MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1_lp54

Total Repeats: 367

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013129	TAA	2	6	5	10	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013129	TCT	2	6	15	20	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013129	ATA	2	6	67	72	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013129	ATTTTT	2	12	75	86	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013129	TAAAAA	2	12	91	102	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013129	TAC	2	6	104	109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013129	T	8	8	123	130	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013129	A	6	6	131	136	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013129	TAA	2	6	157	162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013129	TA	3	6	171	176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013129	TAA	2	6	235	240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013129	AAG	2	6	259	264	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013129	AAAT	2	8	298	305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013129	TAT	2	6	374	379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013129	AATT	2	8	399	406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013129	TCT	2	6	461	466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013129	TCT	2	6	482	487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013129	TAT	2	6	514	519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013129	GCAA	2	8	521	528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_013129	TTGC	2	8	551	558	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013129	ATTAAT	2	12	564	575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013129	TTA	2	6	576	581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013129	ATA	2	6	626	631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013129	TAA	2	6	1125	1130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013129	ATA	2	6	1134	1139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013129	AATTAA	2	12	1153	1164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013129	CCT	2	6	1251	1256	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_013129	TAA	2	6	1296	1301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013129	ATT	2	6	1306	1311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013129	TAA	2	6	1339	1344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013129	TAA	3	9	1346	1354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013129	ATT	2	6	1357	1362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013129	ATT	2	6	1384	1389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013129	TAAT	2	8	1406	1413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013129	AAT	3	9	1411	1419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013129	TAAT	2	8	1976	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013129	A	6	6	1986	1991	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013129	TCTA	2	8	2907	2914	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013129	ATT	2	6	2937	2942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013129	AGA	2	6	2943	2948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013129	A	7	7	2967	2973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013129	ATT	2	6	4263	4268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013129	TAAA	2	8	4273	4280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013129	TACA	2	8	4295	4302	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_013129	ATGT	2	8	4307	4314	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013129	TAA	2	6	4361	4366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013129	T	7	7	4371	4377	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013129	A	7	7	4382	4388	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013129	TAAA	2	8	4404	4411	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013129	TAA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013129	A	6	6	4451	4456	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013129	TAA	2	6	4461	4466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013129	ATT	2	6	4472	4477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013129	TAA	2	6	4478	4483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013129	AAATTT	2	12	4535	4546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013129	A	7	7	4570	4576	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013129	CTTAAG	2	12	4607	4618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013129	TAAAAA	2	12	4638	4649	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013129	CA	4	8	5134	5141	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013129	TAT	2	6	5146	5151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013129	TAAA	2	8	5175	5182	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013129	T	6	6	5184	5189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013129	A	8	8	5190	5197	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013129	AT	3	6	5209	5214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013129	ATA	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013129	ATAA	2	8	8231	8238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013129	CTTTT	2	10	9227	9236	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013129	T	7	7	9261	9267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013129	A	6	6	9272	9277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013129	TTAA	2	8	9312	9319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013129	TTA	2	6	9338	9343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013129	ATTTT	2	10	9346	9355	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013129	T	8	8	9352	9359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013129	TATAA	2	10	9388	9397	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013129	AT	3	6	9435	9440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013129	TA	3	6	11164	11169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013129	C	6	6	11176	11181	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
78	NC_013129	TTA	2	6	11211	11216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013129	TA	3	6	11235	11240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013129	AGG	2	6	11275	11280	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013129	AAT	2	6	11310	11315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013129	TAA	2	6	11408	11413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013129	TGAA	2	8	11452	11459	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013129	ATAA	3	12	11462	11473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013129	AAT	2	6	11474	11479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013129	TAA	2	6	11489	11494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013129	TAA	2	6	11510	11515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013129	TAAA	2	8	11527	11534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013129	AAT	2	6	11549	11554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013129	TAT	2	6	11573	11578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013129	TTA	2	6	11579	11584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013129	TTA	2	6	11589	11594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013129	ACTT	2	8	11600	11607	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_013129	T	8	8	11645	11652	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013129	T	6	6	11654	11659	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013129	TACTT	2	10	11669	11678	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013129	T	6	6	11677	11682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013129	ATTA	2	8	11696	11703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013129	ACT	2	6	11720	11725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013129	AGG	2	6	14318	14323	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013129	ATTT	2	8	14880	14887	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013129	TTTGA	2	10	15024	15033	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013129	T	6	6	15042	15047	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013129	T	7	7	15094	15100	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013129	A	6	6	15117	15122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013129	ATT	2	6	15324	15329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013129	ATA	2	6	15797	15802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013129	TTA	2	6	15827	15832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013129	T	6	6	15838	15843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013129	GAA	2	6	15908	15913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013129	CAA	2	6	15972	15977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013129	GGT	2	6	15979	15984	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013129	TAT	2	6	15994	15999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013129	T	7	7	16602	16608	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013129	ATT	2	6	16636	16641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013129	CCT	2	6	17280	17285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_013129	TTAAAT	2	12	17300	17311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013129	ATAAA	3	15	17332	17346	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013129	TTAG	2	8	17347	17354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013129	TTTTA	2	10	17409	17418	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013129	ATTTT	2	10	17436	17445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013129	TAT	2	6	17446	17451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013129	AAT	2	6	17610	17615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013129	T	8	8	17702	17709	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013129	AAG	2	6	17769	17774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013129	T	6	6	17780	17785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013129	T	6	6	17808	17813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013129	TTA	2	6	17868	17873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013129	AAC	2	6	17902	17907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013129	T	7	7	17910	17916	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013129	AAT	2	6	17966	17971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013129	AT	3	6	17990	17995	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013129	TTA	2	6	18035	18040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013129	TAT	2	6	18045	18050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013129	A	6	6	18055	18060	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013129	AATTA	2	10	18072	18081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013129	A	6	6	18090	18095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013129	TTAA	2	8	18126	18133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013129	TAAT	2	8	20131	20138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013129	T	6	6	20186	20191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013129	A	6	6	20264	20269	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013129	A	6	6	20283	20288	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013129	T	8	8	20328	20335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013129	T	7	7	20344	20350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013129	ATT	2	6	20358	20363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013129	TAATT	2	10	20375	20384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013129	TAT	2	6	20387	20392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013129	TAT	2	6	20410	20415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013129	T	6	6	20426	20431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013129	T	7	7	20457	20463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013129	A	7	7	20500	20506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013129	T	8	8	20532	20539	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013129	AG	3	6	20543	20548	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013129	TTA	2	6	20577	20582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_013129	ATTT	2	8	20643	20650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013129	T	6	6	20648	20653	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_013129	TTA	2	6	20914	20919	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013129	ATA	2	6	20947	20952	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_013129	AAT	2	6	21008	21013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_013129	TAA	2	6	25361	25366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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303	NC_013129	ATT	3	9	47282	47290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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305	NC_013129	ATTT	2	8	47342	47349	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_013129	A	10	10	47369	47378	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_013129	T	7	7	50598	50604	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_013129	A	8	8	50605	50612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_013129	T	6	6	50632	50637	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_013129	T	6	6	50708	50713	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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351	NC_013129	A	6	6	50878	50883	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
352	NC_013129	TTTA	2	8	50898	50905	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_013129	ATA	2	6	50941	50946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_013129	AAAT	2	8	50948	50955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
355	NC_013129	AT	3	6	51756	51761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
356	NC_013129	AAT	2	6	51771	51776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.