MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 78835

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_012225	TTA	2	6	118147	118152	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619056
3002	NC_012225	TCTTTC	2	12	118153	118164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619056
3003	NC_012225	T	6	6	118221	118226	0 %	100 %	0 %	0 %	225619056
3004	NC_012225	GTAA	2	8	118258	118265	50 %	25 %	25 %	0 %	225619056
3005	NC_012225	ATC	2	6	118317	118322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619056
3006	NC_012225	TAAG	2	8	118334	118341	50 %	25 %	25 %	0 %	225619056
3007	NC_012225	CAT	2	6	118367	118372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619056
3008	NC_012225	AAT	2	6	118415	118420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619056
3009	NC_012225	ATA	2	6	118421	118426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619056
3010	NC_012225	TAA	2	6	118610	118615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619056
3011	NC_012225	TGA	2	6	118644	118649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619056
3012	NC_012225	AATA	2	8	118651	118658	75 %	25 %	0 %	0 %	225619056
3013	NC_012225	T	7	7	118776	118782	0 %	100 %	0 %	0 %	225619057
3014	NC_012225	ATT	2	6	118812	118817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3015	NC_012225	TCT	2	6	118849	118854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619057
3016	NC_012225	CTA	2	6	118877	118882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3017	NC_012225	TGA	2	6	118917	118922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619057
3018	NC_012225	AAG	2	6	118940	118945	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225619057
3019	NC_012225	TAA	2	6	118989	118994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3020	NC_012225	AT	3	6	119064	119069	50 %	50 %	0 %	0 %	225619057
3021	NC_012225	A	6	6	119125	119130	100 %	0 %	0 %	0 %	225619057
3022	NC_012225	CTTC	2	8	119161	119168	0 %	50 %	0 %	50 %	225619057
3023	NC_012225	TTTA	2	8	119187	119194	25 %	75 %	0 %	0 %	225619057
3024	NC_012225	TAT	2	6	119210	119215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3025	NC_012225	T	7	7	119235	119241	0 %	100 %	0 %	0 %	225619057
3026	NC_012225	TTA	2	6	119255	119260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3027	NC_012225	TTTC	2	8	119269	119276	0 %	75 %	0 %	25 %	225619057
3028	NC_012225	TCC	2	6	119313	119318	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225619057
3029	NC_012225	TAA	2	6	119352	119357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3030	NC_012225	ATT	2	6	119373	119378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3031	NC_012225	AT	3	6	119385	119390	50 %	50 %	0 %	0 %	225619057
3032	NC_012225	ATT	2	6	119409	119414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3033	NC_012225	TAT	2	6	119465	119470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3034	NC_012225	TC	3	6	119498	119503	0 %	50 %	0 %	50 %	225619057
3035	NC_012225	ATT	2	6	119508	119513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3036	NC_012225	T	6	6	119512	119517	0 %	100 %	0 %	0 %	225619057
3037	NC_012225	ATT	2	6	119535	119540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3038	NC_012225	TCA	2	6	119569	119574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3039	NC_012225	TAC	2	6	119622	119627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3040	NC_012225	GCT	2	6	119713	119718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619057
3041	NC_012225	CTA	2	6	119798	119803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3042	NC_012225	AAG	2	6	119862	119867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225619057
3043	NC_012225	CAT	2	6	119876	119881	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3044	NC_012225	TAA	2	6	119916	119921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3045	NC_012225	T	7	7	119930	119936	0 %	100 %	0 %	0 %	225619057
3046	NC_012225	TCT	3	9	119953	119961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619057
3047	NC_012225	TATAA	2	10	119984	119993	60 %	40 %	0 %	0 %	225619057
3048	NC_012225	CAT	2	6	120005	120010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619057
3049	NC_012225	TAA	2	6	120042	120047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3050	NC_012225	CAG	2	6	120077	120082	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225619057
3051	NC_012225	CTT	2	6	120155	120160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619057
3052	NC_012225	TTA	2	6	120166	120171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619057
3053	NC_012225	AAT	2	6	120235	120240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3054	NC_012225	ATA	2	6	120241	120246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619057
3055	NC_012225	T	6	6	120252	120257	0 %	100 %	0 %	0 %	225619057
3056	NC_012225	AT	3	6	120259	120264	50 %	50 %	0 %	0 %	225619057
3057	NC_012225	CTT	2	6	120524	120529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619058
3058	NC_012225	T	7	7	120613	120619	0 %	100 %	0 %	0 %	225619058
3059	NC_012225	CTT	2	6	120635	120640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619058
3060	NC_012225	CTTT	2	8	120647	120654	0 %	75 %	0 %	25 %	225619058
3061	NC_012225	T	6	6	120702	120707	0 %	100 %	0 %	0 %	225619058
3062	NC_012225	TAT	2	6	120728	120733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619058
3063	NC_012225	CTT	2	6	120761	120766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619058
3064	NC_012225	TTTC	2	8	120779	120786	0 %	75 %	0 %	25 %	225619058
3065	NC_012225	A	6	6	120813	120818	100 %	0 %	0 %	0 %	225619058
3066	NC_012225	TAT	2	6	120848	120853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619058
3067	NC_012225	T	6	6	120877	120882	0 %	100 %	0 %	0 %	225619058
3068	NC_012225	TAT	3	9	120938	120946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619058
3069	NC_012225	TCA	2	6	121036	121041	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619058
3070	NC_012225	ACT	2	6	121062	121067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619058
3071	NC_012225	AAT	2	6	121085	121090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619058
3072	NC_012225	TCA	2	6	121195	121200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619058
3073	NC_012225	AAAT	2	8	121320	121327	75 %	25 %	0 %	0 %	225619058
3074	NC_012225	TAT	2	6	121518	121523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3075	NC_012225	T	6	6	121532	121537	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3076	NC_012225	TCT	2	6	121605	121610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3077	NC_012225	TAG	2	6	121687	121692	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619059
3078	NC_012225	ATT	3	9	121721	121729	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3079	NC_012225	TA	3	6	121746	121751	50 %	50 %	0 %	0 %	225619059
3080	NC_012225	T	6	6	121771	121776	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3081	NC_012225	T	6	6	121780	121785	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3082	NC_012225	TCT	2	6	121812	121817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3083	NC_012225	T	8	8	121954	121961	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3084	NC_012225	TAT	2	6	122021	122026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3085	NC_012225	TCC	2	6	122036	122041	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225619059
3086	NC_012225	CTA	2	6	122050	122055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619059
3087	NC_012225	TA	3	6	122054	122059	50 %	50 %	0 %	0 %	225619059
3088	NC_012225	TGA	2	6	122060	122065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619059
3089	NC_012225	TAT	2	6	122107	122112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3090	NC_012225	ATT	2	6	122123	122128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3091	NC_012225	ATTT	2	8	122138	122145	25 %	75 %	0 %	0 %	225619059
3092	NC_012225	ATT	2	6	122156	122161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3093	NC_012225	TTC	2	6	122162	122167	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3094	NC_012225	TAT	2	6	122168	122173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3095	NC_012225	ATC	2	6	122195	122200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619059
3096	NC_012225	ATT	3	9	122210	122218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3097	NC_012225	TAT	2	6	122230	122235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3098	NC_012225	TGA	2	6	122252	122257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619059
3099	NC_012225	TAT	2	6	122263	122268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3100	NC_012225	TAT	2	6	122278	122283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3101	NC_012225	TAT	2	6	122287	122292	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3102	NC_012225	ATT	3	9	122294	122302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3103	NC_012225	CTG	2	6	122303	122308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619059
3104	NC_012225	TC	3	6	122422	122427	0 %	50 %	0 %	50 %	225619059
3105	NC_012225	T	6	6	122433	122438	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3106	NC_012225	CTT	2	6	122446	122451	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3107	NC_012225	T	6	6	122450	122455	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3108	NC_012225	CTG	2	6	122484	122489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619059
3109	NC_012225	AAAG	2	8	122510	122517	75 %	0 %	25 %	0 %	225619059
3110	NC_012225	TC	3	6	122522	122527	0 %	50 %	0 %	50 %	225619059
3111	NC_012225	T	6	6	122553	122558	0 %	100 %	0 %	0 %	225619059
3112	NC_012225	ATT	2	6	122612	122617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3113	NC_012225	CAT	2	6	122671	122676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619059
3114	NC_012225	AT	3	6	122710	122715	50 %	50 %	0 %	0 %	225619059
3115	NC_012225	TTCT	2	8	122740	122747	0 %	75 %	0 %	25 %	225619059
3116	NC_012225	TA	3	6	122765	122770	50 %	50 %	0 %	0 %	225619059
3117	NC_012225	ATT	2	6	122789	122794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3118	NC_012225	CTT	2	6	122845	122850	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3119	NC_012225	CT	3	6	122864	122869	0 %	50 %	0 %	50 %	225619059
3120	NC_012225	CTGG	2	8	122895	122902	0 %	25 %	50 %	25 %	225619059
3121	NC_012225	AGC	3	9	122948	122956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225619059
3122	NC_012225	TAT	2	6	122969	122974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619059
3123	NC_012225	CTA	3	9	122986	122994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619059
3124	NC_012225	TCC	2	6	122999	123004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225619059
3125	NC_012225	TCT	2	6	123012	123017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3126	NC_012225	TA	3	6	123091	123096	50 %	50 %	0 %	0 %	225619059
3127	NC_012225	TCT	2	6	123108	123113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3128	NC_012225	ATG	2	6	123137	123142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619059
3129	NC_012225	TCA	2	6	123162	123167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619059
3130	NC_012225	TCT	2	6	123189	123194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3131	NC_012225	CTT	2	6	123217	123222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619059
3132	NC_012225	ATA	2	6	123351	123356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619059
3133	NC_012225	TAA	2	6	123625	123630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619060
3134	NC_012225	TAA	2	6	123748	123753	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619060
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3137	NC_012225	TGT	2	6	123905	123910	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225619060
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3139	NC_012225	GCT	2	6	123957	123962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619060
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3144	NC_012225	TGA	2	6	124145	124150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619060
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3152	NC_012225	GCT	2	6	124410	124415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619060
3153	NC_012225	AGT	3	9	124418	124426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619060
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3157	NC_012225	GCT	2	6	124611	124616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225619060
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3164	NC_012225	TAG	2	6	124833	124838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619060
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3189	NC_012225	GCTGAT	2	12	126053	126064	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	225619062
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3200	NC_012225	CTTTAG	2	12	126543	126554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	225619062
3201	NC_012225	TAT	2	6	126586	126591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619062
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3205	NC_012225	TGA	2	6	127135	127140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619063
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3212	NC_012225	TAT	2	6	127380	127385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619063
3213	NC_012225	AATA	2	8	127392	127399	75 %	25 %	0 %	0 %	225619063
3214	NC_012225	AT	3	6	127459	127464	50 %	50 %	0 %	0 %	225619064
3215	NC_012225	T	6	6	127464	127469	0 %	100 %	0 %	0 %	225619064
3216	NC_012225	T	6	6	127474	127479	0 %	100 %	0 %	0 %	225619064
3217	NC_012225	TCT	2	6	127506	127511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619064
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3220	NC_012225	AAT	2	6	127599	127604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619064
3221	NC_012225	TTTTC	2	10	127629	127638	0 %	80 %	0 %	20 %	225619064
3222	NC_012225	T	6	6	127947	127952	0 %	100 %	0 %	0 %	225619065
3223	NC_012225	ATTT	2	8	127953	127960	25 %	75 %	0 %	0 %	225619065
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3227	NC_012225	T	6	6	128161	128166	0 %	100 %	0 %	0 %	225619065
3228	NC_012225	TCC	2	6	128206	128211	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225619065
3229	NC_012225	CAG	2	6	128220	128225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225619065
3230	NC_012225	AAG	2	6	128262	128267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225619065
3231	NC_012225	TAT	2	6	128326	128331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619065
3232	NC_012225	ATCTTT	2	12	128332	128343	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	225619065
3233	NC_012225	AT	4	8	128347	128354	50 %	50 %	0 %	0 %	225619065
3234	NC_012225	GAG	2	6	128376	128381	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	225619065
3235	NC_012225	TC	3	6	128456	128461	0 %	50 %	0 %	50 %	225619065
3236	NC_012225	CCG	2	6	128474	128479	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	225619065
3237	NC_012225	TA	3	6	128509	128514	50 %	50 %	0 %	0 %	225619065
3238	NC_012225	T	6	6	128522	128527	0 %	100 %	0 %	0 %	225619065
3239	NC_012225	TCT	2	6	128555	128560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225619065
3240	NC_012225	ATC	2	6	128578	128583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619065
3241	NC_012225	TATTAA	2	12	128596	128607	50 %	50 %	0 %	0 %	225619065
3242	NC_012225	TTA	2	6	128622	128627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619065
3243	NC_012225	ACA	2	6	128636	128641	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225619065
3244	NC_012225	TAT	2	6	128697	128702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225619065
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3246	NC_012225	ATTT	2	8	129005	129012	25 %	75 %	0 %	0 %	225619066
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3493	NC_012225	ATC	2	6	139449	139454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225619074
3494	NC_012225	AGA	3	9	139495	139503	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225619074
3495	NC_012225	TGA	2	6	139552	139557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619074
3496	NC_012225	TGG	2	6	139560	139565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	225619074
3497	NC_012225	TGTT	2	8	139584	139591	0 %	75 %	25 %	0 %	225619074
3498	NC_012225	AT	3	6	139654	139659	50 %	50 %	0 %	0 %	225619074
3499	NC_012225	GAT	2	6	139694	139699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225619074
3500	NC_012225	ATA	2	6	139706	139711	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225619074

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