MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia phytofirmans PsJN chromosome 1

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010681	TATACA	2	12	28735	28746	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_010681	AGCCAG	2	12	35670	35681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010681	AAGGGA	2	12	43243	43254	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010681	TTGCCG	2	12	46022	46033	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_010681	AGACAC	2	12	47005	47016	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010681	TTGCGC	2	12	77394	77405	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010681	ACAGAT	2	12	88967	88978	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_010681	AGGGCA	2	12	101359	101370	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_010681	TCGCGG	2	12	115251	115262	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_010681	GCTGGC	4	24	138643	138666	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_010681	ACGAAT	2	12	142062	142073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_010681	TGGCGA	2	12	196052	196063	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010681	AGCGCC	2	12	196240	196251	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010681	CCGACG	2	12	197205	197216	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_010681	GCCGCG	2	12	211111	211122	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010681	ACGCAA	2	12	211161	211172	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010681	CATCTG	2	12	215359	215370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010681	GCAACG	2	12	216477	216488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010681	CCAGCC	2	12	258183	258194	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_010681	CGAGGG	2	12	258476	258487	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010681	GCACCG	2	12	258737	258748	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_010681	CGTGTT	2	12	269249	269260	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_010681	GCGCGG	2	12	291181	291192	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010681	GCGAAC	2	12	364603	364614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010681	GCGAAG	2	12	376127	376138	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_010681	GGCAAG	2	12	407188	407199	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010681	CCCGAT	2	12	414592	414603	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_010681	CGTCTC	2	12	422573	422584	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_010681	TCTGCG	2	12	456919	456930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_010681	CGCGGG	2	12	520639	520650	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010681	AAGAGG	2	12	662596	662607	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010681	AGCGCC	2	12	691677	691688	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010681	ATGCTC	2	12	761682	761693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010681	TTTGGG	2	12	781658	781669	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010681	GCTCCT	2	12	811609	811620	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_010681	CTCAAT	2	12	813522	813533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010681	AAGTGG	2	12	835613	835624	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010681	CGATGA	2	12	837852	837863	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_010681	GGCAAC	2	12	884191	884202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010681	TAAGCG	2	12	970920	970931	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010681	AAGTGG	2	12	1061831	1061842	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010681	ATTTTT	2	12	1061985	1061996	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010681	GCGGCA	2	12	1086775	1086786	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010681	GCCTAA	2	12	1145040	1145051	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010681	CTTTTT	2	12	1199350	1199361	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_010681	CAATCG	2	12	1219308	1219319	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_010681	CATCAC	2	12	1219475	1219486	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010681	GGTCGA	2	12	1219837	1219848	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_010681	CTGCGC	2	12	1220338	1220349	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010681	TGCAAA	2	12	1243362	1243373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_010681	GGCGGG	2	12	1262580	1262591	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010681	CCTTTT	2	12	1288389	1288400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010681	CGGCTG	2	12	1302634	1302645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_010681	ATAAAA	2	12	1307605	1307616	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010681	TTTCCG	2	12	1308648	1308659	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_010681	GCAACC	2	12	1373689	1373700	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_010681	CGGGCG	2	12	1379647	1379658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_010681	AGGCGC	2	12	1411466	1411477	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010681	ACGGCT	2	12	1417053	1417064	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010681	CGACGC	2	12	1538438	1538449	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010681	GCCCGC	2	12	1562385	1562396	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_010681	AGGGCG	2	12	1584251	1584262	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_010681	TGCGCG	2	12	1601354	1601365	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_010681	GAGTTA	2	12	1615155	1615166	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010681	TCGATA	2	12	1666895	1666906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_010681	TTGATG	2	12	1686730	1686741	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010681	CAAACG	2	12	1695809	1695820	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010681	ACGCTG	2	12	1785370	1785381	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_010681	GTCCCG	2	12	1798310	1798321	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_010681	CCGGCG	2	12	1800422	1800433	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_010681	CGGCTT	2	12	1827703	1827714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010681	GCGATG	2	12	1880572	1880583	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_010681	CTCGAG	2	12	1882489	1882500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010681	CTGCGT	2	12	1896754	1896765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_010681	CGCGGG	2	12	1905256	1905267	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_010681	GCACGC	2	12	1937552	1937563	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_010681	AAGCAT	2	12	1999609	1999620	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010681	GCCGGC	2	12	2025008	2025019	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010681	AGCCGC	2	12	2079699	2079710	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_010681	ATTTCA	2	12	2109052	2109063	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010681	GCAAAA	2	12	2151619	2151630	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_010681	GCCGCG	2	12	2161152	2161163	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_010681	CGCAAT	2	12	2163009	2163020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010681	TAATTG	2	12	2225383	2225394	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010681	CCGGCC	2	12	2299993	2300004	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_010681	AGCGGC	2	12	2319017	2319028	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010681	GCGACA	2	12	2367909	2367920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_010681	CGTTGC	2	12	2377508	2377519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010681	GGCGCG	2	12	2403862	2403873	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_010681	AATGAC	2	12	2404344	2404355	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_010681	CGGTTG	2	12	2443102	2443113	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_010681	GGCCGC	2	12	2494731	2494742	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_010681	CGCATG	2	12	2518988	2518999	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010681	GCCAGC	2	12	2526506	2526517	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010681	GCACAC	2	12	2544510	2544521	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_010681	AGCAAG	2	12	2548307	2548318	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010681	AAAACG	2	12	2556852	2556863	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010681	GAATTC	2	12	2579829	2579840	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_010681	GCGCAC	2	12	2591417	2591428	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010681	AGCGCG	2	12	2613777	2613788	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010681	AGACGT	2	12	2649939	2649950	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_010681	TAAAAT	2	12	2678711	2678722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010681	CGCCCT	2	12	2787767	2787778	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_010681	CCCGCA	2	12	2793515	2793526	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_010681	TTGGCC	2	12	2799087	2799098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_010681	CTGGCC	2	12	2799111	2799122	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010681	ATCCCG	2	12	2803239	2803250	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_010681	GTTCGA	2	12	2812528	2812539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_010681	TTTCCG	2	12	2860719	2860730	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010681	CCCCGC	2	12	2876241	2876252	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
111	NC_010681	GCCGTC	2	12	2894198	2894209	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_010681	AACAGA	2	12	2924853	2924864	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_010681	TCGCGC	2	12	2937076	2937087	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_010681	CGCGAA	2	12	2977873	2977884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010681	CGCTCC	2	12	3014887	3014898	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_010681	TGCCCG	2	12	3029293	3029304	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_010681	ATGCGA	2	12	3069251	3069262	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010681	GACTCC	3	18	3070947	3070964	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_010681	CCGGCG	2	12	3094809	3094820	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_010681	GCACGC	2	12	3127146	3127157	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_010681	CTTTTT	2	12	3154607	3154618	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_010681	GGGCAA	2	12	3191440	3191451	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_010681	CTGCGC	2	12	3195486	3195497	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_010681	GCCATT	2	12	3210475	3210486	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010681	GATCGG	2	12	3211813	3211824	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_010681	CTGCGC	2	12	3217190	3217201	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
127	NC_010681	GATCAC	2	12	3238442	3238453	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_010681	GAAAGT	2	12	3266939	3266950	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010681	CTTTTT	2	12	3273237	3273248	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_010681	TCGAAT	2	12	3315455	3315466	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_010681	CTTTTT	2	12	3315807	3315818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_010681	ACACGA	2	12	3322535	3322546	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010681	GCGGAA	2	12	3404781	3404792	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_010681	GCTGCG	2	12	3411352	3411363	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010681	CTCTCG	2	12	3473621	3473632	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
136	NC_010681	GCGCGA	2	12	3515814	3515825	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_010681	AATGAA	2	12	3529903	3529914	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010681	TTCATT	2	12	3529952	3529963	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_010681	TTTCGA	2	12	3533731	3533742	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_010681	TTTTTG	2	12	3572432	3572443	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010681	ACAGGA	2	12	3611553	3611564	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_010681	TTTTTG	2	12	3612027	3612038	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010681	GCTTCC	2	12	3682733	3682744	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
144	NC_010681	CGCGAG	2	12	3694185	3694196	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_010681	CGCAGG	2	12	3819646	3819657	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_010681	CAAGCC	2	12	3825362	3825373	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
147	NC_010681	ACTGCG	2	12	3846892	3846903	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_010681	TCCTGG	2	12	3869312	3869323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_010681	ATGCGA	2	12	3869423	3869434	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_010681	CTTGTC	2	12	3898153	3898164	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_010681	CGCCAG	2	12	3898225	3898236	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
152	NC_010681	CCTGGC	2	12	3940177	3940188	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_010681	TTGCGA	2	12	3989741	3989752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_010681	ATTGCG	2	12	3997388	3997399	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_010681	CGATGC	2	12	4021746	4021757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_010681	CGGCCC	2	12	4114156	4114167	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_010681	TTGCTT	2	12	4131779	4131790	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_010681	AATATA	2	12	4209466	4209477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010681	TCACCA	2	12	4228668	4228679	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
160	NC_010681	CCGCGC	2	12	4232182	4232193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_010681	CCGTTT	2	12	4276823	4276834	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_010681	TGCGGC	2	12	4279633	4279644	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_010681	ATTGCC	2	12	4301242	4301253	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_010681	AGTTGC	16	96	4306090	4306185	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_010681	TCGAAA	2	12	4378137	4378148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_010681	ACTGTT	2	12	4409270	4409281	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_010681	TTTTGG	2	12	4417546	4417557	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_010681	TCGCGG	2	12	4424412	4424423	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_010681	TTTAAC	2	12	4442130	4442141	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
170	NC_010681	GGTACG	2	12	4443311	4443322	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.