MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia cenocepacia HI2424 chromosome 3

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008544	AGCCG	2	10	23	32	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_008544	ATCGA	2	10	5775	5784	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008544	CATTG	2	10	9424	9433	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008544	AATTC	2	10	22827	22836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008544	CATTG	2	10	24013	24022	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008544	CAAAA	2	10	39841	39850	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008544	AAGGA	2	10	40927	40936	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008544	TGCGC	2	10	62515	62524	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008544	TGCCG	2	10	62585	62594	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_008544	GCGTG	2	10	68650	68659	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008544	CATCC	2	10	76649	76658	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_008544	CCGCG	2	10	90360	90369	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_008544	CATCG	2	10	90391	90400	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_008544	GGGCC	2	10	95134	95143	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_008544	GGCGC	2	10	106204	106213	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16	NC_008544	GGCGC	2	10	114760	114769	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_008544	GCCGC	2	10	120796	120805	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_008544	TGACG	2	10	129375	129384	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008544	ATTGG	2	10	138466	138475	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008544	TGATT	2	10	140169	140178	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008544	TCGCA	2	10	141169	141178	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008544	GCCGC	3	15	145142	145156	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
23	NC_008544	CGCGC	2	10	146738	146747	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_008544	CAACT	2	10	155887	155896	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_008544	TCCGC	2	10	177351	177360	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_008544	TCGCG	2	10	177398	177407	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008544	GATGC	2	10	181319	181328	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008544	TTCGA	2	10	186101	186110	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008544	CGGAC	2	10	195563	195572	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_008544	TGTCG	2	10	196097	196106	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008544	CGCGG	2	10	199331	199340	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008544	CAGTG	2	10	201428	201437	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_008544	CTCCC	2	10	209414	209423	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
34	NC_008544	GCCGC	2	10	210439	210448	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_008544	CGATG	2	10	215576	215585	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008544	CCCGC	2	10	217176	217185	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
37	NC_008544	CAGCG	2	10	234205	234214	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008544	GCGCG	2	10	237015	237024	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_008544	CGGTT	2	10	238658	238667	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_008544	AGAAA	2	10	261013	261022	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008544	TGCGA	2	10	261158	261167	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008544	TCGCG	2	10	280504	280513	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_008544	GCCGG	2	10	291097	291106	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_008544	GCCGC	2	10	297408	297417	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_008544	TCGGC	2	10	319640	319649	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008544	CGCAC	2	10	323587	323596	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_008544	CACGC	2	10	338636	338645	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_008544	CGGGC	2	10	348398	348407	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008544	TAGAG	2	10	352093	352102	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008544	CTCCC	2	10	353390	353399	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_008544	CAGGG	2	10	360413	360422	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008544	GGCCG	2	10	367348	367357	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008544	CCCCG	2	10	375523	375532	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
54	NC_008544	CCGGT	2	10	385097	385106	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008544	TGCCG	2	10	387414	387423	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008544	CGGCC	2	10	388226	388235	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_008544	CGGGC	2	10	388246	388255	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008544	TCGTG	2	10	397205	397214	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008544	GCGAA	2	10	398371	398380	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008544	GGGAG	2	10	398689	398698	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008544	CTCAT	2	10	400688	400697	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_008544	CGGTG	2	10	403322	403331	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008544	TCGCA	3	15	408238	408252	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_008544	TCGCG	2	10	409099	409108	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008544	CGCAC	2	10	412119	412128	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008544	ATGCG	2	10	421139	421148	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008544	GCGCA	2	10	427995	428004	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_008544	CGCGC	2	10	430171	430180	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_008544	TCGTT	2	10	432509	432518	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008544	GCCGG	2	10	438063	438072	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008544	CCGTA	2	10	454398	454407	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_008544	AGCGG	2	10	498766	498775	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008544	CGGCG	2	10	519981	519990	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
74	NC_008544	GACCC	2	10	519993	520002	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_008544	CATCG	2	10	520145	520154	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008544	CGGCC	2	10	525539	525548	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_008544	GCGGA	2	10	525636	525645	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008544	TGGAA	2	10	530998	531007	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008544	CCGGC	2	10	546106	546115	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
80	NC_008544	GGGCG	2	10	547311	547320	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008544	GCCGC	2	10	548748	548757	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_008544	CGCGC	2	10	561962	561971	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
83	NC_008544	GAAAA	2	10	562992	563001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008544	CGGCG	2	10	565267	565276	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
85	NC_008544	CAGCG	2	10	579421	579430	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_008544	GCCGC	2	10	581983	581992	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_008544	CCGGC	2	10	587771	587780	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_008544	TTCCC	2	10	587808	587817	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_008544	CGGCG	2	10	590574	590583	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_008544	CGGGG	2	10	594552	594561	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_008544	GCGTC	2	10	596362	596371	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_008544	ATTGA	2	10	599598	599607	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008544	GCCAT	2	10	599694	599703	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008544	GGCGG	2	10	608276	608285	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008544	CGGCA	2	10	611154	611163	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_008544	TTGCG	2	10	611224	611233	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008544	GTAGT	2	10	612194	612203	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008544	CGGGT	2	10	625413	625422	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008544	TGCGA	2	10	633745	633754	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008544	TGCGG	2	10	639125	639134	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008544	GGCGT	2	10	639227	639236	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008544	GCCGG	2	10	639346	639355	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
103	NC_008544	GCGCG	2	10	639435	639444	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_008544	GCTTC	2	10	644074	644083	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_008544	CGGCG	2	10	644368	644377	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008544	CCGCG	2	10	645852	645861	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_008544	GCGCG	2	10	654835	654844	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_008544	GGCCG	2	10	670983	670992	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_008544	CGCGT	2	10	673387	673396	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_008544	CGCGG	2	10	675961	675970	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_008544	CGCGA	2	10	676447	676456	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_008544	GCGCG	2	10	685120	685129	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_008544	GGGCG	2	10	686229	686238	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008544	GGGCC	2	10	686802	686811	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_008544	GCCGC	2	10	688863	688872	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
116	NC_008544	CGAAC	2	10	689721	689730	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_008544	CGCAG	2	10	699605	699614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_008544	CGGCA	2	10	701269	701278	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_008544	TCGAT	2	10	733168	733177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_008544	CGCGA	2	10	733192	733201	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008544	GCCGC	2	10	745334	745343	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_008544	GTCGC	2	10	752961	752970	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_008544	GCCGC	2	10	768778	768787	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_008544	GCCCG	2	10	768919	768928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_008544	CGGGC	2	10	770322	770331	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
126	NC_008544	CGGCG	2	10	779008	779017	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_008544	CAGGC	2	10	779106	779115	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_008544	CCCGT	2	10	780662	780671	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_008544	CGTGC	2	10	800338	800347	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_008544	GGTGC	2	10	816775	816784	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_008544	CGGCA	2	10	818662	818671	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_008544	GCGCC	2	10	818706	818715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_008544	CGCGG	2	10	820008	820017	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_008544	GCGCG	2	10	830022	830031	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_008544	CGGGT	2	10	841635	841644	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
136	NC_008544	TCGCC	2	10	847274	847283	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_008544	ACCTC	2	10	847473	847482	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
138	NC_008544	TTCGT	2	10	852968	852977	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008544	GCGCC	2	10	868193	868202	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
140	NC_008544	CGCGG	2	10	888583	888592	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_008544	GCGAC	2	10	888650	888659	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_008544	GTGGC	2	10	895040	895049	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
143	NC_008544	ACTTA	2	10	896081	896090	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_008544	CACCG	2	10	905155	905164	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_008544	GACGC	2	10	913018	913027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008544	CGTCA	2	10	913059	913068	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_008544	GCGCC	2	10	913948	913957	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
148	NC_008544	GGCCG	2	10	922897	922906	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
149	NC_008544	GATGC	2	10	925298	925307	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_008544	GGCGA	2	10	926837	926846	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
151	NC_008544	GCCGC	2	10	952524	952533	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
152	NC_008544	CCGCG	2	10	956511	956520	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
153	NC_008544	AGTGA	2	10	958928	958937	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008544	TGCCG	2	10	959044	959053	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_008544	CCGTG	2	10	969233	969242	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
156	NC_008544	TCCCC	2	10	969249	969258	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
157	NC_008544	CATGC	2	10	978582	978591	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_008544	GCCGC	2	10	988460	988469	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
159	NC_008544	TCGCG	2	10	995668	995677	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
160	NC_008544	TGCCG	2	10	1042928	1042937	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.