MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. lactis V9 chromosome

Total Repeats: 284

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017217	TCTGT	2	10	21384	21393	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017217	GCCGT	2	10	26067	26076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017217	AGAGA	2	10	28163	28172	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017217	CGGTT	2	10	28212	28221	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017217	GAAGA	2	10	31023	31032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017217	TTCAC	2	10	31435	31444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017217	TGAGT	2	10	34473	34482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017217	AAATC	2	10	36007	36016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017217	GGAAG	2	10	45923	45932	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017217	GGGAA	2	10	64393	64402	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017217	TTGTA	2	10	77130	77139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017217	CGGCT	2	10	87776	87785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017217	GAGAA	2	10	89865	89874	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017217	ATACA	2	10	91486	91495	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017217	CGCCC	2	10	107436	107445	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
16	NC_017217	AGGAA	2	10	108699	108708	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017217	TGTTT	2	10	111453	111462	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017217	GCAAA	2	10	111881	111890	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017217	GTGCG	2	10	118988	118997	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017217	AGGTG	2	10	125712	125721	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017217	TGGGT	2	10	134515	134524	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017217	TGAGG	2	10	138045	138054	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017217	TCTCA	2	10	144025	144034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017217	ATCTC	2	10	146938	146947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017217	CTCGC	2	10	147203	147212	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_017217	AACAG	2	10	147357	147366	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017217	ATGAG	2	10	151762	151771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017217	TCCCG	2	10	160045	160054	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017217	GCGAA	2	10	163882	163891	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017217	AGTGT	2	10	164379	164388	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017217	CGGCG	2	10	166540	166549	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017217	GTGCG	2	10	167677	167686	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017217	GGAGG	2	10	171907	171916	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017217	CTCAT	2	10	177634	177643	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017217	TGAGG	2	10	180060	180069	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017217	GCACC	2	10	181804	181813	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_017217	AGCCG	2	10	199085	199094	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017217	GCGCC	2	10	200561	200570	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017217	GAAGT	2	10	200607	200616	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017217	ACGAG	2	10	209787	209796	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017217	GTGAG	2	10	216467	216476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017217	ATGCA	2	10	221622	221631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017217	CAGCA	2	10	229273	229282	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017217	CAATA	2	10	249300	249309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017217	TGCGT	2	10	251877	251886	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017217	GCGCG	2	10	252252	252261	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017217	CGTTG	2	10	254342	254351	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017217	GTTGG	2	10	258540	258549	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017217	TGCCG	2	10	259965	259974	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017217	GGCTG	2	10	268917	268926	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017217	AGTGT	2	10	275070	275079	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017217	CGGGG	2	10	276966	276975	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017217	TGTAG	2	10	279280	279289	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017217	AGGAG	2	10	291598	291607	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017217	CGTTC	2	10	297798	297807	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017217	AGCGT	2	10	302587	302596	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017217	AGAGA	2	10	337238	337247	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017217	ATGAG	2	10	348926	348935	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017217	CTGGG	2	10	348952	348961	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017217	AGTGT	2	10	368208	368217	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017217	ACGGC	2	10	410990	410999	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017217	TTCGC	2	10	419259	419268	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017217	GGCGG	2	10	419363	419372	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017217	CCCGC	2	10	419421	419430	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
65	NC_017217	TGGGG	2	10	420760	420769	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017217	CTGTC	2	10	431147	431156	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017217	ATTCG	2	10	453176	453185	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017217	AGCAA	2	10	480200	480209	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017217	CGTTG	2	10	497044	497053	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017217	ACACG	2	10	498556	498565	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017217	CGAAT	2	10	498872	498881	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017217	GGAAG	2	10	527085	527094	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017217	CCGCG	2	10	534457	534466	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
74	NC_017217	GACCC	2	10	536145	536154	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017217	GCAAT	2	10	544057	544066	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017217	TCGTC	2	10	544621	544630	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017217	TCGAT	2	10	545539	545548	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017217	GAGAG	2	10	546357	546366	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017217	AAGAG	2	10	549656	549665	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017217	AGGGA	2	10	552188	552197	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017217	ATCGG	2	10	564477	564486	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017217	GATGC	2	10	572889	572898	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017217	CATGC	2	10	596643	596652	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017217	CCGCA	2	10	602640	602649	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017217	CTTTC	2	10	606073	606082	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017217	CCGAA	2	10	606283	606292	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017217	GGCTG	2	10	610666	610675	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017217	ATGAC	2	10	614455	614464	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017217	AGCGT	2	10	630605	630614	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017217	CGGGG	2	10	642833	642842	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017217	ATGGC	2	10	646716	646725	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017217	CTGCA	2	10	653753	653762	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017217	AAATG	2	10	655384	655393	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017217	GGAGT	2	10	655589	655598	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017217	GCCAT	2	10	657334	657343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017217	AATGG	2	10	666755	666764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017217	GGCAA	2	10	673819	673828	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017217	TTTCG	2	10	675851	675860	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017217	ATTGG	2	10	680107	680116	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017217	TGGCA	2	10	680836	680845	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017217	GGGAC	2	10	686715	686724	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017217	ACATG	2	10	711919	711928	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017217	TCAAC	2	10	711936	711945	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017217	CAAAT	2	10	712337	712346	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017217	CCAAC	2	10	722063	722072	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_017217	TGGGC	2	10	724741	724750	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017217	CAGAG	2	10	726306	726315	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017217	CGAGG	2	10	726363	726372	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017217	CACAA	2	10	730028	730037	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017217	TGCAC	2	10	733063	733072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017217	TGGAA	2	10	752708	752717	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017217	CTGTT	2	10	769002	769011	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017217	TGCGT	2	10	770916	770925	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017217	GTTCC	2	10	773039	773048	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017217	CATTG	2	10	786179	786188	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017217	TCCCC	2	10	787722	787731	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
117	NC_017217	GCATC	2	10	789177	789186	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017217	GGCGG	2	10	789222	789231	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017217	ACGGG	2	10	809002	809011	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017217	CCCGT	2	10	809061	809070	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_017217	AGTGG	2	10	813131	813140	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017217	TGGTC	2	10	833530	833539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017217	GTTGG	2	10	833624	833633	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017217	TCGCA	2	10	838676	838685	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017217	GATTC	2	10	867707	867716	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017217	CATGG	2	10	881453	881462	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017217	CATGG	2	10	881574	881583	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017217	AACAC	2	10	892456	892465	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017217	CTAAA	2	10	894999	895008	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017217	TCACA	2	10	924295	924304	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017217	TGTCA	2	10	930127	930136	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017217	TTTTC	2	10	935663	935672	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017217	GTTCA	2	10	956643	956652	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017217	CGTGT	2	10	957635	957644	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017217	TCCCC	2	10	967630	967639	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
136	NC_017217	TTGCC	2	10	975160	975169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017217	GAGTG	2	10	998699	998708	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017217	CATTT	2	10	1001640	1001649	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017217	GAAGC	2	10	1002779	1002788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017217	ATGCA	2	10	1003160	1003169	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017217	CTTCG	2	10	1022302	1022311	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017217	TCTTT	2	10	1032310	1032319	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017217	ACACG	2	10	1047322	1047331	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017217	TCCTT	2	10	1051915	1051924	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017217	CCTAA	2	10	1056838	1056847	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017217	TATGC	2	10	1083589	1083598	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.