MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Buchnera aphidicola (Cinara tujafilina) chromosome

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015662	ACTTTA	2	12	1897	1908	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336233114
2	NC_015662	ATTTGT	2	12	2849	2860	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233115
3	NC_015662	TTGAAT	2	12	4677	4688	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233116
4	NC_015662	TGGAAT	2	12	4950	4961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336233116
5	NC_015662	ATTTTT	2	12	5431	5442	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233116
6	NC_015662	ATAAAA	2	12	9224	9235	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233120
7	NC_015662	TTTTAA	2	12	11845	11856	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233122
8	NC_015662	ATGGTA	2	12	13055	13066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336233123
9	NC_015662	GTCAAT	2	12	20629	20640	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	336233129
10	NC_015662	TAGATG	2	12	20770	20781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336233129
11	NC_015662	TTCTCC	2	12	22449	22460	0 %	50 %	0 %	50 %	336233130
12	NC_015662	GTTTTT	2	12	25443	25454	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	336233130
13	NC_015662	ACATGT	2	12	25879	25890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	336233131
14	NC_015662	TGAATA	2	12	27078	27089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233131
15	NC_015662	TTCTTT	2	12	28774	28785	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336233131
16	NC_015662	TAATCC	2	12	29903	29914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	336233132
17	NC_015662	TAAATG	2	12	31803	31814	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233135
18	NC_015662	TTGTAA	2	12	40478	40489	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233141
19	NC_015662	TATATT	2	12	41409	41420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233142
20	NC_015662	TATTTT	2	12	41431	41442	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233142
21	NC_015662	ATTTTT	2	12	42325	42336	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233142
22	NC_015662	ATTAGA	2	12	46845	46856	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233146
23	NC_015662	TTTATT	2	12	48555	48566	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233146
24	NC_015662	AAATAT	2	12	48749	48760	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233146
25	NC_015662	TAAAGA	2	12	49897	49908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336233147
26	NC_015662	GTATTA	2	12	50370	50381	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233147
27	NC_015662	AGAAAA	3	18	52398	52415	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	336233148
28	NC_015662	TAAAAA	2	12	53709	53720	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233149
29	NC_015662	ATATGT	2	12	56216	56227	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233152
30	NC_015662	TCTAAA	2	12	57630	57641	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336233153
31	NC_015662	AAAATA	2	12	57971	57982	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233154
32	NC_015662	TATTTT	2	12	60109	60120	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233157
33	NC_015662	GTTTTG	2	12	65728	65739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	336233162
34	NC_015662	CAAGCA	2	12	66347	66358	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	336233163
35	NC_015662	ATCAGA	2	12	66697	66708	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	336233163
36	NC_015662	TTTAGA	2	12	67893	67904	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233164
37	NC_015662	CAAATA	2	12	69679	69690	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336233165
38	NC_015662	GATAAT	2	12	71918	71929	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233167
39	NC_015662	TATTTT	2	12	73364	73375	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233168
40	NC_015662	CGTTTG	2	12	73740	73751	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	336233169
41	NC_015662	AGCTTT	2	12	75214	75225	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	336233170
42	NC_015662	TTTATT	2	12	77046	77057	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233172
43	NC_015662	ATTAAT	2	12	77177	77188	50 %	50 %	0 %	0 %	336233172
44	NC_015662	ATTGTT	2	12	78105	78116	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233173
45	NC_015662	ATTAAA	2	12	79323	79334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233174
46	NC_015662	ATCTAA	2	12	83448	83459	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336233178
47	NC_015662	ATGTTT	2	12	84369	84380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233179
48	NC_015662	AAATTA	2	12	85910	85921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233180
49	NC_015662	CCACAA	2	12	87773	87784	50 %	0 %	0 %	50 %	336233182
50	NC_015662	AAGGTG	2	12	91674	91685	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	336233184
51	NC_015662	TTTTTA	2	12	97558	97569	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233191
52	NC_015662	TAAAAT	2	12	97851	97862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233191
53	NC_015662	AATATT	2	12	98052	98063	50 %	50 %	0 %	0 %	336233191
54	NC_015662	CTTTTT	2	12	100736	100747	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336233193
55	NC_015662	AAAATT	2	12	100950	100961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233193
56	NC_015662	TTATAT	2	12	102652	102663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233195
57	NC_015662	ATTTAA	2	12	104690	104701	50 %	50 %	0 %	0 %	336233197
58	NC_015662	TAATTT	2	12	107205	107216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233198
59	NC_015662	TCAATA	2	12	107230	107241	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336233198
60	NC_015662	AAATAA	2	12	111402	111413	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233201
61	NC_015662	TCAAAA	2	12	111758	111769	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336233201
62	NC_015662	TTGTAT	2	12	112127	112138	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233201
63	NC_015662	TCTGCT	2	12	113198	113209	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	336233201
64	NC_015662	TGTCCA	2	12	115238	115249	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	336233203
65	NC_015662	TAAAGT	2	12	115369	115380	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233203
66	NC_015662	CAACCG	2	12	116658	116669	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	336233204
67	NC_015662	CCTTTA	2	12	117221	117232	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	336233204
68	NC_015662	TATTTA	2	12	118392	118403	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233205
69	NC_015662	ATTTTG	2	12	120747	120758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233207
70	NC_015662	ATAATG	2	12	122830	122841	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233209
71	NC_015662	ATGATT	2	12	127339	127350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233212
72	NC_015662	ATGTTA	2	12	127511	127522	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233213
73	NC_015662	TTTATT	2	12	128081	128092	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233214
74	NC_015662	TATTTT	2	12	130654	130665	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233216
75	NC_015662	TCTTTT	2	12	130890	130901	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336233216
76	NC_015662	TTCATT	2	12	132494	132505	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336233217
77	NC_015662	TTTGGT	2	12	133849	133860	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	336233218
78	NC_015662	TTTTCC	2	12	142319	142330	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	336233224
79	NC_015662	AAATTA	2	12	143803	143814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233225
80	NC_015662	CAGGAT	2	12	148452	148463	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	336233230
81	NC_015662	CTTTTT	2	12	150743	150754	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	336233232
82	NC_015662	AATATT	2	12	150795	150806	50 %	50 %	0 %	0 %	336233232
83	NC_015662	TTTATT	2	12	152590	152601	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233233
84	NC_015662	GATATA	2	12	152767	152778	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233233
85	NC_015662	ATTTTT	2	12	153556	153567	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233233
86	NC_015662	CTATTT	2	12	156307	156318	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336233234
87	NC_015662	ATTTTT	2	12	156473	156484	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233234
88	NC_015662	CAAAAA	2	12	157056	157067	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	336233235
89	NC_015662	ATAGTA	2	12	158684	158695	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	336233236
90	NC_015662	TAATAT	2	12	159576	159587	50 %	50 %	0 %	0 %	336233236
91	NC_015662	TGGTTT	2	12	161634	161645	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	336233237
92	NC_015662	ATATTA	2	12	165994	166005	50 %	50 %	0 %	0 %	336233239
93	NC_015662	ACCACA	2	12	167121	167132	50 %	0 %	0 %	50 %	336233240
94	NC_015662	GAATGT	2	12	173333	173344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	336233245
95	NC_015662	ATTAAA	2	12	181154	181165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233251
96	NC_015662	ATTAAT	2	12	181202	181213	50 %	50 %	0 %	0 %	336233251
97	NC_015662	CAAAAT	2	12	181782	181793	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	336233251
98	NC_015662	AGAACA	2	12	184340	184351	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	336233253
99	NC_015662	AAATAT	2	12	186254	186265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233253
100	NC_015662	AATAAA	2	12	186842	186853	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233253
101	NC_015662	ATTTTT	2	12	187421	187432	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233254
102	NC_015662	CTATTT	2	12	187863	187874	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336233254
103	NC_015662	ATTTTT	2	12	189706	189717	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233255
104	NC_015662	AAATAA	2	12	199056	199067	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233261
105	NC_015662	TAAAAA	2	12	199672	199683	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	336233262
106	NC_015662	TAAAAT	2	12	200029	200040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	336233262
107	NC_015662	ATCTTT	2	12	201483	201494	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	336233265
108	NC_015662	GTTTTT	2	12	203760	203771	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	336233268
109	NC_015662	TTTTAT	2	12	204805	204816	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233268
110	NC_015662	TAAATT	2	12	205093	205104	50 %	50 %	0 %	0 %	336233268
111	NC_015662	ATTTTT	2	12	213628	213639	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233275
112	NC_015662	TATTAA	2	12	213717	213728	50 %	50 %	0 %	0 %	336233275
113	NC_015662	ATTTTT	2	12	213784	213795	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	336233275
114	NC_015662	TTTAAT	2	12	217306	217317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233278
115	NC_015662	TCTGTA	2	12	217547	217558	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	336233279
116	NC_015662	AGTTTT	2	12	218555	218566	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	336233280
117	NC_015662	AATTTT	2	12	224225	224236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233285
118	NC_015662	ATTTTA	2	12	228654	228665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233288
119	NC_015662	TAAAGA	2	12	230492	230503	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	336233288
120	NC_015662	AAGGAC	2	12	236544	236555	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	336233292
121	NC_015662	ATTTTA	2	12	237036	237047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	336233292
122	NC_015662	TACGAA	2	12	237816	237827	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	336233293
123	NC_015662	TCGTTC	2	12	242318	242329	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	336233298
124	NC_015662	AATTCT	2	12	243141	243152	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	336233298
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127	NC_015662	TAAATC	2	12	250869	250880	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336233304
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230	NC_015662	AATTCA	2	12	432908	432919	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	336233463
231	NC_015662	TTATAA	2	12	434012	434023	50 %	50 %	0 %	0 %	336233463
232	NC_015662	GATATT	2	12	443881	443892	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	336233472
233	NC_015662	GTTTTT	2	12	444125	444136	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	336233472

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.