MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	TTTTA	2	10	602	611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003042	TTTAA	2	10	1688	1697	40 %	60 %	0 %	0 %	15081480
3	NC_003042	CAAAT	2	10	4847	4856	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_003042	TATAT	2	10	5907	5916	40 %	60 %	0 %	0 %	15081488
5	NC_003042	TCATA	2	10	6208	6217	40 %	40 %	0 %	20 %	15081488
6	NC_003042	TGATT	2	10	6408	6417	20 %	60 %	20 %	0 %	15081488
7	NC_003042	TGCTT	2	10	6699	6708	0 %	60 %	20 %	20 %	15081488
8	NC_003042	AATAT	2	10	6854	6863	60 %	40 %	0 %	0 %	15081488
9	NC_003042	TGTTT	2	10	6864	6873	0 %	80 %	20 %	0 %	15081488
10	NC_003042	GAAAA	2	10	7737	7746	80 %	0 %	20 %	0 %	15081488
11	NC_003042	TACAT	2	10	8367	8376	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_003042	TAATT	2	10	10395	10404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003042	TGGAT	2	10	10796	10805	20 %	40 %	40 %	0 %	15081494
14	NC_003042	TTTAT	2	10	11146	11155	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003042	TTTTA	2	10	12631	12640	20 %	80 %	0 %	0 %	15081496
16	NC_003042	AATTG	2	10	13617	13626	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003042	TATGA	2	10	13993	14002	40 %	40 %	20 %	0 %	15081497
18	NC_003042	AAATA	2	10	14570	14579	80 %	20 %	0 %	0 %	15081498
19	NC_003042	TTAAT	2	10	15469	15478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003042	TTTTA	2	10	15682	15691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003042	TTTAT	2	10	15786	15795	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003042	ATTAT	2	10	16015	16024	40 %	60 %	0 %	0 %	15081500
23	NC_003042	TAAAA	2	10	16230	16239	80 %	20 %	0 %	0 %	15081500
24	NC_003042	AATGA	2	10	17066	17075	60 %	20 %	20 %	0 %	15081502
25	NC_003042	ATATA	2	10	17175	17184	60 %	40 %	0 %	0 %	15081503
26	NC_003042	TTAAT	2	10	17456	17465	40 %	60 %	0 %	0 %	15081503
27	NC_003042	TAATA	2	10	18294	18303	60 %	40 %	0 %	0 %	15081505
28	NC_003042	AGAAT	2	10	18463	18472	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003042	ATATA	2	10	18532	18541	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003042	AATTT	2	10	19392	19401	40 %	60 %	0 %	0 %	15081506
31	NC_003042	ATGAA	2	10	19521	19530	60 %	20 %	20 %	0 %	15081506
32	NC_003042	AAAAT	2	10	20563	20572	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003042	ATTTA	2	10	20629	20638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003042	ACAAA	2	10	21265	21274	80 %	0 %	0 %	20 %	15081509
35	NC_003042	TTATT	2	10	22702	22711	20 %	80 %	0 %	0 %	15081511
36	NC_003042	TTATT	2	10	24131	24140	20 %	80 %	0 %	0 %	15081514
37	NC_003042	TACTA	2	10	24168	24177	40 %	40 %	0 %	20 %	15081514
38	NC_003042	TTTTA	2	10	24306	24315	20 %	80 %	0 %	0 %	15081514
39	NC_003042	CTTTC	2	10	24553	24562	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_003042	AAATC	2	10	24962	24971	60 %	20 %	0 %	20 %	15081515
41	NC_003042	CTTTT	2	10	27384	27393	0 %	80 %	0 %	20 %	15081516
42	NC_003042	TTTAA	2	10	27480	27489	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003042	CATAT	2	10	27986	27995	40 %	40 %	0 %	20 %	15081519
44	NC_003042	CTTTT	2	10	28261	28270	0 %	80 %	0 %	20 %	15081519
45	NC_003042	AGTTA	2	10	28364	28373	40 %	40 %	20 %	0 %	15081519
46	NC_003042	TGTAG	2	10	28687	28696	20 %	40 %	40 %	0 %	15081519
47	NC_003042	TGTTT	2	10	29453	29462	0 %	80 %	20 %	0 %	15081520
48	NC_003042	AAATC	2	10	31326	31335	60 %	20 %	0 %	20 %	15081524
49	NC_003042	AATTT	2	10	32414	32423	40 %	60 %	0 %	0 %	15081525
50	NC_003042	TCTTT	2	10	33780	33789	0 %	80 %	0 %	20 %	15081526
51	NC_003042	TAACC	2	10	34534	34543	40 %	20 %	0 %	40 %	15081526
52	NC_003042	TATCT	2	10	35771	35780	20 %	60 %	0 %	20 %	15081527
53	NC_003042	TACCT	2	10	36131	36140	20 %	40 %	0 %	40 %	15081527
54	NC_003042	ATATA	2	10	36683	36692	60 %	40 %	0 %	0 %	15081527
55	NC_003042	TATAA	2	10	37019	37028	60 %	40 %	0 %	0 %	15081527
56	NC_003042	TTTAA	2	10	37747	37756	40 %	60 %	0 %	0 %	15081528
57	NC_003042	ATATT	2	10	38205	38214	40 %	60 %	0 %	0 %	15081529
58	NC_003042	TTCAT	2	10	38510	38519	20 %	60 %	0 %	20 %	15081530
59	NC_003042	TGAAG	2	10	38645	38654	40 %	20 %	40 %	0 %	15081530
60	NC_003042	TTCAT	2	10	39047	39056	20 %	60 %	0 %	20 %	15081530
61	NC_003042	GTTTT	2	10	39113	39122	0 %	80 %	20 %	0 %	15081530
62	NC_003042	ATATA	2	10	39453	39462	60 %	40 %	0 %	0 %	15081530
63	NC_003042	TATAT	2	10	39685	39694	40 %	60 %	0 %	0 %	15081530
64	NC_003042	AATTA	2	10	42567	42576	60 %	40 %	0 %	0 %	15081531
65	NC_003042	CAAAT	2	10	42756	42765	60 %	20 %	0 %	20 %	15081531
66	NC_003042	TAAAT	2	10	43005	43014	60 %	40 %	0 %	0 %	15081531
67	NC_003042	TAAAA	2	10	43620	43629	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003042	CTAAA	2	10	44222	44231	60 %	20 %	0 %	20 %	15081535
69	NC_003042	TTCTT	2	10	44323	44332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_003042	ATTTT	2	10	45008	45017	20 %	80 %	0 %	0 %	15081536
71	NC_003042	TTTGC	2	10	49348	49357	0 %	60 %	20 %	20 %	15081537
72	NC_003042	AAATT	2	10	51083	51092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003042	TAATT	2	10	51100	51109	40 %	60 %	0 %	0 %	15081540
74	NC_003042	ATTAT	2	10	53232	53241	40 %	60 %	0 %	0 %	15081542
75	NC_003042	TTTAA	2	10	53845	53854	40 %	60 %	0 %	0 %	15081543
76	NC_003042	TATCT	2	10	54117	54126	20 %	60 %	0 %	20 %	15081543

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.