MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clostridium tetani E88 plasmid pE88

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004565	TAAA	2	8	221	228	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004565	TTTA	2	8	346	353	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004565	TAAA	2	8	979	986	75 %	25 %	0 %	0 %	28373132
4	NC_004565	GAAT	2	8	1673	1680	50 %	25 %	25 %	0 %	28373132
5	NC_004565	GAAG	2	8	1706	1713	50 %	0 %	50 %	0 %	28373132
6	NC_004565	AAGA	2	8	1802	1809	75 %	0 %	25 %	0 %	28373132
7	NC_004565	TAAA	2	8	1813	1820	75 %	25 %	0 %	0 %	28373132
8	NC_004565	TATT	2	8	2517	2524	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004565	TTTA	2	8	3330	3337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004565	TAAT	2	8	3603	3610	50 %	50 %	0 %	0 %	28373134
11	NC_004565	TCTA	2	8	4224	4231	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_004565	TTCA	2	8	4293	4300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_004565	ATAA	2	8	4340	4347	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004565	TGTT	2	8	4412	4419	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004565	TTTA	2	8	4431	4438	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004565	GTTA	2	8	4840	4847	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004565	AAAC	2	8	4879	4886	75 %	0 %	0 %	25 %	28373136
18	NC_004565	AATT	2	8	4988	4995	50 %	50 %	0 %	0 %	28373136
19	NC_004565	TAAA	2	8	5736	5743	75 %	25 %	0 %	0 %	28373137
20	NC_004565	GATT	2	8	5784	5791	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004565	CTTT	2	8	5795	5802	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004565	ATGA	2	8	5943	5950	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004565	TATT	2	8	6062	6069	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004565	AATT	2	8	6224	6231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004565	GGAA	2	8	6691	6698	50 %	0 %	50 %	0 %	28373138
26	NC_004565	TATT	2	8	6919	6926	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004565	AAAT	2	8	6962	6969	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004565	ATAC	2	8	7193	7200	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_004565	TGAA	2	8	7443	7450	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004565	TACT	2	8	7631	7638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_004565	TTTA	2	8	7639	7646	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004565	AGTA	2	8	7658	7665	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004565	TTAT	2	8	7805	7812	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004565	ACAA	2	8	8035	8042	75 %	0 %	0 %	25 %	28373139
35	NC_004565	ACCA	2	8	8159	8166	50 %	0 %	0 %	50 %	28373139
36	NC_004565	TGTA	2	8	8201	8208	25 %	50 %	25 %	0 %	28373139
37	NC_004565	GAAA	3	12	8231	8242	75 %	0 %	25 %	0 %	28373139
38	NC_004565	ATTA	2	8	8376	8383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004565	TTTA	2	8	8709	8716	25 %	75 %	0 %	0 %	28373140
40	NC_004565	AATA	2	8	9199	9206	75 %	25 %	0 %	0 %	28373141
41	NC_004565	AATT	2	8	9261	9268	50 %	50 %	0 %	0 %	28373141
42	NC_004565	ACTT	2	8	9363	9370	25 %	50 %	0 %	25 %	28373141
43	NC_004565	TAAA	2	8	9399	9406	75 %	25 %	0 %	0 %	28373141
44	NC_004565	TTAC	2	8	9539	9546	25 %	50 %	0 %	25 %	28373141
45	NC_004565	ACTT	2	8	9584	9591	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_004565	CTAT	2	8	9882	9889	25 %	50 %	0 %	25 %	28373142
47	NC_004565	TGTT	2	8	9890	9897	0 %	75 %	25 %	0 %	28373142
48	NC_004565	TATT	2	8	9954	9961	25 %	75 %	0 %	0 %	28373142
49	NC_004565	ATTA	2	8	10578	10585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004565	AATT	2	8	10642	10649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004565	TAAA	2	8	10725	10732	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004565	TAAC	2	8	11744	11751	50 %	25 %	0 %	25 %	28373143
53	NC_004565	ATAG	2	8	11814	11821	50 %	25 %	25 %	0 %	28373143
54	NC_004565	GTTA	2	8	11903	11910	25 %	50 %	25 %	0 %	28373144
55	NC_004565	ATTA	2	8	12278	12285	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004565	ATTT	2	8	12523	12530	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004565	AAAT	2	8	12720	12727	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004565	TAAA	2	8	12961	12968	75 %	25 %	0 %	0 %	28373145
59	NC_004565	CAAC	2	8	13399	13406	50 %	0 %	0 %	50 %	28373145
60	NC_004565	TCAA	2	8	13444	13451	50 %	25 %	0 %	25 %	28373145
61	NC_004565	ATTA	2	8	13572	13579	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
62	NC_004565	ACAA	2	8	13751	13758	75 %	0 %	0 %	25 %	28373146
63	NC_004565	TAAT	2	8	14012	14019	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
64	NC_004565	TAGA	2	8	14417	14424	50 %	25 %	25 %	0 %	28373146
65	NC_004565	AGAA	2	8	14461	14468	75 %	0 %	25 %	0 %	28373146
66	NC_004565	TATT	2	8	14639	14646	25 %	75 %	0 %	0 %	28373146
67	NC_004565	ATAA	2	8	15031	15038	75 %	25 %	0 %	0 %	28373146
68	NC_004565	CATG	2	8	15039	15046	25 %	25 %	25 %	25 %	28373146
69	NC_004565	TAAA	2	8	15389	15396	75 %	25 %	0 %	0 %	28373146
70	NC_004565	TTAT	2	8	15919	15926	25 %	75 %	0 %	0 %	28373146
71	NC_004565	ATTA	2	8	16405	16412	50 %	50 %	0 %	0 %	28373167
72	NC_004565	GTTT	2	8	16633	16640	0 %	75 %	25 %	0 %	28373167
73	NC_004565	TTAG	2	8	16658	16665	25 %	50 %	25 %	0 %	28373167
74	NC_004565	AGTT	2	8	17284	17291	25 %	50 %	25 %	0 %	28373167
75	NC_004565	GTAG	2	8	17529	17536	25 %	25 %	50 %	0 %	28373148
76	NC_004565	ATAA	2	8	18127	18134	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004565	AAAT	2	8	18365	18372	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004565	GAAG	2	8	18633	18640	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004565	TCTA	2	8	19628	19635	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_004565	CTTT	2	8	20181	20188	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_004565	AAAG	2	8	21129	21136	75 %	0 %	25 %	0 %	28373149
82	NC_004565	GAAG	2	8	21249	21256	50 %	0 %	50 %	0 %	28373149
83	NC_004565	TTAA	2	8	21267	21274	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
84	NC_004565	TTAA	2	8	21297	21304	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
85	NC_004565	AATC	2	8	21474	21481	50 %	25 %	0 %	25 %	28373149
86	NC_004565	GTTT	2	8	22652	22659	0 %	75 %	25 %	0 %	28373150
87	NC_004565	TAAA	2	8	22755	22762	75 %	25 %	0 %	0 %	28373150
88	NC_004565	ACTT	2	8	23409	23416	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_004565	ATCT	2	8	23659	23666	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_004565	ATTG	2	8	23820	23827	25 %	50 %	25 %	0 %	28373151
91	NC_004565	ATTT	2	8	24036	24043	25 %	75 %	0 %	0 %	28373151
92	NC_004565	AAAC	2	8	24669	24676	75 %	0 %	0 %	25 %	28373152
93	NC_004565	TTGC	2	8	24895	24902	0 %	50 %	25 %	25 %	28373152
94	NC_004565	AATG	2	8	25583	25590	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004565	AATA	2	8	25679	25686	75 %	25 %	0 %	0 %	28373153
96	NC_004565	ATAA	2	8	26075	26082	75 %	25 %	0 %	0 %	28373153
97	NC_004565	AGAT	2	8	26467	26474	50 %	25 %	25 %	0 %	28373154
98	NC_004565	ATTC	2	8	26777	26784	25 %	50 %	0 %	25 %	28373154
99	NC_004565	ATGT	2	8	27285	27292	25 %	50 %	25 %	0 %	28373155
100	NC_004565	TTTA	2	8	27731	27738	25 %	75 %	0 %	0 %	28373155
101	NC_004565	AAAT	2	8	28183	28190	75 %	25 %	0 %	0 %	28373155
102	NC_004565	AGGA	2	8	28286	28293	50 %	0 %	50 %	0 %	28373155
103	NC_004565	ATTT	2	8	28455	28462	25 %	75 %	0 %	0 %	28373155
104	NC_004565	AAAG	2	8	28529	28536	75 %	0 %	25 %	0 %	28373155
105	NC_004565	TCTT	2	8	28681	28688	0 %	75 %	0 %	25 %	28373155
106	NC_004565	CTAT	2	8	29046	29053	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_004565	ACTT	2	8	29176	29183	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_004565	TAAA	2	8	29210	29217	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004565	TACT	2	8	29351	29358	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_004565	ACTT	2	8	29395	29402	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_004565	GAAT	2	8	29540	29547	50 %	25 %	25 %	0 %	28373156
112	NC_004565	TAAA	2	8	29594	29601	75 %	25 %	0 %	0 %	28373156
113	NC_004565	AAAT	2	8	29939	29946	75 %	25 %	0 %	0 %	28373156
114	NC_004565	AGTA	2	8	30094	30101	50 %	25 %	25 %	0 %	28373156
115	NC_004565	GTAT	2	8	30395	30402	25 %	50 %	25 %	0 %	28373157
116	NC_004565	TTTA	2	8	30411	30418	25 %	75 %	0 %	0 %	28373157
117	NC_004565	AAAC	2	8	30442	30449	75 %	0 %	0 %	25 %	28373157
118	NC_004565	ACAA	2	8	30680	30687	75 %	0 %	0 %	25 %	28373157
119	NC_004565	AGTA	2	8	31854	31861	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004565	ATTT	2	8	32095	32102	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004565	AGGA	2	8	32206	32213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004565	ATTA	2	8	32664	32671	50 %	50 %	0 %	0 %	28373158
123	NC_004565	TTAT	2	8	32804	32811	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004565	TGTT	2	8	32812	32819	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004565	TAAA	2	8	32942	32949	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004565	ACTA	2	8	33065	33072	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_004565	TTTA	2	8	33161	33168	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
128	NC_004565	ATCC	2	8	33493	33500	25 %	25 %	0 %	50 %	28373159
129	NC_004565	ATAG	2	8	33622	33629	50 %	25 %	25 %	0 %	28373159
130	NC_004565	TCAT	2	8	33802	33809	25 %	50 %	0 %	25 %	28373159
131	NC_004565	ATTT	2	8	33866	33873	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
132	NC_004565	ATTT	2	8	34055	34062	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
133	NC_004565	AGTT	2	8	34488	34495	25 %	50 %	25 %	0 %	28373159
134	NC_004565	AATA	2	8	35224	35231	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004565	CATA	2	8	35306	35313	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_004565	ATGC	2	8	35314	35321	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004565	ATTA	2	8	35360	35367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004565	TAAT	2	8	35398	35405	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004565	TAAA	2	8	35437	35444	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004565	TCCT	2	8	35491	35498	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_004565	TTCT	2	8	35898	35905	0 %	75 %	0 %	25 %	28373160
142	NC_004565	ATTT	2	8	36233	36240	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004565	TTAA	2	8	36545	36552	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004565	TTTA	2	8	36595	36602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004565	ATTT	2	8	37286	37293	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004565	AATA	2	8	37518	37525	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004565	AAAC	2	8	37741	37748	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_004565	ATAA	2	8	38405	38412	75 %	25 %	0 %	0 %	28373161
149	NC_004565	AATA	3	12	38434	38445	75 %	25 %	0 %	0 %	28373161
150	NC_004565	ATTT	2	8	38448	38455	25 %	75 %	0 %	0 %	28373161
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.