MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007429	GAAGGA	2	12	1354	1365	50 %	0 %	50 %	0 %	76788712
2	NC_007429	AAAGCT	2	12	5535	5546	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	76788716
3	NC_007429	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_007429	TAGCAA	2	12	11423	11434	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	76788722
5	NC_007429	AAAGCT	2	12	11554	11565	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	76788722
6	NC_007429	TAGTGA	2	12	12699	12710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788723
7	NC_007429	GTTCCT	2	12	19985	19996	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788729
8	NC_007429	CTTTTT	2	12	22139	22150	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	76788731
9	NC_007429	GTGAGG	2	12	26071	26082	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	76788732
10	NC_007429	GGATTT	2	12	36547	36558	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788744
11	NC_007429	AATTAG	2	12	37968	37979	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	76788745
12	NC_007429	TTCCTG	2	12	38267	38278	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788745
13	NC_007429	TTTTGA	2	12	45576	45587	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	76788753
14	NC_007429	TGAACG	2	12	52922	52933	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	76788760
15	NC_007429	GTGATT	2	12	52941	52952	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788760
16	NC_007429	GATCTG	2	12	55574	55585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788762
17	NC_007429	GGTTCA	2	12	55711	55722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788762
18	NC_007429	CTGGAG	2	12	56764	56775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	76788763
19	NC_007429	GAAAAG	2	12	56958	56969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76788763
20	NC_007429	GGTTCA	2	12	57210	57221	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788763
21	NC_007429	CCAAGA	2	12	58212	58223	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	76788764
22	NC_007429	AGTTGT	2	12	58318	58329	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788764
23	NC_007429	TCTTGT	2	12	59239	59250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	76788764
24	NC_007429	TGAAAA	2	12	59711	59722	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	76788765
25	NC_007429	TCCTAA	2	12	60050	60061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	76788765
26	NC_007429	AAAAAT	2	12	61545	61556	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007429	GTTCTT	2	12	63964	63975	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	76788767
28	NC_007429	CTATTT	2	12	72285	72296	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	76788774
29	NC_007429	ACTCTT	2	12	73414	73425	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	76788775
30	NC_007429	TTTCTG	2	12	73964	73975	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	76788776
31	NC_007429	GATCAT	2	12	74094	74105	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	76788776
32	NC_007429	TAGTAC	2	12	77088	77099	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	76788777
33	NC_007429	ATCTAG	2	12	77267	77278	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_007429	GGTTTA	2	12	80733	80744	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788780
35	NC_007429	GTCTGT	2	12	83777	83788	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	76788783
36	NC_007429	TTCTGA	2	12	89391	89402	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	76788787
37	NC_007429	AAAAGA	2	12	94455	94466	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	76788793
38	NC_007429	AGCTGT	2	12	96548	96559	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788795
39	NC_007429	TCTTTT	2	12	97213	97224	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	76788797
40	NC_007429	GGGGCT	2	12	98161	98172	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	76788797
41	NC_007429	TTTGAG	2	12	100365	100376	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788799
42	NC_007429	TCAGAA	2	12	107006	107017	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	76788804
43	NC_007429	CATAAC	2	12	110051	110062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	76788808
44	NC_007429	TGTTCT	2	12	112815	112826	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	76788810
45	NC_007429	ACTTCG	2	12	116099	116110	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	76788812
46	NC_007429	TTTTAG	2	12	116534	116545	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007429	TTGCCA	2	12	119639	119650	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	76788817
48	NC_007429	TAAAAA	2	12	121131	121142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007429	TTGGTA	2	12	121179	121190	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788819
50	NC_007429	AGGATC	2	12	121558	121569	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_007429	AAGGGT	2	12	123365	123376	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	76788821
52	NC_007429	GGGTTT	2	12	124328	124339	0 %	50 %	50 %	0 %	76788822
53	NC_007429	TTGCAT	2	12	124610	124621	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	76788822
54	NC_007429	AAGAGA	2	12	124979	124990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76788822
55	NC_007429	TTAAAA	2	12	133913	133924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	76788828
56	NC_007429	AGGTTG	2	12	135155	135166	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	76788829
57	NC_007429	GAGTTA	2	12	140189	140200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788838
58	NC_007429	TGGAAA	2	12	142742	142753	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	76788841
59	NC_007429	TGGAAT	2	12	143617	143628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788842
60	NC_007429	ATGGTT	2	12	143861	143872	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	76788842
61	NC_007429	TGCTCT	2	12	146052	146063	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788845
62	NC_007429	GAAAGG	2	12	149790	149801	50 %	0 %	50 %	0 %	76788847
63	NC_007429	GCTTTG	2	12	150033	150044	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	76788847
64	NC_007429	TGTGCG	2	12	154155	154166	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	76788851
65	NC_007429	CCTCAT	2	12	155453	155464	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	76788852
66	NC_007429	TGGAGA	2	12	156911	156922	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	76788854
67	NC_007429	CTCCAT	2	12	158281	158292	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	76788855
68	NC_007429	TCCTTG	2	12	158877	158888	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788856
69	NC_007429	AAGTTT	2	12	158962	158973	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	76788856
70	NC_007429	AACAGC	2	12	161513	161524	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	76788859
71	NC_007429	AAAAAG	2	12	174100	174111	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	76788866
72	NC_007429	AGAAAA	2	12	183342	183353	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007429	ACTTCT	2	12	190452	190463	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	76788882
74	NC_007429	GGATAT	2	12	191075	191086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788882
75	NC_007429	GAATGC	2	12	192603	192614	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	76788884
76	NC_007429	ATTTGC	2	12	194090	194101	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	76788886
77	NC_007429	AAACAT	2	12	195180	195191	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	76788890
78	NC_007429	AGCAAC	2	12	195515	195526	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	76788891
79	NC_007429	TATGAA	2	12	197105	197116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007429	TTGCCT	2	12	198225	198236	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788895
81	NC_007429	TCTGGA	2	12	201475	201486	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788899
82	NC_007429	CTGGAT	2	12	217066	217077	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76788912
83	NC_007429	GAAATA	2	12	217389	217400	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	76788912
84	NC_007429	TTTTAC	2	12	223116	223127	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_007429	GATGCA	2	12	224278	224289	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	76788919
86	NC_007429	ACTCCA	2	12	225168	225179	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	76788920
87	NC_007429	CTGCTT	2	12	225400	225411	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76788920
88	NC_007429	ATTGCT	2	12	228709	228720	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	76788923
89	NC_007429	TCCTAG	2	12	228999	229010	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	76788923
90	NC_007429	GCAACG	2	12	229487	229498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	76788924
91	NC_007429	CTTAGC	2	12	232120	232131	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	76788926
92	NC_007429	TTCCTT	2	12	238952	238963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	76788931
93	NC_007429	TCTCCT	2	12	241833	241844	0 %	50 %	0 %	50 %	76788932
94	NC_007429	AAACCA	2	12	242408	242419	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76788933
95	NC_007429	AACCCT	2	12	256832	256843	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_007429	TTTTTA	2	12	257628	257639	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007429	CCTGCA	2	12	257788	257799	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	76788951
98	NC_007429	ACCTTT	2	12	262982	262993	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	76788956
99	NC_007429	TCATAA	2	12	270829	270840	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	76788963
100	NC_007429	AAGTGT	2	12	271555	271566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788963
101	NC_007429	AGGAGA	2	12	272728	272739	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007429	ATCTAA	2	12	274832	274843	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	76788966
103	NC_007429	TGGAAT	2	12	277030	277041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	76788968
104	NC_007429	GGAACA	2	12	280917	280928	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	76788970
105	NC_007429	ATATTA	2	12	281625	281636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007429	CACGCG	2	12	283290	283301	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	76788972
107	NC_007429	TTTCTT	2	12	283469	283480	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	76788972
108	NC_007429	CTCCTA	2	12	287631	287642	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	76788975
109	NC_007429	GCAATG	2	12	293750	293761	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	76788981
110	NC_007429	CGACAT	2	12	294426	294437	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	76788982
111	NC_007429	CCCTTA	2	12	295880	295891	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	76788984
112	NC_007429	AAAATA	2	12	297978	297989	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	76788986
113	NC_007429	ACCACT	2	12	300333	300344	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	76788988
114	NC_007429	CATTGC	2	12	303579	303590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	76788991
115	NC_007429	CCAAAA	2	12	304758	304769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	76788992
116	NC_007429	TCTTTT	2	12	306643	306654	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	76788994
117	NC_007429	CAAGAC	2	12	307734	307745	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	76788995
118	NC_007429	AGCTTA	2	12	309015	309026	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	76788997
119	NC_007429	CAAAGA	2	12	314387	314398	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	76789002
120	NC_007429	ATGGCT	2	12	315003	315014	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	76789003
121	NC_007429	TACAAA	2	12	319193	319204	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	76789006
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230	NC_007429	TTATTT	2	12	651371	651382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
231	NC_007429	GCTTCT	2	12	652721	652732	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	76789315
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238	NC_007429	GCATCA	2	12	691722	691733	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	76789348
239	NC_007429	ATCAAT	2	12	696047	696058	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	76789352
240	NC_007429	CCGCAA	2	12	700927	700938	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	76789357
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242	NC_007429	GAAAGA	2	12	709007	709018	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	76789360
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332	NC_007429	TAAAAT	2	12	1044416	1044427	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.