MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A chromosome

Total Repeats: 49447

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017243	AGT	2	6	89	94	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
2	NC_017243	AGC	2	6	101	106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207497
3	NC_017243	AGA	2	6	140	145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
4	NC_017243	AAC	2	6	161	166	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207497
5	NC_017243	AAT	2	6	174	179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
6	NC_017243	ATG	2	6	301	306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
7	NC_017243	ATA	2	6	375	380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
8	NC_017243	AAT	3	9	381	389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
9	NC_017243	AAT	2	6	401	406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
10	NC_017243	AAG	2	6	427	432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
11	NC_017243	AGA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
12	NC_017243	ATT	2	6	521	526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207497
13	NC_017243	AGA	2	6	579	584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207497
14	NC_017243	TAA	3	9	595	603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
15	NC_017243	GAT	2	6	612	617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207497
16	NC_017243	TAA	2	6	656	661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207497
17	NC_017243	ACA	2	6	764	769	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207498
18	NC_017243	GTA	2	6	779	784	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
19	NC_017243	AGA	3	9	808	816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
20	NC_017243	GAA	2	6	830	835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
21	NC_017243	GTA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207498
22	NC_017243	GAA	2	6	939	944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
23	NC_017243	ACT	2	6	953	958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207498
24	NC_017243	TGT	2	6	1123	1128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207498
25	NC_017243	AGA	2	6	1241	1246	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
26	NC_017243	ATA	2	6	1290	1295	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207498
27	NC_017243	AAG	2	6	1318	1323	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207498
28	NC_017243	ATT	2	6	1449	1454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
29	NC_017243	TAT	2	6	1465	1470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
30	NC_017243	CTA	2	6	1510	1515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
31	NC_017243	CAA	2	6	1543	1548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207499
32	NC_017243	ATC	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207499
33	NC_017243	GAA	2	6	1701	1706	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
34	NC_017243	TTA	2	6	1826	1831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
35	NC_017243	GGC	2	6	1952	1957	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384207499
36	NC_017243	ATT	2	6	1960	1965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207499
37	NC_017243	ATA	2	6	1984	1989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207499
38	NC_017243	GTT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207499
39	NC_017243	CTT	2	6	2172	2177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207499
40	NC_017243	GCT	2	6	2268	2273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
41	NC_017243	AGA	2	6	2345	2350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
42	NC_017243	GAA	2	6	2520	2525	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
43	NC_017243	AGA	2	6	2549	2554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207499
44	NC_017243	CTG	2	6	2581	2586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207499
45	NC_017243	ATC	3	9	2881	2889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
46	NC_017243	ATT	2	6	2902	2907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
47	NC_017243	CAA	2	6	2991	2996	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207500
48	NC_017243	TCA	2	6	3182	3187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207500
49	NC_017243	CTG	2	6	3204	3209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207500
50	NC_017243	TAT	2	6	3268	3273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
51	NC_017243	AGA	2	6	3307	3312	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207500
52	NC_017243	ATT	2	6	3352	3357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207500
53	NC_017243	ATA	2	6	3428	3433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207500
54	NC_017243	CTT	2	6	3929	3934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
55	NC_017243	ATA	2	6	3971	3976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
56	NC_017243	TTC	2	6	3991	3996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207501
57	NC_017243	CCA	2	6	4096	4101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384207501
58	NC_017243	TAA	2	6	4103	4108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207501
59	NC_017243	ATT	2	6	4149	4154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207501
60	NC_017243	ATT	2	6	4191	4196	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
61	NC_017243	TAA	2	6	4261	4266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207502
62	NC_017243	CAA	2	6	4389	4394	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
63	NC_017243	CTT	2	6	4397	4402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
64	NC_017243	TCT	2	6	4406	4411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
65	NC_017243	ATT	2	6	4465	4470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
66	NC_017243	ATT	2	6	4535	4540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
67	NC_017243	ATT	2	6	4553	4558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207502
68	NC_017243	TTC	2	6	4618	4623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207502
69	NC_017243	AAG	2	6	4642	4647	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
70	NC_017243	CAT	2	6	4716	4721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
71	NC_017243	ACA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207502
72	NC_017243	TCA	2	6	4886	4891	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
73	NC_017243	AAG	2	6	5020	5025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207502
74	NC_017243	CTA	3	9	5190	5198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207502
75	NC_017243	ATA	3	9	5729	5737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
76	NC_017243	ATT	2	6	5862	5867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
77	NC_017243	TAT	2	6	5967	5972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
78	NC_017243	CTA	2	6	5987	5992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207503
79	NC_017243	ATA	2	6	5993	5998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
80	NC_017243	ATT	2	6	6109	6114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
81	NC_017243	TAA	2	6	6137	6142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
82	NC_017243	CTA	2	6	6146	6151	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207503
83	NC_017243	CTG	2	6	6188	6193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207503
84	NC_017243	TAA	2	6	6257	6262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207503
85	NC_017243	ATT	2	6	6297	6302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
86	NC_017243	GTA	2	6	6319	6324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207503
87	NC_017243	TTA	2	6	6343	6348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
88	NC_017243	CTG	2	6	6422	6427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207503
89	NC_017243	TGC	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207503
90	NC_017243	ATT	2	6	6543	6548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207503
91	NC_017243	ATA	3	9	6663	6671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207504
92	NC_017243	TTA	2	6	6695	6700	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207504
93	NC_017243	GCA	2	6	6706	6711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207504
94	NC_017243	GAT	2	6	6770	6775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207504
95	NC_017243	AGA	2	6	6802	6807	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207504
96	NC_017243	TAA	2	6	6918	6923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207504
97	NC_017243	AGG	2	6	6934	6939	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384207504
98	NC_017243	GAA	2	6	6943	6948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207504
99	NC_017243	TGA	2	6	7009	7014	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207504
100	NC_017243	ATA	2	6	7152	7157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207504
101	NC_017243	CTT	2	6	7212	7217	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207504
102	NC_017243	TAA	2	6	7293	7298	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207504
103	NC_017243	TAA	2	6	7386	7391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207504
104	NC_017243	TTA	2	6	7405	7410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207504
105	NC_017243	ATT	2	6	7581	7586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207505
106	NC_017243	TAT	2	6	7666	7671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207505
107	NC_017243	ATT	3	9	7748	7756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207505
108	NC_017243	ATT	2	6	7763	7768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207505
109	NC_017243	GCT	2	6	7805	7810	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207505
110	NC_017243	TAT	2	6	7816	7821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207505
111	NC_017243	TAT	2	6	7971	7976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
112	NC_017243	ATT	2	6	8000	8005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
113	NC_017243	TGA	2	6	8058	8063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207506
114	NC_017243	TAA	2	6	8064	8069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207506
115	NC_017243	ATA	2	6	8117	8122	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207506
116	NC_017243	TTA	2	6	8154	8159	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
117	NC_017243	TAT	2	6	8218	8223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
118	NC_017243	TTC	2	6	8225	8230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207506
119	NC_017243	ATT	2	6	8240	8245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
120	NC_017243	TCT	2	6	8250	8255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207506
121	NC_017243	TAT	2	6	8293	8298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
122	NC_017243	TCT	2	6	8423	8428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207506
123	NC_017243	GCT	2	6	8445	8450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384207506
124	NC_017243	ATT	2	6	8460	8465	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207506
125	NC_017243	TTC	2	6	9057	9062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207507
126	NC_017243	TAT	2	6	9093	9098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207507
127	NC_017243	TAA	2	6	9134	9139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207507
128	NC_017243	TCT	2	6	9172	9177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207507
129	NC_017243	ATA	2	6	9192	9197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207507
130	NC_017243	AGC	2	6	9264	9269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207507
131	NC_017243	TCA	2	6	9280	9285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207507
132	NC_017243	ATT	2	6	9298	9303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207507
133	NC_017243	TTA	2	6	9355	9360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207507
134	NC_017243	TCA	2	6	9361	9366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207507
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137	NC_017243	TCA	2	6	9544	9549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207507
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253	NC_017243	TAA	2	6	19570	19575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207516
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257	NC_017243	ACA	2	6	19867	19872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207517
258	NC_017243	ATT	2	6	19948	19953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207517
259	NC_017243	ATC	2	6	20233	20238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207518
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