MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5036 complete genome

Total Repeats: 464

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020410	ATATT	2	10	190	199	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020410	ATTAT	2	10	1956	1965	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020410	TCGTG	2	10	10885	10894	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020410	GGACG	2	10	11586	11595	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020410	AAATA	2	10	23286	23295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020410	TCGTG	2	10	32448	32457	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020410	GGACG	2	10	33149	33158	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020410	ACAAA	2	10	36251	36260	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020410	TTTTG	2	10	53846	53855	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020410	TAAAG	2	10	64811	64820	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020410	GAAAG	2	10	71156	71165	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020410	TAAAA	2	10	83502	83511	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020410	TCGTG	2	10	92311	92320	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020410	GGACG	2	10	93070	93079	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020410	TCGTG	2	10	98195	98204	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020410	GGACG	2	10	98954	98963	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020410	TTACG	2	10	120706	120715	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020410	TAAAA	2	10	121346	121355	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020410	TTGTG	2	10	154575	154584	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020410	CGGCC	2	10	159385	159394	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_020410	TCGTG	2	10	162840	162849	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020410	GGACG	2	10	163541	163550	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020410	GTTCA	2	10	166837	166846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020410	TACAT	2	10	167105	167114	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020410	TCGTG	2	10	167757	167766	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020410	GGACG	2	10	168632	168641	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020410	TCGTG	2	10	173113	173122	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020410	GGACG	2	10	173814	173823	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020410	TTTTC	2	10	181649	181658	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020410	TTCCT	2	10	181716	181725	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020410	GCGGA	2	10	184618	184627	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020410	ACAAG	2	10	203754	203763	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020410	AGAAA	2	10	206407	206416	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020410	ACAGC	2	10	208770	208779	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020410	AAATT	2	10	230877	230886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020410	TCCTT	2	10	233696	233705	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020410	AATAA	2	10	247636	247645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020410	TGATA	2	10	247709	247718	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020410	TCCGA	2	10	256822	256831	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_020410	TAAAA	2	10	256874	256883	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020410	ATAAA	2	10	257470	257479	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020410	CAAAA	2	10	257801	257810	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020410	TAATT	2	10	259027	259036	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020410	CGTTT	2	10	259095	259104	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020410	CTTTT	2	10	266492	266501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020410	GAGAA	2	10	271051	271060	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020410	AAATG	2	10	313537	313546	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020410	TCTTG	2	10	344793	344802	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_020410	TTATG	2	10	371227	371236	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020410	GGGAA	2	10	374170	374179	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020410	TATCA	2	10	376254	376263	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020410	AAGAA	2	10	445240	445249	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020410	CTATA	2	10	446529	446538	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020410	ACGGG	2	10	456691	456700	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020410	TGCTG	2	10	456921	456930	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020410	AGGAA	2	10	475092	475101	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020410	CTGAG	2	10	480120	480129	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020410	ATAAA	2	10	481596	481605	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020410	CTTGA	2	10	503562	503571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020410	TTTTG	2	10	503588	503597	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020410	CATGT	2	10	504121	504130	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020410	TAGTC	2	10	506628	506637	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020410	AGATT	2	10	513569	513578	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020410	AACTT	2	10	514196	514205	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020410	TCAAT	2	10	514337	514346	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020410	AATGA	2	10	514511	514520	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020410	AAATC	2	10	516387	516396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020410	AAGAT	2	10	519603	519612	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020410	TAACG	2	10	521614	521623	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020410	TATCT	2	10	528128	528137	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020410	AAACA	2	10	535410	535419	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020410	GAGAG	2	10	538355	538364	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020410	CAAAA	2	10	551827	551836	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_020410	TCGTA	2	10	553602	553611	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020410	AAAGG	2	10	556813	556822	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020410	TCCGC	2	10	561077	561086	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_020410	CAAAA	2	10	569086	569095	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020410	ATTCA	2	10	579145	579154	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020410	TCGTG	2	10	583659	583668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020410	GGACG	2	10	584360	584369	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020410	CTTTT	2	10	595839	595848	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020410	AATTT	2	10	599626	599635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020410	CAGAG	2	10	603232	603241	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020410	GATGA	2	10	614778	614787	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020410	ATTGA	2	10	632268	632277	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020410	GCGGG	2	10	635160	635169	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020410	AGGAA	2	10	657495	657504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020410	CATTT	2	10	660847	660856	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020410	GTGAA	2	10	677732	677741	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020410	CAACC	2	10	681081	681090	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_020410	CAATT	2	10	723176	723185	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020410	TTCAA	2	10	745796	745805	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020410	ATCAG	2	10	751144	751153	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020410	AATTA	2	10	761185	761194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020410	AGGGC	2	10	769344	769353	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020410	CCTTC	2	10	789734	789743	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_020410	TGATA	2	10	795170	795179	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020410	TTATA	2	10	808144	808153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020410	TTTTC	2	10	811373	811382	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020410	AAGGA	2	10	814393	814402	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020410	CCTTT	2	10	815388	815397	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020410	TCGTG	2	10	833572	833581	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020410	GGACG	2	10	834273	834282	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020410	ATATA	2	10	842150	842159	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020410	GTTTC	2	10	862924	862933	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020410	TAAAG	2	10	885405	885414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020410	GGGGA	2	10	885438	885447	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020410	GTGAT	2	10	887159	887168	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020410	CCGCT	2	10	894185	894194	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
110	NC_020410	ATAAA	2	10	905379	905388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020410	CTTTT	2	10	909551	909560	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020410	AAGTC	2	10	912886	912895	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020410	ATATT	2	10	914822	914831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020410	GGAAG	2	10	918754	918763	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020410	CGGCG	2	10	924791	924800	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
116	NC_020410	GACAA	2	10	930863	930872	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020410	ATGAT	2	10	932021	932030	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020410	AAAAG	2	10	932032	932041	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020410	AGTGG	2	10	946308	946317	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020410	TTTTG	2	10	954277	954286	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020410	AAATT	2	10	964162	964171	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020410	ATTAC	2	10	964869	964878	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_020410	TTTTC	2	10	966640	966649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020410	AATAA	2	10	966662	966671	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020410	CAAAA	2	10	969873	969882	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020410	AGAAA	2	10	989288	989297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020410	TGTGA	2	10	1007239	1007248	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020410	GATAG	2	10	1009879	1009888	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020410	TTTAT	2	10	1019479	1019488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020410	TGGCC	2	10	1043878	1043887	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_020410	CGTTT	2	10	1043978	1043987	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020410	AAATA	2	10	1049091	1049100	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020410	GCCCC	2	10	1051788	1051797	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_020410	CTTTT	2	10	1058266	1058275	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020410	CATAC	2	10	1071166	1071175	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_020410	ATCCG	2	10	1071316	1071325	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_020410	GAATA	2	10	1072125	1072134	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020410	TTCCT	2	10	1081379	1081388	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_020410	CACAA	2	10	1097249	1097258	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_020410	TGATA	2	10	1099469	1099478	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020410	TCATA	2	10	1101086	1101095	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_020410	TGATA	2	10	1102509	1102518	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020410	TATGA	2	10	1113678	1113687	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020410	AAGGA	2	10	1118431	1118440	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020410	AGGGG	2	10	1121992	1122001	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020410	TTTGC	2	10	1126892	1126901	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_020410	CTCTT	2	10	1129932	1129941	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_020410	ATCAG	2	10	1131353	1131362	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_020410	ATTGT	2	10	1131730	1131739	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_020410	CTTTA	2	10	1157846	1157855	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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166	NC_020410	TAAAA	2	10	1174959	1174968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_020410	GATGA	2	10	2097904	2097913	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
264	NC_020410	TTTTG	2	10	2104755	2104764	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_020410	TCAGC	2	10	2176409	2176418	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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272	NC_020410	ACGCG	2	10	2197887	2197896	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
273	NC_020410	TTTTA	2	10	2207273	2207282	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_020410	TTACA	2	10	2212234	2212243	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
275	NC_020410	CTCCC	2	10	2218327	2218336	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
276	NC_020410	TTTTA	2	10	2230019	2230028	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_020410	TATAC	2	10	2250038	2250047	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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280	NC_020410	GCATA	2	10	2267974	2267983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
281	NC_020410	TGAGC	2	10	2268152	2268161	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
282	NC_020410	AAATT	2	10	2308221	2308230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_020410	TAAAA	2	10	2346835	2346844	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_020410	ATTTT	2	10	2400502	2400511	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_020410	AAATG	2	10	2429754	2429763	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_020410	TGTTT	2	10	2459375	2459384	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
287	NC_020410	TTTTA	2	10	2470752	2470761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_020410	TATAA	2	10	2479998	2480007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_020410	ATTGC	2	10	2500493	2500502	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_020410	TATTT	2	10	2512607	2512616	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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408	NC_020410	CATTT	2	10	3490113	3490122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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423	NC_020410	TCCTT	2	10	3643011	3643020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
424	NC_020410	AGCGA	2	10	3644633	3644642	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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428	NC_020410	TAATC	2	10	3658719	3658728	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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452	NC_020410	TAAAG	2	10	3845183	3845192	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_020410	TCCTC	2	10	3897897	3897906	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
462	NC_020410	ATGAC	2	10	3900048	3900057	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
463	NC_020410	TAAAA	2	10	3902587	3902596	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_020410	GTTTG	2	10	3907686	3907695	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.