MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1029

Total Repeats: 323

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187138	TTATAT	2	12	4	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NT_187138	TGT	2	6	71	76	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NT_187138	T	7	7	96	102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NT_187138	CAAT	2	8	212	219	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NT_187138	TA	3	6	229	234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NT_187138	TTA	2	6	248	253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187138	T	7	7	259	265	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187138	T	6	6	267	272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NT_187138	TCT	2	6	274	279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NT_187138	AGT	2	6	294	299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NT_187138	TTTTTG	2	12	318	329	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187138	A	7	7	351	357	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NT_187138	AGT	2	6	403	408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NT_187138	TCA	2	6	460	465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NT_187138	TAA	2	6	476	481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NT_187138	CTT	2	6	483	488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NT_187138	T	6	6	487	492	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187138	CTA	2	6	541	546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NT_187138	TTAT	2	8	575	582	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NT_187138	AAT	2	6	592	597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NT_187138	AAT	2	6	603	608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NT_187138	ATA	2	6	671	676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NT_187138	TA	3	6	675	680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NT_187138	TCT	2	6	686	691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NT_187138	TG	3	6	697	702	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NT_187138	ATT	3	9	735	743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NT_187138	T	6	6	742	747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NT_187138	TAG	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NT_187138	A	6	6	763	768	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NT_187138	CTT	2	6	789	794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NT_187138	ATA	2	6	810	815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187138	AGG	2	6	816	821	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NT_187138	AAT	3	9	849	857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187138	TAA	2	6	885	890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187138	TGT	2	6	978	983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187138	AAG	2	6	1004	1009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NT_187138	TGA	2	6	1032	1037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NT_187138	CAA	2	6	1066	1071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NT_187138	AAATT	2	10	1151	1160	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NT_187138	TTA	2	6	1211	1216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NT_187138	AAG	2	6	1281	1286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NT_187138	TGA	2	6	1294	1299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NT_187138	A	6	6	1303	1308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NT_187138	TTA	2	6	1355	1360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187138	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NT_187138	CAG	2	6	1405	1410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NT_187138	ATAA	2	8	1461	1468	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NT_187138	AGT	2	6	1473	1478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187138	TAT	2	6	1479	1484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NT_187138	A	6	6	1519	1524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NT_187138	ATA	2	6	1537	1542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NT_187138	TTA	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NT_187138	TGT	2	6	1572	1577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NT_187138	TAC	2	6	1600	1605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NT_187138	ATT	2	6	1606	1611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NT_187138	GCTT	2	8	1662	1669	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NT_187138	TAA	2	6	1739	1744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NT_187138	TAA	2	6	1776	1781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NT_187138	T	6	6	1810	1815	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NT_187138	T	6	6	1896	1901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NT_187138	TAA	2	6	1958	1963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NT_187138	TAT	2	6	2015	2020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187138	CAAG	2	8	2029	2036	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NT_187138	TGA	2	6	2084	2089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NT_187138	CAG	2	6	2107	2112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NT_187138	TA	3	6	2193	2198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NT_187138	ATTT	2	8	2742	2749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NT_187138	ATT	2	6	2758	2763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NT_187138	ATT	2	6	2781	2786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NT_187138	T	8	8	2785	2792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NT_187138	T	7	7	2798	2804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NT_187138	TAATT	2	10	2812	2821	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NT_187138	TAG	2	6	2838	2843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NT_187138	GTT	2	6	2848	2853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NT_187138	TTA	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NT_187138	TA	3	6	2884	2889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NT_187138	GTTTTT	2	12	2899	2910	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NT_187138	A	7	7	2951	2957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NT_187138	ATTA	2	8	4070	4077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NT_187138	TTG	2	6	4133	4138	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NT_187138	AAG	2	6	4150	4155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NT_187138	TTA	2	6	4156	4161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NT_187138	TTA	2	6	4171	4176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NT_187138	TA	3	6	4277	4282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NT_187138	ATAA	2	8	4311	4318	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NT_187138	TAAT	2	8	4361	4368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NT_187138	TG	3	6	4388	4393	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NT_187138	GCA	2	6	4400	4405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NT_187138	GAAA	2	8	4430	4437	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NT_187138	AAT	3	9	4450	4458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NT_187138	ATTT	2	8	4460	4467	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NT_187138	T	7	7	4465	4471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NT_187138	CAG	2	6	4494	4499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NT_187138	AGTA	2	8	4549	4556	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NT_187138	A	7	7	4556	4562	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NT_187138	AAG	2	6	4596	4601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NT_187138	ATA	2	6	4698	4703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NT_187138	AGTT	2	8	4713	4720	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NT_187138	A	6	6	4903	4908	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NT_187138	CTG	2	6	4932	4937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NT_187138	GGT	2	6	4946	4951	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NT_187138	GTT	2	6	4987	4992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NT_187138	CAA	2	6	5052	5057	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NT_187138	AATA	2	8	5083	5090	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NT_187138	AGT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NT_187138	TTA	2	6	5116	5121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187138	TTCTT	2	10	5166	5175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NT_187138	A	6	6	5252	5257	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NT_187138	AAT	2	6	5277	5282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NT_187138	TAA	2	6	5283	5288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NT_187138	ATTTT	2	10	5311	5320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NT_187138	CTT	2	6	5323	5328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NT_187138	TTG	2	6	5363	5368	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NT_187138	TTTC	2	8	5381	5388	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NT_187138	AT	3	6	5426	5431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NT_187138	AAAGT	2	10	5498	5507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NT_187138	ACT	2	6	5545	5550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NT_187138	AAATA	2	10	5574	5583	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NT_187138	A	6	6	5592	5597	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NT_187138	AGC	2	6	5605	5610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NT_187138	AAC	2	6	5660	5665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NT_187138	CTAA	2	8	5677	5684	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NT_187138	AAG	2	6	5702	5707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NT_187138	ATGCTG	2	12	5732	5743	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NT_187138	TGC	2	6	5751	5756	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NT_187138	TAT	2	6	5778	5783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187138	ATT	2	6	5800	5805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187138	AGC	2	6	5808	5813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NT_187138	TAC	2	6	5877	5882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NT_187138	AAT	2	6	5979	5984	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NT_187138	GCT	2	6	6007	6012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NT_187138	TAA	3	9	6066	6074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187138	TGC	2	6	6105	6110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NT_187138	TAG	2	6	6113	6118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NT_187138	TGT	2	6	6123	6128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NT_187138	GGT	2	6	6148	6153	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NT_187138	TGC	2	6	6162	6167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NT_187138	AGC	3	9	6192	6200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NT_187138	CAAT	2	8	6260	6267	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NT_187138	AGATA	2	10	6270	6279	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NT_187138	ACT	3	9	6313	6321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NT_187138	AAT	2	6	6379	6384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NT_187138	ATA	2	6	6389	6394	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NT_187138	CTCTT	2	10	6412	6421	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NT_187138	TA	3	6	6449	6454	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NT_187138	TAA	2	6	6466	6471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NT_187138	TAC	2	6	7494	7499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NT_187138	CAA	2	6	7528	7533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NT_187138	A	6	6	7535	7540	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NT_187138	TTA	2	6	7541	7546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NT_187138	TAAA	2	8	7558	7565	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NT_187138	CTCTT	2	10	7581	7590	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
153	NT_187138	TAA	2	6	7684	7689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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296	NT_187138	AGG	2	6	13711	13716	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
297	NT_187138	GGT	2	6	13742	13747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
298	NT_187138	TAG	2	6	13759	13764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
299	NT_187138	TGC	3	9	13777	13785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
300	NT_187138	GCA	2	6	13796	13801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
301	NT_187138	TTA	2	6	13812	13817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NT_187138	AAG	2	6	13881	13886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NT_187138	TAC	2	6	13945	13950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
304	NT_187138	ATT	2	6	13998	14003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NT_187138	AGG	2	6	14047	14052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
306	NT_187138	A	7	7	14058	14064	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NT_187138	TTA	2	6	14187	14192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NT_187138	AAAG	2	8	14223	14230	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
309	NT_187138	TTG	2	6	14301	14306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
310	NT_187138	GAA	2	6	14324	14329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
311	NT_187138	GCA	2	6	14339	14344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
312	NT_187138	GTG	2	6	14370	14375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
313	NT_187138	T	8	8	14382	14389	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NT_187138	TAA	2	6	14419	14424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NT_187138	TAA	2	6	14457	14462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NT_187138	AATC	2	8	14487	14494	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NT_187138	AGA	2	6	15594	15599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
318	NT_187138	TAAGC	2	10	15622	15631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
319	NT_187138	TG	3	6	15692	15697	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
320	NT_187138	TTTAC	2	10	15743	15752	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
321	NT_187138	AATA	2	8	15766	15773	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NT_187138	A	7	7	15789	15795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NT_187138	TAA	2	6	15811	15816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.