MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Brachyspira intermedia PWS/A plasmid pInt

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017242	TCAAAA	2	12	361	372	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	384207493
2	NC_017242	A	6	6	369	374	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
3	NC_017242	ATA	2	6	426	431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
4	NC_017242	GAT	2	6	440	445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
5	NC_017242	ACT	2	6	471	476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
6	NC_017242	A	6	6	480	485	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
7	NC_017242	AAT	2	6	509	514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
8	NC_017242	TA	3	6	557	562	50 %	50 %	0 %	0 %	384207493
9	NC_017242	A	6	6	562	567	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
10	NC_017242	GT	3	6	572	577	0 %	50 %	50 %	0 %	384207493
11	NC_017242	ACT	2	6	595	600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
12	NC_017242	TGT	2	6	628	633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207493
13	NC_017242	ATC	2	6	659	664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207493
14	NC_017242	GAAA	2	8	685	692	75 %	0 %	25 %	0 %	384207493
15	NC_017242	ATT	2	6	693	698	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
16	NC_017242	ATA	2	6	702	707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
17	NC_017242	AATTAT	2	12	719	730	50 %	50 %	0 %	0 %	384207493
18	NC_017242	ATT	2	6	738	743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
19	NC_017242	AAG	2	6	759	764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384207493
20	NC_017242	ATG	3	9	777	785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
21	NC_017242	T	6	6	786	791	0 %	100 %	0 %	0 %	384207493
22	NC_017242	ATT	2	6	843	848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
23	NC_017242	ATA	2	6	866	871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
24	NC_017242	A	7	7	959	965	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
25	NC_017242	A	6	6	1063	1068	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
26	NC_017242	TAA	2	6	1072	1077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
27	NC_017242	TAA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
28	NC_017242	GAT	2	6	1145	1150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
29	NC_017242	TTG	2	6	1175	1180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384207493
30	NC_017242	TAA	2	6	1213	1218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
31	NC_017242	TAA	2	6	1225	1230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
32	NC_017242	T	7	7	1243	1249	0 %	100 %	0 %	0 %	384207493
33	NC_017242	GAT	2	6	1252	1257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207493
34	NC_017242	ATA	2	6	1260	1265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207493
35	NC_017242	AAC	2	6	1274	1279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384207493
36	NC_017242	CTT	2	6	1358	1363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384207493
37	NC_017242	A	6	6	1364	1369	100 %	0 %	0 %	0 %	384207493
38	NC_017242	ATTC	2	8	1377	1384	25 %	50 %	0 %	25 %	384207493
39	NC_017242	ATT	2	6	1413	1418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
40	NC_017242	TTTA	2	8	1446	1453	25 %	75 %	0 %	0 %	384207493
41	NC_017242	AG	3	6	1460	1465	50 %	0 %	50 %	0 %	384207493
42	NC_017242	ATT	2	6	1543	1548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207493
43	NC_017242	ATA	2	6	1865	1870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
44	NC_017242	ATC	2	6	1890	1895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207494
45	NC_017242	T	7	7	1914	1920	0 %	100 %	0 %	0 %	384207494
46	NC_017242	GTA	2	6	1921	1926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207494
47	NC_017242	TTTGAT	2	12	1939	1950	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384207494
48	NC_017242	AT	3	6	1949	1954	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
49	NC_017242	GTTT	2	8	1968	1975	0 %	75 %	25 %	0 %	384207494
50	NC_017242	TA	3	6	1983	1988	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
51	NC_017242	TA	3	6	1993	1998	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
52	NC_017242	A	8	8	2011	2018	100 %	0 %	0 %	0 %	384207494
53	NC_017242	A	6	6	2020	2025	100 %	0 %	0 %	0 %	384207494
54	NC_017242	ATT	2	6	2073	2078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384207494
55	NC_017242	AGT	2	6	2089	2094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384207494
56	NC_017242	ATTA	2	8	2118	2125	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
57	NC_017242	TAATT	2	10	2130	2139	40 %	60 %	0 %	0 %	384207494
58	NC_017242	TAC	2	6	2142	2147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384207494
59	NC_017242	GAC	2	6	2167	2172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384207494
60	NC_017242	AT	3	6	2179	2184	50 %	50 %	0 %	0 %	384207494
61	NC_017242	TAA	2	6	2187	2192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
62	NC_017242	TAA	2	6	2226	2231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207494
63	NC_017242	AAT	2	6	2619	2624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384207495
64	NC_017242	T	6	6	2688	2693	0 %	100 %	0 %	0 %	384207495

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.