MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Chlamydophila pneumoniae AR39

Total Repeats: 442

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002179	ATGCAT	2	12	3637	3648	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16752300
2	NC_002179	CTAAGA	2	12	3992	4003	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752300
3	NC_002179	ATTACT	2	12	4809	4820	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16752300
4	NC_002179	GGAGAA	2	12	7374	7385	50 %	0 %	50 %	0 %	16752302
5	NC_002179	TAAAAA	2	12	8038	8049	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	16752303
6	NC_002179	TATGGA	2	12	15097	15108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752305
7	NC_002179	TTGATG	2	12	16802	16813	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16752307
8	NC_002179	TGACAA	2	12	16890	16901	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752307
9	NC_002179	TTTTAT	2	12	17738	17749	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002179	CTTTGG	2	12	20809	20820	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16752311
11	NC_002179	AGATAA	2	12	21973	21984	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16753066
12	NC_002179	AAATAC	2	12	22487	22498	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16753066
13	NC_002179	TGTAAT	2	12	26276	26287	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16752313
14	NC_002179	TATTTT	2	12	28019	28030	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002179	TTAATG	2	12	28156	28167	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002179	TTTTTA	2	12	41735	41746	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002179	AAAAAC	2	12	43870	43881	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16752328
18	NC_002179	TGCTGG	2	12	47062	47073	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16752333
19	NC_002179	CAAAAA	2	12	49189	49200	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16752335
20	NC_002179	AGGAAC	2	12	53417	53428	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752338
21	NC_002179	AACCCC	2	12	56314	56325	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16752340
22	NC_002179	AGGACA	2	12	56365	56376	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752340
23	NC_002179	CCTTAT	2	12	56403	56414	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16752340
24	NC_002179	TTTATT	2	12	61746	61757	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002179	TGAACA	2	12	62103	62114	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752346
26	NC_002179	GGATAC	2	12	64251	64262	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752346
27	NC_002179	ATGAAA	2	12	65067	65078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16752346
28	NC_002179	AGGTTG	2	12	67586	67597	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16752348
29	NC_002179	CAAATA	2	12	69442	69453	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16752350
30	NC_002179	ATTTCT	2	12	69850	69861	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752350
31	NC_002179	CAGAGG	2	12	70043	70054	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16752350
32	NC_002179	GCATTC	2	12	73167	73178	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_002179	AGCACG	2	12	75907	75918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16752359
34	NC_002179	CAGAAA	2	12	76391	76402	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16752359
35	NC_002179	TCCTGA	2	12	76452	76463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16752359
36	NC_002179	AAAAAT	2	12	80236	80247	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002179	CACCTC	2	12	81464	81475	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	16752364
38	NC_002179	TCAAAG	2	12	88946	88957	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752372
39	NC_002179	GATAGT	2	12	89033	89044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752372
40	NC_002179	TTGTTT	2	12	90438	90449	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002179	AAAACT	2	12	91597	91608	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16752374
42	NC_002179	CTTTAG	2	12	91745	91756	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16752374
43	NC_002179	CTTTTT	2	12	92213	92224	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	16752374
44	NC_002179	GTATTT	2	12	96493	96504	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	16752375
45	NC_002179	CTTAGG	2	12	97312	97323	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_002179	TTGAAG	2	12	98940	98951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752378
47	NC_002179	CCTTTG	2	12	99464	99475	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16752378
48	NC_002179	AACAGA	2	12	100763	100774	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16752379
49	NC_002179	AACGAG	2	12	101984	101995	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752381
50	NC_002179	GTTAAT	2	12	110524	110535	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16752392
51	NC_002179	TTTCTA	2	12	111034	111045	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_002179	AAAAGG	2	12	111637	111648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16752393
53	NC_002179	GCCTAA	2	12	112233	112244	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16752394
54	NC_002179	ATCAAT	2	12	112528	112539	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16752394
55	NC_002179	GTAAAG	2	12	115452	115463	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16752400
56	NC_002179	CTGGAA	2	12	119083	119094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752409
57	NC_002179	GTGGTC	2	12	119357	119368	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16752410
58	NC_002179	TTGTTT	2	12	120434	120445	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	161353774
59	NC_002179	CTAAAG	2	12	123209	123220	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752415
60	NC_002179	ATATGA	2	12	130770	130781	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	16752423
61	NC_002179	TATTTA	2	12	136321	136332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16752427
62	NC_002179	GGATTT	2	12	140486	140497	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16752430
63	NC_002179	AATATT	2	12	145841	145852	50 %	50 %	0 %	0 %	16752436
64	NC_002179	CGATGG	2	12	151309	151320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16752441
65	NC_002179	TTCCGT	2	12	151358	151369	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16752441
66	NC_002179	TGCAAA	2	12	152163	152174	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752442
67	NC_002179	GTGGTT	2	12	157999	158010	0 %	50 %	50 %	0 %	16752446
68	NC_002179	TTGCTT	2	12	159841	159852	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16753068
69	NC_002179	ATGGAT	2	12	161793	161804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752448
70	NC_002179	ACCATT	2	12	161832	161843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16752448
71	NC_002179	ATAATT	2	12	162145	162156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002179	TTTCTT	2	12	164766	164777	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	16752452
73	NC_002179	GCTTTG	2	12	166043	166054	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16752453
74	NC_002179	AGAGCA	2	12	167692	167703	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752453
75	NC_002179	CAAGAG	2	12	169152	169163	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752455
76	NC_002179	GTTCCC	2	12	177341	177352	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	16752466
77	NC_002179	TTGTGG	2	12	177445	177456	0 %	50 %	50 %	0 %	16752466
78	NC_002179	AGGTGT	2	12	177523	177534	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16752466
79	NC_002179	TGTTTT	2	12	179300	179311	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_002179	TTCCTG	2	12	183724	183735	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16752470
81	NC_002179	TAAAAA	2	12	184426	184437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	16752471
82	NC_002179	TAAAAA	2	12	185909	185920	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002179	GCTTTG	2	12	187275	187286	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16752475
84	NC_002179	CTCAAG	2	12	189289	189300	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16752475
85	NC_002179	CCTTTA	2	12	190594	190605	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16752475
86	NC_002179	AGGCGT	2	12	192132	192143	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16752476
87	NC_002179	GAGGGG	2	12	195151	195162	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002179	CAGGTA	2	12	196366	196377	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752479
89	NC_002179	AACAGG	2	12	200694	200705	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752485
90	NC_002179	TTAATG	2	12	203284	203295	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	16752486
91	NC_002179	AAAAAC	2	12	205100	205111	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	16752489
92	NC_002179	TTGGGC	2	12	209879	209890	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16752494
93	NC_002179	GGTCGT	2	12	210846	210857	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	16752496
94	NC_002179	AGGAAA	2	12	211413	211424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	161353773
95	NC_002179	TGAGGT	2	12	215138	215149	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16752501
96	NC_002179	AGGTGA	2	12	217788	217799	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	16752501
97	NC_002179	CACCTT	2	12	218466	218477	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16752501
98	NC_002179	AAAATC	2	12	219541	219552	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16752501
99	NC_002179	TGAAAA	2	12	225628	225639	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16752506
100	NC_002179	AGAAAA	2	12	228489	228500	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	16752511
101	NC_002179	CTCTTT	2	12	229341	229352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16752512
102	NC_002179	GATGTC	2	12	232260	232271	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16752514
103	NC_002179	GGTTGT	2	12	233573	233584	0 %	50 %	50 %	0 %	16752515
104	NC_002179	CTCCTA	2	12	234096	234107	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	16752516
105	NC_002179	CTAAAG	2	12	236334	236345	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752518
106	NC_002179	TTTTTC	2	12	237656	237667	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_002179	TGGGTA	2	12	239126	239137	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16752521
108	NC_002179	TCGAAT	2	12	241170	241181	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16752524
109	NC_002179	AGAAAC	2	12	241410	241421	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	16752524
110	NC_002179	AAGAGC	2	12	244794	244805	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	16752527
111	NC_002179	TTCCTG	2	12	244908	244919	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16752527
112	NC_002179	CAATAG	2	12	252339	252350	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752536
113	NC_002179	TTTCAT	2	12	256960	256971	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752540
114	NC_002179	ACTTTA	2	12	257407	257418	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16752541
115	NC_002179	GTATAG	2	12	260788	260799	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752543
116	NC_002179	ATTTCT	2	12	273515	273526	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_002179	GTTATG	2	12	274044	274055	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16752557
118	NC_002179	TCTTTA	2	12	277464	277475	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752560
119	NC_002179	AGAGGC	2	12	279177	279188	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	16752560
120	NC_002179	GCCTTG	2	12	284318	284329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16752564
121	NC_002179	CTTTAG	2	12	284912	284923	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16752564
122	NC_002179	TTTGTC	2	12	290037	290048	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16752568
123	NC_002179	CAGGTG	2	12	295534	295545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	16752570
124	NC_002179	TAGAGA	2	12	296609	296620	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	16752571
125	NC_002179	GCTGTA	2	12	296711	296722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16752571
126	NC_002179	GGATTA	2	12	297768	297779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752571
127	NC_002179	TTTTCA	2	12	300236	300247	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_002179	TGAGGT	2	12	305465	305476	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	16752573
129	NC_002179	GATTGT	2	12	306265	306276	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16752573
130	NC_002179	ATGTAG	2	12	326872	326883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752586
131	NC_002179	AATAGC	2	12	327200	327211	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752586
132	NC_002179	CCATTA	2	12	327741	327752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16752586
133	NC_002179	GCAATG	2	12	329551	329562	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752588
134	NC_002179	TCCTTG	2	12	329853	329864	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	16752588
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136	NC_002179	AGATAA	2	12	335416	335427	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	16752590
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141	NC_002179	TCTTTA	2	12	341862	341873	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752594
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147	NC_002179	GTAGGG	2	12	352958	352969	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	16752598
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149	NC_002179	TCTTGT	2	12	361064	361075	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16752604
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151	NC_002179	TCTCTA	2	12	372962	372973	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_002179	CATGAT	2	12	382503	382514	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	16752626
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162	NC_002179	CTTGTT	2	12	412629	412640	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	16752658
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347	NC_002179	TTATAA	2	12	951346	951357	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
348	NC_002179	CTTGTA	2	12	952905	952916	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	16752056
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351	NC_002179	AGCAAT	2	12	959821	959832	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752064
352	NC_002179	TTTGAG	2	12	960001	960012	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	16752064
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354	NC_002179	ATTCTC	2	12	964595	964606	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	16752066
355	NC_002179	TCTTCC	2	12	964997	965008	0 %	50 %	0 %	50 %	16752067
356	NC_002179	CTTTAT	2	12	969499	969510	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752069
357	NC_002179	AATATC	2	12	971768	971779	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16752069
358	NC_002179	AGAAAT	2	12	981907	981918	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
359	NC_002179	TTTATG	2	12	982592	982603	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
360	NC_002179	TTCTTA	2	12	986103	986114	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	16752082
361	NC_002179	TGCAGC	3	18	986217	986234	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16752082
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364	NC_002179	AGAATC	2	12	1003704	1003715	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	16752098
365	NC_002179	AAGCTC	2	12	1003744	1003755	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16752098
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384	NC_002179	TCGCTT	2	12	1068353	1068364	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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388	NC_002179	TTTAAA	2	12	1078226	1078237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
389	NC_002179	CAGGAT	2	12	1083126	1083137	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752169
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392	NC_002179	TTCATA	2	12	1094350	1094361	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	16752180
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398	NC_002179	AGTTTT	2	12	1099570	1099581	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	16752185
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400	NC_002179	ATTTTT	2	12	1103178	1103189	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
401	NC_002179	CTGAAG	2	12	1110769	1110780	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	16752191
402	NC_002179	GCTGTT	2	12	1112278	1112289	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	16752193
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442	NC_002179	AGATTG	2	12	1225923	1225934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16752292

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.