MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia sp. YI23 plasmid byi_2p

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016591	GATGCC	2	12	1658	1669	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807002
2	NC_016591	CCACGA	2	12	5302	5313	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807006
3	NC_016591	CGATCG	2	12	6949	6960	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807007
4	NC_016591	CGAGTA	2	12	8208	8219	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807008
5	NC_016591	GCGCCA	2	12	9329	9340	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807010
6	NC_016591	CGGATA	2	12	10908	10919	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807011
7	NC_016591	GGTTTT	2	12	13364	13375	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377807014
8	NC_016591	GGCAAA	2	12	16889	16900	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	377807017
9	NC_016591	GCGCCC	2	12	19787	19798	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377807020
10	NC_016591	TAGAAA	2	12	26282	26293	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	377807023
11	NC_016591	GCTCGA	2	12	27312	27323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807023
12	NC_016591	CCGCTG	2	12	31403	31414	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	377807025
13	NC_016591	TGGGCG	2	12	31498	31509	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	377807025
14	NC_016591	CCTTCT	2	12	46476	46487	0 %	50 %	0 %	50 %	377807041
15	NC_016591	TGCCCA	2	12	47399	47410	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377807042
16	NC_016591	GCTTCG	2	12	49520	49531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377807046
17	NC_016591	GTCGTT	2	12	50384	50395	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	377807047
18	NC_016591	CGATAC	2	12	53815	53826	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	377807051
19	NC_016591	ATCGCT	2	12	57240	57251	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807056
20	NC_016591	TTGCGT	2	12	58338	58349	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	377807058
21	NC_016591	GTTCCG	2	12	63412	63423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377807063
22	NC_016591	CCATGG	2	12	65045	65056	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807066
23	NC_016591	CACGAG	2	12	67930	67941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807070
24	NC_016591	ATGGAC	2	12	69967	69978	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807072
25	NC_016591	CCACAG	2	12	75819	75830	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807077
26	NC_016591	ACTCGG	2	12	81586	81597	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807085
27	NC_016591	CGAGAC	2	12	82237	82248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807086
28	NC_016591	AGAGCG	2	12	84750	84761	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	377807090
29	NC_016591	TCGCAC	2	12	87428	87439	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377807096
30	NC_016591	GCTGGC	2	12	89086	89097	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	377807099
31	NC_016591	ATGGCC	2	12	90769	90780	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807102
32	NC_016591	CGACGG	2	12	93614	93625	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	377807105
33	NC_016591	CGAGAT	2	12	97106	97117	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807109
34	NC_016591	TCGACC	2	12	97767	97778	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377807109
35	NC_016591	TGGCGA	2	12	100618	100629	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	377807110
36	NC_016591	GATCGC	2	12	101279	101290	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807110
37	NC_016591	TCCGCC	2	12	101512	101523	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	377807111
38	NC_016591	GCGCTC	2	12	105055	105066	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	377807115
39	NC_016591	GAGGCG	2	12	105384	105395	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	377807115
40	NC_016591	TGGTTT	2	12	105969	105980	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	377807115
41	NC_016591	CGATCC	2	12	108378	108389	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377807116
42	NC_016591	CGACCG	2	12	115763	115774	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807127
43	NC_016591	GGGAAA	2	12	116451	116462	50 %	0 %	50 %	0 %	377807128
44	NC_016591	CCAGCA	2	12	116856	116867	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807128
45	NC_016591	GCGCGT	2	12	116885	116896	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	377807128
46	NC_016591	ACCACG	2	12	120297	120308	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807133
47	NC_016591	GCTGAC	2	12	129787	129798	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807145
48	NC_016591	AGGAGA	2	12	130317	130328	50 %	0 %	50 %	0 %	377807146
49	NC_016591	CGCCAG	2	12	131713	131724	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807148
50	NC_016591	CAAGGC	2	12	132801	132812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807150
51	NC_016591	ATCGGC	2	12	133473	133484	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807151
52	NC_016591	ATCGGT	2	12	133969	133980	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377807151
53	NC_016591	TCGGGC	2	12	138268	138279	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	377807158
54	NC_016591	GCGATT	2	12	147987	147998	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377807172
55	NC_016591	AGCCGA	2	12	150265	150276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807175
56	NC_016591	TCGCTG	2	12	150789	150800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	377807176
57	NC_016591	TCGGCG	2	12	151432	151443	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	377807176
58	NC_016591	ACGCGA	2	12	151872	151883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807177
59	NC_016591	GGACGA	2	12	158473	158484	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	377807185
60	NC_016591	ATCGAG	2	12	160911	160922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807189
61	NC_016591	GGCGGA	2	12	180577	180588	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	377807216
62	NC_016591	GGACGC	2	12	186830	186841	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	377807223
63	NC_016591	TGCTGG	2	12	187239	187250	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	377807223
64	NC_016591	GCTCAT	2	12	190719	190730	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807228
65	NC_016591	CGACCA	2	12	200227	200238	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807239
66	NC_016591	GCAGCG	2	12	213038	213049	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	377807248
67	NC_016591	ACCGTG	2	12	213160	213171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807248
68	NC_016591	CAGCGC	2	12	213536	213547	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807249
69	NC_016591	CCCAGC	2	12	213600	213611	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	377807249
70	NC_016591	CCGAGC	2	12	213799	213810	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807249
71	NC_016591	GCGGTA	2	12	214625	214636	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	377807250
72	NC_016591	GCCACA	2	12	215107	215118	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807250
73	NC_016591	GCTGGT	2	12	215711	215722	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	377807251
74	NC_016591	CGACAG	2	12	216209	216220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807251
75	NC_016591	GCGCCG	3	18	221708	221725	0 %	0 %	50 %	50 %	377807256
76	NC_016591	GCGAGG	2	12	224302	224313	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	377807259
77	NC_016591	CCGCGC	2	12	224908	224919	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377807261
78	NC_016591	TGGCGT	2	12	229313	229324	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	377807269
79	NC_016591	TGTCAC	2	12	235178	235189	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807276
80	NC_016591	CCATCG	2	12	237742	237753	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	377807280
81	NC_016591	GCGCCC	2	12	239182	239193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	377807281
82	NC_016591	GGTCGG	2	12	239359	239370	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	377807281
83	NC_016591	ACGCCG	2	12	240254	240265	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807282
84	NC_016591	AAAGGC	2	12	244644	244655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	377807290
85	NC_016591	ACGTAC	2	12	245488	245499	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	377807291
86	NC_016591	TTCTGC	2	12	246036	246047	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	377807292
87	NC_016591	CTGAAC	2	12	248646	248657	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	377807295
88	NC_016591	GCATCT	2	12	250610	250621	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807298
89	NC_016591	AACCCG	2	12	255983	255994	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807303
90	NC_016591	GAGATA	2	12	257016	257027	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	377807304
91	NC_016591	TGGCGA	2	12	262336	262347	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	377807310
92	NC_016591	CGAACA	2	12	262509	262520	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	377807310
93	NC_016591	TGGCGT	2	12	265318	265329	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	377807313
94	NC_016591	AGGTCG	2	12	265356	265367	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	377807313
95	NC_016591	TCCGCG	2	12	267811	267822	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	377807314
96	NC_016591	TGGCTA	2	12	268961	268972	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377807314
97	NC_016591	AAAGGC	2	12	269148	269159	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	377807314
98	NC_016591	ACGGCA	2	12	270447	270458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	377807316
99	NC_016591	CGCCGA	2	12	273348	273359	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807319
100	NC_016591	ACACGC	2	12	274922	274933	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807320
101	NC_016591	TCGCCG	2	12	276089	276100	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	377807321
102	NC_016591	GCGATC	2	12	283311	283322	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807329
103	NC_016591	CCGCTG	2	12	283695	283706	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	377807329
104	NC_016591	CGTTCA	2	12	287142	287153	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807332
105	NC_016591	TGGACA	2	12	287421	287432	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807332
106	NC_016591	CGCCAC	2	12	288346	288357	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	377807333
107	NC_016591	ATGAAA	2	12	290308	290319	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	377807336
108	NC_016591	ACGCTA	2	12	294197	294208	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	377807337
109	NC_016591	TGCCGG	2	12	294672	294683	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	377807337
110	NC_016591	ATCTCG	2	12	297229	297240	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807339
111	NC_016591	TCCGAG	2	12	301236	301247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807343
112	NC_016591	TCGAAG	2	12	301372	301383	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	377807343
113	NC_016591	ACAACG	2	12	304863	304874	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	377807347
114	NC_016591	CGTGGT	2	12	309759	309770	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	377807350
115	NC_016591	ACCTGT	2	12	311227	311238	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807353
116	NC_016591	CGGTCA	2	12	312224	312235	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	377807353
117	NC_016591	CGAAGA	2	12	313992	314003	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	377807354
118	NC_016591	GTGCTA	2	12	322119	322130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377807360
119	NC_016591	CACACG	2	12	325012	325023	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	377807363
120	NC_016591	TTCGAC	2	12	325686	325697	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	377807364
121	NC_016591	TGCTGA	2	12	336495	336506	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	377807374
122	NC_016591	CTGTTG	2	12	336518	336529	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	377807374
123	NC_016591	GCTCAA	2	12	342213	342224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	377807378
124	NC_016591	CGCGAC	2	12	351416	351427	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	377807388
125	NC_016591	ATCGAA	2	12	354297	354308	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	377807390

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.