MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. Cc (Cinara cedri)

Total Repeats: 185

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008513	ATTTT	2	10	1908	1917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008513	ATTTT	2	10	7824	7833	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008513	TAAAA	2	10	10604	10613	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008513	AATAA	2	10	10682	10691	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008513	TAAAA	2	10	16151	16160	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008513	AAAAT	2	10	19676	19685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008513	TTAAA	2	10	31678	31687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008513	TAAAA	2	10	31863	31872	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008513	ATTTT	2	10	32320	32329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008513	TAAAA	2	10	37318	37327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008513	TATTT	2	10	37446	37455	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008513	TTTTA	2	10	44176	44185	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008513	ATTTT	2	10	44366	44375	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008513	ATTTT	2	10	46818	46827	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008513	TGTTT	2	10	54548	54557	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008513	ATTTT	2	10	55302	55311	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008513	TTTAA	2	10	56153	56162	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008513	TAAAA	2	10	57798	57807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008513	TAAAT	2	10	59370	59379	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008513	TATTT	2	10	59534	59543	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008513	TTATT	2	10	59544	59553	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008513	AATAT	2	10	60849	60858	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008513	TTAAT	2	10	60980	60989	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008513	AATAA	2	10	65522	65531	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008513	TATAT	2	10	68010	68019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008513	AAATA	2	10	70079	70088	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008513	TATAA	2	10	81991	82000	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008513	ATTTT	2	10	82068	82077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008513	ATTAT	2	10	83884	83893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008513	TAAAT	3	15	84181	84195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008513	TAATT	2	10	84279	84288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008513	ATTTT	2	10	92725	92734	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008513	ATTTA	2	10	92814	92823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008513	ATTTT	2	10	97534	97543	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008513	AATAT	2	10	103922	103931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008513	ATTAT	2	10	103958	103967	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008513	ATGTA	2	10	107111	107120	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008513	ATTAA	2	10	107147	107156	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008513	TATAT	2	10	111093	111102	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008513	TTGTT	2	10	112310	112319	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008513	TTTAA	2	10	116038	116047	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008513	TAATA	2	10	116096	116105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008513	TATAA	2	10	126139	126148	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008513	TATAA	2	10	127361	127370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008513	ATTTT	2	10	130212	130221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008513	TAATA	2	10	130229	130238	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008513	TATAA	2	10	132615	132624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008513	TTTTA	2	10	135298	135307	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008513	TTATT	2	10	137509	137518	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008513	TTATT	2	10	137567	137576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008513	GTTTA	2	10	137586	137595	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008513	TATTT	2	10	137661	137670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008513	AATAA	2	10	137737	137746	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008513	TTTAT	2	10	137806	137815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008513	ATTAT	2	10	139395	139404	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008513	AAAAT	2	10	146152	146161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008513	ATTTT	2	10	146192	146201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008513	TTTAA	2	10	147969	147978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008513	TAATA	2	10	148116	148125	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008513	ATAAA	2	10	148144	148153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008513	TATAA	2	10	149218	149227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008513	TAAAA	2	10	149284	149293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008513	TTTTA	2	10	152092	152101	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008513	TAATA	2	10	152204	152213	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008513	ATTAA	2	10	158757	158766	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008513	AATTT	2	10	162805	162814	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008513	TAATT	2	10	165131	165140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008513	TAATA	2	10	167110	167119	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008513	TAAAA	2	10	177850	177859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008513	AATTT	2	10	177901	177910	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008513	ATATA	2	10	177944	177953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008513	TATAT	2	10	178122	178131	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008513	GGTAA	2	10	183745	183754	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008513	TATTT	2	10	186243	186252	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008513	ATTTA	2	10	192675	192684	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008513	ATTTT	2	10	192866	192875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008513	TATAT	2	10	194092	194101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008513	TTTAA	2	10	194144	194153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008513	TTTTA	2	10	202533	202542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008513	TGTTA	2	10	204442	204451	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008513	ATTTA	2	10	208387	208396	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008513	AAATT	2	10	211758	211767	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008513	ACATA	2	10	212033	212042	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008513	TATAA	2	10	213925	213934	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008513	ATTAA	2	10	213977	213986	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008513	TAAAA	2	10	213988	213997	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008513	TATAA	2	10	214078	214087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008513	AAAAT	2	10	214804	214813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008513	AAAAT	2	10	214839	214848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008513	CAAAT	2	10	219013	219022	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_008513	AATTA	2	10	221014	221023	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008513	TAATA	2	10	224079	224088	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008513	ATTTT	2	10	224133	224142	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008513	ATTAA	2	10	229636	229645	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008513	ATTAA	2	10	231423	231432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008513	TAATT	2	10	232456	232465	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008513	TATTT	2	10	234004	234013	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008513	TAAAA	2	10	234265	234274	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008513	AAAAT	2	10	241425	241434	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008513	ATTAA	2	10	244247	244256	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008513	ATAAA	2	10	244337	244346	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008513	ATTTA	2	10	244499	244508	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008513	TTTAA	3	15	244608	244622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008513	ATTAA	2	10	244741	244750	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008513	CTATA	2	10	245646	245655	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008513	ATTTT	2	10	245667	245676	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008513	TATAT	2	10	248495	248504	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008513	ATTAA	2	10	248784	248793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008513	AAAAT	2	10	248849	248858	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008513	AAAAT	2	10	254744	254753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008513	TAAAA	3	15	258674	258688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008513	TAATT	2	10	258703	258712	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008513	ATATA	2	10	258981	258990	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008513	ATATA	2	10	260113	260122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008513	TAAAA	2	10	264708	264717	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008513	TTTTA	2	10	266583	266592	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008513	TATAT	2	10	268924	268933	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008513	TTAAA	2	10	270526	270535	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008513	ACTAA	2	10	270672	270681	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_008513	AAATT	2	10	271406	271415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008513	ATTAA	2	10	271657	271666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008513	ATAAA	2	10	273568	273577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008513	TTAAT	2	10	274274	274283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008513	TAATA	2	10	275263	275272	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008513	ATATT	2	10	275629	275638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008513	AATTT	2	10	275832	275841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008513	AATTA	2	10	278628	278637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008513	TATAA	2	10	278657	278666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008513	ATATA	2	10	278721	278730	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008513	TATAA	2	10	283502	283511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008513	TTATT	2	10	284522	284531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008513	TAATA	2	10	286877	286886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008513	ATATT	2	10	290013	290022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008513	TAAAA	2	10	290025	290034	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008513	ATTTT	2	10	291809	291818	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008513	ATTTA	2	10	291912	291921	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008513	TATAA	2	10	292007	292016	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008513	ATATT	2	10	295170	295179	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008513	TTTAA	2	10	298652	298661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008513	TTATA	2	10	301674	301683	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008513	TTATA	2	10	301691	301700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008513	AATTA	3	15	304395	304409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008513	TATAT	2	10	312775	312784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008513	ATTTA	2	10	315394	315403	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008513	GGATT	2	10	324909	324918	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008513	ATTTA	2	10	325061	325070	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008513	ATAAA	2	10	325079	325088	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008513	AAAAT	2	10	331031	331040	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008513	TTAAT	2	10	331686	331695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008513	TATAT	2	10	333646	333655	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008513	TTTAA	2	10	337135	337144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008513	AAAAC	2	10	337450	337459	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_008513	ATATA	2	10	343472	343481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008513	ATATA	2	10	348814	348823	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008513	CCGCA	2	10	349160	349169	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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166	NC_008513	ATTTT	2	10	377028	377037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_008513	TAATT	2	10	392262	392271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_008513	ATATA	2	10	395053	395062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_008513	TATAT	2	10	395065	395074	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008513	TATAT	2	10	395421	395430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_008513	TAAAA	2	10	395506	395515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_008513	AATTA	2	10	404123	404132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_008513	ATTAT	2	10	410069	410078	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_008513	CATAA	2	10	416267	416276	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.