MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 469

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	TTG	2	6	9	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004704	GGT	2	6	246	251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648115
3	NC_004704	AGA	2	6	363	368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
4	NC_004704	GAA	2	6	529	534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
5	NC_004704	GTC	2	6	675	680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648117
6	NC_004704	CCG	2	6	733	738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648117
7	NC_004704	CAT	2	6	905	910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648117
8	NC_004704	TGA	2	6	963	968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648117
9	NC_004704	AGA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648117
10	NC_004704	TTC	2	6	1253	1258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_004704	GCC	2	6	1272	1277	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_004704	TGC	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_004704	GCC	2	6	1369	1374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_004704	GAG	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004704	ATT	2	6	1599	1604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004704	CTA	2	6	1747	1752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_004704	TAG	2	6	1762	1767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004704	GCC	2	6	1791	1796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_004704	CAA	2	6	1867	1872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_004704	TTA	2	6	1933	1938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004704	TGT	2	6	2149	2154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004704	TCG	2	6	2177	2182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_004704	ACA	2	6	2346	2351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_004704	ATA	2	6	2402	2407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004704	ATG	2	6	2408	2413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004704	GAA	2	6	2573	2578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
27	NC_004704	AGG	2	6	2668	2673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648119
28	NC_004704	GTT	2	6	2762	2767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648119
29	NC_004704	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648119
30	NC_004704	TGA	2	6	3024	3029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648119
31	NC_004704	AGA	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
32	NC_004704	CAC	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648119
33	NC_004704	GAA	2	6	3149	3154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
34	NC_004704	GGT	2	6	3182	3187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
35	NC_004704	CGG	2	6	3284	3289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
36	NC_004704	GTG	2	6	3312	3317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
37	NC_004704	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648119
38	NC_004704	GGC	2	6	3445	3450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
39	NC_004704	AGC	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648119
40	NC_004704	TGT	2	6	3638	3643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004704	GCT	2	6	3667	3672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_004704	CTG	2	6	3786	3791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648120
43	NC_004704	ATG	2	6	3992	3997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648120
44	NC_004704	AAT	2	6	4060	4065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
45	NC_004704	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
46	NC_004704	CAG	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648120
47	NC_004704	TTC	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
48	NC_004704	ATT	2	6	4276	4281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
49	NC_004704	ATT	2	6	4300	4305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
50	NC_004704	CTT	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
51	NC_004704	TTC	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
52	NC_004704	ATA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
53	NC_004704	TCA	2	6	4439	4444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
54	NC_004704	CGC	2	6	4450	4455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648120
55	NC_004704	ATC	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
56	NC_004704	ATT	2	6	4573	4578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
57	NC_004704	CTT	3	9	4596	4604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
58	NC_004704	CAA	3	9	4624	4632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648120
59	NC_004704	CCT	2	6	4862	4867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_004704	TAT	2	6	4900	4905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004704	AGA	2	6	4909	4914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004704	AAT	2	6	5046	5051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004704	ATT	3	9	5120	5128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004704	TAA	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004704	TAT	3	9	5281	5289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004704	AAT	2	6	5317	5322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004704	TCC	2	6	5354	5359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_004704	ATA	2	6	5430	5435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004704	TGA	2	6	5467	5472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004704	GAA	2	6	5501	5506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004704	ATT	2	6	5534	5539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004704	GAA	2	6	5582	5587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004704	ATT	2	6	5627	5632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004704	ATT	2	6	5739	5744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004704	TGG	2	6	5795	5800	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004704	CCA	2	6	5956	5961	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_004704	GAT	2	6	6085	6090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004704	TAA	2	6	6137	6142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004704	ATT	2	6	6477	6482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004704	ATA	2	6	6555	6560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004704	AGC	2	6	6575	6580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_004704	AGA	2	6	6598	6603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004704	AAT	2	6	6641	6646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004704	TGA	2	6	7099	7104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004704	ATT	2	6	7203	7208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004704	GTA	2	6	7268	7273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004704	GAT	2	6	7277	7282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004704	ATA	2	6	7317	7322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004704	TTA	2	6	7357	7362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004704	ATT	2	6	7419	7424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004704	ACC	2	6	7541	7546	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_004704	TTA	2	6	7609	7614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004704	ACA	2	6	7735	7740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_004704	ACA	2	6	7742	7747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_004704	TTC	2	6	7780	7785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_004704	GAA	2	6	7898	7903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004704	CGT	2	6	7909	7914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_004704	AGG	2	6	7934	7939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004704	ACC	2	6	7960	7965	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_004704	ACG	2	6	8242	8247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_004704	CTA	2	6	8280	8285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_004704	CAA	2	6	8374	8379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_004704	ACG	2	6	8384	8389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_004704	CAA	2	6	8877	8882	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_004704	CAT	2	6	8975	8980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_004704	CGG	2	6	8990	8995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_004704	ATG	2	6	9098	9103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004704	GAT	2	6	9144	9149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004704	TAT	2	6	9163	9168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004704	GCC	2	6	9211	9216	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_004704	ACG	2	6	9302	9307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_004704	ATG	2	6	9362	9367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004704	CAG	2	6	9388	9393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_004704	GAT	2	6	9442	9447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004704	GCG	2	6	9728	9733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_004704	AAC	2	6	9793	9798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_004704	GAT	2	6	9852	9857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004704	ACG	2	6	9887	9892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_004704	GAT	2	6	10020	10025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004704	GCA	2	6	10051	10056	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_004704	ATC	2	6	10115	10120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_004704	GTC	2	6	10481	10486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_004704	CCG	2	6	10509	10514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_004704	TGG	3	9	10578	10586	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004704	CGG	2	6	10602	10607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_004704	GCG	2	6	10626	10631	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_004704	GCG	2	6	10767	10772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_004704	ACC	2	6	10849	10854	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_004704	ATT	2	6	10917	10922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004704	AGA	3	9	11024	11032	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004704	CAT	2	6	11476	11481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
132	NC_004704	CAT	2	6	11512	11517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
133	NC_004704	CAA	2	6	11687	11692	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648122
134	NC_004704	ACC	2	6	11821	11826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648122
135	NC_004704	ATA	2	6	11928	11933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
136	NC_004704	TTC	2	6	12104	12109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648122
137	NC_004704	GCA	2	6	12112	12117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648122
138	NC_004704	AAT	2	6	12118	12123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
139	NC_004704	ATT	2	6	12182	12187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648122
140	NC_004704	GCC	2	6	12244	12249	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648122
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280	NC_004704	TTG	2	6	21814	21819	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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390	NC_004704	ATT	2	6	30272	30277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
391	NC_004704	ATC	2	6	30423	30428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648145
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393	NC_004704	TCT	2	6	30673	30678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
394	NC_004704	GAT	2	6	30895	30900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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397	NC_004704	ATT	2	6	31119	31124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
398	NC_004704	AAT	2	6	31128	31133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
399	NC_004704	TTC	2	6	31265	31270	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
400	NC_004704	CGC	2	6	31368	31373	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
401	NC_004704	CTA	2	6	31390	31395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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403	NC_004704	CTT	2	6	31457	31462	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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