MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia xenovorans LB400 chromosome 3

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007953	AATTT	2	10	9267	9276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007953	TTGGT	2	10	15431	15440	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007953	GTGCG	2	10	24417	24426	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007953	TGCCG	2	10	32845	32854	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_007953	CGCTG	2	10	39393	39402	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_007953	TGGCA	2	10	44338	44347	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007953	CGGTG	2	10	53712	53721	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_007953	GCGAC	2	10	65415	65424	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_007953	GCGCC	2	10	71454	71463	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
10	NC_007953	GCGCC	2	10	86769	86778	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_007953	TGCGC	2	10	101511	101520	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_007953	GCATT	2	10	117594	117603	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_007953	TGAAA	2	10	159147	159156	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007953	ACTAC	2	10	168258	168267	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007953	CTTTC	2	10	172215	172224	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007953	CTCTG	2	10	172262	172271	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007953	TGGCG	2	10	177849	177858	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007953	GCGCC	2	10	210770	210779	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_007953	GCGGT	2	10	211612	211621	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007953	CGAGC	2	10	211705	211714	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007953	CGCGG	2	10	229289	229298	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007953	TCCGT	2	10	268273	268282	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_007953	TGATG	2	10	275020	275029	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007953	GGATG	2	10	282179	282188	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007953	AGCGC	2	10	284736	284745	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007953	GGAAG	2	10	295676	295685	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007953	AATCC	2	10	296258	296267	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_007953	ACTTT	2	10	313862	313871	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007953	CGAGC	2	10	320396	320405	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007953	GGCGA	2	10	321344	321353	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007953	CTTTC	2	10	328958	328967	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007953	AACGA	2	10	341050	341059	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007953	CGTCC	2	10	357695	357704	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_007953	CCAGA	2	10	359370	359379	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_007953	AACAG	2	10	361328	361337	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_007953	GGAAC	2	10	374178	374187	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007953	CGGCT	2	10	375788	375797	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_007953	GCTTT	2	10	378340	378349	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007953	GGTTC	2	10	378423	378432	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007953	GCCCC	2	10	378433	378442	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_007953	GCGCC	2	10	386455	386464	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_007953	CGGGA	2	10	388244	388253	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007953	TGTTA	2	10	389534	389543	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007953	CGCAG	2	10	390467	390476	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007953	GTTGG	2	10	403050	403059	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007953	GAGGG	2	10	426561	426570	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007953	GGGCG	2	10	437111	437120	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007953	GGAAA	2	10	465322	465331	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007953	GTCGC	2	10	465365	465374	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_007953	TCCGT	2	10	473292	473301	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007953	GCATG	2	10	491307	491316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_007953	CAGGG	2	10	494525	494534	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007953	GCCCG	2	10	498231	498240	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_007953	TTCGA	2	10	505966	505975	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_007953	TCAGG	2	10	507348	507357	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007953	GACAG	2	10	509092	509101	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007953	CTGCG	2	10	510759	510768	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_007953	CAACA	2	10	518247	518256	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_007953	AAGTG	2	10	533641	533650	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007953	CGGCG	2	10	534058	534067	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_007953	GATAC	2	10	558381	558390	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_007953	AGGCC	2	10	558628	558637	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007953	GGTGA	2	10	561673	561682	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007953	GTCCG	2	10	565106	565115	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_007953	TGAAA	2	10	565847	565856	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007953	GTCGA	2	10	567086	567095	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_007953	TCGCG	2	10	568282	568291	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007953	TCTTG	2	10	572882	572891	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_007953	TGCGC	2	10	574847	574856	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007953	TAAAT	2	10	590219	590228	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007953	GACGA	2	10	590440	590449	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007953	AAATC	2	10	627573	627582	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_007953	GTGGC	3	15	628683	628697	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_007953	CAGGA	2	10	644957	644966	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007953	CCGCG	2	10	649335	649344	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_007953	CGCTG	2	10	650892	650901	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_007953	CGTGA	2	10	676162	676171	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007953	GCGAC	2	10	679959	679968	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_007953	CATCC	2	10	679997	680006	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_007953	TGGGT	2	10	683657	683666	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007953	TCTAA	2	10	687533	687542	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007953	CATAA	2	10	709857	709866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007953	GCCGC	2	10	719748	719757	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
84	NC_007953	CGCAG	3	15	724419	724433	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_007953	CGCGG	2	10	730339	730348	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_007953	GTTGG	2	10	731670	731679	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007953	GCGCG	2	10	743832	743841	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
88	NC_007953	TCTCT	2	10	752538	752547	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007953	ACGCG	2	10	752610	752619	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_007953	TCAGT	2	10	758005	758014	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_007953	GTGAA	2	10	758537	758546	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007953	GCGCA	2	10	761666	761675	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_007953	ATGCG	2	10	763149	763158	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_007953	AGATG	2	10	764694	764703	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007953	GCGCC	2	10	772780	772789	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
96	NC_007953	TCGCT	2	10	773145	773154	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_007953	CGCTG	2	10	776626	776635	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_007953	GGGAA	2	10	785703	785712	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007953	GCTCG	2	10	789409	789418	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_007953	CGGCG	2	10	789423	789432	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007953	TTCGG	2	10	789515	789524	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007953	TGTCG	2	10	795312	795321	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007953	GCCGA	2	10	802026	802035	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_007953	CGCGG	2	10	805045	805054	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_007953	ACGGG	2	10	813255	813264	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_007953	ACTTT	2	10	819673	819682	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_007953	GCCCG	2	10	833228	833237	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_007953	CCTCC	2	10	834257	834266	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_007953	GTATT	2	10	845578	845587	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007953	GAAGC	2	10	856553	856562	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_007953	GTGAG	2	10	864473	864482	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007953	TCAGG	2	10	866168	866177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007953	GTTGC	2	10	868142	868151	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_007953	CCTTC	2	10	876435	876444	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_007953	CTGAC	2	10	895275	895284	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_007953	TCGGG	2	10	900267	900276	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_007953	GGATG	2	10	916210	916219	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007953	TGAGA	2	10	921963	921972	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007953	CTGGA	2	10	923697	923706	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_007953	CATCT	2	10	929654	929663	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_007953	TCAAG	2	10	959528	959537	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007953	CTCAC	2	10	980795	980804	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_007953	GCAGC	2	10	985909	985918	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_007953	TCGAT	2	10	985972	985981	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_007953	ACCAG	2	10	986718	986727	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_007953	TCTCC	2	10	988749	988758	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_007953	GGCGC	2	10	988787	988796	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_007953	CGGCA	2	10	995705	995714	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_007953	CGAAC	2	10	997700	997709	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_007953	GCGCG	2	10	997722	997731	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_007953	GTCCG	2	10	997942	997951	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_007953	GTTTC	2	10	1010130	1010139	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_007953	ACCGG	2	10	1045219	1045228	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_007953	CGCGT	2	10	1050704	1050713	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_007953	GATGC	2	10	1051965	1051974	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_007953	GCGCG	2	10	1070062	1070071	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_007953	CGCGG	2	10	1070411	1070420	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007953	TCCGC	2	10	1076840	1076849	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_007953	ATCGG	2	10	1082225	1082234	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007953	ATTTT	2	10	1087742	1087751	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007953	CGAAG	2	10	1087951	1087960	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007953	TCGAA	2	10	1090935	1090944	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_007953	GAATC	2	10	1092211	1092220	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_007953	TACTT	2	10	1094406	1094415	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007953	TGAAA	2	10	1102087	1102096	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007953	GGCGG	2	10	1137330	1137339	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
147	NC_007953	CGGCA	2	10	1141516	1141525	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_007953	ACGCC	2	10	1150338	1150347	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
149	NC_007953	CGCCT	2	10	1162992	1163001	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
150	NC_007953	TGCTT	2	10	1186227	1186236	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_007953	CGCTG	2	10	1189157	1189166	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
152	NC_007953	CCGCG	2	10	1192472	1192481	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
153	NC_007953	GTCCA	2	10	1205140	1205149	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_007953	AGCGC	3	15	1214115	1214129	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
155	NC_007953	GAGCG	2	10	1227879	1227888	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
156	NC_007953	TGCGC	2	10	1230343	1230352	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
157	NC_007953	GCGAG	2	10	1230584	1230593	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
158	NC_007953	CCCGG	2	10	1240604	1240613	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
159	NC_007953	GTGCG	2	10	1255391	1255400	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
160	NC_007953	CCAGT	2	10	1255608	1255617	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
161	NC_007953	TGCGA	2	10	1256665	1256674	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_007953	CTTCG	2	10	1256688	1256697	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
163	NC_007953	CCGGC	2	10	1265017	1265026	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
164	NC_007953	CGCTG	2	10	1265178	1265187	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
165	NC_007953	CACGC	2	10	1271406	1271415	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
166	NC_007953	GGGGC	2	10	1271975	1271984	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
167	NC_007953	TTGCA	2	10	1306031	1306040	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_007953	AAATC	2	10	1306060	1306069	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
169	NC_007953	TAGAT	2	10	1312351	1312360	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_007953	CTCGC	2	10	1312792	1312801	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
171	NC_007953	CGCAA	2	10	1312852	1312861	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
172	NC_007953	CGGTC	2	10	1348036	1348045	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
173	NC_007953	GTTTC	2	10	1360866	1360875	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
174	NC_007953	ACGGC	2	10	1366767	1366776	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
175	NC_007953	GACCG	2	10	1373548	1373557	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
176	NC_007953	CAAAA	2	10	1382453	1382462	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_007953	CGTTG	2	10	1383291	1383300	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
178	NC_007953	AATAG	2	10	1385819	1385828	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_007953	CGTGC	2	10	1399611	1399620	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
180	NC_007953	CAAGC	2	10	1401007	1401016	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
181	NC_007953	GCGCC	2	10	1401060	1401069	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
182	NC_007953	CGGCG	2	10	1407791	1407800	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
183	NC_007953	GCATC	2	10	1408060	1408069	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
184	NC_007953	GCCGT	2	10	1408417	1408426	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
185	NC_007953	TGCCG	2	10	1409514	1409523	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
186	NC_007953	CGGAA	2	10	1422802	1422811	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
187	NC_007953	ACGCT	2	10	1429310	1429319	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
188	NC_007953	GCCTT	2	10	1431813	1431822	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_007953	CCACG	2	10	1436860	1436869	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
190	NC_007953	CTCAC	2	10	1443375	1443384	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
191	NC_007953	ACCTC	2	10	1443484	1443493	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
192	NC_007953	CACCT	2	10	1443504	1443513	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
193	NC_007953	GAGGT	2	10	1443761	1443770	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
194	NC_007953	GAGAA	2	10	1446817	1446826	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
195	NC_007953	GCGCT	2	10	1447061	1447070	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
196	NC_007953	ACGCG	2	10	1450614	1450623	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
197	NC_007953	TCCGC	2	10	1450714	1450723	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
198	NC_007953	CGCGT	2	10	1450727	1450736	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
199	NC_007953	ACCGT	2	10	1458806	1458815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
200	NC_007953	GCGGA	2	10	1459934	1459943	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
201	NC_007953	TGCCC	2	10	1460431	1460440	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
202	NC_007953	GCCCA	2	10	1460712	1460721	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
203	NC_007953	CAGTA	2	10	1462967	1462976	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
204	NC_007953	TCCGC	2	10	1463059	1463068	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
205	NC_007953	TGCGT	2	10	1463119	1463128	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
206	NC_007953	GCCGC	2	10	1466044	1466053	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.