MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Bordetella pertussis CS chromosome

Total Repeats: 19444

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_017223	ACCA	2	8	313483	313490	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1502	NC_017223	CGA	3	9	313494	313502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1503	NC_017223	GGC	2	6	313507	313512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1504	NC_017223	CG	3	6	313552	313557	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1505	NC_017223	GGCC	2	8	313571	313578	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1506	NC_017223	GGC	2	6	313624	313629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1507	NC_017223	CCG	2	6	313634	313639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1508	NC_017223	ACG	2	6	313640	313645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_017223	CGCC	2	8	313656	313663	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1510	NC_017223	GGC	2	6	313671	313676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1511	NC_017223	TCG	2	6	313699	313704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1512	NC_017223	CAG	2	6	313723	313728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1513	NC_017223	CCA	2	6	313793	313798	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1514	NC_017223	CAT	2	6	313839	313844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1515	NC_017223	GC	3	6	313868	313873	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1516	NC_017223	GC	3	6	313876	313881	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1517	NC_017223	GGC	2	6	313917	313922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1518	NC_017223	CGC	2	6	314001	314006	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1519	NC_017223	CA	3	6	314042	314047	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1520	NC_017223	GC	3	6	314085	314090	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1521	NC_017223	GC	6	12	314107	314118	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1522	NC_017223	GC	3	6	314124	314129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1523	NC_017223	CGG	2	6	314159	314164	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_017223	GCC	3	9	314175	314183	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1525	NC_017223	GC	4	8	314193	314200	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1526	NC_017223	CGC	2	6	314237	314242	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1527	NC_017223	GC	3	6	314249	314254	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1528	NC_017223	CG	6	12	314270	314281	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1529	NC_017223	CAA	2	6	314305	314310	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1530	NC_017223	CAGC	2	8	314326	314333	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1531	NC_017223	CGA	2	6	314347	314352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1532	NC_017223	GGC	2	6	314410	314415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1533	NC_017223	GGC	2	6	314435	314440	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1534	NC_017223	GGT	2	6	314449	314454	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1535	NC_017223	CCG	2	6	314469	314474	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1536	NC_017223	GCC	2	6	314510	314515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1537	NC_017223	GTG	2	6	314525	314530	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1538	NC_017223	CG	3	6	314540	314545	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1539	NC_017223	GC	3	6	314561	314566	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1540	NC_017223	CGTG	2	8	314617	314624	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1541	NC_017223	CGAGGC	2	12	314662	314673	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
1542	NC_017223	GC	4	8	314672	314679	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1543	NC_017223	CTGG	2	8	314746	314753	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1544	NC_017223	GGCCA	2	10	314780	314789	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
1545	NC_017223	CGG	2	6	314800	314805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1546	NC_017223	GCG	2	6	316884	316889	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1547	NC_017223	CAT	2	6	316897	316902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1548	NC_017223	AAC	2	6	316915	316920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1549	NC_017223	CCG	2	6	319495	319500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1550	NC_017223	GCCCG	2	10	319517	319526	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
1551	NC_017223	CG	3	6	321181	321186	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1552	NC_017223	AATC	2	8	321265	321272	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1553	NC_017223	T	7	7	321311	321317	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1554	NC_017223	CAAAA	2	10	321322	321331	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
1555	NC_017223	A	6	6	321328	321333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1556	NC_017223	GGGCC	2	10	321364	321373	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
1557	NC_017223	CGG	2	6	321384	321389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1558	NC_017223	AGCT	2	8	324195	324202	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1559	NC_017223	CAG	2	6	324287	324292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1560	NC_017223	AG	3	6	324297	324302	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1561	NC_017223	GCC	2	6	324502	324507	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1562	NC_017223	CCG	2	6	327699	327704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1563	NC_017223	GCCG	2	8	327706	327713	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1564	NC_017223	ATG	2	6	327752	327757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1565	NC_017223	TGG	2	6	327783	327788	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1566	NC_017223	GCG	2	6	328567	328572	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1567	NC_017223	GCC	2	6	328577	328582	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1568	NC_017223	CGG	2	6	328585	328590	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1569	NC_017223	CGG	2	6	330655	330660	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1570	NC_017223	CGG	2	6	331376	331381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1571	NC_017223	TGA	2	6	331382	331387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1572	NC_017223	GGC	2	6	331403	331408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1573	NC_017223	GC	3	6	331407	331412	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1574	NC_017223	GGGC	2	8	331428	331435	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1575	NC_017223	C	6	6	331520	331525	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1576	NC_017223	CCGG	2	8	331542	331549	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1577	NC_017223	GGGC	2	8	337201	337208	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1578	NC_017223	CG	3	6	337237	337242	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1579	NC_017223	CTGT	2	8	337243	337250	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1580	NC_017223	GC	3	6	337269	337274	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1581	NC_017223	TGG	2	6	339185	339190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1582	NC_017223	GTT	2	6	339224	339229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1583	NC_017223	TGC	2	6	339340	339345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1584	NC_017223	CGC	2	6	339353	339358	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1585	NC_017223	CCG	2	6	339373	339378	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1586	NC_017223	CG	3	6	339463	339468	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1587	NC_017223	GC	3	6	339514	339519	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1588	NC_017223	CTG	2	6	339526	339531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1589	NC_017223	GC	3	6	339545	339550	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1590	NC_017223	GC	3	6	339564	339569	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1591	NC_017223	GCG	2	6	339584	339589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1592	NC_017223	GCG	2	6	339726	339731	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1593	NC_017223	GGC	2	6	339755	339760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1594	NC_017223	CGG	2	6	339764	339769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1596	NC_017223	GCG	2	6	339849	339854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1597	NC_017223	CCAT	2	8	339885	339892	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1598	NC_017223	TGC	2	6	339896	339901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1599	NC_017223	CGA	2	6	339917	339922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1601	NC_017223	AGC	2	6	339978	339983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1602	NC_017223	AGC	2	6	339988	339993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1603	NC_017223	CAC	3	9	340001	340009	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1604	NC_017223	CGT	2	6	340028	340033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1605	NC_017223	GGT	2	6	340034	340039	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1606	NC_017223	GCCG	2	8	340043	340050	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1607	NC_017223	GTG	2	6	340089	340094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1608	NC_017223	CCG	3	9	340137	340145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1609	NC_017223	GGC	2	6	340202	340207	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1610	NC_017223	GGC	2	6	340224	340229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1613	NC_017223	GCA	2	6	340328	340333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1614	NC_017223	CGC	2	6	340337	340342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1615	NC_017223	GCC	2	6	340378	340383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1616	NC_017223	GGCC	2	8	340406	340413	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1617	NC_017223	AGC	2	6	340414	340419	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1618	NC_017223	CG	3	6	340422	340427	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1619	NC_017223	GGCC	2	8	340430	340437	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1620	NC_017223	GC	3	6	340439	340444	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1621	NC_017223	TCGA	2	8	340455	340462	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1622	NC_017223	GC	3	6	340475	340480	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1623	NC_017223	CGG	2	6	340526	340531	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1624	NC_017223	GGC	2	6	340542	340547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1625	NC_017223	GC	3	6	340550	340555	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1626	NC_017223	GCCG	2	8	340591	340598	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1627	NC_017223	GGCG	2	8	340604	340611	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1628	NC_017223	GC	3	6	340670	340675	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1629	NC_017223	GC	3	6	340689	340694	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1630	NC_017223	GAGC	2	8	340695	340702	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1631	NC_017223	ACG	2	6	340732	340737	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1632	NC_017223	GC	4	8	340747	340754	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1633	NC_017223	CAG	2	6	340761	340766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1634	NC_017223	GCG	2	6	340774	340779	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1635	NC_017223	GCG	2	6	340795	340800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1637	NC_017223	CGG	2	6	340814	340819	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1911	NC_017223	GCT	2	6	416255	416260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1912	NC_017223	GCCG	2	8	416261	416268	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1913	NC_017223	TGGC	2	8	416274	416281	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1914	NC_017223	ACG	2	6	416284	416289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1916	NC_017223	GCT	2	6	416417	416422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1918	NC_017223	CTG	2	6	416454	416459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1920	NC_017223	CGG	2	6	416522	416527	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1939	NC_017223	GCC	2	6	423026	423031	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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1942	NC_017223	GCG	3	9	423078	423086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1943	NC_017223	CGG	2	6	423106	423111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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1947	NC_017223	TGG	2	6	423153	423158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1952	NC_017223	GC	3	6	423631	423636	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1953	NC_017223	CAGC	2	8	423659	423666	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1954	NC_017223	GCCG	2	8	423720	423727	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1955	NC_017223	GGT	2	6	423732	423737	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1956	NC_017223	CTG	2	6	423766	423771	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1972	NC_017223	CGA	2	6	428660	428665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1977	NC_017223	CGA	2	6	428990	428995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1980	NC_017223	GCCC	2	8	429116	429123	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1981	NC_017223	GCA	2	6	429136	429141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1984	NC_017223	TGG	2	6	429225	429230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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1986	NC_017223	A	7	7	429324	429330	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1987	NC_017223	TG	3	6	429334	429339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1988	NC_017223	CCGC	2	8	429347	429354	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1989	NC_017223	GGCG	2	8	430111	430118	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1990	NC_017223	ACG	2	6	430121	430126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1992	NC_017223	GC	3	6	430168	430173	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1993	NC_017223	ATC	2	6	430181	430186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2000	NC_017223	GTC	2	6	430331	430336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

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