MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. RPE64 plasmid p1 DNA

Total Repeats: 388

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021289	CGGC	2	8	1355	1362	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021289	GCAC	2	8	1373	1380	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_021289	CCGT	2	8	4125	4132	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_021289	CGCT	2	8	4169	4176	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021289	CAAC	2	8	10428	10435	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021289	AAGC	2	8	31298	31305	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_021289	CTGC	2	8	31325	31332	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_021289	GACC	2	8	32324	32331	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_021289	GAAC	2	8	34941	34948	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021289	TCCG	2	8	36486	36493	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_021289	TGCG	2	8	45946	45953	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021289	CCTT	2	8	46151	46158	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021289	CGAA	2	8	52133	52140	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021289	ACGG	2	8	53643	53650	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_021289	TGCG	2	8	56678	56685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021289	TCAT	2	8	58046	58053	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_021289	CATA	2	8	58131	58138	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021289	AGCG	2	8	63171	63178	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_021289	CGCT	2	8	63230	63237	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_021289	GCAA	3	12	65052	65063	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021289	GGGC	2	8	69542	69549	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021289	TCGT	2	8	81753	81760	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021289	CGGT	2	8	92055	92062	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_021289	GTCA	2	8	92320	92327	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021289	AGTT	2	8	94107	94114	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021289	CACC	2	8	94465	94472	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_021289	TTTG	2	8	94571	94578	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021289	CTTG	2	8	94632	94639	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021289	TCGT	2	8	95021	95028	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_021289	CGAT	2	8	95052	95059	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021289	CAAT	2	8	95214	95221	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021289	ACTT	2	8	99677	99684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_021289	TTGA	2	8	102229	102236	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021289	GGCG	2	8	111886	111893	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_021289	CTCG	2	8	112801	112808	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_021289	TGCT	2	8	113336	113343	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021289	CTCG	2	8	113663	113670	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021289	ATCG	2	8	115598	115605	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021289	ATTC	2	8	115846	115853	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_021289	ACGC	2	8	117606	117613	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_021289	GCTG	2	8	117749	117756	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021289	GCCA	3	12	118453	118464	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_021289	CGAC	2	8	118502	118509	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_021289	CCTC	2	8	118680	118687	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_021289	CGAT	2	8	122029	122036	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021289	GTTG	2	8	130857	130864	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021289	GGCG	2	8	132949	132956	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021289	CACG	2	8	137213	137220	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_021289	ACGA	2	8	140933	140940	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_021289	GCCC	2	8	142851	142858	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
51	NC_021289	AGCA	2	8	142889	142896	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021289	TTGC	2	8	150075	150082	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021289	TGAA	2	8	150121	150128	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021289	TTGC	2	8	150912	150919	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021289	TCGG	2	8	156889	156896	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021289	AACA	2	8	158111	158118	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021289	TCAT	2	8	160310	160317	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021289	TCGA	2	8	160379	160386	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021289	CGTC	2	8	166230	166237	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021289	TGGA	2	8	170791	170798	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021289	GAAC	2	8	170879	170886	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_021289	ACGC	2	8	178976	178983	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021289	CGCA	2	8	183499	183506	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021289	GAAC	2	8	189085	189092	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021289	CATT	2	8	202098	202105	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021289	GCGG	2	8	204169	204176	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021289	CCAC	2	8	209025	209032	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_021289	CGCA	2	8	217889	217896	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021289	CATG	2	8	220901	220908	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021289	TTCC	2	8	245525	245532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_021289	TTCC	2	8	255269	255276	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_021289	GCTT	2	8	256705	256712	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021289	TCAA	2	8	260478	260485	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021289	GTCA	2	8	260585	260592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021289	CAAA	2	8	262165	262172	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021289	GCCT	2	8	262224	262231	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021289	ATGC	2	8	265900	265907	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_021289	GCAT	2	8	265909	265916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021289	CTGG	2	8	272551	272558	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021289	TTCG	2	8	274837	274844	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021289	CCAT	2	8	277263	277270	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021289	TCGA	2	8	277499	277506	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021289	CCGC	2	8	290304	290311	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
84	NC_021289	GGCG	2	8	290357	290364	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
85	NC_021289	TGTT	2	8	291917	291924	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021289	ACCG	2	8	293162	293169	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_021289	GAAA	2	8	293487	293494	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021289	ATCG	2	8	293566	293573	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021289	GACC	2	8	293618	293625	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021289	GGCC	2	8	293865	293872	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021289	GCAA	2	8	293922	293929	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_021289	AGCG	2	8	297607	297614	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_021289	CTGC	2	8	298729	298736	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021289	CGGG	2	8	301773	301780	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021289	GCAA	2	8	302303	302310	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_021289	TTCG	2	8	302875	302882	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_021289	TGCG	2	8	303230	303237	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_021289	AAAG	2	8	303264	303271	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021289	CACG	2	8	307042	307049	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021289	CGTG	2	8	309301	309308	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021289	GCCC	2	8	313469	313476	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
102	NC_021289	TAAG	2	8	315091	315098	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021289	CCAT	2	8	315770	315777	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_021289	CGTT	2	8	319754	319761	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_021289	TGCC	2	8	321021	321028	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021289	ACTG	2	8	322996	323003	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021289	TCCG	2	8	333287	333294	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021289	CTGT	2	8	334337	334344	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021289	GCCT	2	8	334476	334483	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021289	TTCA	2	8	344428	344435	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021289	AAAG	2	8	349986	349993	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021289	CGTT	2	8	355809	355816	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021289	GCGG	2	8	360214	360221	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
114	NC_021289	CGTG	2	8	360689	360696	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021289	TAAT	2	8	366543	366550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021289	CGAA	2	8	366602	366609	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_021289	AGCG	2	8	368822	368829	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021289	TCGT	2	8	371040	371047	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_021289	TCAA	2	8	372180	372187	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_021289	CACG	2	8	380983	380990	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_021289	GCAA	2	8	383200	383207	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021289	AATT	2	8	384187	384194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021289	CAAG	2	8	384255	384262	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021289	GCTG	2	8	384417	384424	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021289	CGTT	2	8	388963	388970	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_021289	CATC	2	8	389307	389314	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_021289	CGAA	2	8	393095	393102	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021289	CGTT	2	8	394994	395001	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_021289	AAAC	2	8	396816	396823	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_021289	ACAA	2	8	398550	398557	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_021289	CGGC	2	8	412072	412079	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_021289	AAGC	2	8	415479	415486	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021289	GAAT	2	8	418948	418955	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021289	TGCA	2	8	421609	421616	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021289	ATTC	2	8	426712	426719	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_021289	CCCG	2	8	432787	432794	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
137	NC_021289	ATTC	2	8	436945	436952	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021289	AGCG	2	8	441761	441768	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_021289	TTCA	2	8	441820	441827	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_021289	CAGA	2	8	447235	447242	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021289	GTCT	2	8	453241	453248	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_021289	AACG	2	8	458777	458784	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021289	GAAA	2	8	461695	461702	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021289	AAAG	2	8	461830	461837	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021289	CCGT	2	8	469439	469446	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_021289	GTGG	2	8	484958	484965	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021289	CGTT	2	8	495143	495150	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_021289	TGAT	2	8	498367	498374	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021289	TATG	2	8	500544	500551	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021289	CGAG	2	8	505453	505460	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021289	CCGT	2	8	509027	509034	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.