260	60 %	20 %	20 %	0 %	76789626
57	NC_007430	AAAC	2	8	2276	2283	75 %	0 %	0 %	25 %	76789626
58	NC_007430	AATT	2	8	2284	2291	50 %	50 %	0 %	0 %	76789626
59	NC_007430	CAA	2	6	2301	2306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789626
60	NC_007430	CTT	2	6	2310	2315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789626
61	NC_007430	CTAGG	2	10	2328	2337	20 %	20 %	40 %	20 %	76789626
62	NC_007430	TAT	2	6	2347	2352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789626
63	NC_007430	GTT	2	6	2401	2406	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789626
64	NC_007430	ATG	2	6	2454	2459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789626
65	NC_007430	T	7	7	2482	2488	0 %	100 %	0 %	0 %	76789626
66	NC_007430	TGAT	2	8	2499	2506	25 %	50 %	25 %	0 %	76789626
67	NC_007430	AGA	2	6	2578	2583	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789626
68	NC_007430	T	6	6	2620	2625	0 %	100 %	0 %	0 %	76789626
69	NC_007430	GTT	2	6	2669	2674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007430	TCC	2	6	2683	2688	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_007430	A	6	6	2700	2705	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007430	T	6	6	2801	2806	0 %	100 %	0 %	0 %	76789627
73	NC_007430	AAT	2	6	2855	2860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789627
74	NC_007430	TTG	2	6	2878	2883	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789627
75	NC_007430	T	6	6	2995	3000	0 %	100 %	0 %	0 %	76789627
76	NC_007430	TAA	2	6	3018	3023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789627
77	NC_007430	CTTTT	2	10	3036	3045	0 %	80 %	0 %	20 %	76789627
78	NC_007430	GTTT	2	8	3130	3137	0 %	75 %	25 %	0 %	76789628
79	NC_007430	A	6	6	3152	3157	100 %	0 %	0 %	0 %	76789628
80	NC_007430	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
81	NC_007430	TGA	2	6	3322	3327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789628
82	NC_007430	AAC	2	6	3382	3387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
83	NC_007430	GCC	2	6	3388	3393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	76789628
84	NC_007430	AAT	2	6	3409	3414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789628
85	NC_007430	CTG	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789628
86	NC_007430	TCC	2	6	3481	3486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	76789628
87	NC_007430	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789628
88	NC_007430	TTA	2	6	3536	3541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
89	NC_007430	GTT	2	6	3553	3558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
90	NC_007430	CAA	2	6	3568	3573	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
91	NC_007430	TAT	2	6	3621	3626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
92	NC_007430	CAA	2	6	3627	3632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789628
93	NC_007430	TGA	2	6	3733	3738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789628
94	NC_007430	ATT	2	6	3739	3744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
95	NC_007430	TGT	2	6	3802	3807	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	76789628
96	NC_007430	ATT	2	6	3815	3820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	76789628
97	NC_007430	T	6	6	3929	3934	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007430	TAAA	2	8	3946	3953	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007430	ATTA	2	8	3979	3986	50 %	50 %	0 %	0 %	76789629
100	NC_007430	TTC	2	6	4037	4042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
101	NC_007430	TTTA	2	8	4052	4059	25 %	75 %	0 %	0 %	76789629
102	NC_007430	T	6	6	4073	4078	0 %	100 %	0 %	0 %	76789629
103	NC_007430	AG	3	6	4079	4084	50 %	0 %	50 %	0 %	76789629
104	NC_007430	AGA	2	6	4088	4093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789629
105	NC_007430	TCT	2	6	4115	4120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
106	NC_007430	T	7	7	4177	4183	0 %	100 %	0 %	0 %	76789629
107	NC_007430	AT	3	6	4221	4226	50 %	50 %	0 %	0 %	76789629
108	NC_007430	TAACGT	2	12	4237	4248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	76789629
109	NC_007430	TAA	2	6	4250	4255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789629
110	NC_007430	GCT	2	6	4308	4313	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789629
111	NC_007430	TCTATA	2	12	4500	4511	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	76789629
112	NC_007430	TTC	2	6	4514	4519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
113	NC_007430	CTA	2	6	4582	4587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789629
114	NC_007430	CTT	2	6	4678	4683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
115	NC_007430	ATCC	2	8	4776	4783	25 %	25 %	0 %	50 %	76789629
116	NC_007430	GCT	2	6	4872	4877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789629
117	NC_007430	GAAA	2	8	4896	4903	75 %	0 %	25 %	0 %	76789629
118	NC_007430	TCT	2	6	4973	4978	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789629
119	NC_007430	TGA	2	6	5014	5019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789629
120	NC_007430	T	6	6	5047	5052	0 %	100 %	0 %	0 %	76789630
121	NC_007430	AGA	2	6	5146	5151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789630
122	NC_007430	TTCC	2	8	5155	5162	0 %	50 %	0 %	50 %	76789630
123	NC_007430	AAAC	2	8	5276	5283	75 %	0 %	0 %	25 %	76789630
124	NC_007430	AT	3	6	5328	5333	50 %	50 %	0 %	0 %	76789630
125	NC_007430	TCT	2	6	5414	5419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
126	NC_007430	ATTAA	2	10	5447	5456	60 %	40 %	0 %	0 %	76789630
127	NC_007430	CTT	2	6	5514	5519	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
128	NC_007430	AAT	2	6	5528	5533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789630
129	NC_007430	TCT	2	6	5534	5539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
130	NC_007430	AG	3	6	5542	5547	50 %	0 %	50 %	0 %	76789630
131	NC_007430	AAT	2	6	5593	5598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76789630
132	NC_007430	CAA	2	6	5604	5609	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789630
133	NC_007430	GCT	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789630
134	NC_007430	ATC	2	6	5764	5769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
135	NC_007430	AAAG	2	8	5800	5807	75 %	0 %	25 %	0 %	76789630
136	NC_007430	GCT	2	6	5828	5833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	76789630
137	NC_007430	T	8	8	5838	5845	0 %	100 %	0 %	0 %	76789630
138	NC_007430	AT	3	6	5880	5885	50 %	50 %	0 %	0 %	76789630
139	NC_007430	TTC	2	6	6043	6048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76789630
140	NC_007430	AC	3	6	6055	6060	50 %	0 %	0 %	50 %	76789630
141	NC_007430	ATC	2	6	6067	6072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
142	NC_007430	CAT	2	6	6120	6125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76789630
143	NC_007430	ACG	2	6	6166	6171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76789630
144	NC_007430	ATG	2	6	6256	6261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76789630
145	NC_007430	AAC	2	6	6338	6343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76789630
146	NC_007430	TA	3	6	6397	6402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007430	A	7	7	6402	6408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007430	AAC	2	6	6430	6435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_007430	ATT	2	6	6439	6444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_007430	T	6	6	7495	7500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.