MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia afzelii HLJ01 chromosome

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018887	AATTT	2	10	8310	8319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018887	AATTA	2	10	22771	22780	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018887	AAGTA	2	10	46514	46523	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018887	ACTAA	2	10	47102	47111	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018887	TAAAT	2	10	56760	56769	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018887	TATTT	2	10	56770	56779	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018887	TTTCA	2	10	80783	80792	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018887	AAAAT	2	10	80911	80920	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018887	TACAA	2	10	108091	108100	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018887	ATTTA	2	10	114591	114600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018887	TTATA	2	10	131120	131129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018887	TATAA	2	10	143951	143960	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018887	AAAAT	2	10	150501	150510	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018887	TAAAA	2	10	150563	150572	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018887	TTTCA	2	10	152056	152065	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018887	TAAAA	2	10	152696	152705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018887	TAAAA	2	10	152733	152742	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018887	ATAAA	2	10	156125	156134	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018887	ATCAG	2	10	169157	169166	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018887	TTTAA	2	10	188982	188991	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018887	TAAAA	2	10	193376	193385	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018887	TAACT	2	10	199113	199122	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018887	TCAAA	2	10	202428	202437	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018887	AAATT	2	10	208301	208310	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018887	ATAAA	2	10	216096	216105	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018887	AAAGA	2	10	219489	219498	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018887	ATCAA	2	10	219513	219522	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_018887	ACATT	2	10	227433	227442	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018887	TAAAA	2	10	243413	243422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018887	ATAAA	2	10	244161	244170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018887	TATAA	2	10	244323	244332	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018887	AAAAT	2	10	244426	244435	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018887	TAAAA	2	10	245243	245252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018887	AGAAA	2	10	247157	247166	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018887	TTTAA	2	10	248809	248818	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018887	TAAAA	2	10	251760	251769	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018887	AACAA	2	10	262416	262425	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018887	TTTAT	2	10	272319	272328	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018887	TATAA	3	15	272373	272387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018887	TTTTA	2	10	272416	272425	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018887	AGAAA	2	10	286230	286239	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018887	TAATT	2	10	326549	326558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018887	AAAAT	2	10	338759	338768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018887	ATAAA	2	10	353987	353996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018887	AGCAA	2	10	355474	355483	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_018887	TTACT	2	10	357495	357504	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018887	TTTAA	2	10	372084	372093	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018887	TAAAA	2	10	372823	372832	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018887	ATTCC	2	10	393154	393163	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_018887	ATAAA	2	10	395524	395533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018887	CTTTT	2	10	407236	407245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018887	TTAAT	2	10	410971	410980	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018887	TAAAA	2	10	435448	435457	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018887	CTCCC	2	10	437952	437961	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
55	NC_018887	TAAAA	2	10	438684	438693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018887	CTCCC	2	10	441188	441197	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
57	NC_018887	ATAAA	2	10	441925	441934	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018887	CAAAA	2	10	443792	443801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018887	AAAAT	2	10	443965	443974	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018887	TTTAA	2	10	444426	444435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018887	TTAAA	2	10	444488	444497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018887	AACAG	2	10	446052	446061	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018887	AAAAG	2	10	446436	446445	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018887	TCGCT	2	10	446776	446785	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_018887	CAAAA	2	10	449887	449896	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018887	TAATT	2	10	449919	449928	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018887	AAAAC	2	10	451307	451316	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018887	TTTGT	2	10	474307	474316	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018887	TATTT	2	10	483213	483222	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018887	CTTTA	2	10	484439	484448	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018887	ATGTT	4	20	487565	487584	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018887	TTTTA	2	10	491601	491610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018887	ATTAA	2	10	494140	494149	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018887	ATTTA	2	10	529118	529127	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018887	TTATG	2	10	535906	535915	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018887	CTTCA	2	10	536054	536063	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_018887	TTTTA	2	10	541263	541272	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018887	AAATT	2	10	579195	579204	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018887	AAATT	2	10	585884	585893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018887	TATTT	2	10	589811	589820	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018887	ATTTG	2	10	592963	592972	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018887	AGATT	2	10	601311	601320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018887	GGATA	2	10	608857	608866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018887	AAAAG	2	10	620560	620569	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018887	GTTTT	2	10	620625	620634	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018887	ATGTT	2	10	620653	620662	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018887	ATTTT	2	10	623512	623521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018887	TATAT	2	10	636376	636385	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018887	TTTAT	2	10	647500	647509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018887	CTTAT	2	10	676692	676701	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018887	ATTTT	2	10	676769	676778	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018887	TTAAA	2	10	688410	688419	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018887	TATAT	2	10	690218	690227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018887	ATTTT	2	10	701868	701877	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018887	TAATT	2	10	704847	704856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018887	TTTTA	2	10	716679	716688	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018887	TAGAA	2	10	716835	716844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018887	TATAA	2	10	726062	726071	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018887	TAAGA	2	10	738582	738591	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018887	TTTTG	2	10	740741	740750	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018887	ATTAT	2	10	744510	744519	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018887	ATTTT	2	10	746774	746783	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018887	CTTAT	2	10	771333	771342	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018887	ATTTT	2	10	784659	784668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018887	ATTAA	2	10	785183	785192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018887	TTTGA	2	10	790697	790706	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018887	AAATT	2	10	793447	793456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018887	TTTTA	2	10	795204	795213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018887	CTTAA	2	10	800694	800703	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018887	ATTAT	2	10	800706	800715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018887	ATTTA	2	10	805916	805925	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018887	GAAAA	2	10	810898	810907	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018887	ATTTT	2	10	811174	811183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018887	TAAAT	2	10	814931	814940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018887	ATAAA	2	10	817068	817077	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018887	AGATG	2	10	819614	819623	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018887	CTTTT	2	10	820175	820184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018887	TATAT	2	10	861911	861920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018887	ATTAT	2	10	905452	905461	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.