MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-10

Total Repeats: 362

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017428	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826682
2	NC_017428	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826682
3	NC_017428	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826682
4	NC_017428	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826682
5	NC_017428	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826682
6	NC_017428	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826682
7	NC_017428	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826682
8	NC_017428	AAT	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826682
9	NC_017428	TCT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826682
10	NC_017428	AAT	2	6	855	860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826682
11	NC_017428	TTA	2	6	904	909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826682
12	NC_017428	AGG	2	6	931	936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826682
13	NC_017428	ATG	2	6	1024	1029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826682
14	NC_017428	ATT	2	6	1048	1053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826682
15	NC_017428	GAA	2	6	1161	1166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826682
16	NC_017428	GAG	2	6	1248	1253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826682
17	NC_017428	ATT	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826682
18	NC_017428	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826683
19	NC_017428	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826683
20	NC_017428	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826683
21	NC_017428	GCA	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826683
22	NC_017428	ATT	2	6	1530	1535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826683
23	NC_017428	AGG	2	6	1604	1609	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826683
24	NC_017428	TTC	3	9	1809	1817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826683
25	NC_017428	AGA	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826683
26	NC_017428	AGA	2	6	2036	2041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826684
27	NC_017428	TAG	2	6	2171	2176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826684
28	NC_017428	ACA	2	6	2256	2261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826684
29	NC_017428	TGG	3	9	2279	2287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826684
30	NC_017428	TGA	2	6	2618	2623	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826685
31	NC_017428	GAA	2	6	2694	2699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826685
32	NC_017428	TAG	2	6	2807	2812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826685
33	NC_017428	GTT	2	6	2821	2826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826685
34	NC_017428	AGA	2	6	2891	2896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826685
35	NC_017428	TAG	2	6	3029	3034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826685
36	NC_017428	TTA	2	6	3139	3144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826685
37	NC_017428	TGG	3	9	3152	3160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826685
38	NC_017428	CCA	2	6	3162	3167	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826685
39	NC_017428	TGG	2	6	3335	3340	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826685
40	NC_017428	ATT	2	6	3390	3395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826686
41	NC_017428	ATC	2	6	3554	3559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826686
42	NC_017428	TGG	2	6	3651	3656	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826686
43	NC_017428	GAT	2	6	3661	3666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826686
44	NC_017428	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826686
45	NC_017428	TAG	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826686
46	NC_017428	TAA	2	6	3795	3800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826686
47	NC_017428	CAC	2	6	3830	3835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826686
48	NC_017428	ATT	2	6	3975	3980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826687
49	NC_017428	TGA	2	6	3981	3986	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826687
50	NC_017428	ATT	2	6	3989	3994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826687
51	NC_017428	TAA	2	6	4293	4298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826687
52	NC_017428	ATT	2	6	4345	4350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826687
53	NC_017428	TTA	2	6	4355	4360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826687
54	NC_017428	CTT	2	6	4441	4446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826687
55	NC_017428	AGA	2	6	4467	4472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826687
56	NC_017428	GTG	2	6	4481	4486	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826687
57	NC_017428	ATG	2	6	4570	4575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826687
58	NC_017428	GCA	3	9	4621	4629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826687
59	NC_017428	GCA	2	6	4636	4641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826687
60	NC_017428	GGA	2	6	4659	4664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826687
61	NC_017428	TAA	2	6	4692	4697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826687
62	NC_017428	AGA	2	6	4701	4706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826687
63	NC_017428	TTA	2	6	4772	4777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826687
64	NC_017428	AGG	2	6	4872	4877	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826687
65	NC_017428	CTA	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826687
66	NC_017428	GAA	3	9	4988	4996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826688
67	NC_017428	GTT	2	6	5201	5206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826688
68	NC_017428	ATT	2	6	5262	5267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826688
69	NC_017428	TAG	2	6	5272	5277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826688
70	NC_017428	GAA	2	6	5288	5293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826688
71	NC_017428	GGC	2	6	5294	5299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826688
72	NC_017428	TGT	2	6	5496	5501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826689
73	NC_017428	TTC	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826689
74	NC_017428	TTA	2	6	5570	5575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826689
75	NC_017428	TGG	2	6	5819	5824	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826690
76	NC_017428	TAG	2	6	5900	5905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826690
77	NC_017428	AAT	2	6	5928	5933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826690
78	NC_017428	CTA	2	6	6021	6026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826690
79	NC_017428	GTA	2	6	6085	6090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826690
80	NC_017428	GCA	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826690
81	NC_017428	TTG	2	6	6109	6114	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826690
82	NC_017428	AAT	2	6	6236	6241	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826691
83	NC_017428	ATC	2	6	6270	6275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826691
84	NC_017428	GCT	2	6	6296	6301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826691
85	NC_017428	ATA	2	6	6311	6316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826691
86	NC_017428	TAA	2	6	6553	6558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826691
87	NC_017428	AGG	2	6	6693	6698	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826691
88	NC_017428	ATT	2	6	6769	6774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826692
89	NC_017428	TGC	2	6	6824	6829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826692
90	NC_017428	TAA	2	6	6857	6862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826692
91	NC_017428	GAA	2	6	6975	6980	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826692
92	NC_017428	TGT	2	6	7064	7069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826692
93	NC_017428	TTA	2	6	7072	7077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826692
94	NC_017428	GAT	2	6	7098	7103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826692
95	NC_017428	GAC	2	6	7122	7127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826692
96	NC_017428	TTG	2	6	7354	7359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826692
97	NC_017428	CTT	2	6	7410	7415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826692
98	NC_017428	AAG	2	6	7450	7455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826692
99	NC_017428	ATT	2	6	7521	7526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826692
100	NC_017428	TTA	2	6	7531	7536	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826692
101	NC_017428	ATT	2	6	7662	7667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826692
102	NC_017428	TAC	2	6	7775	7780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826692
103	NC_017428	TGG	2	6	7873	7878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826693
104	NC_017428	ACA	2	6	7922	7927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826693
105	NC_017428	TAA	2	6	7965	7970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826693
106	NC_017428	TGA	2	6	8059	8064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826693
107	NC_017428	ATT	2	6	8141	8146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826693
108	NC_017428	AAG	2	6	8179	8184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826693
109	NC_017428	CTG	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826693
110	NC_017428	ACA	2	6	8253	8258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826693
111	NC_017428	TTA	2	6	8274	8279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826694
112	NC_017428	TTA	2	6	8509	8514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826694
113	NC_017428	TTG	2	6	8526	8531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826694
114	NC_017428	AAT	2	6	8533	8538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826694
115	NC_017428	AAT	2	6	8618	8623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826694
116	NC_017428	TCA	2	6	8693	8698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826694
117	NC_017428	TGC	2	6	9019	9024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826696
118	NC_017428	GTA	2	6	9096	9101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826696
119	NC_017428	AAT	2	6	9119	9124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826696
120	NC_017428	AGC	2	6	9352	9357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826696
121	NC_017428	TTG	2	6	9375	9380	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826696
122	NC_017428	CGG	2	6	9439	9444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826696
123	NC_017428	TTA	2	6	9459	9464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826696
124	NC_017428	ACA	2	6	9539	9544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826696
125	NC_017428	AAC	2	6	9546	9551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826696
126	NC_017428	AGA	2	6	9634	9639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826696
127	NC_017428	TGA	2	6	9784	9789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826696
128	NC_017428	CTG	2	6	10038	10043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826696
129	NC_017428	AAT	2	6	10078	10083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826696
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131	NC_017428	AAT	2	6	10324	10329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826697
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.