MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 16597

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
16501	NC_012225	ATA	2	6	2982695	2982700	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16502	NC_012225	T	7	7	2982714	2982720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16503	NC_012225	ATT	2	6	2982723	2982728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16504	NC_012225	TAAT	2	8	2982740	2982747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16505	NC_012225	T	6	6	2983325	2983330	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16506	NC_012225	AT	3	6	2983336	2983341	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16507	NC_012225	TAT	2	6	2983346	2983351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16508	NC_012225	ATA	2	6	2985203	2985208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16509	NC_012225	AAT	2	6	2985218	2985223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16510	NC_012225	TA	3	6	2985228	2985233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16511	NC_012225	ATC	2	6	2985240	2985245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16512	NC_012225	A	6	6	2986164	2986169	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16513	NC_012225	AT	3	6	2987228	2987233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16514	NC_012225	GTT	2	6	2987242	2987247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16515	NC_012225	AATT	2	8	2987273	2987280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16516	NC_012225	AT	3	6	2987286	2987291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16517	NC_012225	TAA	2	6	2987300	2987305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16518	NC_012225	TA	3	6	2987322	2987327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16519	NC_012225	AT	3	6	2987348	2987353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16520	NC_012225	T	6	6	2987366	2987371	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16521	NC_012225	AT	3	6	2987375	2987380	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16522	NC_012225	TGA	2	6	2987410	2987415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16523	NC_012225	CTG	2	6	2988705	2988710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16524	NC_012225	ATTAT	2	10	2988727	2988736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16525	NC_012225	T	6	6	2988739	2988744	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16526	NC_012225	ATT	2	6	2988767	2988772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16527	NC_012225	A	8	8	2988785	2988792	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16528	NC_012225	ATT	2	6	2988828	2988833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16529	NC_012225	T	7	7	2988832	2988838	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16530	NC_012225	T	9	9	2988864	2988872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16531	NC_012225	GA	3	6	2988903	2988908	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16532	NC_012225	TAA	2	6	2990101	2990106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16533	NC_012225	A	6	6	2990105	2990110	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16534	NC_012225	TAT	2	6	2990114	2990119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16535	NC_012225	AT	3	6	2990118	2990123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16536	NC_012225	A	6	6	2990124	2990129	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16537	NC_012225	TAA	2	6	2990154	2990159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16538	NC_012225	TTA	2	6	2990175	2990180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16539	NC_012225	TAAT	2	8	2990202	2990209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16540	NC_012225	TAA	3	9	2990218	2990226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16541	NC_012225	TAA	2	6	2990290	2990295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16542	NC_012225	GAT	2	6	2990437	2990442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16543	NC_012225	ATA	2	6	2990453	2990458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16544	NC_012225	AGC	2	6	2990460	2990465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16545	NC_012225	TTA	2	6	2991435	2991440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16546	NC_012225	TA	4	8	2991443	2991450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16547	NC_012225	TAA	2	6	2991458	2991463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16548	NC_012225	TAT	2	6	2991464	2991469	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16549	NC_012225	ATAGT	2	10	2991497	2991506	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16550	NC_012225	AT	3	6	2991511	2991516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16551	NC_012225	A	6	6	2991539	2991544	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16552	NC_012225	TC	3	6	2991558	2991563	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16553	NC_012225	TTA	2	6	2992134	2992139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16554	NC_012225	T	6	6	2992157	2992162	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16555	NC_012225	ATA	2	6	2992163	2992168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16556	NC_012225	T	6	6	2992170	2992175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16557	NC_012225	T	6	6	2992179	2992184	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16558	NC_012225	ATT	2	6	2992187	2992192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16559	NC_012225	T	6	6	2992191	2992196	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16560	NC_012225	TA	3	6	2992202	2992207	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16561	NC_012225	T	6	6	2992281	2992286	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16562	NC_012225	T	6	6	2992807	2992812	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16563	NC_012225	TAT	2	6	2992830	2992835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16564	NC_012225	ATT	2	6	2992871	2992876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16565	NC_012225	T	6	6	2992875	2992880	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16566	NC_012225	TAT	3	9	2992890	2992898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16567	NC_012225	AAT	2	6	2992900	2992905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16568	NC_012225	AT	3	6	2993486	2993491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16569	NC_012225	TTA	2	6	2993498	2993503	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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16571	NC_012225	ATTT	2	8	2994552	2994559	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16572	NC_012225	T	6	6	2996264	2996269	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16573	NC_012225	ATT	2	6	2996297	2996302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16574	NC_012225	A	6	6	2996303	2996308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16575	NC_012225	AT	3	6	2996322	2996327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16576	NC_012225	AT	4	8	2996346	2996353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16577	NC_012225	A	7	7	2996359	2996365	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16578	NC_012225	ATGT	2	8	2996387	2996394	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16579	NC_012225	TA	3	6	2996406	2996411	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16580	NC_012225	AT	3	6	2996432	2996437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16581	NC_012225	TAT	2	6	2996447	2996452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16582	NC_012225	TA	3	6	2996459	2996464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16583	NC_012225	TGT	2	6	2996468	2996473	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16584	NC_012225	TAT	2	6	2996501	2996506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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16586	NC_012225	TTA	2	6	2998100	2998105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16587	NC_012225	A	7	7	2998105	2998111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16588	NC_012225	T	6	6	2998118	2998123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16589	NC_012225	AT	3	6	2999766	2999771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16590	NC_012225	A	6	6	2999783	2999788	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16591	NC_012225	ATTTAT	2	12	2999797	2999808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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16593	NC_012225	TAT	2	6	2999834	2999839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16594	NC_012225	AATAC	2	10	2999841	2999850	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16595	NC_012225	A	6	6	3000626	3000631	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16596	NC_012225	ATT	2	6	3000642	3000647	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16597	NC_012225	TAA	2	6	3000666	3000671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.