MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. RPE64 DNA

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021288	TTGAG	2	10	3426	3435	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021288	GCGAT	2	10	7203	7212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021288	TTCCG	2	10	28592	28601	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_021288	CGGCG	2	10	64732	64741	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_021288	TGTTT	2	10	71923	71932	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021288	CGCGG	2	10	76678	76687	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_021288	AAACG	2	10	77160	77169	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021288	CGTGC	2	10	85381	85390	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021288	CGACA	2	10	93169	93178	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_021288	GCGCC	2	10	93502	93511	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_021288	GGCTC	2	10	147771	147780	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021288	TCGAA	2	10	153928	153937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021288	AAATG	2	10	154014	154023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021288	TCGCG	2	10	156178	156187	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021288	AAGAG	2	10	156333	156342	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021288	AATGC	2	10	163364	163373	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021288	GATGA	2	10	198789	198798	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021288	CGCTG	2	10	211738	211747	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021288	GTCGC	2	10	230480	230489	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021288	CGAAA	2	10	239892	239901	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021288	GTGAC	2	10	273504	273513	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021288	CAAGA	2	10	305616	305625	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021288	AAGCG	2	10	344657	344666	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021288	CGGCG	2	10	347331	347340	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021288	GGCGT	2	10	361916	361925	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021288	CTTGT	2	10	371672	371681	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021288	TTCGC	2	10	389838	389847	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021288	CCTTT	2	10	389901	389910	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021288	ATTTT	2	10	398513	398522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021288	TATTT	2	10	417351	417360	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021288	ATTTT	2	10	433512	433521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021288	ATGGA	2	10	433610	433619	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021288	CGCTC	2	10	434348	434357	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_021288	TGCAA	2	10	455027	455036	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021288	TCGGC	2	10	456867	456876	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021288	CCTCG	2	10	476902	476911	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_021288	ATGCC	2	10	485523	485532	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021288	ACGTG	2	10	489811	489820	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021288	GCCGC	2	10	490918	490927	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_021288	CCAAC	2	10	497740	497749	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_021288	GCGCC	2	10	506370	506379	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_021288	CTGGC	2	10	509006	509015	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021288	GAGCT	2	10	525716	525725	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021288	CGGTG	2	10	545229	545238	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021288	AATCG	2	10	572824	572833	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021288	GTCGC	2	10	573906	573915	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021288	GCGTT	2	10	586368	586377	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021288	CCCTT	2	10	586425	586434	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_021288	TGTGC	2	10	586573	586582	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021288	ACGCT	2	10	587291	587300	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021288	ACATT	2	10	588560	588569	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021288	ATCGA	2	10	603927	603936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021288	CGGCA	2	10	604399	604408	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021288	GCAGT	2	10	620936	620945	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021288	TCAGT	3	15	620946	620960	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021288	ATCGC	2	10	620969	620978	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021288	CTCAA	2	10	625555	625564	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_021288	GACCC	2	10	627203	627212	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_021288	CATCA	2	10	629666	629675	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021288	TAAGG	2	10	640013	640022	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021288	CGGCG	2	10	645953	645962	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021288	CGTGT	2	10	647828	647837	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021288	ATCCA	2	10	663266	663275	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021288	GGCGC	2	10	667166	667175	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021288	GCGTT	2	10	677989	677998	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021288	CGTGC	2	10	678043	678052	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_021288	CAGCA	2	10	679703	679712	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021288	ATCGC	2	10	708498	708507	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021288	GCGCG	2	10	715252	715261	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021288	CGCAC	2	10	727634	727643	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_021288	GCACC	2	10	732532	732541	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021288	CAACC	2	10	755850	755859	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021288	ACATC	2	10	761996	762005	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021288	CTTCG	2	10	762060	762069	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021288	CTTTT	2	10	796716	796725	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021288	TGAAA	2	10	817737	817746	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021288	CTAGT	2	10	831530	831539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021288	CGGAC	2	10	831654	831663	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_021288	TTATT	2	10	838593	838602	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021288	TTCGC	2	10	847783	847792	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021288	GCGCC	2	10	864549	864558	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_021288	TCATT	2	10	865186	865195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021288	AAAAT	2	10	878038	878047	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021288	AAAAT	2	10	880840	880849	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021288	CATAC	2	10	880912	880921	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_021288	CGCAC	2	10	892130	892139	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.