MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-6

Total Repeats: 402

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017425	AGA	2	6	164	169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826554
2	NC_017425	TGC	2	6	200	205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826554
3	NC_017425	TAT	2	6	272	277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826554
4	NC_017425	AAC	2	6	343	348	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826554
5	NC_017425	CAA	2	6	449	454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826554
6	NC_017425	CAA	2	6	685	690	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826554
7	NC_017425	CTT	2	6	691	696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826554
8	NC_017425	AAT	2	6	717	722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826554
9	NC_017425	TCT	2	6	744	749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826554
10	NC_017425	AAT	2	6	855	860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826554
11	NC_017425	TTA	2	6	904	909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826554
12	NC_017425	AGG	2	6	931	936	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826554
13	NC_017425	ATG	2	6	1024	1029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826554
14	NC_017425	ATT	2	6	1048	1053	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826554
15	NC_017425	GAA	2	6	1161	1166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826554
16	NC_017425	TAA	2	6	1241	1246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826554
17	NC_017425	GAG	2	6	1248	1253	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826554
18	NC_017425	ATT	2	6	1274	1279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826554
19	NC_017425	AGA	2	6	1317	1322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826555
20	NC_017425	AGA	2	6	1326	1331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826555
21	NC_017425	AGA	2	6	1350	1355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826555
22	NC_017425	GCA	2	6	1356	1361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826555
23	NC_017425	TTC	3	9	1809	1817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826555
24	NC_017425	AGA	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826555
25	NC_017425	CAA	2	6	2086	2091	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826556
26	NC_017425	TGG	2	6	2154	2159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826556
27	NC_017425	AAC	2	6	2250	2255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826556
28	NC_017425	TGG	3	9	2274	2282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826556
29	NC_017425	TAA	2	6	2566	2571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826556
30	NC_017425	GCT	2	6	2656	2661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826557
31	NC_017425	TGA	2	6	2739	2744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826557
32	NC_017425	AGT	2	6	2815	2820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826557
33	NC_017425	TTA	2	6	3137	3142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826557
34	NC_017425	CCA	2	6	3160	3165	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826557
35	NC_017425	TGG	2	6	3330	3335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826557
36	NC_017425	AAG	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826558
37	NC_017425	ATC	2	6	3550	3555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826558
38	NC_017425	TGG	2	6	3647	3652	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826558
39	NC_017425	CTA	2	6	3706	3711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826558
40	NC_017425	AAT	2	6	3726	3731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826558
41	NC_017425	TAG	2	6	3745	3750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826558
42	NC_017425	TAA	2	6	3791	3796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826558
43	NC_017425	TAA	2	6	3939	3944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826558
44	NC_017425	ATT	2	6	3968	3973	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
45	NC_017425	TGA	2	6	3974	3979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826559
46	NC_017425	ATT	2	6	3982	3987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
47	NC_017425	TAT	2	6	4031	4036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
48	NC_017425	ACA	2	6	4134	4139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826559
49	NC_017425	ATT	2	6	4201	4206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
50	NC_017425	TAA	3	9	4286	4294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826559
51	NC_017425	AGT	2	6	4329	4334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826559
52	NC_017425	TTA	2	6	4348	4353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
53	NC_017425	ACT	2	6	4433	4438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826559
54	NC_017425	AGA	2	6	4460	4465	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826559
55	NC_017425	CGA	2	6	4544	4549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826559
56	NC_017425	GAT	2	6	4562	4567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826559
57	NC_017425	GCA	3	9	4614	4622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826559
58	NC_017425	AGT	2	6	4635	4640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826559
59	NC_017425	TAA	2	6	4685	4690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826559
60	NC_017425	AGA	2	6	4694	4699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826559
61	NC_017425	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826559
62	NC_017425	GGT	2	6	4866	4871	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826559
63	NC_017425	CTA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826559
64	NC_017425	GAA	3	9	4981	4989	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826560
65	NC_017425	GTT	2	6	5194	5199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826560
66	NC_017425	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826560
67	NC_017425	TAG	2	6	5265	5270	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826560
68	NC_017425	GAA	2	6	5281	5286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826560
69	NC_017425	GGC	2	6	5287	5292	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826560
70	NC_017425	TGT	2	6	5489	5494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826561
71	NC_017425	TTC	2	6	5510	5515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826561
72	NC_017425	TTA	2	6	5563	5568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826561
73	NC_017425	TGG	2	6	5812	5817	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826562
74	NC_017425	AAT	2	6	5921	5926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826562
75	NC_017425	TAT	2	6	6015	6020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826562
76	NC_017425	GTA	2	6	6078	6083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826562
77	NC_017425	GCA	2	6	6089	6094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826562
78	NC_017425	TTG	2	6	6102	6107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826562
79	NC_017425	AAT	2	6	6229	6234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826563
80	NC_017425	GCT	2	6	6289	6294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826563
81	NC_017425	ATA	2	6	6304	6309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826563
82	NC_017425	AGG	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826563
83	NC_017425	TAG	2	6	6754	6759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826564
84	NC_017425	ATT	2	6	6765	6770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826564
85	NC_017425	TAA	2	6	6811	6816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826564
86	NC_017425	TGC	2	6	6820	6825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826564
87	NC_017425	TAA	2	6	6853	6858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826564
88	NC_017425	ACT	2	6	6931	6936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826564
89	NC_017425	GAA	2	6	6971	6976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826564
90	NC_017425	CTG	2	6	6987	6992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826564
91	NC_017425	TGT	2	6	7060	7065	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826564
92	NC_017425	GAT	2	6	7094	7099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826564
93	NC_017425	GAT	2	6	7118	7123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826564
94	NC_017425	TTG	2	6	7230	7235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826564
95	NC_017425	GCT	2	6	7337	7342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826564
96	NC_017425	TTG	2	6	7350	7355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826564
97	NC_017425	CTT	2	6	7406	7411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826564
98	NC_017425	AAG	2	6	7446	7451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826564
99	NC_017425	ATT	2	6	7517	7522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826564
100	NC_017425	TTA	2	6	7527	7532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826564
101	NC_017425	TAC	2	6	7771	7776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826564
102	NC_017425	TGG	2	6	7867	7872	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826565
103	NC_017425	ACA	2	6	7916	7921	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826565
104	NC_017425	TAG	2	6	7933	7938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826565
105	NC_017425	TAA	2	6	7959	7964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826565
106	NC_017425	TGA	2	6	8053	8058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826565
107	NC_017425	ACA	2	6	8067	8072	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826565
108	NC_017425	GAT	2	6	8087	8092	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826565
109	NC_017425	ATT	2	6	8135	8140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826565
110	NC_017425	GAA	2	6	8162	8167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826565
111	NC_017425	AAG	2	6	8173	8178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826565
112	NC_017425	CTG	2	6	8184	8189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826565
113	NC_017425	TAT	2	6	8269	8274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826566
114	NC_017425	TTA	2	6	8503	8508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826566
115	NC_017425	TTG	2	6	8520	8525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826566
116	NC_017425	AAT	2	6	8527	8532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826566
117	NC_017425	AAT	2	6	8612	8617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826566
118	NC_017425	TCA	2	6	8687	8692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826566
119	NC_017425	ATT	2	6	8825	8830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826567
120	NC_017425	GCA	2	6	9014	9019	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826568
121	NC_017425	AAT	2	6	9113	9118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826568
122	NC_017425	TTG	2	6	9369	9374	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826568
123	NC_017425	AGA	2	6	9496	9501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826568
124	NC_017425	TAA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826568
125	NC_017425	AAC	2	6	9600	9605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826568
126	NC_017425	ATG	2	6	9663	9668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826568
127	NC_017425	CAA	2	6	9693	9698	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826568
128	NC_017425	AGC	2	6	9703	9708	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387826568
129	NC_017425	TTG	2	6	9729	9734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826568
130	NC_017425	GTT	2	6	9758	9763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826568
131	NC_017425	TAA	2	6	9921	9926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826568
132	NC_017425	TGA	2	6	9961	9966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826568
133	NC_017425	TAA	2	6	10024	10029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826568
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135	NC_017425	CGT	2	6	10111	10116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826568
136	NC_017425	GTG	2	6	10140	10145	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826568
137	NC_017425	GTA	2	6	10191	10196	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826568
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256	NC_017425	TAT	2	6	19312	19317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826583
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383	NC_017425	TGG	2	6	29895	29900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387826595
384	NC_017425	AGG	2	6	29993	29998	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826595
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386	NC_017425	ATC	2	6	30053	30058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826595
387	NC_017425	ATA	2	6	30089	30094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826595
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390	NC_017425	TGA	2	6	30360	30365	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826595
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393	NC_017425	ATA	2	6	30485	30490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826595
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.