MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia pseudomallei 1106a chromosome II

Total Repeats: 179

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009078	CTTCGC	2	12	12381	12392	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009078	CGCCGG	2	12	36376	36387	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_009078	CGGCGC	2	12	38384	38395	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_009078	CCACGC	2	12	65097	65108	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_009078	GAGCGC	2	12	73533	73544	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009078	CGACGG	2	12	77883	77894	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009078	GTCGGC	2	12	83886	83897	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009078	CCGGTG	2	12	104079	104090	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009078	GACGTG	2	12	104700	104711	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009078	GGCGCG	2	12	128508	128519	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009078	CGCGAA	2	12	135704	135715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009078	GCGAGA	2	12	203134	203145	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009078	GCCGAT	8	48	249087	249134	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009078	CGGCGT	2	12	265343	265354	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009078	AATTTC	2	12	278120	278131	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_009078	CGTTGC	6	36	298372	298407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009078	CGGCGC	2	12	311833	311844	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009078	GCGGGC	3	18	320423	320440	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009078	CGCGCC	2	12	320621	320632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_009078	CGGGGG	2	12	339039	339050	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009078	GCGGCT	2	12	355224	355235	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009078	CCAAAG	2	12	363044	363055	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009078	CGTCGG	2	12	388417	388428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009078	GTTGAG	2	12	407006	407017	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009078	GCCGAA	9	54	427299	427352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009078	GCCCTA	4	24	427359	427382	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_009078	TTCGCC	2	12	445590	445601	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_009078	TTTCGG	2	12	445607	445618	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009078	GCCGCG	2	12	448192	448203	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009078	TCGACG	2	12	470245	470256	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009078	TCGGCG	2	12	556870	556881	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009078	CCGCGC	2	12	576355	576366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_009078	CGCCGG	2	12	617601	617612	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_009078	ATGACG	2	12	623150	623161	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009078	CCGCGC	2	12	629323	629334	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_009078	GCCGGC	2	12	629811	629822	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009078	CCGCTC	2	12	646903	646914	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_009078	ATGGCG	2	12	651101	651112	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009078	GGCCGG	2	12	652765	652776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009078	GCGCAC	2	12	656326	656337	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_009078	CATATA	2	12	681945	681956	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009078	GTCGCG	2	12	710445	710456	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_009078	CGAAGC	4	24	715634	715657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009078	CGAAGA	5	30	715658	715687	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009078	GAGGCG	2	12	720782	720793	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009078	CCGAAT	2	12	755188	755199	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009078	GTAAAT	2	12	775974	775985	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009078	CGGTGG	2	12	839568	839579	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009078	CCGCGC	2	12	855445	855456	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_009078	GGGCGC	2	12	855463	855474	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009078	GCGGCA	2	12	881331	881342	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009078	CCATGT	2	12	882209	882220	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009078	CCGAGC	3	18	933598	933615	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009078	CAGGCC	11	66	935424	935489	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_009078	GCATGG	2	12	935646	935657	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009078	GATACC	2	12	935991	936002	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009078	CGCTCG	2	12	936003	936014	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_009078	GCATGC	2	12	957768	957779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009078	TCGCCA	2	12	957837	957848	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009078	CGCCGG	2	12	972473	972484	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_009078	GTGGCC	2	12	980390	980401	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009078	GCGCGG	2	12	1039224	1039235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009078	GCGCGG	2	12	1066758	1066769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009078	AAAACA	2	12	1083942	1083953	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009078	GCGCGA	2	12	1098152	1098163	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009078	GCGGAG	2	12	1098274	1098285	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009078	TGCGGA	7	42	1114206	1114247	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009078	TGCAGG	3	18	1114248	1114265	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009078	TTTCAT	2	12	1153833	1153844	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009078	GCGCGG	2	12	1162346	1162357	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009078	CGTCGG	2	12	1186029	1186040	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009078	CGGGCG	2	12	1205604	1205615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009078	CGACGG	2	12	1221548	1221559	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009078	GCGGGG	3	18	1233009	1233026	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009078	CATCGA	2	12	1244979	1244990	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009078	CGACGT	2	12	1305938	1305949	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009078	GCGCCG	2	12	1364206	1364217	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009078	GCCCGC	2	12	1378276	1378287	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_009078	GGAAGG	2	12	1397351	1397362	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009078	GCGGGC	2	12	1419318	1419329	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009078	TCTATT	2	12	1465430	1465441	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009078	CGCGCC	2	12	1475885	1475896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_009078	ATGTTA	2	12	1484493	1484504	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009078	CCGCGC	2	12	1531131	1531142	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_009078	GCAAAT	2	12	1591645	1591656	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009078	CGATCG	2	12	1612016	1612027	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009078	CGTTGT	2	12	1627792	1627803	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_009078	CCGCGC	2	12	1640805	1640816	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_009078	CGTCGG	2	12	1647733	1647744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009078	CGCCAT	2	12	1661345	1661356	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_009078	ACGCCG	2	12	1703798	1703809	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009078	ATCCGC	2	12	1711579	1711590	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_009078	CGTGGG	2	12	1713694	1713705	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009078	CGGACG	2	12	1715789	1715800	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009078	AGCCAG	8	48	1715935	1715982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009078	CAGAGA	9	54	1715992	1716045	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009078	CGGATG	2	12	1718110	1718121	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009078	GGCTCG	4	24	1735972	1735995	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009078	CGGAAA	2	12	1782135	1782146	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009078	CGGCCC	2	12	1789129	1789140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_009078	CGCGGC	2	12	1794330	1794341	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_009078	TCGTCT	5	30	1797819	1797848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009078	TCGGCT	4	24	1797849	1797872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009078	TAATAC	2	12	1802341	1802352	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009078	TCAACA	2	12	1807701	1807712	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009078	CGCCTT	2	12	1822815	1822826	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_009078	CGCCCG	2	12	1840968	1840979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_009078	ATTGCG	2	12	1844691	1844702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009078	CCTGAA	2	12	1866274	1866285	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_009078	CGCGTC	2	12	1929613	1929624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_009078	TGTCGT	2	12	1943970	1943981	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009078	CTGCAC	5	30	1972219	1972248	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009078	CGCGGC	2	12	1973544	1973555	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009078	GGGTCG	3	18	1973690	1973707	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009078	CCGCCC	2	12	1982543	1982554	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
116	NC_009078	TTTCAA	2	12	2023375	2023386	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_009078	GTCGCA	27	162	2025359	2025520	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009078	CCGCGC	2	12	2035082	2035093	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_009078	ATGCCG	2	12	2063456	2063467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_009078	CGCGCT	2	12	2064496	2064507	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_009078	CTGCGC	2	12	2076163	2076174	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
122	NC_009078	TCGCCG	2	12	2217731	2217742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
123	NC_009078	CGCACG	2	12	2224670	2224681	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_009078	GCCGCT	2	12	2247860	2247871	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_009078	CGGCCC	2	12	2260455	2260466	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_009078	ACGCAA	2	12	2273189	2273200	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_009078	CTCTCC	2	12	2333779	2333790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_009078	GTTCTG	2	12	2358763	2358774	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_009078	CGGCGC	2	12	2361757	2361768	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_009078	TACGTT	2	12	2386920	2386931	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_009078	TCCATT	2	12	2405357	2405368	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009078	CGGCTG	2	12	2429518	2429529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009078	TTGAGG	2	12	2445253	2445264	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009078	CGGCCA	2	12	2452860	2452871	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009078	AAGGAA	2	12	2474247	2474258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009078	CGTTGG	4	24	2487103	2487126	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_009078	TGGCAC	3	18	2487130	2487147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_009078	CCCGCC	2	12	2493439	2493450	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
139	NC_009078	GGCGCG	2	12	2523616	2523627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009078	GCCGAA	2	12	2550058	2550069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_009078	GGCGCG	2	12	2553800	2553811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009078	CCGCGC	2	12	2555961	2555972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_009078	TTTCCG	2	12	2603281	2603292	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_009078	ATTCGC	2	12	2620505	2620516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_009078	AATTCG	2	12	2653857	2653868	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_009078	CGGAAC	2	12	2660890	2660901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_009078	CCGACA	2	12	2669923	2669934	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
148	NC_009078	CGTCCG	3	18	2676265	2676282	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
149	NC_009078	CGGCAA	2	12	2686987	2686998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_009078	GCCGGC	2	12	2692217	2692228	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_009078	GTGGGC	2	12	2699555	2699566	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_009078	CGCCCC	2	12	2724050	2724061	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
153	NC_009078	GCGTTC	2	12	2762096	2762107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_009078	CCGGCG	2	12	2780842	2780853	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_009078	TTATAT	2	12	2796412	2796423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009078	CGATCG	2	12	2798677	2798688	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_009078	GTCTCT	3	18	2800933	2800950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_009078	GCCTTC	5	30	2800957	2800986	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
159	NC_009078	GGCAAG	2	12	2804014	2804025	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_009078	CCGAGA	2	12	2848298	2848309	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_009078	GACAGG	3	18	2857101	2857118	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_009078	CGCGCT	2	12	2860947	2860958	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
163	NC_009078	GCACGC	2	12	2863952	2863963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
164	NC_009078	CGCCCT	3	18	2864842	2864859	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_009078	TCGGCT	2	12	2872231	2872242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_009078	TTGGCT	7	42	2872243	2872284	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_009078	AGGTTC	4	24	2872287	2872310	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_009078	GCAACG	2	12	2909283	2909294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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171	NC_009078	GGCCTC	2	12	2923750	2923761	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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176	NC_009078	AGCCCG	2	12	3000111	3000122	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
177	NC_009078	GGCGCC	2	12	3023413	3023424	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
178	NC_009078	CGTCGC	2	12	3071189	3071200	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
179	NC_009078	TCCGTC	71	426	3093782	3094207	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.