MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica RB50 chromosome

Total Repeats: 598

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002927	AAACG	2	10	42147	42156	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_002927	GGCGG	2	10	49783	49792	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
3	NC_002927	CCGGC	2	10	51524	51533	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
4	NC_002927	GCCGC	2	10	61605	61614	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_002927	GCCGG	2	10	63522	63531	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_002927	CCCGG	2	10	63543	63552	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_002927	CGGGC	2	10	81491	81500	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_002927	GCGCG	2	10	81515	81524	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_002927	GCCGG	2	10	83198	83207	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
10	NC_002927	CAGGG	2	10	115045	115054	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002927	CGGCC	2	10	148078	148087	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_002927	ACGGG	2	10	187299	187308	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_002927	GCGAA	2	10	189038	189047	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_002927	CGCGC	2	10	203956	203965	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_002927	GGGGC	2	10	205537	205546	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
16	NC_002927	GAAAG	2	10	217578	217587	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002927	TGCAG	2	10	217693	217702	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_002927	CAAGC	2	10	221811	221820	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_002927	ATATT	2	10	228995	229004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002927	GGTTG	2	10	238817	238826	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002927	CGCAA	2	10	245301	245310	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_002927	TATGA	2	10	251160	251169	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002927	GCGCG	2	10	255335	255344	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_002927	GGCGC	2	10	257413	257422	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_002927	CGCGG	2	10	262077	262086	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_002927	CTACT	2	10	273163	273172	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_002927	ATTCG	2	10	282478	282487	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_002927	CGGCC	2	10	300122	300131	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_002927	CGGCG	2	10	304878	304887	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_002927	TGCCG	2	10	307124	307133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_002927	GTGCG	2	10	318581	318590	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_002927	CGGCG	2	10	321356	321365	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_002927	CGGCG	2	10	343581	343590	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_002927	CGTGT	2	10	348370	348379	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_002927	TGGCG	2	10	351969	351978	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_002927	GCGCC	2	10	369685	369694	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_002927	GGCCG	2	10	386835	386844	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_002927	GGCCG	2	10	392671	392680	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_002927	TGCAA	2	10	416823	416832	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_002927	CGCGG	2	10	425358	425367	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
41	NC_002927	CGCGC	2	10	436203	436212	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_002927	AGCGC	2	10	456527	456536	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_002927	GCTAC	2	10	459972	459981	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_002927	GCGCC	2	10	461730	461739	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_002927	AACGT	2	10	467403	467412	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_002927	CGTCC	2	10	473979	473988	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_002927	TCGGC	2	10	495598	495607	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_002927	GGCAG	2	10	502414	502423	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_002927	TCCTT	2	10	503827	503836	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_002927	AGCCA	2	10	508928	508937	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_002927	TTGAA	2	10	514822	514831	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002927	GCGCC	2	10	542441	542450	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_002927	CGTGC	2	10	542462	542471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_002927	AATTT	2	10	549246	549255	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002927	TGTTT	2	10	562992	563001	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_002927	GGCCG	2	10	564694	564703	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
57	NC_002927	GGCCC	2	10	572921	572930	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
58	NC_002927	GCCCG	2	10	578452	578461	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
59	NC_002927	CCGGC	2	10	578874	578883	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_002927	GCGCG	2	10	581736	581745	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_002927	CGACA	2	10	581818	581827	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_002927	CCAGG	2	10	589146	589155	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_002927	GCCCG	2	10	591953	591962	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
64	NC_002927	GATTG	2	10	658813	658822	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002927	CCGGC	2	10	661785	661794	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_002927	CGGGC	2	10	664193	664202	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_002927	CGTTT	2	10	690734	690743	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_002927	CGTGA	2	10	708822	708831	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_002927	GAATT	2	10	712639	712648	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002927	GCGCC	2	10	715901	715910	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_002927	TGCAA	2	10	721760	721769	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_002927	GCCGG	2	10	737635	737644	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
73	NC_002927	GGCGG	2	10	737677	737686	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002927	GCCGG	2	10	745628	745637	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_002927	GCGCG	2	10	745733	745742	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_002927	TGGCG	2	10	748689	748698	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_002927	GCGCG	2	10	801462	801471	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_002927	TGGAT	2	10	802744	802753	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002927	TGCCG	2	10	829896	829905	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_002927	GGCGC	2	10	853298	853307	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_002927	CGGGA	2	10	863606	863615	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_002927	CGCCC	2	10	872643	872652	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
83	NC_002927	GCCGG	2	10	874210	874219	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
84	NC_002927	CGTCG	2	10	874291	874300	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_002927	CAGGC	2	10	878489	878498	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_002927	CGCGG	2	10	882374	882383	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_002927	GGCGG	2	10	883285	883294	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
88	NC_002927	CGGCG	2	10	894546	894555	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_002927	CGCGC	2	10	898507	898516	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_002927	CGGCG	2	10	898534	898543	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_002927	CGGTG	2	10	928768	928777	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_002927	CGCGC	2	10	943663	943672	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_002927	CGGCG	2	10	943737	943746	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_002927	GCACG	2	10	943756	943765	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_002927	GGCCG	2	10	951492	951501	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_002927	TGGGA	2	10	988508	988517	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002927	GGGCC	2	10	991789	991798	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
98	NC_002927	TGGGG	2	10	992567	992576	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002927	CGGCA	2	10	997650	997659	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_002927	GCAAG	2	10	999755	999764	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_002927	GGCCG	2	10	1003543	1003552	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
102	NC_002927	GCCGA	2	10	1022224	1022233	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_002927	GTTTT	2	10	1026059	1026068	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_002927	CGGCG	2	10	1036692	1036701	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_002927	CGACG	2	10	1036868	1036877	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_002927	GAGGC	2	10	1038205	1038214	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_002927	GGGCA	2	10	1038255	1038264	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_002927	AAAGA	2	10	1041371	1041380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002927	ATAAA	2	10	1049971	1049980	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002927	GCAAG	2	10	1054632	1054641	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_002927	GGCGG	2	10	1078847	1078856	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
112	NC_002927	TGTCC	2	10	1079946	1079955	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_002927	TCAAA	2	10	1080105	1080114	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_002927	GGCCT	2	10	1085808	1085817	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_002927	CCCCA	2	10	1103764	1103773	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
116	NC_002927	CGCGC	2	10	1112499	1112508	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
117	NC_002927	CGGCG	2	10	1117781	1117790	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_002927	GGCCG	2	10	1133985	1133994	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
119	NC_002927	CGGCG	2	10	1134561	1134570	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_002927	ACAAG	2	10	1137252	1137261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_002927	GGCCT	2	10	1148796	1148805	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_002927	CGGCG	2	10	1153852	1153861	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
123	NC_002927	AGTTT	2	10	1153883	1153892	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_002927	GGAAC	2	10	1153958	1153967	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_002927	GCGCC	2	10	1161926	1161935	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
126	NC_002927	GGCGC	2	10	1164476	1164485	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_002927	GCCGC	2	10	1164715	1164724	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
128	NC_002927	GGCCG	2	10	1177907	1177916	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_002927	GTGCG	2	10	1202717	1202726	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_002927	AGTGC	2	10	1202729	1202738	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_002927	CGGCC	3	15	1202857	1202871	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_002927	GGCGC	2	10	1214042	1214051	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_002927	GCGCG	2	10	1219528	1219537	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_002927	GGCCC	2	10	1221719	1221728	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
135	NC_002927	TCTGG	2	10	1233847	1233856	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_002927	CGGCC	2	10	1233982	1233991	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_002927	CCCGG	2	10	1266175	1266184	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
138	NC_002927	CCGCC	2	10	1286978	1286987	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
139	NC_002927	GCGCG	2	10	1290839	1290848	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
140	NC_002927	CGGGC	2	10	1295672	1295681	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_002927	GTTGC	2	10	1299282	1299291	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_002927	CGGCG	2	10	1307250	1307259	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
143	NC_002927	CCGCG	2	10	1344417	1344426	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
144	NC_002927	CGGGC	2	10	1357171	1357180	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_002927	GGGCG	2	10	1366364	1366373	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
146	NC_002927	GGCCG	2	10	1383925	1383934	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
147	NC_002927	CGCGG	2	10	1391952	1391961	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
148	NC_002927	CGGAT	2	10	1394116	1394125	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_002927	GGCGC	2	10	1394888	1394897	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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152	NC_002927	GGCCG	2	10	1423510	1423519	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_002927	GCGGA	2	10	1429738	1429747	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_002927	CATGC	2	10	1444764	1444773	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_002927	GCGCA	2	10	1456114	1456123	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
160	NC_002927	GCCGC	2	10	1456130	1456139	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
161	NC_002927	GCCGG	2	10	1470286	1470295	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
162	NC_002927	GCGCG	2	10	1474794	1474803	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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164	NC_002927	CGTTC	2	10	1493579	1493588	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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166	NC_002927	CGCGG	2	10	1498203	1498212	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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169	NC_002927	GCGGG	2	10	1511142	1511151	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_002927	GCCGC	2	10	1650383	1650392	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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186	NC_002927	CGGCG	2	10	1663406	1663415	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
187	NC_002927	GCCGG	2	10	1663591	1663600	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
188	NC_002927	GCGCG	2	10	1664566	1664575	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
189	NC_002927	GCCGC	2	10	1664634	1664643	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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192	NC_002927	TTGCG	2	10	1708424	1708433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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199	NC_002927	GCGCC	2	10	1812919	1812928	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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261	NC_002927	GCACC	2	10	2268285	2268294	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
262	NC_002927	CCTTG	2	10	2279971	2279980	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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270	NC_002927	CCATC	2	10	2302780	2302789	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
271	NC_002927	CGGTC	2	10	2302811	2302820	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
272	NC_002927	CGTTG	2	10	2304583	2304592	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
273	NC_002927	GCGAC	2	10	2304663	2304672	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
274	NC_002927	AAAAC	2	10	2312572	2312581	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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276	NC_002927	CGGGC	2	10	2321717	2321726	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
277	NC_002927	GGCTT	2	10	2336327	2336336	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
278	NC_002927	GGGCA	2	10	2343635	2343644	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
279	NC_002927	GGCGT	2	10	2343680	2343689	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
280	NC_002927	CGCGG	2	10	2345892	2345901	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
281	NC_002927	TTTGC	2	10	2352679	2352688	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
282	NC_002927	GCCGC	2	10	2378199	2378208	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
283	NC_002927	GTGCC	2	10	2379115	2379124	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
284	NC_002927	GGATG	2	10	2388747	2388756	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
285	NC_002927	CAGGG	2	10	2424246	2424255	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
286	NC_002927	GCGGG	2	10	2431031	2431040	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
287	NC_002927	ATTCC	2	10	2431209	2431218	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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411	NC_002927	GATTT	2	10	3488324	3488333	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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415	NC_002927	ATCCG	2	10	3520996	3521005	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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420	NC_002927	CGGCG	2	10	3541734	3541743	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
421	NC_002927	CGGCG	2	10	3542417	3542426	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
422	NC_002927	AAAAG	2	10	3557042	3557051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
423	NC_002927	CGGCG	2	10	3569731	3569740	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
424	NC_002927	CGCGA	2	10	3573140	3573149	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
425	NC_002927	GGCGG	2	10	3580191	3580200	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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477	NC_002927	CGCGC	2	10	4117656	4117665	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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488	NC_002927	GGCCG	2	10	4225174	4225183	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
489	NC_002927	GCCAG	2	10	4229828	4229837	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
490	NC_002927	GAAAC	2	10	4235828	4235837	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
491	NC_002927	CGCGG	2	10	4243527	4243536	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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495	NC_002927	CGGCG	2	10	4259506	4259515	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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498	NC_002927	GGCAA	2	10	4283090	4283099	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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500	NC_002927	GCCCG	2	10	4319770	4319779	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

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