MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. RPE64 DNA

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021294	GCGAC	2	10	3709	3718	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021294	TCCGC	2	10	4786	4795	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_021294	TGTAC	2	10	9680	9689	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021294	CTCAC	2	10	14735	14744	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_021294	TTCGA	2	10	52479	52488	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021294	AAATC	2	10	56391	56400	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021294	GCCGC	2	10	57372	57381	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
8	NC_021294	CGCGC	2	10	63905	63914	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_021294	CTCAC	2	10	66813	66822	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_021294	AGCGC	2	10	66831	66840	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021294	CTTGC	2	10	68752	68761	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021294	CGTTT	2	10	82152	82161	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021294	CAAAA	2	10	92318	92327	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021294	CGCGC	2	10	94708	94717	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021294	GGCCG	2	10	94891	94900	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021294	AACCT	2	10	100694	100703	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021294	CGATG	2	10	109887	109896	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021294	ATTCG	2	10	110603	110612	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021294	GTTTC	2	10	112417	112426	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021294	CGCGC	2	10	125658	125667	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_021294	GCGCG	2	10	150810	150819	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_021294	CTGTC	2	10	176088	176097	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_021294	TTGTG	2	10	215670	215679	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021294	GAACG	2	10	218379	218388	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021294	GACCG	2	10	225655	225664	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021294	GCACG	2	10	252018	252027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_021294	AATCC	2	10	258041	258050	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021294	AGCGC	2	10	264586	264595	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021294	CTCGC	2	10	283779	283788	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_021294	CAAAC	2	10	285370	285379	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021294	GCATT	2	10	288681	288690	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021294	CGTTG	2	10	305646	305655	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021294	TCTGA	2	10	305743	305752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021294	CATTT	2	10	309154	309163	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021294	AAACC	2	10	309240	309249	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021294	GCGTG	2	10	310657	310666	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021294	CACCC	2	10	321420	321429	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_021294	TGCGG	2	10	342005	342014	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021294	CGCGT	2	10	373474	373483	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021294	GGCTG	2	10	388234	388243	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021294	CGAAA	2	10	410417	410426	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021294	CAGAA	2	10	413529	413538	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021294	GCGCC	2	10	421943	421952	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_021294	GGCGT	2	10	422534	422543	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021294	TCCGT	2	10	424393	424402	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021294	CACTG	2	10	435129	435138	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021294	CTTGC	2	10	440057	440066	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021294	TAACG	2	10	459743	459752	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021294	GCGTG	2	10	468492	468501	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021294	GCTTT	2	10	468986	468995	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021294	CTTGG	2	10	470272	470281	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021294	CTAGC	2	10	474035	474044	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021294	GCCTG	2	10	486179	486188	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021294	AGCGG	2	10	487020	487029	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021294	CCAAT	2	10	487519	487528	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021294	CCGGC	2	10	506246	506255	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_021294	CATCC	2	10	507581	507590	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_021294	AGCGC	2	10	514843	514852	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021294	CGCGG	2	10	515163	515172	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021294	GCCGC	2	10	520664	520673	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_021294	GGCGC	2	10	520828	520837	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021294	GCCTT	2	10	524542	524551	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021294	TTGCA	2	10	547436	547445	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021294	GACCA	2	10	548326	548335	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021294	GACCG	2	10	550773	550782	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021294	GAAGC	2	10	551918	551927	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021294	GCGAC	2	10	558505	558514	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021294	TAATC	2	10	585540	585549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021294	GCGAA	2	10	586815	586824	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021294	TGTAT	2	10	589182	589191	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021294	GGGGC	2	10	591614	591623	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021294	CTCTT	2	10	595853	595862	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_021294	GCGCG	2	10	595991	596000	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021294	CGACG	2	10	599533	599542	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021294	CCCGG	2	10	606912	606921	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_021294	TGCAC	2	10	610826	610835	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021294	AAACG	2	10	611401	611410	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021294	CGTGT	2	10	613775	613784	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021294	GGCGC	2	10	615352	615361	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021294	GGCAC	2	10	617033	617042	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021294	CGCTG	2	10	617146	617155	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021294	TTGAC	2	10	617202	617211	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021294	TTGTT	2	10	625445	625454	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021294	GCTTG	2	10	630409	630418	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021294	CGGAG	2	10	630515	630524	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021294	GGCTT	2	10	640275	640284	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021294	GGACG	2	10	659968	659977	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021294	GGAAA	2	10	661462	661471	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021294	AATGC	2	10	668120	668129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021294	GCGCG	2	10	668632	668641	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021294	GACGA	2	10	683914	683923	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021294	ATGCG	2	10	704205	704214	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021294	TTGCA	2	10	704976	704985	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021294	CCGGC	2	10	712660	712669	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_021294	CAAGC	2	10	716376	716385	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021294	TCGAA	2	10	721506	721515	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021294	GATCC	2	10	730105	730114	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021294	CATTG	2	10	730239	730248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021294	CATCA	2	10	731080	731089	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021294	ATGCG	2	10	752220	752229	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021294	CAAGC	2	10	760097	760106	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021294	TCGCT	2	10	764880	764889	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021294	CGAAA	2	10	765390	765399	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021294	ATTTA	2	10	773727	773736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021294	GCGCC	2	10	783901	783910	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
106	NC_021294	TGCGC	2	10	790093	790102	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_021294	ACGCC	2	10	806965	806974	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_021294	CCAAC	2	10	820012	820021	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_021294	GGTCG	2	10	821093	821102	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_021294	AACGC	2	10	821373	821382	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_021294	GAACC	2	10	830780	830789	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_021294	CCAAG	2	10	853635	853644	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_021294	CCGCC	2	10	867263	867272	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
114	NC_021294	CGCTT	2	10	867356	867365	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021294	CGGCG	2	10	867401	867410	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_021294	GCCCC	2	10	870097	870106	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
117	NC_021294	TTTTG	2	10	871802	871811	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021294	TGCAA	2	10	872946	872955	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021294	GCGCG	2	10	873492	873501	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_021294	CGGCT	2	10	876835	876844	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_021294	GCGCC	2	10	895043	895052	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_021294	CGCAA	2	10	895194	895203	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021294	CGCGC	2	10	895404	895413	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_021294	GCAGC	2	10	899221	899230	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_021294	GTTTT	2	10	947660	947669	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021294	CGCGA	2	10	975135	975144	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_021294	ATGTG	2	10	990476	990485	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021294	CTGCA	2	10	990628	990637	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_021294	TGCGC	2	10	997602	997611	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_021294	GCCCG	2	10	1006347	1006356	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
131	NC_021294	ACGGA	2	10	1008089	1008098	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021294	CGCGC	2	10	1011165	1011174	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_021294	TCGCG	2	10	1015734	1015743	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_021294	GCAAT	2	10	1016120	1016129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021294	TGCGA	2	10	1068495	1068504	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021294	GCGAA	2	10	1071181	1071190	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021294	TATCG	2	10	1083061	1083070	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021294	GTCGA	2	10	1128266	1128275	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_021294	CGCAT	2	10	1138110	1138119	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_021294	CGCGC	2	10	1138138	1138147	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
141	NC_021294	CGTTA	2	10	1166227	1166236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021294	TGGGG	2	10	1168147	1168156	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021294	GATGA	2	10	1168798	1168807	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021294	GCTTC	2	10	1169758	1169767	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_021294	CTCCC	2	10	1170799	1170808	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
146	NC_021294	TTCGC	2	10	1171116	1171125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_021294	CACGA	2	10	1172315	1172324	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_021294	TGCAC	2	10	1174274	1174283	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_021294	CACCC	2	10	1209874	1209883	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
150	NC_021294	CGTCA	2	10	1210145	1210154	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_021294	ACCCA	2	10	1210588	1210597	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
152	NC_021294	TGCCC	2	10	1221767	1221776	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
153	NC_021294	GGTTG	2	10	1234471	1234480	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021294	AATTG	2	10	1242944	1242953	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_021294	TAATT	2	10	1248678	1248687	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021294	TGTCA	2	10	1254306	1254315	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_021294	CCGGC	2	10	1266226	1266235	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
158	NC_021294	TCAAA	2	10	1289044	1289053	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_021294	CGGCG	2	10	1294058	1294067	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
160	NC_021294	GGCCC	2	10	1305860	1305869	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
161	NC_021294	ACGAA	2	10	1317907	1317916	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_021294	CGAAA	2	10	1317965	1317974	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_021294	TTTCG	2	10	1342266	1342275	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021294	GCAAT	2	10	1346577	1346586	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_021294	AGGTT	2	10	1356520	1356529	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021294	ATTCG	2	10	1403828	1403837	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_021294	GATCG	2	10	1404818	1404827	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
168	NC_021294	GATGG	2	10	1432169	1432178	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021294	GCGCC	2	10	1432387	1432396	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
170	NC_021294	TGGGT	2	10	1439567	1439576	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021294	GTGTT	2	10	1446823	1446832	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021294	TGCAA	2	10	1447083	1447092	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
173	NC_021294	CAAAG	2	10	1452528	1452537	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.