MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia cenocepacia J2315 chromosome 3

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011002	CCGCG	2	10	10616	10625	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_011002	CGGCC	2	10	20280	20289	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_011002	CGGCG	2	10	20366	20375	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_011002	TGAAC	2	10	35483	35492	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011002	GTTCA	2	10	36912	36921	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011002	GCGAT	2	10	38200	38209	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011002	GGCGG	2	10	39752	39761	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011002	GCCGG	2	10	42142	42151	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011002	GAGTC	2	10	45518	45527	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011002	GCGAC	2	10	56884	56893	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011002	GCGGG	2	10	58853	58862	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011002	GGCCG	2	10	60129	60138	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_011002	TCGCG	2	10	60379	60388	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011002	CCGAA	2	10	78487	78496	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_011002	CGCGC	2	10	101727	101736	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_011002	GCCGG	2	10	106337	106346	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011002	ATCGC	2	10	112167	112176	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_011002	TCGTC	2	10	112369	112378	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_011002	GGGCG	2	10	127837	127846	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011002	CTTTT	3	15	131035	131049	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011002	GCGCG	2	10	132436	132445	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_011002	CCCGG	2	10	133231	133240	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
23	NC_011002	TGCAA	2	10	138032	138041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_011002	GAACG	2	10	138235	138244	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011002	GCGCG	2	10	138319	138328	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_011002	ACGCC	2	10	154392	154401	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_011002	ACCGG	2	10	162972	162981	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_011002	GCAAC	2	10	164383	164392	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_011002	CGCGC	2	10	164638	164647	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_011002	GCTGC	2	10	167455	167464	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_011002	ATTTT	2	10	174022	174031	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011002	CCGGA	2	10	179863	179872	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_011002	CGCGC	2	10	186855	186864	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_011002	CGTTC	2	10	187636	187645	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011002	CACTG	2	10	193779	193788	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_011002	TCGCG	2	10	196108	196117	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011002	ACGCG	2	10	204564	204573	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_011002	GATCG	2	10	208701	208710	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011002	AAGCG	2	10	213716	213725	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011002	TTGCG	2	10	216945	216954	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_011002	GCGCG	2	10	217010	217019	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_011002	CGGGC	2	10	217263	217272	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_011002	TGGAT	2	10	233892	233901	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011002	GCGCG	2	10	242978	242987	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
45	NC_011002	AAAAT	2	10	243203	243212	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011002	TGAAT	2	10	257221	257230	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011002	GCCGT	2	10	258209	258218	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_011002	CCGCG	2	10	258320	258329	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_011002	GCGCC	2	10	264631	264640	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_011002	GCGAG	2	10	290231	290240	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011002	GCCAT	2	10	299576	299585	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_011002	ACGCG	2	10	299609	299618	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_011002	GCAAT	2	10	325587	325596	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011002	GCCGG	2	10	326823	326832	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_011002	CGGCT	2	10	335005	335014	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011002	CGATT	2	10	335295	335304	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011002	CGGCA	2	10	347543	347552	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_011002	TTAAT	2	10	357330	357339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011002	GAGAG	2	10	376296	376305	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011002	GGCCG	2	10	378773	378782	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_011002	CGGTG	2	10	383951	383960	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011002	CGGTG	2	10	390035	390044	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_011002	CCGAA	2	10	391026	391035	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011002	CGGCA	2	10	395010	395019	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_011002	CGCGC	2	10	410857	410866	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_011002	GCGCC	2	10	411889	411898	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
67	NC_011002	GCCGT	2	10	414417	414426	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_011002	CGTAC	2	10	414494	414503	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011002	GCGAA	2	10	422596	422605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011002	CATTG	2	10	423858	423867	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_011002	TCGCC	2	10	437803	437812	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_011002	CATCG	2	10	442224	442233	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_011002	CGCGG	2	10	442242	442251	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
74	NC_011002	GCGCT	2	10	443954	443963	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_011002	CCGGA	2	10	446194	446203	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_011002	CCGCG	2	10	452043	452052	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_011002	CGGTG	2	10	452864	452873	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011002	TCGCG	2	10	452970	452979	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_011002	CGGGG	2	10	465069	465078	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011002	TTCCG	2	10	470524	470533	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_011002	GGCGC	2	10	471557	471566	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
82	NC_011002	GCCGC	2	10	471599	471608	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_011002	TTCCG	2	10	477058	477067	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_011002	GCCCC	2	10	478270	478279	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
85	NC_011002	GCCGG	2	10	485405	485414	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_011002	CGCCC	2	10	486789	486798	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
87	NC_011002	CGCTT	2	10	488626	488635	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_011002	GTCGC	2	10	488663	488672	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_011002	GTGCG	2	10	492231	492240	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011002	ACGGC	2	10	496444	496453	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_011002	GCCCG	2	10	502138	502147	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_011002	TCGCC	2	10	517870	517879	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_011002	CCGCC	2	10	525059	525068	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
94	NC_011002	CGGCG	2	10	536915	536924	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_011002	GCCTG	2	10	537117	537126	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_011002	GCGCC	2	10	537213	537222	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_011002	CGCGG	2	10	541541	541550	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011002	CGTCG	2	10	546639	546648	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_011002	TCCCG	2	10	546708	546717	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
100	NC_011002	CTCTC	2	10	547152	547161	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_011002	GCGCC	2	10	563544	563553	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_011002	GCGCG	2	10	573211	573220	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
103	NC_011002	CATAC	2	10	600767	600776	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_011002	CGATG	2	10	608387	608396	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_011002	GCCTT	2	10	609785	609794	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_011002	CATCC	2	10	610920	610929	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
107	NC_011002	GCGAC	2	10	611059	611068	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_011002	CCGGG	2	10	611806	611815	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_011002	GGCCG	2	10	623772	623781	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_011002	GCCAC	2	10	623926	623935	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_011002	TCCGC	2	10	626637	626646	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_011002	CGATG	2	10	626649	626658	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011002	AATCC	2	10	630162	630171	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_011002	CGATG	2	10	632127	632136	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011002	GGGTC	2	10	633010	633019	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011002	CGCGC	2	10	663569	663578	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
117	NC_011002	TCAGT	2	10	670868	670877	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_011002	GCCGC	2	10	674422	674431	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_011002	CGATG	2	10	681753	681762	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011002	CCGGC	2	10	685809	685818	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_011002	ACGCG	2	10	698167	698176	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011002	CGCGC	2	10	698287	698296	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
123	NC_011002	AGCCG	2	10	705833	705842	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_011002	GCGCC	2	10	707323	707332	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_011002	CGCGC	2	10	707782	707791	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
126	NC_011002	TGCCG	2	10	707968	707977	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_011002	ACTGC	2	10	712950	712959	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_011002	GCGGG	2	10	741861	741870	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_011002	GCCAC	2	10	746926	746935	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_011002	TCACC	2	10	748437	748446	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
131	NC_011002	ACGCA	2	10	751538	751547	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_011002	CTGCG	2	10	755685	755694	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011002	GCCCC	2	10	760536	760545	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_011002	ACACG	2	10	761689	761698	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_011002	GTGTC	2	10	764707	764716	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_011002	GGCCG	2	10	769781	769790	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_011002	TTCAA	2	10	774570	774579	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_011002	GCGCC	2	10	788967	788976	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_011002	CGCAG	2	10	789827	789836	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_011002	CGGCG	2	10	790617	790626	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_011002	TCGCC	2	10	794236	794245	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_011002	GCCGG	2	10	798232	798241	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
143	NC_011002	CGCCA	2	10	798244	798253	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
144	NC_011002	CGCGA	2	10	810367	810376	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_011002	CACCG	2	10	816128	816137	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_011002	GATGA	2	10	818632	818641	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011002	CTCCC	2	10	820632	820641	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
148	NC_011002	TTCGC	2	10	820950	820959	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_011002	CACGA	2	10	822180	822189	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_011002	CGGCC	2	10	831860	831869	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
151	NC_011002	GCGCG	2	10	838728	838737	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
152	NC_011002	GCGGA	2	10	841557	841566	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
153	NC_011002	CGGGG	2	10	858465	858474	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
154	NC_011002	GGTCG	2	10	859461	859470	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
155	NC_011002	GCCGT	2	10	859498	859507	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
156	NC_011002	CGGCC	2	10	866643	866652	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
157	NC_011002	CCGGG	2	10	870600	870609	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
158	NC_011002	CAAAT	2	10	873110	873119	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_011002	CGGCG	2	10	874445	874454	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.