MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 41

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	GCCAC	2	10	3876	3885	20 %	0 %	20 %	60 %	29648120
2	NC_004704	ATTTT	2	10	4809	4818	20 %	80 %	0 %	0 %	29648120
3	NC_004704	AGTTA	2	10	4939	4948	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004704	TGATA	2	10	5235	5244	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004704	TGAAA	2	10	5250	5259	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004704	GAAAG	2	10	5335	5344	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004704	AAGCA	2	10	5480	5489	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004704	CAATG	2	10	5597	5606	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_004704	TTTTC	2	10	6460	6469	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004704	TTATA	2	10	6673	6682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004704	CTTAT	2	10	7786	7795	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_004704	ATTAT	2	10	7860	7869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004704	CGATC	2	10	8556	8565	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_004704	CGATC	2	10	10411	10420	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_004704	TCTTA	2	10	12023	12032	20 %	60 %	0 %	20 %	29648122
16	NC_004704	CTGGG	2	10	14202	14211	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_004704	TTATT	2	10	15905	15914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004704	TTAAC	2	10	16654	16663	40 %	40 %	0 %	20 %	29648127
19	NC_004704	GAAAA	2	10	18656	18665	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004704	TCGGC	2	10	20710	20719	0 %	20 %	40 %	40 %	29648133
21	NC_004704	TTTAA	2	10	23076	23085	40 %	60 %	0 %	0 %	29648135
22	NC_004704	TCGAA	2	10	23578	23587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_004704	TTTAT	2	10	24754	24763	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004704	CTTTT	2	10	25698	25707	0 %	80 %	0 %	20 %	29648139
25	NC_004704	TGATT	2	10	27918	27927	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004704	GCAAT	2	10	28939	28948	40 %	20 %	20 %	20 %	29648143
27	NC_004704	ATGAT	2	10	28984	28993	40 %	40 %	20 %	0 %	29648143
28	NC_004704	TTAAT	2	10	29110	29119	40 %	60 %	0 %	0 %	29648143
29	NC_004704	ATCCC	2	10	29314	29323	20 %	20 %	0 %	60 %	29648143
30	NC_004704	ATCAA	2	10	29491	29500	60 %	20 %	0 %	20 %	29648143
31	NC_004704	ATAAA	2	10	29592	29601	80 %	20 %	0 %	0 %	29648143
32	NC_004704	GTTTC	2	10	31419	31428	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_004704	TTACG	2	10	33292	33301	20 %	40 %	20 %	20 %	29648147
34	NC_004704	AAACA	2	10	34797	34806	80 %	0 %	0 %	20 %	29648148
35	NC_004704	GAATG	2	10	35308	35317	40 %	20 %	40 %	0 %	29648149
36	NC_004704	AGATT	2	10	35723	35732	40 %	40 %	20 %	0 %	29648149
37	NC_004704	ATAAA	2	10	36098	36107	80 %	20 %	0 %	0 %	29648149
38	NC_004704	TTGAA	2	10	36167	36176	40 %	40 %	20 %	0 %	29648149
39	NC_004704	CGGGA	2	10	36365	36374	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_004704	GAGCT	2	10	36559	36568	20 %	20 %	40 %	20 %	29648150
41	NC_004704	TTGAT	2	10	36975	36984	20 %	60 %	20 %	0 %	29648150

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.