MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium tetani E88 plasmid pE88

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004565	AAATT	2	10	753	762	60 %	40 %	0 %	0 %	28373132
2	NC_004565	TACAT	2	10	2018	2027	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_004565	ATTTG	2	10	3447	3456	20 %	60 %	20 %	0 %	28373134
4	NC_004565	AATTT	2	10	4468	4477	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004565	AAAAT	2	10	5078	5087	80 %	20 %	0 %	0 %	28373136
6	NC_004565	AATTT	2	10	5323	5332	40 %	60 %	0 %	0 %	28373137
7	NC_004565	TATTT	2	10	5474	5483	20 %	80 %	0 %	0 %	28373137
8	NC_004565	AGATA	2	10	5558	5567	60 %	20 %	20 %	0 %	28373137
9	NC_004565	GAAAT	2	10	5844	5853	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004565	AATTA	2	10	6325	6334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004565	ATATT	2	10	6568	6577	40 %	60 %	0 %	0 %	28373138
12	NC_004565	TAAAG	2	10	7162	7171	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004565	TATAA	2	10	7762	7771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004565	TTCAT	2	10	9242	9251	20 %	60 %	0 %	20 %	28373141
15	NC_004565	TAGCT	2	10	9529	9538	20 %	40 %	20 %	20 %	28373141
16	NC_004565	ATATA	2	10	12659	12668	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004565	ATTTA	2	10	13151	13160	40 %	60 %	0 %	0 %	28373145
18	NC_004565	ATAAA	2	10	14753	14762	80 %	20 %	0 %	0 %	28373146
19	NC_004565	TAAAA	2	10	15372	15381	80 %	20 %	0 %	0 %	28373146
20	NC_004565	TCTAA	2	10	16670	16679	40 %	40 %	0 %	20 %	28373167
21	NC_004565	ATTTT	2	10	16776	16785	20 %	80 %	0 %	0 %	28373167
22	NC_004565	CTTCA	2	10	18329	18338	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_004565	ATTAA	2	10	18378	18387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004565	ACCTT	2	10	19474	19483	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_004565	ATTAA	2	10	21600	21609	60 %	40 %	0 %	0 %	28373149
26	NC_004565	TTATA	2	10	23775	23784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004565	AATAT	2	10	24214	24223	60 %	40 %	0 %	0 %	28373151
28	NC_004565	CTTTT	2	10	28603	28612	0 %	80 %	0 %	20 %	28373155
29	NC_004565	TTCTT	2	10	28811	28820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_004565	AAAAG	2	10	29844	29853	80 %	0 %	20 %	0 %	28373156
31	NC_004565	ATATA	2	10	30192	30201	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004565	AAAAT	2	10	32025	32034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004565	AATAG	2	10	32061	32070	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004565	TTATA	2	10	33097	33106	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004565	GTAAA	2	10	34456	34465	60 %	20 %	20 %	0 %	28373159
36	NC_004565	ATTAT	2	10	34849	34858	40 %	60 %	0 %	0 %	28373159
37	NC_004565	ATGTA	2	10	35540	35549	40 %	40 %	20 %	0 %	28373160
38	NC_004565	GTTTT	2	10	35587	35596	0 %	80 %	20 %	0 %	28373160
39	NC_004565	CCATA	2	10	35722	35731	40 %	20 %	0 %	40 %	28373160
40	NC_004565	TAATT	2	10	36098	36107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004565	TGTAC	2	10	36858	36867	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_004565	ATTAT	2	10	37310	37319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004565	ATAAA	2	10	37673	37682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004565	AAAAT	2	10	37943	37952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004565	TATCT	2	10	38742	38751	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_004565	ATATA	2	10	39303	39312	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004565	GTTTA	2	10	41142	41151	20 %	60 %	20 %	0 %	28373190
48	NC_004565	ATTTT	2	10	42179	42188	20 %	80 %	0 %	0 %	28373190
49	NC_004565	TTTGT	2	10	42247	42256	0 %	80 %	20 %	0 %	28373190
50	NC_004565	ATATT	2	10	42434	42443	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004565	ATTTA	2	10	42453	42462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004565	TTTAT	2	10	43650	43659	20 %	80 %	0 %	0 %	28373163
53	NC_004565	GTCCT	2	10	44103	44112	0 %	40 %	20 %	40 %	28373163
54	NC_004565	TTTTA	2	10	44180	44189	20 %	80 %	0 %	0 %	28373163
55	NC_004565	ATTTA	2	10	44841	44850	40 %	60 %	0 %	0 %	28373164
56	NC_004565	ATATT	2	10	45229	45238	40 %	60 %	0 %	0 %	28373165
57	NC_004565	ATATT	2	10	46393	46402	40 %	60 %	0 %	0 %	28373166
58	NC_004565	TAAAT	2	10	46594	46603	60 %	40 %	0 %	0 %	28373166
59	NC_004565	TCTAA	2	10	47608	47617	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_004565	ATTTT	2	10	47714	47723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004565	TAACA	2	10	48990	48999	60 %	20 %	0 %	20 %	28373169
62	NC_004565	ATAAA	2	10	49393	49402	80 %	20 %	0 %	0 %	28373170
63	NC_004565	TGGAA	2	10	49517	49526	40 %	20 %	40 %	0 %	28373170
64	NC_004565	TAAGA	2	10	50349	50358	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004565	TAATA	2	10	50643	50652	60 %	40 %	0 %	0 %	28373171
66	NC_004565	AAAGA	2	10	50882	50891	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004565	TATGA	2	10	52007	52016	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004565	AAATT	2	10	52656	52665	60 %	40 %	0 %	0 %	28373173
69	NC_004565	AAAGT	2	10	52759	52768	60 %	20 %	20 %	0 %	28373173
70	NC_004565	TTAAA	2	10	54582	54591	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004565	ATAAA	2	10	57056	57065	80 %	20 %	0 %	0 %	28373176
72	NC_004565	TTTCT	2	10	57075	57084	0 %	80 %	0 %	20 %	28373176
73	NC_004565	ATTAA	2	10	57890	57899	60 %	40 %	0 %	0 %	28373177
74	NC_004565	TTTTC	2	10	58423	58432	0 %	80 %	0 %	20 %	28373178
75	NC_004565	TATTT	2	10	58967	58976	20 %	80 %	0 %	0 %	28373179
76	NC_004565	CTTTT	2	10	59415	59424	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_004565	ATTAC	2	10	60879	60888	40 %	40 %	0 %	20 %	28373181
78	NC_004565	AAATA	2	10	62391	62400	80 %	20 %	0 %	0 %	28373182
79	NC_004565	AAATA	2	10	62520	62529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004565	TTTTG	2	10	62585	62594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004565	TAAAT	2	10	65031	65040	60 %	40 %	0 %	0 %	28373184
82	NC_004565	ATAAA	2	10	65742	65751	80 %	20 %	0 %	0 %	28373185
83	NC_004565	ACAAA	2	10	66067	66076	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_004565	TTTAT	2	10	66425	66434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004565	TAAAA	2	10	66723	66732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004565	TATAG	2	10	68180	68189	40 %	40 %	20 %	0 %	28373187
87	NC_004565	ATTTT	2	10	68202	68211	20 %	80 %	0 %	0 %	28373187
88	NC_004565	TTAAC	2	10	68280	68289	40 %	40 %	0 %	20 %	28373187
89	NC_004565	ATTAT	2	10	68381	68390	40 %	60 %	0 %	0 %	28373187
90	NC_004565	CTTTT	2	10	70491	70500	0 %	80 %	0 %	20 %	28373188
91	NC_004565	GTAAT	2	10	71015	71024	40 %	40 %	20 %	0 %	28373188
92	NC_004565	TGACT	2	10	71660	71669	20 %	40 %	20 %	20 %	28373188
93	NC_004565	CAATA	2	10	72060	72069	60 %	20 %	0 %	20 %	28373188
94	NC_004565	AAGGT	2	10	72234	72243	40 %	20 %	40 %	0 %	28373188
95	NC_004565	AATTA	2	10	72802	72811	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004565	AATTT	2	10	73042	73051	40 %	60 %	0 %	0 %	28373189
97	NC_004565	TGTAT	2	10	73455	73464	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.