MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 847

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	TTG	2	6	9	14	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004704	TA	4	8	30	37	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004704	AT	3	6	61	66	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004704	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	29648115
5	NC_004704	GGT	2	6	246	251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648115
6	NC_004704	AGA	2	6	363	368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
7	NC_004704	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	29648115
8	NC_004704	CA	3	6	422	427	50 %	0 %	0 %	50 %	29648115
9	NC_004704	A	8	8	455	462	100 %	0 %	0 %	0 %	29648115
10	NC_004704	GAA	2	6	529	534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
11	NC_004704	GTC	2	6	675	680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648117
12	NC_004704	A	6	6	722	727	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
13	NC_004704	CCG	2	6	733	738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648117
14	NC_004704	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	29648117
15	NC_004704	A	6	6	862	867	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
16	NC_004704	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	29648117
17	NC_004704	CAT	2	6	905	910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648117
18	NC_004704	CAATGG	2	12	937	948	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29648117
19	NC_004704	TGA	2	6	963	968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648117
20	NC_004704	A	6	6	996	1001	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
21	NC_004704	AGA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648117
22	NC_004704	A	7	7	1051	1057	100 %	0 %	0 %	0 %	29648117
23	NC_004704	CAGG	2	8	1219	1226	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_004704	TTC	2	6	1253	1258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_004704	GCC	2	6	1272	1277	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_004704	TGC	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_004704	GCC	2	6	1369	1374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_004704	T	6	6	1400	1405	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004704	T	7	7	1469	1475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004704	G	6	6	1569	1574	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004704	GAG	2	6	1588	1593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004704	ATT	2	6	1599	1604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004704	A	6	6	1638	1643	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004704	A	6	6	1698	1703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004704	T	6	6	1716	1721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004704	TTCA	2	8	1726	1733	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_004704	CTA	2	6	1747	1752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_004704	TAG	2	6	1762	1767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004704	GCC	2	6	1791	1796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_004704	TC	3	6	1844	1849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_004704	CAA	2	6	1867	1872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_004704	TTA	2	6	1933	1938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004704	AGCA	2	8	2056	2063	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_004704	A	6	6	2126	2131	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004704	TGT	2	6	2149	2154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004704	T	6	6	2163	2168	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004704	TCG	2	6	2177	2182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_004704	GT	3	6	2334	2339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004704	ACA	2	6	2346	2351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_004704	ATA	2	6	2402	2407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004704	ATG	2	6	2408	2413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004704	T	6	6	2482	2487	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004704	GAA	2	6	2573	2578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
54	NC_004704	A	9	9	2577	2585	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
55	NC_004704	GTTT	2	8	2607	2614	0 %	75 %	25 %	0 %	29648119
56	NC_004704	AGG	2	6	2668	2673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648119
57	NC_004704	T	6	6	2749	2754	0 %	100 %	0 %	0 %	29648119
58	NC_004704	GTT	2	6	2762	2767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648119
59	NC_004704	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648119
60	NC_004704	AATT	2	8	2973	2980	50 %	50 %	0 %	0 %	29648119
61	NC_004704	TGA	2	6	3024	3029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648119
62	NC_004704	AGA	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
63	NC_004704	CAC	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648119
64	NC_004704	TGAT	2	8	3099	3106	25 %	50 %	25 %	0 %	29648119
65	NC_004704	GAA	2	6	3149	3154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
66	NC_004704	A	6	6	3173	3178	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
67	NC_004704	GGT	2	6	3182	3187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
68	NC_004704	A	7	7	3270	3276	100 %	0 %	0 %	0 %	29648119
69	NC_004704	CGG	2	6	3284	3289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
70	NC_004704	GTG	2	6	3312	3317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
71	NC_004704	CCGG	2	8	3344	3351	0 %	0 %	50 %	50 %	29648119
72	NC_004704	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648119
73	NC_004704	GGC	2	6	3445	3450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
74	NC_004704	AGC	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648119
75	NC_004704	CATCAA	2	12	3534	3545	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29648119
76	NC_004704	A	7	7	3624	3630	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004704	TGT	2	6	3638	3643	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004704	T	7	7	3647	3653	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004704	GCT	2	6	3667	3672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_004704	A	7	7	3708	3714	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004704	CTG	2	6	3786	3791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648120
82	NC_004704	TG	3	6	3804	3809	0 %	50 %	50 %	0 %	29648120
83	NC_004704	GCCAC	2	10	3876	3885	20 %	0 %	20 %	60 %	29648120
84	NC_004704	A	6	6	3931	3936	100 %	0 %	0 %	0 %	29648120
85	NC_004704	ATG	2	6	3992	3997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648120
86	NC_004704	AAT	2	6	4060	4065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
87	NC_004704	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
88	NC_004704	T	6	6	4190	4195	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
89	NC_004704	CAG	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648120
90	NC_004704	TTC	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
91	NC_004704	ATT	2	6	4276	4281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
92	NC_004704	ATT	2	6	4300	4305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
93	NC_004704	CTTG	2	8	4307	4314	0 %	50 %	25 %	25 %	29648120
94	NC_004704	T	6	6	4332	4337	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
95	NC_004704	CTT	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
96	NC_004704	TTC	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
97	NC_004704	ATA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
98	NC_004704	TCA	2	6	4439	4444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
99	NC_004704	CGC	2	6	4450	4455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648120
100	NC_004704	ATC	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
101	NC_004704	ATT	2	6	4573	4578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
102	NC_004704	CTT	3	9	4596	4604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
103	NC_004704	CAA	3	9	4624	4632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648120
104	NC_004704	TTGA	2	8	4633	4640	25 %	50 %	25 %	0 %	29648120
105	NC_004704	TTCT	2	8	4670	4677	0 %	75 %	0 %	25 %	29648120
106	NC_004704	A	6	6	4712	4717	100 %	0 %	0 %	0 %	29648120
107	NC_004704	AG	3	6	4775	4780	50 %	0 %	50 %	0 %	29648120
108	NC_004704	ATTTT	2	10	4809	4818	20 %	80 %	0 %	0 %	29648120
109	NC_004704	T	8	8	4815	4822	0 %	100 %	0 %	0 %	29648120
110	NC_004704	CCT	2	6	4862	4867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_004704	TAT	2	6	4900	4905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004704	AGA	2	6	4909	4914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004704	A	6	6	4918	4923	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_004704	AGTTA	2	10	4939	4948	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004704	T	7	7	5027	5033	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004704	AAT	2	6	5046	5051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004704	A	6	6	5095	5100	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004704	ATT	3	9	5120	5128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004704	TAA	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004704	ATTT	2	8	5226	5233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004704	TGATA	2	10	5235	5244	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004704	TGAAA	2	10	5250	5259	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004704	TAT	3	9	5281	5289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004704	AAT	2	6	5317	5322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004704	GAAAG	2	10	5335	5344	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004704	TCGA	2	8	5345	5352	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_004704	TCC	2	6	5354	5359	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_004704	C	6	6	5358	5363	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
129	NC_004704	ATA	2	6	5430	5435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004704	TCAT	2	8	5437	5444	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_004704	TGA	2	6	5467	5472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004704	AAGCA	2	10	5480	5489	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_004704	GAA	2	6	5501	5506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_004704	ATT	2	6	5534	5539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004704	GAA	2	6	5582	5587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_004704	CAATG	2	10	5597	5606	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_004704	ATT	2	6	5627	5632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004704	TTTA	2	8	5699	5706	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004704	ATT	2	6	5739	5744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004704	TGG	2	6	5795	5800	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004704	TA	3	6	5817	5822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_004704	A	6	6	5834	5839	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004704	AAAT	2	8	5898	5905	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004704	GA	3	6	5946	5951	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004704	CCA	2	6	5956	5961	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_004704	GAAA	2	8	6009	6016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004704	GAT	2	6	6085	6090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_004704	TAA	2	6	6137	6142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004704	ACCA	2	8	6166	6173	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_004704	ATGA	2	8	6326	6333	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004704	TTTTC	2	10	6460	6469	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_004704	ATT	2	6	6477	6482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_004704	AT	3	6	6501	6506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_004704	ATA	2	6	6555	6560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_004704	AGC	2	6	6575	6580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_004704	GCGA	2	8	6582	6589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
157	NC_004704	AGA	2	6	6598	6603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_004704	A	7	7	6632	6638	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_004704	AAT	2	6	6641	6646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_004704	A	6	6	6657	6662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_004704	TTATA	2	10	6673	6682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_004704	T	6	6	6750	6755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_004704	TGA	2	6	7099	7104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_004704	CCGT	2	8	7124	7131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
165	NC_004704	ATT	2	6	7203	7208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_004704	GTA	2	6	7268	7273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_004704	GAT	2	6	7277	7282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_004704	ATA	2	6	7317	7322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_004704	TTA	2	6	7357	7362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_004704	ATT	2	6	7419	7424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_004704	A	7	7	7487	7493	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_004704	ACC	2	6	7541	7546	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
173	NC_004704	TTA	2	6	7609	7614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_004704	GA	3	6	7626	7631	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
175	NC_004704	ACA	2	6	7735	7740	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
176	NC_004704	ACA	2	6	7742	7747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_004704	TTC	2	6	7780	7785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_004704	CTTAT	2	10	7786	7795	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_004704	AATA	2	8	7849	7856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
180	NC_004704	ATTAT	2	10	7860	7869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_004704	GAA	2	6	7898	7903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_004704	CGT	2	6	7909	7914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_004704	AGG	2	6	7934	7939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
184	NC_004704	GAAA	2	8	7940	7947	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
185	NC_004704	ACC	2	6	7960	7965	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
186	NC_004704	A	6	6	8000	8005	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_004704	TC	3	6	8076	8081	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
188	NC_004704	AATATG	2	12	8111	8122	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
189	NC_004704	ACG	2	6	8242	8247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_004704	CTA	2	6	8280	8285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
191	NC_004704	TA	3	6	8362	8367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_004704	CAA	2	6	8374	8379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_004704	ACG	2	6	8384	8389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_004704	AGGT	2	8	8444	8451	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
195	NC_004704	CGATC	2	10	8556	8565	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
196	NC_004704	CAA	2	6	8877	8882	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_004704	GGCG	2	8	8941	8948	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
198	NC_004704	CAT	2	6	8975	8980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_004704	CGG	2	6	8990	8995	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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202	NC_004704	ATG	2	6	9098	9103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_004704	A	6	6	13169	13174	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_004704	CGAG	2	8	13182	13189	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
274	NC_004704	AAT	2	6	13248	13253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648124
275	NC_004704	ATC	2	6	13320	13325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648124
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279	NC_004704	TAA	3	9	13778	13786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_004704	GAA	2	6	13807	13812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_004704	TTC	2	6	13830	13835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_004704	TG	3	6	13949	13954	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
283	NC_004704	GAT	2	6	13972	13977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
284	NC_004704	TAA	2	6	14028	14033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_004704	T	6	6	14064	14069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_004704	A	6	6	14084	14089	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_004704	TAC	2	6	14123	14128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
288	NC_004704	ACG	2	6	14166	14171	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_004704	CTGGG	2	10	14202	14211	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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433	NC_004704	AAAG	2	8	19638	19645	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
434	NC_004704	A	6	6	19661	19666	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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494	NC_004704	ATA	2	6	21982	21987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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