MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum NCC2705 chromosome

Total Repeats: 309

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004307	ATCCA	2	10	16418	16427	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_004307	TCCCA	2	10	17284	17293	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_004307	GAACA	2	10	31374	31383	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_004307	TGATG	2	10	42975	42984	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004307	TTGGT	2	10	48572	48581	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004307	CTGCC	2	10	48660	48669	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_004307	TGCAT	2	10	58604	58613	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004307	GAGCC	2	10	66855	66864	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_004307	ACTCC	2	10	69748	69757	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_004307	CGGCG	2	10	76336	76345	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_004307	GCGCT	2	10	106751	106760	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_004307	CGAGA	2	10	123066	123075	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_004307	CAGTG	2	10	133262	133271	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_004307	GTGAA	2	10	149707	149716	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004307	TGAAT	2	10	150355	150364	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004307	TTTTG	2	10	159200	159209	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004307	ATGGG	2	10	159465	159474	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004307	TCGTG	2	10	160293	160302	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_004307	TGGCG	2	10	161006	161015	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_004307	TCGAA	2	10	161092	161101	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_004307	GGGAG	2	10	161756	161765	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004307	GTGCC	2	10	174623	174632	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_004307	CGCAC	2	10	185457	185466	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_004307	TTCCG	2	10	203693	203702	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_004307	TGTTT	2	10	207600	207609	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004307	GCCAT	2	10	229450	229459	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_004307	TTCCT	2	10	234536	234545	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_004307	CAAGA	2	10	243906	243915	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_004307	TCGCG	2	10	249272	249281	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_004307	TGATT	2	10	259608	259617	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004307	ACGAG	2	10	273886	273895	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_004307	CTCCC	2	10	278945	278954	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
33	NC_004307	GAGGC	2	10	290873	290882	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004307	CGTGC	2	10	327904	327913	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_004307	GCACG	2	10	327920	327929	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_004307	ACGGC	2	10	332726	332735	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_004307	CACGG	2	10	333282	333291	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_004307	TCTCT	2	10	353048	353057	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_004307	GCCCC	2	10	363302	363311	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
40	NC_004307	GTGTC	2	10	382787	382796	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_004307	GCGCG	2	10	393742	393751	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_004307	TTTCG	2	10	413195	413204	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_004307	AAAAG	2	10	419818	419827	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004307	GAGGG	2	10	435185	435194	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004307	ATCAC	2	10	440675	440684	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_004307	GACAT	2	10	443312	443321	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_004307	AGCGA	2	10	454031	454040	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_004307	CAAAA	2	10	455935	455944	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_004307	CGTCA	2	10	457076	457085	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_004307	TCGAC	2	10	474532	474541	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_004307	TTGCG	2	10	475895	475904	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_004307	TCGTT	2	10	507060	507069	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_004307	ATCGC	2	10	510727	510736	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_004307	TTCTT	2	10	535162	535171	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_004307	CTACC	2	10	536971	536980	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_004307	GGTAA	2	10	545931	545940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004307	TGTGC	2	10	546773	546782	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_004307	CAGCG	2	10	548630	548639	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_004307	CATGT	2	10	549059	549068	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_004307	GCAGC	2	10	555901	555910	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_004307	GTTCG	2	10	559146	559155	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_004307	GCGCC	2	10	578796	578805	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_004307	CGGCT	2	10	586382	586391	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_004307	GTGAT	2	10	588998	589007	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004307	AGCAA	2	10	596992	597001	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_004307	CTCAA	2	10	597056	597065	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_004307	CTCCC	2	10	601868	601877	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_004307	ATACG	2	10	616029	616038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_004307	GTGAC	2	10	623257	623266	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_004307	TCGAT	2	10	626858	626867	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_004307	TTGCA	2	10	648864	648873	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_004307	CCGGC	2	10	649937	649946	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_004307	GCACG	2	10	659496	659505	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_004307	ACGGC	2	10	663407	663416	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_004307	GCCAT	2	10	666384	666393	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_004307	ACCAC	2	10	668669	668678	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_004307	GAACG	2	10	675894	675903	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_004307	CTTGC	2	10	675904	675913	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_004307	CCAGA	2	10	684190	684199	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_004307	GAACC	2	10	687837	687846	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_004307	CGGCT	2	10	695709	695718	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_004307	GTTGT	2	10	707385	707394	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004307	CATCT	2	10	722962	722971	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_004307	CCTTT	2	10	726440	726449	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_004307	GGGCC	2	10	733625	733634	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_004307	GCCGC	2	10	743712	743721	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_004307	CATGG	2	10	778739	778748	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_004307	CATGG	2	10	778901	778910	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_004307	TAATC	2	10	780892	780901	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_004307	CCGAC	2	10	785592	785601	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_004307	CGACC	2	10	785864	785873	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_004307	GTCAC	2	10	788047	788056	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_004307	GCTCG	2	10	796500	796509	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_004307	GTTCT	2	10	856023	856032	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_004307	CGTGC	2	10	872650	872659	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_004307	ACGAA	2	10	884899	884908	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_004307	CACCT	2	10	887058	887067	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_004307	CTCTT	2	10	909757	909766	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_004307	GTTTT	2	10	937157	937166	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004307	TCAGC	2	10	941137	941146	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_004307	CTGGT	2	10	949186	949195	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_004307	TCCTC	2	10	951033	951042	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_004307	CTGAC	2	10	958221	958230	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_004307	AGGAA	2	10	964684	964693	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004307	GTTCT	2	10	970350	970359	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_004307	GAATC	2	10	1000618	1000627	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_004307	TCTCC	2	10	1003379	1003388	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
108	NC_004307	CTCCC	2	10	1007929	1007938	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_004307	TACTT	2	10	1011497	1011506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_004307	GTTCT	2	10	1017012	1017021	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_004307	ACACG	2	10	1018797	1018806	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_004307	CACAC	2	10	1041782	1041791	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
113	NC_004307	CAGAA	2	10	1088920	1088929	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_004307	CGGAC	2	10	1089002	1089011	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_004307	GCCGA	2	10	1095303	1095312	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_004307	GCACC	2	10	1106448	1106457	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_004307	TCACC	2	10	1117223	1117232	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_004307	TTCCT	2	10	1123406	1123415	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_004307	CCGCC	2	10	1125841	1125850	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
120	NC_004307	CTGGC	2	10	1126077	1126086	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_004307	ACGGC	2	10	1127052	1127061	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_004307	CGACG	2	10	1127128	1127137	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_004307	GCATC	2	10	1128175	1128184	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_004307	TCCTT	2	10	1129002	1129011	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_004307	CGCAA	2	10	1130044	1130053	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_004307	CTTGA	2	10	1155198	1155207	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_004307	ATCGC	2	10	1167396	1167405	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_004307	TTCCT	2	10	1170274	1170283	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_004307	GTGCT	2	10	1173680	1173689	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_004307	TCCGC	2	10	1173791	1173800	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_004307	TGCTG	2	10	1175830	1175839	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_004307	TCCCC	2	10	1177753	1177762	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
133	NC_004307	CACAT	2	10	1178582	1178591	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_004307	GTAAC	2	10	1178705	1178714	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_004307	ACGCA	2	10	1183726	1183735	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_004307	TTTCC	2	10	1194344	1194353	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_004307	TGTCG	2	10	1197446	1197455	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_004307	ACAGC	2	10	1200393	1200402	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_004307	ATTCC	2	10	1202148	1202157	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_004307	GAACA	2	10	1202240	1202249	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_004307	CGGCG	2	10	1202301	1202310	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
142	NC_004307	AGACG	2	10	1203905	1203914	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_004307	GCCAC	2	10	1208134	1208143	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
144	NC_004307	ACGGC	2	10	1227638	1227647	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_004307	CGGAC	2	10	1232288	1232297	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_004307	CTTGT	2	10	1237392	1237401	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_004307	GTCCA	2	10	1240558	1240567	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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264	NC_004307	AATGC	2	10	1892135	1892144	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_004307	AGACA	2	10	1973420	1973429	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
284	NC_004307	AAGTG	2	10	1995873	1995882	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
285	NC_004307	AACGA	2	10	2004209	2004218	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
286	NC_004307	TAATG	2	10	2018134	2018143	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
287	NC_004307	TCCTA	2	10	2031276	2031285	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
288	NC_004307	TGTGT	2	10	2034551	2034560	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
289	NC_004307	CCTGC	2	10	2036946	2036955	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
290	NC_004307	TGCAG	2	10	2076614	2076623	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_004307	TTCAT	2	10	2077848	2077857	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_004307	CACTA	2	10	2082446	2082455	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
293	NC_004307	GGCCG	2	10	2103720	2103729	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
294	NC_004307	GCAAC	2	10	2106974	2106983	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_004307	GCGGG	2	10	2108740	2108749	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
296	NC_004307	CACAT	2	10	2121515	2121524	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
297	NC_004307	GTGTT	2	10	2124666	2124675	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
298	NC_004307	AACGC	2	10	2124862	2124871	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
299	NC_004307	CGCGA	2	10	2125758	2125767	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
300	NC_004307	CGATT	2	10	2131067	2131076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
301	NC_004307	GAACA	2	10	2131169	2131178	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_004307	CTCCC	2	10	2143921	2143930	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
303	NC_004307	GATGT	2	10	2159383	2159392	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
304	NC_004307	GTGCA	2	10	2164880	2164889	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
305	NC_004307	AAGTG	2	10	2172570	2172579	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
306	NC_004307	CAGTC	2	10	2175830	2175839	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
307	NC_004307	TCGCC	2	10	2181429	2181438	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
308	NC_004307	ACGTT	2	10	2227667	2227676	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
309	NC_004307	GGTTT	2	10	2244415	2244424	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.