MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 542

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012226	TAA	2	6	1261	1266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
2	NC_012226	CTC	2	6	1327	1332	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225350701
3	NC_012226	TAT	2	6	1363	1368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
4	NC_012226	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
5	NC_012226	ATT	2	6	1457	1462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
6	NC_012226	TAT	2	6	1555	1560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
7	NC_012226	TTA	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
8	NC_012226	TTC	2	6	1586	1591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350701
9	NC_012226	TGA	2	6	1688	1693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350701
10	NC_012226	CTA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350701
11	NC_012226	TAT	3	9	1759	1767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
12	NC_012226	CTC	2	6	1804	1809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225350701
13	NC_012226	TAT	2	6	1843	1848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
14	NC_012226	TAA	2	6	1880	1885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
15	NC_012226	AGA	2	6	1897	1902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350701
16	NC_012226	TAT	2	6	1912	1917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
17	NC_012226	ATT	2	6	1922	1927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
18	NC_012226	ATT	2	6	1934	1939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
19	NC_012226	TTA	2	6	1945	1950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350701
20	NC_012226	TAA	2	6	2009	2014	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
21	NC_012226	TAA	2	6	2021	2026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
22	NC_012226	TAA	2	6	2057	2062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350701
23	NC_012226	CTA	2	6	2076	2081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350702
24	NC_012226	ATT	2	6	2140	2145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
25	NC_012226	TAT	2	6	2190	2195	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
26	NC_012226	ATA	2	6	2202	2207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350702
27	NC_012226	ACC	2	6	2256	2261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	225350702
28	NC_012226	TTA	2	6	2291	2296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
29	NC_012226	TCT	2	6	2351	2356	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
30	NC_012226	TAT	2	6	2400	2405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
31	NC_012226	TTC	2	6	2425	2430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
32	NC_012226	ATT	2	6	2557	2562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
33	NC_012226	TAT	2	6	2595	2600	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
34	NC_012226	TTC	2	6	2617	2622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
35	NC_012226	TAT	2	6	2638	2643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
36	NC_012226	TCA	2	6	2681	2686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350702
37	NC_012226	ATT	2	6	2710	2715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
38	NC_012226	TAA	2	6	2730	2735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350702
39	NC_012226	ATT	2	6	2807	2812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350702
40	NC_012226	TTC	2	6	2854	2859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
41	NC_012226	TGT	2	6	2874	2879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350702
42	NC_012226	TTC	2	6	2884	2889	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
43	NC_012226	TCT	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350702
44	NC_012226	TAA	2	6	3031	3036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
45	NC_012226	ATG	2	6	3054	3059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350703
46	NC_012226	TTA	2	6	3101	3106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
47	NC_012226	AGA	2	6	3151	3156	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350703
48	NC_012226	AAT	2	6	3178	3183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
49	NC_012226	TAT	2	6	3225	3230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
50	NC_012226	TAA	2	6	3255	3260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
51	NC_012226	TTA	2	6	3303	3308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
52	NC_012226	TAA	2	6	3388	3393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
53	NC_012226	ACT	2	6	3404	3409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
54	NC_012226	ATT	2	6	3412	3417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
55	NC_012226	ATC	2	6	3418	3423	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
56	NC_012226	AGA	2	6	3442	3447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350703
57	NC_012226	TAG	2	6	3484	3489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350703
58	NC_012226	TAA	3	9	3516	3524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
59	NC_012226	AAT	2	6	3570	3575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
60	NC_012226	CTT	2	6	3588	3593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
61	NC_012226	TCT	2	6	3641	3646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
62	NC_012226	TTA	2	6	3692	3697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
63	NC_012226	AAT	2	6	3753	3758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
64	NC_012226	TAA	2	6	3769	3774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
65	NC_012226	ATT	2	6	3775	3780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350703
66	NC_012226	TTC	2	6	3826	3831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350703
67	NC_012226	ATA	2	6	3845	3850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
68	NC_012226	AAT	2	6	3858	3863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
69	NC_012226	ATC	2	6	3961	3966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350703
70	NC_012226	AAT	2	6	3995	4000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350703
71	NC_012226	ATT	2	6	4063	4068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
72	NC_012226	TCA	2	6	4228	4233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
73	NC_012226	TAT	2	6	4247	4252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
74	NC_012226	ATA	2	6	4309	4314	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
75	NC_012226	ATT	2	6	4318	4323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
76	NC_012226	AAT	3	9	4501	4509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
77	NC_012226	ATG	2	6	4515	4520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350704
78	NC_012226	ATC	2	6	4524	4529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
79	NC_012226	AAT	3	9	4559	4567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
80	NC_012226	GAG	2	6	4574	4579	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	225350704
81	NC_012226	ATA	2	6	4582	4587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
82	NC_012226	CTT	2	6	4634	4639	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350704
83	NC_012226	ATT	2	6	4734	4739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
84	NC_012226	ATT	2	6	4746	4751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
85	NC_012226	CTA	2	6	4793	4798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
86	NC_012226	TCT	2	6	4864	4869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350704
87	NC_012226	TAA	2	6	4922	4927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
88	NC_012226	CAT	2	6	4935	4940	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350704
89	NC_012226	TCT	2	6	4990	4995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350704
90	NC_012226	AAT	2	6	5015	5020	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350704
91	NC_012226	TTA	2	6	5023	5028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350704
92	NC_012226	CCA	2	6	5131	5136	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	225350705
93	NC_012226	TTA	2	6	5217	5222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
94	NC_012226	TAA	2	6	5332	5337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
95	NC_012226	ATT	2	6	5380	5385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
96	NC_012226	TGG	2	6	5464	5469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	225350705
97	NC_012226	TAT	3	9	5550	5558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
98	NC_012226	TAA	2	6	5577	5582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
99	NC_012226	TAA	2	6	5659	5664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
100	NC_012226	TAC	2	6	5712	5717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350705
101	NC_012226	TTA	2	6	5727	5732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
102	NC_012226	TTA	2	6	5762	5767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
103	NC_012226	ATA	2	6	5799	5804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
104	NC_012226	TTA	2	6	5858	5863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
105	NC_012226	TAA	2	6	5872	5877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
106	NC_012226	TAA	2	6	5884	5889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
107	NC_012226	TTC	2	6	6037	6042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350705
108	NC_012226	AAT	2	6	6201	6206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
109	NC_012226	AAG	2	6	6223	6228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350705
110	NC_012226	AAT	2	6	6242	6247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
111	NC_012226	CAA	2	6	6285	6290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225350705
112	NC_012226	ATC	2	6	6334	6339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350705
113	NC_012226	ACA	2	6	6404	6409	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225350705
114	NC_012226	CTT	2	6	6561	6566	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350705
115	NC_012226	TAT	2	6	6580	6585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
116	NC_012226	TTA	4	12	6627	6638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
117	NC_012226	TTA	2	6	6665	6670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
118	NC_012226	TTC	2	6	6766	6771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350705
119	NC_012226	ATT	3	9	6781	6789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
120	NC_012226	ATC	2	6	6847	6852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350705
121	NC_012226	TAT	2	6	6853	6858	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350705
122	NC_012226	GAA	2	6	6876	6881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350705
123	NC_012226	ATA	2	6	6899	6904	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350705
124	NC_012226	ATA	2	6	7313	7318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350706
125	NC_012226	TAA	2	6	7416	7421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350706
126	NC_012226	TAT	2	6	7453	7458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350706
127	NC_012226	AGA	2	6	7476	7481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350706
128	NC_012226	TTA	2	6	7558	7563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350706
129	NC_012226	TAC	2	6	7659	7664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350706
130	NC_012226	TAT	2	6	7740	7745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350706
131	NC_012226	GAT	2	6	7759	7764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350706
132	NC_012226	TAA	2	6	7770	7775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350706
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259	NC_012226	AGA	2	6	16953	16958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350713
260	NC_012226	AAG	2	6	17042	17047	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350713
261	NC_012226	CTG	2	6	17054	17059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225350713
262	NC_012226	TGT	2	6	17070	17075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350713
263	NC_012226	TAA	2	6	17106	17111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
264	NC_012226	TTA	2	6	17185	17190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350713
265	NC_012226	ATA	2	6	17321	17326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
266	NC_012226	TGA	2	6	17478	17483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350713
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270	NC_012226	TAA	2	6	17634	17639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
271	NC_012226	TTC	2	6	17679	17684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350714
272	NC_012226	ATA	2	6	17716	17721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
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274	NC_012226	AAT	2	6	17801	17806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
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280	NC_012226	TGT	2	6	17982	17987	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350714
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284	NC_012226	TTC	2	6	18300	18305	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350714
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290	NC_012226	ATT	2	6	18854	18859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350715
291	NC_012226	TAT	2	6	18863	18868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350715
292	NC_012226	ATA	2	6	18903	18908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350715
293	NC_012226	ATT	2	6	18979	18984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350716
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384	NC_012226	ATC	2	6	25748	25753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350721
385	NC_012226	TTA	2	6	25826	25831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350722
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388	NC_012226	TAT	2	6	26186	26191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350722
389	NC_012226	TAA	2	6	26228	26233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350722
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496	NC_012226	TAA	2	6	33245	33250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350729
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