MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A chromosome

Total Repeats: 330

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017243	AAAATT	2	12	5531	5542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017243	TTAAAT	2	12	15182	15193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017243	TTAATG	2	12	16693	16704	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017243	TTTATA	2	12	24509	24520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017243	TAAATA	2	12	27032	27043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017243	TTTTAA	2	12	27047	27058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017243	AAAATT	2	12	44803	44814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017243	TTTAAA	2	12	50185	50196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017243	ATTTTT	2	12	56379	56390	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017243	AAAAAG	2	12	59673	59684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017243	CGAACA	2	12	73606	73617	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017243	GATAAA	2	12	77919	77930	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017243	TTACAA	2	12	95131	95142	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017243	TTTCTT	2	12	98564	98575	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017243	CTAATT	2	12	98671	98682	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017243	TAATTT	2	12	101948	101959	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017243	AATTAA	2	12	102035	102046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017243	ATAATT	2	12	104425	104436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017243	TTTAAA	2	12	110073	110084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017243	TAAAAA	2	12	114123	114134	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017243	ATTTAA	2	12	117165	117176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017243	TATAGA	2	12	122184	122195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017243	TTTTTA	2	12	148150	148161	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017243	AATTTT	2	12	148206	148217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017243	ATAATT	2	12	150182	150193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017243	AAAAGA	2	12	150975	150986	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017243	ATAGAT	2	12	151659	151670	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017243	ATTTTA	2	12	157207	157218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017243	AGATTA	2	12	158313	158324	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017243	AATTAT	2	12	178034	178045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017243	TAATTT	2	12	179583	179594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017243	TTAAAT	2	12	180292	180303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017243	AAATAA	2	12	190840	190851	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017243	TTTTAT	2	12	220914	220925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017243	AATATT	2	12	242247	242258	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017243	GAATTA	2	12	245858	245869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017243	ATTAAA	2	12	249105	249116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017243	TTTATA	2	12	253082	253093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017243	TAAAAT	2	12	261780	261791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017243	ATTTTT	2	12	264045	264056	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017243	ATTTTT	2	12	265396	265407	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017243	TTTTTA	2	12	265589	265600	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017243	AAATAT	2	12	265615	265626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017243	TTTTAA	2	12	272185	272196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017243	TTATAT	2	12	273073	273084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017243	TAATTA	2	12	276528	276539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017243	TTTATA	2	12	280218	280229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017243	ATTTTT	2	12	283126	283137	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017243	TAGGCG	2	12	288280	288291	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017243	TAAAAA	2	12	290201	290212	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017243	TTTTTA	2	12	307034	307045	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017243	TAAAAA	2	12	330577	330588	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017243	GTATTA	2	12	336385	336396	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017243	AATAGA	2	12	336414	336425	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017243	AAATTT	2	12	339811	339822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017243	ATAAAT	2	12	353891	353902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017243	TTGACT	2	12	370804	370815	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017243	TTTTAT	2	12	371452	371463	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017243	ACTTAT	2	12	378110	378121	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017243	TCATTA	2	12	378887	378898	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017243	TACAGC	2	12	378901	378912	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017243	TTATAT	2	12	396417	396428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017243	AAATTT	2	12	403139	403150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017243	ATGTAT	2	12	424025	424036	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017243	TAAAAA	2	12	433782	433793	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017243	AATTAT	2	12	440169	440180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017243	TAAAAA	2	12	477691	477702	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017243	ATTTTT	2	12	491036	491047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017243	AATGAA	2	12	497796	497807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017243	TGATAA	2	12	498086	498097	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017243	TTTTAA	2	12	522216	522227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017243	TGCATT	2	12	526471	526482	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017243	ATATTT	2	12	550178	550189	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017243	TTCTAT	2	12	552143	552154	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017243	GTAAAA	2	12	554570	554581	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017243	TATTTT	2	12	554701	554712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017243	TATATT	2	12	561403	561414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017243	TATAAA	2	12	568347	568358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017243	TTTGAA	2	12	570823	570834	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017243	TTTATA	2	12	574608	574619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017243	ATTTTC	2	12	576244	576255	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017243	TGAAAA	2	12	586593	586604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017243	TAAATT	2	12	592798	592809	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017243	ATTTAA	2	12	592813	592824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017243	ATTTTA	2	12	594133	594144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017243	TAAATT	2	12	596294	596305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017243	TTTATA	2	12	596387	596398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017243	TAAAAA	2	12	598161	598172	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017243	TAAAAT	2	12	600290	600301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017243	ATATTG	2	12	612440	612451	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017243	AATTTA	2	12	619900	619911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017243	AAATTT	2	12	624784	624795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017243	TATAAA	2	12	631527	631538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017243	TACATA	2	12	650994	651005	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017243	TTTTTA	2	12	651062	651073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017243	TAAAAA	2	12	660830	660841	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017243	TAGTTT	2	12	681226	681237	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017243	TAATTT	2	12	703884	703895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017243	TAAAAA	2	12	712350	712361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017243	AAAATT	2	12	735784	735795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017243	CAGGTA	2	12	736087	736098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017243	TAAAGA	2	12	736346	736357	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017243	AATGAA	2	12	736449	736460	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017243	AAAAAT	2	12	741362	741373	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017243	TTGTAT	2	12	746899	746910	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017243	TAAATA	2	12	754694	754705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017243	TAATTA	2	12	757362	757373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017243	TAAATA	2	12	761049	761060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017243	ATGATT	2	12	769290	769301	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017243	ATATTA	2	12	773061	773072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017243	TAAAAT	2	12	813122	813133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017243	TTTTTA	2	12	822517	822528	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017243	CTTTTT	2	12	825924	825935	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017243	ATATTT	2	12	834570	834581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017243	TAAAAA	2	12	844846	844857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017243	ATAAAC	2	12	854805	854816	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017243	TTAATT	2	12	865945	865956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017243	TTTTTA	2	12	873213	873224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017243	AAAAGA	2	12	896512	896523	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017243	ATAAAG	2	12	903343	903354	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017243	TGAAAA	2	12	926563	926574	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017243	ATTAGT	2	12	926750	926761	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017243	TTTAAA	2	12	948295	948306	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017243	TAAAAA	2	12	949968	949979	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017243	TTTATT	2	12	992129	992140	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017243	TTTTAT	2	12	992817	992828	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017243	AATTTG	2	12	1012897	1012908	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017243	TTTTAA	2	12	1057208	1057219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017243	AATAAA	2	12	1085037	1085048	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017243	TAAAAT	2	12	1095248	1095259	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017243	TAGTAA	2	12	1096797	1096808	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017243	AATTAT	2	12	1116187	1116198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017243	ACAAAT	2	12	1164331	1164342	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017243	AATTTT	2	12	1209638	1209649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017243	TTTTTA	2	12	1209657	1209668	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017243	TTTAAT	2	12	1220332	1220343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017243	TTATTT	2	12	1229307	1229318	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017243	ATATTA	2	12	1248143	1248154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017243	TATATT	2	12	1253175	1253186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_017243	AAAATT	2	12	2648442	2648453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017243	TAGTTG	2	12	2650805	2650816	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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268	NC_017243	ATAATT	2	12	2739742	2739753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_017243	TATTTA	2	12	2755151	2755162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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272	NC_017243	TAAAAA	2	12	2805814	2805825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_017243	TTTAAA	2	12	2861265	2861276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_017243	AATATT	2	12	2882177	2882188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_017243	TTAATA	2	12	2900218	2900229	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_017243	TATAAT	2	12	2905309	2905320	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_017243	ATTTTT	2	12	2909254	2909265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_017243	TAATAT	2	12	2913467	2913478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017243	ATAAAA	2	12	2927701	2927712	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_017243	ATTATA	2	12	3025758	3025769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_017243	TAAAAA	2	12	3031934	3031945	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017243	TAATTT	2	12	3032452	3032463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.