MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. JF99 (Acyrthosiphon pisum) chromosome

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017253	ATATTA	2	12	2721	2732	50 %	50 %	0 %	0 %	414562368
2	NC_017253	TTTTAT	2	12	3043	3054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562368
3	NC_017253	GGAATT	2	12	3221	3232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414562369
4	NC_017253	AAAACA	2	12	5826	5837	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	414562372
5	NC_017253	CATCAG	2	12	9826	9837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	414562376
6	NC_017253	ACTGAA	2	12	11115	11126	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	414562376
7	NC_017253	TAAAAA	2	12	11534	11545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562377
8	NC_017253	GCCATT	2	12	12727	12738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	414562378
9	NC_017253	TGAACG	2	12	12756	12767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	414562378
10	NC_017253	TGAATA	2	12	15552	15563	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562382
11	NC_017253	ATTAAT	2	12	17191	17202	50 %	50 %	0 %	0 %	414562383
12	NC_017253	ATAAAA	2	12	25689	25700	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562391
13	NC_017253	AATGAT	2	12	30154	30165	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562393
14	NC_017253	AGAAAA	2	12	32949	32960	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562394
15	NC_017253	TTTTTG	2	12	34914	34925	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	414562395
16	NC_017253	ACATAT	2	12	40954	40965	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562399
17	NC_017253	CTACTG	2	12	42520	42531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	414562399
18	NC_017253	ATTTCG	2	12	44878	44889	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562400
19	NC_017253	AGAAAC	2	12	47300	47311	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	414562404
20	NC_017253	TCATTT	2	12	47563	47574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562404
21	NC_017253	TATAGA	2	12	48103	48114	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562405
22	NC_017253	GTTTTT	2	12	49165	49176	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	414562406
23	NC_017253	ATACAT	2	12	50095	50106	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562406
24	NC_017253	CAATTT	2	12	51376	51387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562408
25	NC_017253	ATCTTT	2	12	55535	55546	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562412
26	NC_017253	ATTTTT	2	12	60062	60073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562416
27	NC_017253	ATCTGT	2	12	60551	60562	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562416
28	NC_017253	TTCAAA	2	12	65460	65471	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562421
29	NC_017253	TAAAGA	2	12	66329	66340	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562422
30	NC_017253	TAATTT	2	12	67298	67309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562422
31	NC_017253	ATTTCC	2	12	72098	72109	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	414562427
32	NC_017253	TTAAAA	2	12	72901	72912	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562428
33	NC_017253	TACTAT	2	12	73554	73565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562428
34	NC_017253	AAATCA	2	12	75189	75200	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	414562429
35	NC_017253	GATATG	2	12	75352	75363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414562429
36	NC_017253	ATAGAA	2	12	76601	76612	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562431
37	NC_017253	TGATTT	2	12	76694	76705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562431
38	NC_017253	GAAAAA	2	12	79486	79497	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562433
39	NC_017253	TATTGA	2	12	81465	81476	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562435
40	NC_017253	TAATAT	2	12	82653	82664	50 %	50 %	0 %	0 %	414562438
41	NC_017253	ATTTCT	2	12	83194	83205	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562438
42	NC_017253	AATAAA	2	12	84554	84565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562439
43	NC_017253	TAAAAA	2	12	85639	85650	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562440
44	NC_017253	ATGTTA	2	12	86916	86927	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562442
45	NC_017253	ATTTTT	2	12	87306	87317	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562443
46	NC_017253	TAAAAT	2	12	87735	87746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562445
47	NC_017253	ATTTTA	2	12	89389	89400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562446
48	NC_017253	AAAATT	2	12	90089	90100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562446
49	NC_017253	TTTTTC	2	12	90951	90962	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562447
50	NC_017253	TGAAAA	2	12	92417	92428	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562448
51	NC_017253	AACATT	2	12	99140	99151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562454
52	NC_017253	TTATTT	2	12	102081	102092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562457
53	NC_017253	CATGGT	2	12	103694	103705	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	414562459
54	NC_017253	ATAGTA	2	12	108560	108571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562463
55	NC_017253	TTGATG	2	12	109896	109907	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	414562465
56	NC_017253	ATTTAT	2	12	114288	114299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562469
57	NC_017253	TAAAAA	2	12	121892	121903	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562478
58	NC_017253	TGTTCT	2	12	122920	122931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	414562479
59	NC_017253	ATTTTA	2	12	124341	124352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562481
60	NC_017253	TTTTTC	2	12	125438	125449	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562481
61	NC_017253	AAAGAA	2	12	126205	126216	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562482
62	NC_017253	TTTTTA	2	12	126928	126939	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562482
63	NC_017253	TCTTTT	2	12	127410	127421	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562483
64	NC_017253	AATGAT	2	12	132931	132942	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562487
65	NC_017253	TGAATA	2	12	135888	135899	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562490
66	NC_017253	TAAAAA	2	12	139221	139232	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562493
67	NC_017253	ATTCAT	2	12	139889	139900	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	414562494
68	NC_017253	TTTTTA	2	12	140361	140372	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562495
69	NC_017253	ATAAAA	2	12	141380	141391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562495
70	NC_017253	TTTTAT	2	12	141691	141702	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562495
71	NC_017253	TTAAAT	2	12	142336	142347	50 %	50 %	0 %	0 %	414562496
72	NC_017253	CTTTTT	2	12	143981	143992	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562497
73	NC_017253	TAAAGT	2	12	144988	144999	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562498
74	NC_017253	CATCAA	2	12	150675	150686	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	414562504
75	NC_017253	CTAAAT	2	12	153661	153672	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562505
76	NC_017253	ATTAGA	2	12	155443	155454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562507
77	NC_017253	ATTTAA	2	12	158847	158858	50 %	50 %	0 %	0 %	414562509
78	NC_017253	GAATTT	2	12	161706	161717	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562512
79	NC_017253	TTTCCT	2	12	163590	163601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414562513
80	NC_017253	TTATTT	2	12	172209	172220	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562520
81	NC_017253	TTTTTA	2	12	174586	174597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562524
82	NC_017253	ATTTTA	2	12	176834	176845	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562525
83	NC_017253	TTTAAT	2	12	177453	177464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562525
84	NC_017253	CTGGAA	2	12	177677	177688	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	414562525
85	NC_017253	AAAGAT	2	12	181574	181585	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562527
86	NC_017253	ATATAA	2	12	181823	181834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414562527
87	NC_017253	ATTTTT	2	12	181975	181986	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562528
88	NC_017253	AAAAAT	2	12	182131	182142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414562529
89	NC_017253	TTTTTA	2	12	182214	182225	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562529
90	NC_017253	AGTGAA	2	12	185019	185030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	414562532
91	NC_017253	ATAGAA	2	12	185479	185490	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562532
92	NC_017253	AAAAGA	2	12	185863	185874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562533
93	NC_017253	GTCTTT	2	12	185881	185892	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	414562533
94	NC_017253	GCTTTA	2	12	186017	186028	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	414562533
95	NC_017253	AAATTC	2	12	187403	187414	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	414562534
96	NC_017253	TTTATT	2	12	188463	188474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562536
97	NC_017253	ATTTTT	2	12	194357	194368	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562539
98	NC_017253	TTAATT	2	12	195960	195971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562540
99	NC_017253	ATTAAT	2	12	196910	196921	50 %	50 %	0 %	0 %	414562540
100	NC_017253	TTTTCC	2	12	197366	197377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414562540
101	NC_017253	GTTTTA	2	12	201028	201039	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562543
102	NC_017253	TTTTCT	2	12	201781	201792	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	414562544
103	NC_017253	ATAGAA	2	12	204782	204793	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	414562548
104	NC_017253	ATTGGT	2	12	205673	205684	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	414562549
105	NC_017253	AGATAT	2	12	206225	206236	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562550
106	NC_017253	CATTCG	2	12	207477	207488	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	414562551
107	NC_017253	ATTTTT	2	12	208043	208054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562551
108	NC_017253	CCTAAT	2	12	208241	208252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414562551
109	NC_017253	TTTTAA	2	12	209546	209557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562553
110	NC_017253	TTGTTT	2	12	210248	210259	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	414562553
111	NC_017253	CCTATT	2	12	210294	210305	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	414562553
112	NC_017253	TTTATA	2	12	212511	212522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562554
113	NC_017253	ATTAAT	2	12	214186	214197	50 %	50 %	0 %	0 %	414562556
114	NC_017253	CTAATC	2	12	217196	217207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414562559
115	NC_017253	TTTTAT	2	12	217232	217243	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562559
116	NC_017253	GAAAAA	2	12	220086	220097	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	414562560
117	NC_017253	TTTTAT	2	12	221897	221908	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	414562562
118	NC_017253	TGGAAA	2	12	224650	224661	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	414562564
119	NC_017253	AGAATT	2	12	227032	227043	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414562565
120	NC_017253	TTATCT	2	12	227621	227632	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	414562565
121	NC_017253	GATATT	2	12	228006	228017	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	414562566
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123	NC_017253	GTATTT	2	12	230283	230294	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	414562569
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239	NC_017253	GATACC	2	12	486106	486117	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	414562800
240	NC_017253	TTAATT	2	12	486183	486194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414562800
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.