MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Borrelia afzelii PKo

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008277	AATTT	2	10	8088	8097	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008277	AATTA	2	10	22552	22561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008277	AAGTA	2	10	46296	46305	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008277	ACTAA	2	10	46884	46893	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008277	TAAAT	2	10	56544	56553	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008277	TATTT	2	10	56554	56563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008277	TTTCA	2	10	80565	80574	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008277	AAAAT	2	10	80693	80702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008277	TACAA	2	10	107873	107882	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008277	ATTTA	2	10	114371	114380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008277	TTATA	2	10	130895	130904	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008277	TATAA	2	10	143722	143731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008277	AAAAT	2	10	150272	150281	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008277	TAAAA	2	10	150334	150343	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008277	TAAAA	2	10	152466	152475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008277	TAAAA	2	10	152503	152512	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008277	ATAAA	2	10	155895	155904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008277	ATCAG	2	10	168924	168933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008277	TTTAA	2	10	188750	188759	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008277	ATCTA	2	10	193016	193025	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008277	TAAAA	2	10	193144	193153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008277	TCAAA	2	10	202195	202204	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008277	AAATT	2	10	208065	208074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008277	AAAGA	2	10	219737	219746	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008277	ATCAA	2	10	219761	219770	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008277	ACATT	2	10	227680	227689	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008277	TAAAA	2	10	243657	243666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008277	ATAAA	2	10	244405	244414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008277	TATAA	2	10	244567	244576	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008277	AAAAT	2	10	244670	244679	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008277	TAAAA	2	10	245487	245496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008277	AGAAA	2	10	247400	247409	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008277	TTTAA	2	10	249052	249061	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008277	AACAA	2	10	262654	262663	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008277	TTTAT	2	10	272557	272566	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008277	TATAA	3	15	272614	272628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008277	TTTTA	2	10	272657	272666	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008277	TAATT	2	10	326794	326803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008277	AATAA	2	10	337192	337201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008277	ATAAA	2	10	354239	354248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008277	AGCAA	2	10	355726	355735	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008277	TGTTA	2	10	367323	367332	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008277	TAAAA	2	10	373083	373092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008277	ATTCC	2	10	393418	393427	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_008277	ATTCC	2	10	395099	395108	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008277	ATAAA	2	10	397467	397476	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008277	TTAAT	2	10	412915	412924	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008277	TAAAA	2	10	437390	437399	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008277	CTCCC	2	10	439894	439903	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
50	NC_008277	TAAAA	2	10	440626	440635	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008277	CTCCC	2	10	443131	443140	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_008277	ATAAA	2	10	443868	443877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008277	AATAT	2	10	445507	445516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008277	CAAAA	2	10	445734	445743	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008277	AAAAT	2	10	445906	445915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008277	TTTAA	2	10	446368	446377	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008277	AACAG	2	10	447991	448000	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008277	AAAAG	2	10	448375	448384	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008277	TCGCT	2	10	448715	448724	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_008277	AAAAC	2	10	453246	453255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008277	TATTT	2	10	485153	485162	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008277	ATGTT	4	20	489487	489506	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008277	ATTAA	2	10	496062	496071	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008277	TTATG	2	10	537831	537840	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008277	TTTTA	2	10	543189	543198	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008277	AAATT	2	10	581096	581105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008277	AAATT	2	10	587788	587797	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008277	TATTT	2	10	591715	591724	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008277	ATTTG	2	10	594867	594876	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008277	AGATT	2	10	603219	603228	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008277	GGATA	2	10	610765	610774	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008277	AAAAG	2	10	622468	622477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008277	GTTTT	2	10	622533	622542	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008277	ATGTT	2	10	622561	622570	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008277	TATAT	2	10	638275	638284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008277	TTTAT	2	10	649416	649425	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008277	TAAAT	2	10	666727	666736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008277	CTTAT	2	10	678612	678621	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008277	ATTTT	2	10	678689	678698	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008277	TTAAA	2	10	690332	690341	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008277	TATAT	2	10	692140	692149	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008277	ATTTT	2	10	703791	703800	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008277	TAATT	2	10	706770	706779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008277	TTTTA	2	10	718601	718610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008277	TAGAA	2	10	718757	718766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008277	TATAA	2	10	727983	727992	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008277	TTTTG	2	10	742664	742673	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008277	ATTAT	2	10	746433	746442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008277	ATTTT	2	10	748697	748706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008277	ATTTT	2	10	786578	786587	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008277	ATTAA	2	10	787102	787111	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008277	TTTGA	2	10	792613	792622	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008277	TTTTA	2	10	797118	797127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008277	CTTAA	2	10	802607	802616	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008277	ATTAT	2	10	802619	802628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008277	ATTTA	2	10	807828	807837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008277	ATTTT	2	10	813088	813097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008277	TAAAT	2	10	816844	816853	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008277	ATAAA	2	10	818982	818991	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008277	AGATG	2	10	821528	821537	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008277	CTTTT	2	10	822089	822098	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008277	TATAT	2	10	863594	863603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008277	GTTTT	2	10	863718	863727	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008277	TTTTA	4	20	891726	891745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.