MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica RB50 chromosome

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002927	TTCGTG	2	12	41730	41741	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_002927	GCCGCG	2	12	41983	41994	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_002927	CCGGCC	2	12	79653	79664	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_002927	CCGCGT	2	12	100565	100576	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_002927	TGGGCC	2	12	184795	184806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_002927	GACAGG	2	12	256009	256020	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_002927	GGCCGC	2	12	257423	257434	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_002927	ACGTAT	2	12	257801	257812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_002927	TGAGTG	2	12	292888	292899	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002927	CCACGG	2	12	300024	300035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_002927	CGGCGC	2	12	387914	387925	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_002927	TGCGCG	2	12	411594	411605	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_002927	CGCGAG	2	12	503108	503119	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_002927	CTGTAC	2	12	515295	515306	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_002927	GAAGGG	2	12	515332	515343	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002927	TCGGTA	2	12	524815	524826	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_002927	GGCCGT	2	12	604895	604906	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_002927	CCGGCC	2	12	755288	755299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_002927	GTTGGC	2	12	868413	868424	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_002927	CCTTTT	2	12	967283	967294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_002927	TCGACA	2	12	999714	999725	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_002927	GCTGGA	2	12	1036706	1036717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_002927	CGCGGG	2	12	1037423	1037434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_002927	TCCGGC	2	12	1037472	1037483	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_002927	GCGCCC	2	12	1038045	1038056	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_002927	GACCCT	2	12	1038071	1038082	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_002927	GCCTGG	2	12	1038232	1038243	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_002927	CTGCGC	2	12	1038474	1038485	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_002927	AAAAAG	2	12	1092159	1092170	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002927	CCGGCC	2	12	1174008	1174019	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_002927	CGCGGG	2	12	1264103	1264114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_002927	TAGGAA	2	12	1289664	1289675	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002927	GGTGCT	3	18	1316501	1316518	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_002927	GCCTGG	2	12	1316523	1316534	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_002927	GGTGGC	2	12	1322177	1322188	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_002927	GGCCGG	2	12	1328580	1328591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_002927	GCCCGC	2	12	1340160	1340171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_002927	GCGGTG	2	12	1399868	1399879	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_002927	CGCCAG	2	12	1525577	1525588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_002927	TGCGCG	2	12	1526100	1526111	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_002927	TCCGTT	2	12	1527567	1527578	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_002927	CCCCTC	2	12	1534117	1534128	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_002927	CATGCC	2	12	1541719	1541730	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_002927	CAGCCG	2	12	1558954	1558965	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_002927	CGCGGC	2	12	1658756	1658767	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_002927	GGCGCG	2	12	1761531	1761542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_002927	CGGCGA	2	12	1775464	1775475	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_002927	CCCGGC	2	12	1902534	1902545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_002927	GCCGCG	2	12	1942969	1942980	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_002927	GCGCCG	2	12	1971820	1971831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_002927	AGCGCC	2	12	1977965	1977976	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_002927	CCGGGC	2	12	2030834	2030845	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_002927	GGCCGC	3	18	2089245	2089262	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_002927	GCTCCC	2	12	2120610	2120621	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_002927	GGGCTG	2	12	2151076	2151087	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_002927	TGCTGG	2	12	2151332	2151343	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_002927	CGGCCC	2	12	2183961	2183972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_002927	GCGGGT	2	12	2201020	2201031	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_002927	TCGCAG	2	12	2201369	2201380	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_002927	TTTGAT	2	12	2224124	2224135	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002927	ATCCGT	2	12	2226506	2226517	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_002927	TTTCAT	2	12	2235930	2235941	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_002927	CGGCGC	2	12	2237770	2237781	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_002927	TGCGCC	2	12	2246346	2246357	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_002927	CCCGAT	2	12	2285070	2285081	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_002927	GCCGGC	2	12	2292098	2292109	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_002927	CAGCGC	2	12	2293072	2293083	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_002927	TGGCGC	2	12	2345529	2345540	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_002927	GCTGTT	2	12	2361932	2361943	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_002927	GCCACG	2	12	2376800	2376811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_002927	GCCGGC	2	12	2511054	2511065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_002927	ACGCCC	2	12	2511094	2511105	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_002927	GTCGGG	2	12	2512158	2512169	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_002927	GCGCCG	2	12	2574288	2574299	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_002927	TGCTGG	2	12	2589533	2589544	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_002927	AGCGTG	2	12	2735255	2735266	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_002927	TCGATG	2	12	2745500	2745511	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_002927	TTACGT	2	12	2791834	2791845	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_002927	ACGCGC	2	12	2797478	2797489	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_002927	GGGCGC	2	12	2817452	2817463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_002927	AGCGGG	2	12	2821315	2821326	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_002927	GCGGGC	2	12	2961395	2961406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_002927	GGCACG	2	12	3007342	3007353	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_002927	GGCTCC	2	12	3077933	3077944	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_002927	GCCTGT	2	12	3082445	3082456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_002927	AAACAA	2	12	3111871	3111882	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_002927	CGGCGC	2	12	3130828	3130839	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_002927	TGCCGC	2	12	3152613	3152624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_002927	CGGTAT	2	12	3233258	3233269	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_002927	CCCGGT	2	12	3267828	3267839	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_002927	CCTGGC	2	12	3279958	3279969	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_002927	CGCCGG	2	12	3301167	3301178	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_002927	GCCTGT	2	12	3317707	3317718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_002927	CGGCGC	2	12	3321467	3321478	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_002927	CCGGCG	2	12	3327871	3327882	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_002927	TGCGCC	2	12	3327906	3327917	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_002927	GGCATC	2	12	3337733	3337744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_002927	CCGCGC	2	12	3339707	3339718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_002927	GCCGTT	2	12	3382296	3382307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_002927	CCGCGC	2	12	3482434	3482445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_002927	TCGCCC	2	12	3520271	3520282	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_002927	CCATCG	2	12	3520754	3520765	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_002927	GGCCCG	2	12	3521336	3521347	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_002927	TGCGCC	2	12	3616207	3616218	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_002927	GGCGCT	2	12	3617412	3617423	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_002927	CTGGTG	2	12	3648300	3648311	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_002927	CCGCGC	2	12	3649083	3649094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_002927	AAGCGG	2	12	3709269	3709280	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_002927	GCGCCG	2	12	3722190	3722201	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_002927	AACAGC	2	12	3737823	3737834	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_002927	CCCCTT	2	12	3752431	3752442	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_002927	CGGAAT	2	12	3797146	3797157	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_002927	CTTATC	2	12	3800329	3800340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_002927	ACCGCC	2	12	3813727	3813738	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_002927	CGCTCT	2	12	3860501	3860512	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
116	NC_002927	GCCATG	2	12	3938989	3939000	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_002927	TAATGA	2	12	3954513	3954524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002927	GCCATC	2	12	4025232	4025243	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_002927	GGCGCC	2	12	4025289	4025300	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_002927	CAGCCT	2	12	4064276	4064287	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
121	NC_002927	CGTGGC	2	12	4124672	4124683	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_002927	TGGCGG	2	12	4134859	4134870	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_002927	ATGCAT	2	12	4135327	4135338	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_002927	GCCGGC	2	12	4146369	4146380	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_002927	GCATAT	2	12	4161036	4161047	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_002927	TCTACC	2	12	4197053	4197064	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_002927	CGCGGC	2	12	4216258	4216269	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_002927	CGCCTG	2	12	4234272	4234283	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
129	NC_002927	AAGAAC	2	12	4234442	4234453	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_002927	CCGCGC	2	12	4339423	4339434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_002927	AGCCGA	2	12	4458301	4458312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_002927	GGCGCT	2	12	4481451	4481462	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_002927	GCGGCC	2	12	4524928	4524939	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_002927	GGCCGC	2	12	4551573	4551584	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_002927	ACAGCG	2	12	4630876	4630887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_002927	CGCCGG	2	12	4711042	4711053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_002927	GCCGCG	2	12	4728313	4728324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_002927	GGCGCC	2	12	4735771	4735782	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_002927	GGCAAC	2	12	4745778	4745789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_002927	ACGCCG	2	12	4827149	4827160	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
141	NC_002927	GACGCC	2	12	4870565	4870576	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
142	NC_002927	GCGCCG	2	12	4900476	4900487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_002927	CGGCGC	2	12	4912621	4912632	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_002927	CCGGCG	2	12	4929962	4929973	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
145	NC_002927	GCGCCC	2	12	4932858	4932869	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_002927	CGGCGC	2	12	4949634	4949645	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_002927	GGCGCG	2	12	4958254	4958265	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_002927	CATTCA	2	12	4991403	4991414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_002927	CGGCGC	2	12	5066544	5066555	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_002927	CGTCCA	2	12	5095640	5095651	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
151	NC_002927	CATCGG	2	12	5100586	5100597	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_002927	GACCGC	2	12	5106296	5106307	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
153	NC_002927	GGCCCG	2	12	5149387	5149398	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_002927	AATGAG	2	12	5228500	5228511	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_002927	TTTACG	2	12	5254092	5254103	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_002927	TTTACG	2	12	5254560	5254571	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_002927	CGTTTC	2	12	5321404	5321415	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.